四川抗蒙的继续坚持和日益艰难：
余玠去世后，由余晦接任四川制置使。余晦是理宗登基的功臣余天锡之从子。理宗宝祐元年累官权刑部侍郎、四川安抚制置使，代余玠知重庆府，兼四川总领财赋。尝置义庄，以赡宗族。素与利西路安抚王惟忠有隙，适惟忠兵败失阆州，即诬奏其潜通元兵，有丧师、庇叛等罪，至下狱并处斩于市，为士论所非。余晦在任一年被免职后，由蒲择之接任四川制置使。
蒲择之在四川制置使的时间较长一些，从宝佑二年（1254）到景定二年（1261）。四川军民和蒙古军主要进行了多场大的战斗，同时抗蒙战争也出现了新的变化，变的更加艰难。以下择要而言之。
蒙古进屯益昌即原利州和沔州地区，对四川的威胁极具加大
蒙古在当年残破蜀口四川内地和就撤往了兴元府、沔州等地区，但还没有立即屯田实兵和修缮城防。后在汪德臣等人建议上，蒙古军在以上地区修缮城池，招募流亡，发展生产，各项都在有序的恢复当中。
其实关于利州筑城的危害，南宋也不是没有反应。早在淳祐十二年（1252），宋臣牟子才就建议在利州和阆州之间屯扎大军并筑城防守，但是不被采纳。虽然四川制置使司方面深知其威胁，也屡屡派兵阻挠，使其时间一再拖延，但在宝佑三年（1255）左右，蒙古在利州、沔州一带的各项工事和城防及仓储已经基本完成。沔利等城池建设的完成，威胁极大，两地深入蜀中七百里，蒙古以此为基地不断进行抄掠，蜀之命脉基本已绝。
宋军反攻收复苦竹隘
自蜀口利州路沦陷后，南宋四川防务北门就以剑门关为重，故而剑门一带的防御至关重要。余玠创设山城防御体系时，剑阁一带最重要的山城就是苦竹隘。
蒙哥在南宋宝佑元年（1253）就派出忽必烈攻打大理，经略云南，无疑是在为从后方迂回攻宋做准备，这也意味着蒙哥对南宋的全面进攻很快会开始。宝佑五年初，蒙古汪德臣部自利州南下，大举进攻苦竹隘，守将杨礼不能支持放弃苦竹隘坚守吉平寨，使得剑门一带门户大开。宋理宗下令四川宋军全力反攻收复苦竹隘，令蒲择之急作处置。闰四月，蒲择之以朱禩孙为监军，调集蜀中各路人马前往剑门一带增援，同时为防不测，理宗调京湖李曾伯派兵五千西进。经过两个多月苦战，五月收复苦竹隘，重新夺回了剑门一带控制权。并一路北上到利州宝峰一带，拔除了汪德臣部的据点。然而“以粮运不济，又值霖雨，器械损弊，因此中辍”。宋理宗也叹息“可惜失此机会”。
宋军反攻成都功败垂成
宝佑五年（1257）秋，蒙古纽璘部在利州沿白龙江过阆州大获山出梁山军直达夔门。另外一路在汉军万户都元帅刘黑马力主下，由其和夹谷龙古带率领精兵迅速南下攻占了宋军废弃的成都城。夹谷龙古带有在汉中筑城的经验，仅七天时间就迅速建成了一座粗具规模的城池。刘黑马管理当地新旧军民大小事务，同时派一支蒙古军在阿答胡驻守成都，初步确立对成都的统治。
理宗对蒙古攻占废弃的成都十分不安，于次年春考虑到“成都系全蜀根本，不得不亟图之”。下令蒲择之率军攻取成都。蒲择之立即亲自领兵攻打，并以杨大渊驻守剑门一带扼守川北，以段元鑑、刘整扼守东西川要道遂宁和江箭滩一带。当时阿答胡去世，成都蒙汉军推纽璘为帅主掌成都防务。面对蒲择之率军攻城，纽璘从川东钓鱼山引兵西向，以解成都之围。在江箭滩受阻，从早到晚大战一天，斩首两千七百余级。由石抹按只率领的蒙古汉军也在灵泉山击败宋军宋军杀都统韩勇。蒲择之兵溃，纽璘军杀入成都得以坚城固守。正值成都久不下雨，宋军暴露日久士气逐渐松懈。进入五月后又连日霖雨，处处沾足，对宋军十分不利。纽璘趁机突围，与利州而来的汪德臣所部内外夹击，击败宋军解除了对成都的围困。解围成都后，作为成都之战的后续，纽璘顺势展开对成都东北的云顶城的攻击。云顶城孤立无援，但宋军仍顽强抵抗，最终“城中食尽”，云顶城守将姚德降于蒙古。在其引导下，成都附近的彭、汉、怀、绵等州悉平。威、茂等州诸番也相继降蒙。云顶城自建成至失守，宋军共坚守15年之久，这对处于川西平原、蒙宋对峙最前沿的山城来讲实属不易。失陷后的云顶城并没有退出宋蒙战争，宋军多次想收复云顶城，但由于蒙军防守严密、支援及时，最终南宋的企图未能实现。云顶城的陷落标志着南宋在长江上游防守的失利，宋军防线和成都府南撤到了嘉定府，蒙军在川西平原站稳了脚跟，西川的抗蒙形势愈加严峻。
