对匈奴作战俘获的人员和牲畜，是论功行赏的主要依据，无论路途多么遥远，俘虏一般都会被悉数带回长安，而牲畜则交给边域的国家牧场饲养，此次也不例外。
在大军停留朔方城进行修整时，卫青下令将作战用的轻车固定上木头笼子，用于押运俘虏的上万匈奴人回长安。
古往今来，对待俘虏不外乎有以下四种选择：
一是对于放不得，留不得的直接坑杀。秦将白起坑杀四十万赵军就是最佳案例，试问留下这四十万人，哪国有这么多的粮食养活他们呢？若是白白放了他们，这战岂不是白打了。再说，上了战场的人就不该想着活着回去，作为俘虏苟延残喘下去更是对战士最严重的羞辱。
二是对于有战斗力的进行收编。这个难度很高，首先这些人得让将帅看得上，有一定的战斗力，收编不会拖累整体战斗力，没有哪位将帅愿意要窝囊废，这是首要的。其次是收编后能不能管理，因为俘虏一旦数量多大，必然会报团，不确定性很大，稍微管理不善，可能会起来闹事，甚至害了自己，带来杀身之祸。
三是对于身强体壮，却不会打仗的，直接押回做奴隶做苦力。这种做法非常普遍，尤其是对外征战，打异族的时候更是如此。往往把抓到的平民俘虏全部押回来，一来成为苦力，二来充实人口。这种做法算是仁义的，至少这些人的命保住了。
四是对于老弱病残的直接放掉。这样可以增加敌人的负担，但一般不包括身体健康的小孩，因为这些敌人的后代回去了，总有一天会长成强壮的敌手，来为死去的父母报仇，这比他们的父母更加可怕。
由于俘虏这个问题非常复杂，处理起来比较棘手，古代著名将领大多不喜欢留下俘虏，更倾向在战场上解决一切，有的将领开战前就明说不要俘虏，不让对方投降，杀绝为止。但匈奴俘虏无论是普通平民，还是嗜血凶残的将士，由于他们对中原朝廷极为陌生的大草原环境无比熟悉，对深入大草原与匈奴作战有着非常大的价值，往往会更倾向把他们押回为我所用。
在以往的战斗中输多胜少，即便是所说的大胜，俘虏的匈奴人也不多。对于少量匈奴俘虏，士卒一般会被分散开来收编，而平民百姓则到大型工程做苦力，或者赐给官府家做奴隶。
此役俘虏人数众多，与以往相比问题棘手得多。在大肆庆祝，犒赏之余，嬴政对如何处置这么多的匈奴俘虏，尤其是十余个匈奴小王和大量士兵感到头疼。这些人处置好的话，可以成为反击匈奴的利刃，反之则后患无穷。
“各位，卫大将军是役大胜匈奴，扬我国威，俘虏匈奴兵近万人，该如何处置他们，各位有何高见？”处置俘虏的事作为早朝重要议事事项，嬴政在朝堂上提了出来，听取众大臣的意见。
“李丞相，你先说说看吧！”见朝堂下并不踊跃，嬴政点名代相李蔡先说。
“陛下，臣认为这么多的俘虏不宜悉数收编，更不能让他们处在一起，风险实在是太大了。”如何处置俘虏问题从未需要在朝堂上议论，李蔡跟多数大臣一样对此没有准备，思虑了一会，才答道，“臣建议把十余小王及少量骨干士兵利用起来即可，其余发配到南蛮做苦力。这样就算他们闹起事来，也逃不回草原，自然就死心塌地。”
“嗯，”嬴政点了点头道，“御史大夫有何看法呢？”
“陛下，匈奴乃野蛮之族，缺少教化，不仅不会知恩图报，更不懂忠君报国，臣一直以为留下他们后患无穷，臣建议索性将他们全部处死，以儆效尤，真正震慑那群贪得无厌的匈奴人。”御史大夫张欧提出了自己一贯的看法，结束时不忘从最擅长的法理上给自己的观点提供支持，强调道，“这些人任何一个都背负着数条乃至十数条大秦子民的命，依大秦律法，本就该处以极刑。”
“卫大将军有何看法呢？”嬴政不置可否，继续问道。
“陛下，匈奴人杀我百姓，毁我家园，辱我国威，就算将他们千刀万剐也不为过。但臣以为杀一个俘虏也好，杀一万个也好，都不足以泄不共戴天之愤。当前正是我朝与匈奴生死较量的时刻，最需要这些熟悉大草原环境和匈奴作战方法的人。胡服骑射，以夷制夷，如果能够用好他们，将是我们战胜匈奴的法宝。”卫青答道，并用忠心耿耿的金日磾作为实例证明自己的观点，“让他们真心效忠，为我所用并不是完全不可能，臣属下金日磾就是很好的例子。因此，臣建议全部收编他们，还可启用少数人担任军中要职，让他们自己人管理自己人。”
嬴政点了点头，同样不置可否，又接着询问下一位，基本把三公九卿都问了个遍，结果大致就是以上三种不同的看法。三种看法都言之有理，各有利弊，嬴政一时拿不定主意，没有在朝堂上直接作出决定。这是极其少有的情况。
第一种建议中庸，第二种过于偏激，第三种有冒险的成分，但益处和风险是成正比的。嬴政一贯不推崇中庸之道，处事雷厉风行，从不拖泥带水，第一种最早被排除出选项。第二种看似最安全，实则会带来巨大风险，一则让战场上的匈奴兵忌惮投降，以最惨烈方式厮杀到底，直至同归于尽；二则让已融入中原的匈奴人人心惶惶，随时有暴动的可能，这都是极其恶劣的后果。经反复思量，第三种是目前最佳选择。既然要悉数收编，那就要不惜重金和官职，完全收买下他们的心，将这些匈奴俘虏打造成生力军。
嬴政直接任命十个匈奴小王为校尉，在长安城内设置了校尉府，校尉府在军中仅次于将军府，再以一千人为单位，将近万人的匈奴俘虏分为十部，由各小王统领，由远及近设营在长安城外。各部另置一名军司马，由大秦将领担当，名义上与校尉共同管理所部人马，暗底下监督他们。十部均隶属卫青大将军统管。
与此同时，为各校尉在长安城内建造府邸，置办田地，又挑选贵族女子嫁给他们，组成家庭。通过如此种种手段，基本稳住了这些匈奴俘虏，安心为大秦效力。后来专置的中垒、屯骑、步兵、越骑、长水、胡骑、射声、虎贲等长安八校尉中的长水、胡骑正是来源于这些匈奴俘虏，为大秦精良强劲的军中之军。
