病原体是指能引起疾病的微生物和寄生虫的统称。微生物占绝大多数，包括病毒、衣原体、立克次体、支原体、细菌、螺旋体和真菌；寄生虫主要有原虫和嚅虫。病原体属于寄生性生物，所寄生的自然宿主为动植物和人。能感染人的微生物超过400种，它们广泛存在于人的口、鼻、咽、消化道、泌尿生殖道以及皮肤中。（后面介绍的病原体主要是细菌，真菌以及病毒三大类，其中在三类后还会介绍寄生虫这一类）
每个人一生中可能受到150种以上的病原体感染，在人体免疫功能正常的条件下并不引起疾病，有些甚至对人体有益，如大肠杆菌，可以合成多种维生素。这些菌群的存在还可抑制某些致病性较强的细菌的繁殖，因而这些微生物被称为正常微生物群（正常菌群）但当机体免疫力降低，人与微生物之间的平衡关系被破坏时，正常菌群也可引起疾病，故又称它们为条件致病微生物（条件致病病原体）。机体遭病原体侵袭后是否发病，一方面固然与其自身免疫力有关，另一方面也取决于病原体致病性的强弱和侵入数量的多寡。一般地，数量愈大，发病的可能性愈大。尤其是致病性较弱的病原体，需较大的数量才有可能致病。少数微生物致病性相当强，轻量感染即可致病，如鼠疫、天花、狂犬病等。
根据病原微生物的组成及结构，可将其分为三大类：
非细胞型微生物：主要包括病毒和朊粒等。病毒无细胞结构，仅由蛋白质外衣包裹核酸构成，如甲型肝炎病毒、SARS冠状病毒等。朊粒是一种感染性蛋白质分子，能够引起动物和人类脑组织慢性海绵体变性，如疯牛病及人类的库鲁病。
原核细胞型微生物：由裸露的DNA盘绕形成原始核质，没有核膜和细胞器，包括细菌、立克次体、衣原体、支原体、螺旋体，属于广义的细菌范畴。
真核细胞型微生物：包括真菌、原虫等。此类微生物具有核膜和复杂的细胞器，如引起疟疾的疟原虫及引起皮肤病的霉菌等