川东、川北之山城守将不断投降蒙古或被攻破
宝佑六年（1257）二月，蒙哥汗决定亲自领兵攻宋。其中忽必烈率军主攻鄂州，兀良合台率军自大理经广西北上策应。自己率精锐主攻四川，计划共同会师鄂州。八月命利州守将巩昌便宜总帅汪德臣为征蜀前锋将，率军南进。二十四日，汪德臣终于克苦竹隘（今四川剑门北小剑山顶），守将杨立战死。蒙古军屠城苦竹隘。十一月初八，克长宁山鹅顶堡（苦竹隘西），守将王佐战死。十一日，攻大获城（今四川阆中东北大获山上），宋将杨大渊请降，十二月初十，蒙哥汗至运山城（今四川蓬安东南），守将张大悦降。蒙古军至青居城（今四川南充），裨将刘渊杀守将以城降，旋大良城（今四川广安东）等地也降蒙古。蒙哥征服川西北大部州县后，率军进至武胜山（今四川武胜县城附近），准备攻钓鱼城。同时为了策应，蒙哥还令纽璘自成都沿江而下，抢占马湖江口重镇叙州。马湖江之战，突破神臂城，俘虏宋将张实。此时，宋蒙双方直接在合州形成对峙，蒙军据此对川东川北宋军构成严重威胁。
合州钓鱼城之战
宝祐六年（1258）七月，蒙哥汗统兵4万，号10万，自六盘山（今宁夏境）分兵三路进攻四川。十二月，攻占川西、川北大部州县后，进抵武胜山（今武胜县城附近），准备进攻潼川府路合州，企图一举攻克合州直逼重庆进而拿下全川进入京湖。钓鱼城坐落在今重庆市合川区城东5公里的钓鱼山顶，其山突兀耸立，相对高度约300米。处嘉陵江、渠江、涪江汇合处，南、北、西三面环水，壁垒悬江，城周十二三里，均筑高数丈的石墙，南北各建一条延至江中的一字城墙；城内有大小池塘13个，井92眼，可谓兵精粮足，水源充足；江边筑设水师码头，布有战船，上可控三江，下可屏蔽重庆，是支撑四川战局的防御要塞，地势十分险要。蒙哥派降将晋国宝入钓鱼城招降，被王坚所杀。九年正月，蒙哥汗恃其兵强马壮，不纳术速忽里避开坚城，迂回夔州、万东下的建策，无视天候、地理的不利条件，决心攻下钓鱼城。遂遣诸王末哥攻礼义山城（今渠江东北，俗称三教寺寨），曳剌秃鲁雄攻平梁山城（今四川巴中西），命宋降将杨大渊率军突袭合州旧城，切断外围诸城与钓鱼城的联系。同时，令四川都元帅纽璘自成都趋涪州蔺市（今重庆市涪陵区西）造浮桥，断绝宋援。又在铜罗峡据险为垒，阻遏重庆宋军北进。
宝佑七年年二月二日，蒙哥汗率军渡过鸡爪滩（今钓鱼城东北鸡心石），驻于城东石子山，三日，蒙哥亲督诸军攻钓鱼城。七日，蒙军攻一字城墙。九日，蒙军猛攻镇西门，不克。同时蒙古东道军史天泽率部也到达钓鱼城参战。三月，连续进攻城东之东新门、奇胜门、镇西门、小堡等处，但在宋守城军民顽强抗击下，均遭失败。四月三日，连降大雨20天。二十二日初晴，蒙古军偷袭城南护国门未逞。次日深夜，攻破城北出奇门至嘉陵江一侧的一字城，但被王坚率勇士力战夺回。宋理宗闻讯，下诏嘉奖，鼓励合州军民。钓鱼城久攻不下，蒙哥汗命诸将“议进取之计”。术速忽里认为，顿兵坚城之下是不利的，不如留少量军队困扰之，而以主力沿长江水陆东下，与忽必烈等军会师，一举灭掉南宋。然而骄横自负的众将领却主张强攻坚城，反以术速忽里之言为迂。蒙哥汗未采纳术速忽里的建议，决意继续攻城。蒙军大举攻蜀南宋对四川采取救援行动，但增援钓鱼城的宋军为蒙军所阻，始终未能进抵钓鱼城下。尽管如此，被围攻达数月之久的钓鱼城依然物资充裕，守军斗志高昂。