至正二十七年十月二十一日，应天府城外，二十五万大军阵列如云。旌旗蔽日，戈甲耀天，马蹄踏在深秋的土地上，发出沉闷的轰鸣。朱元璋亲临誓师现场，他登上高台，面对着一望无际的将士，声音不大，却字字清晰："中原之民，久为胡虏所苦。我起兵以来，夙夜忧叹，唯恐不能拯民于水火。今日出师，所过之处，秋毫无犯；克城之日，毋掳掠，毋焚毁，毋杀人。违者，军法从事。"
徐达、常遇春二人跪受将印。徐达身披铁甲，面沉如水；常遇春则跃跃欲试，双目炯炯。两人的性格截然不同：徐达沉稳持重，善谋全局；常遇春勇猛果决，常以轻骑突袭制胜。朱元璋特意安排他们搭档，便是要刚柔相济。旁边还有李文忠、冯胜、邓愈、汤和等一班开国名将，个个都是身经百战的老手。
誓师毕，二十五万大军拔营北进。按照朱元璋制定的战略，明军先取山东，切断元朝南北联系；再挥师河南，占据中原腹地；最后攻取大都，一举推翻元廷。这个三步走的战略，稳健而致命，正是朱元璋一贯的风格——不贪功，不冒进，一步一步把对手逼入绝境。
北伐军出师的消息传到元廷，大都城内一片慌乱。元顺帝妥懽帖睦尔此时正沉迷于密宗修炼和宫廷享乐，朝政由太子爱猷识理达腊和权臣搠思监把持。两人争权夺利，互不相让，边防军备形同虚设。山东的元军将领王宣、王信父子虽然号称拥兵十万，实则各怀鬼胎，毫无战意。
十一月初，北伐军前锋抵达沂州。王宣父子见明军来势汹汹，不战而降。徐达兵不血刃拿下沂州，随即分兵两路：一路由常遇春率领，攻克益都、济南；一路由他亲自率领，直取东平、济宁。山东境内的元军望风披靡，或降或逃。至次年正月，山东全境平定。元朝的左臂被斩断，大都南面的门户洞开。
消息传回应天，百官上表祝贺。朱元璋却并不满足，他传令徐达："山东既平，当趁势攻河南。河中一带尚有元军重兵把守，扩廓帖木儿在山西虎视眈眈，不可不防。务必稳扎稳打，切莫轻敌。"
洪武元年（至正二十八年）二月，徐达率大军西进河南，攻下汴梁（今开封）。元将脱因帖木儿率五万骑兵来援，双方在洛水北岸遭遇。常遇春率铁骑突袭元军侧翼，连破数阵，脱因帖木儿大败而逃。明军顺势攻克河南府（今洛阳），河南全境尽入掌握。至此，黄河以南已无元军主力，大都成了一座孤城。
就在这时，一个意想不到的变故发生了。元朝大将扩廓帖木儿（王保保）在山西集结了十余万大军，准备东出太行，与明军决战。扩廓帖木儿是元末最杰出的将领，曾数次击败红巾军，威震北方。他的出现，让北伐的形势陡然变得复杂起来。
朱元璋接到军报后，连夜召集刘伯温、李善长等人商议。刘伯温分析道："扩廓帖木儿勇而有谋，不可小觑。但我军已占山东、河南，据有黄河天险。他若东出，便成孤军深入之势，粮道难以为继。臣以为，只需以偏师牵制，主力仍按原计划直取大都。大都一破，元朝根基动摇，扩廓便成无源之水，不攻自破。"
朱元璋采纳了这个建议，命令徐达："留下部分兵力守河南，主力继续北上。若扩廓来攻，只守不战，待大都克复，再回头收拾他。"
四月初，北伐军从河南北上，进入河北境内。沿途经过的州县，百姓夹道相迎。许多白发苍苍的老人跪在路旁，痛哭流涕——他们这一辈子，还是头一次见到汉家王师。元朝统治中原近百年，横征暴敛，民族歧视，汉人百姓的苦难积压已久。明军所到之处，开仓放粮，废除苛捐杂税，免除三年赋役，百姓欢呼雀跃，争相为大军引路、送粮。
闰七月，北伐军抵达通州，距离大都只有四十里。元顺帝终于慌了手脚。他连夜召集百官商议，殿上吵成一片。有人主张死守，说大都城高池深，粮草充足，至少能守一年；有人主张南逃，说明军势大，不可力敌；还有人主张向扩廓帖木儿求援。元顺帝犹豫不决，一连几日寝食不安。