一日，南宋守军将重15公斤的鲜鱼两尾及面饼百余张抛给城外蒙军，并投书蒙军，称即使再守10年，蒙军也无法攻下钓鱼城。相形之下，城外蒙军的境况就很糟了。蒙军久屯于坚城之下，又值酷暑季节，蒙古人本来畏暑恶湿，加以水土不服，导致军中暑热、疟疠、霍乱等疾病流行，情况相当严重。六月初，四川制置副使吕文德率战船万艘，溯江而上，冲破蒙古军的封锁进入重庆。后又率舰千余艘沿嘉陵江北上，救援合州，至三槽山西，遇蒙古军阻截。经略使史天泽分军为两翼，跨江侧射，亲率舟师顺流纵击，夺宋战船百余艘，击退其援军，乘势追至重庆而返。时天气大热，瘟病流行，蒙古军战斗力大减。王坚乘机多次夜袭蒙古军营地，使其人人惊恐，夜不得安。初五日晨，蒙古军前锋元帅汪德臣率军乘夜突破外城马军寨，王坚率兵拒战。天将亮时，下起雨来，蒙军攻城云梯又被折断，被迫撤退。蒙军攻城5个月而不能下，汪德臣遂单骑至钓鱼城下劝降，被城上飞石击中，不久死于缙云山寺庙中。汪德臣战死，蒙哥汗如丧左右手，也使得蒙古军信心极度下降。蒙哥汗大怒，命军在东新门外筑台建楼，窥探城内虚实以便决战。七月二十一日，蒙哥汗亲临现场指挥，中飞石受伤。二十七日，卒于军中（一说染病而死）。蒙古军遂撤围北还。
蒙哥汗在钓鱼城下的败亡，其影响是十分巨大的。
首先，它导致蒙古这场灭宋战争的全面瓦解，使宋祚又得以延续20年之久。进攻四川的蒙军被迫撤军，护送蒙哥汗灵柩北还。已经率东路军突破长江天险，包围了鄂州的忽必烈，为与其弟阿里不哥争夺汗位，也不得不撤军北返。从云南经广西北上的兀良合台一军，一路克捷，已经进至潭州（长沙）城下。由于蒙哥之死，该军在忽必烈派来的一支部队的接应下，也渡过长江北返。蒙古的南北两支军队基本上是按预定计划进军的，只因西边主攻战场的失败而功亏一篑。
其次，它使蒙军的第三次西征行动停滞下来，缓解了蒙古势力对欧、亚、非等国的威胁。早在1252年，蒙哥汗遣其弟旭烈兀发动了第三次西征，先后攻占今伊朗、伊拉克及叙利亚等阿拉伯半岛大片土地。正当旭烈兀准备向埃及进军时，获悉蒙哥死讯，旭烈兀遂留下少量军队继续征战，而自率大军东还。结果蒙军因寡不敌众而被埃及军队打败，蒙军始终未能打进非洲。蒙古的大规模扩张行动从此走向低潮。因此，钓鱼城之战的影响 已远远超越了中国范围，它在世界史上也占有重要的一页。
再次，它为忽必烈执掌蒙古政权提供了契机，对中国历史发展产生了重大影响。蒙哥汗是一位蒙古保守主义者，他所施行的仍然是传统的政策。这种带有浓厚的蒙古部族和西域色彩的政策，已极不适应统治广大中原汉地的需要。而忽必烈则是蒙古统治集团中少有的倾慕汉文化之士。蒙哥即汗位后，忽必烈受任掌理漠南汉地，他大力延揽汉族儒士，有选择的推行汉化政策，取得很大成效。但却引起蒙哥汗及其保守臣僚的疑忌，忽必烈因而被罢了官，其推行的汉化政策也被迫取消。忽必烈登上大汗宝座后，继续推行其汉化政策，逐步改变蒙军滥杀的政策，使中国南部的经济和文化免遭更大的破坏。
从余玠去世到蒙哥败亡及忽必烈撤军鄂州这七年间，宋蒙战争已经进入了白热化和殊死争夺的阶段。这段时间就四川战区而言，蒙古军虽然还没有找到太好的攻打山城防御体系的办法，但凭借着军力的优势已经开始不断的压缩四川的防御空间。南宋川北剑阁一带天险丢失，川西反攻成都的失利，使得南宋在川西已经很难立足。南宋在四川基本上已经逐渐龟缩到川东一带了。客观而言，南宋在蒲择之为蜀帅任内，确实还是颇思振作的。而且蒲择之这个川人蜀帅比余玠这个外来蜀帅更得川人之心，故而蒲择之任内，诸将不服的情况已经颇有改变。无奈的是，四川之军无论在兵力还是作战方面虽然已经恢复，但整体的战斗力仍然不如蒙古，故而多次反攻接连失利。而一连串反攻的失利，也让蒲择之的帅位难保。