闰七月二十八日夜，大都城外忽然传来震天动地的喊杀声，徐达命人在城外燃起数万支火把，火光映红了半边天际，战鼓声、号角声此起彼伏。元守军以为明军已经攻城，惊慌失措，有的弃械而逃，有的藏入民宅。元顺帝从睡梦中惊醒，听到外面的骚动，面如土色。他终于在黎明前做出了决定：弃城北逃。
这一天清晨，元顺帝带着太子和后妃，打开健德门，乘着象辇仓皇出逃。随行的官员不足百人，大批宫女、太监被丢在宫中。出了城后，他回首望着大都巍峨的城楼，泪流满面，悲声叹道："朕不负祖宗，是祖宗负朕！"说罢策马向北，直奔上都（今内蒙古正蓝旗）而去。
当天正午，徐达率大军到达大都城下。城门大开，守将献城投降。明军列队入城，旌旗招展，甲胄鲜明。徐达传令严守军纪，禁止任何骚扰百姓的行为。他亲自带人查封府库，保护宫殿，又派人飞马回应天报捷。
大都克复的消息传到应天时，正是八月初。朱元璋正在奉天殿批阅奏章，听到捷报，手中的笔砰然落地。他缓缓站起身，走到殿门口，望着北方的天空，久久没有说话。身旁的李善长和刘伯温都看见，这位从不肯轻易流露情感的洪武皇帝，眼眶中竟有晶莹的泪光。是啊，从燕云十六州被割让算起，汉人失去北方故土已经四百多年；从元灭南宋算起，中原沦陷也已近百年。而今，这块失地终于回到了汉人手中。
八月十五日，朱元璋发布诏书，宣布"驱逐胡虏，恢复中华"，改大都为北平府，意为"北方平定"。同时派遣使者前往各地，宣谕明军北伐成功的消息。九月初，他正式下诏，将应天定为南京，北平定为北京。一个崭新的王朝，在废墟上初具雏形。
然而，北伐并未就此结束。元顺帝逃到上都后，仍然拥有蒙古高原上的十余万骑兵，扩廓帖木儿在山西、甘肃尚有重兵，四川还有明玉珍建立的大夏政权割据一方。朱元璋深知，真正的统一大业才刚刚开始。
同年十月，他命常遇春率军西征山西，与扩廓帖木儿决战。常遇春的轻骑行动如风，在太原城外大破扩廓，俘虏四万余人。扩廓率残部逃往甘肃，后来辗转到了漠北，始终不肯投降。第二年，常遇春又挥师北上，攻克上都，元顺帝再逃至应昌（今内蒙古克什克腾旗）。不幸的是，常遇春在班师途中暴病而亡，年仅四十岁。消息传来，朱元璋失声痛哭，亲笔写下悼文，追封他为开平王。这位骁勇绝伦的猛将，一生未曾一败，却倒在了凯旋的路上。
洪武二年至四年间，明军先后平定山西、陕西、甘肃等地，四川的大夏政权也于洪武四年归降。至此，除了东北的辽东、云南、贵州等少数边远地区外，大明王朝已经基本上统一了天下。朱元璋在位的头几年，北征蒙古、南定边陲、肃清残敌，战事不断，但国家的重心已渐渐从军事征服转向了治国安民。
有一个细节，足以看出朱元璋当时的复杂心境。洪武三年六月，他在宫中设宴款待北伐归来的将领。酒过三巡，他忽然问徐达："你说，我若没有起兵，现在在做什么？"徐达愣住，不敢回答。朱元璋自嘲地笑了笑："大概还在皇觉寺扫地吧。有时候半夜醒来，我还以为自己是个放牛娃，一睁眼，满屋子的宫女太监，倒把我吓了一跳。"众将大笑，笑声中却各有滋味。这个从最底层爬上来的皇帝，心里始终有一根弦绷着——他太清楚天下百姓的苦楚了，也太清楚权力的诱惑与危险。
当年九月，朱元璋开始大规模封赏功臣。徐达被封为魏国公，李善长为韩国公，刘伯温为诚意伯，其余将领各有封赏。同时，他下令编纂《大明律》和《大诰》，又恢复了科举取士制度，广开贤路。一个王朝的根基，正在一点一点地夯实。
此刻，南京城中，鼓楼上的钟声悠扬传遍四方。宫城里的朱元璋批完最后一份奏章，抬头望向窗外——夜色初临，长江在远处静默地流淌，像一条卧在大地上的巨龙。他知道，打天下难，守天下更难。前方等待着他的，是三十年漫长的治国岁月，是无数次与功臣宿将的纠葛博弈，是一桩桩血流成河的朝廷大案，也是一个帝国从百废待兴走向繁荣富强的曲折之路。但至少这一刻，他，一个濠州的放牛娃，做到了三百年来无人能做到的事。
