1919年外蒙古撤治到1924年事实上独立：
如上所言，1915年的中俄蒙协约使得中国在外蒙古的主权仅剩下几乎是一纸空文，不过因为第一次世界大战的爆发，俄国并不希望远东发生大事以影响其在西线的作战，故而对中国还是有机会的。
按照条约的相关规定，北京政府在外蒙古地区设置了驻扎库伦办事大员衙署及相关地方佐理办事大员衙署。肇自首任办事大员陈箓驻节库伦，北京政府对于外蒙古仍抱怀柔主义之宗旨，陈箓及随后的陈毅基本上亦持无为主义，与外蒙古地方上层精英相处甚洽，北京政府与外蒙古地方之关系摆脱了此前愈益疏离的趋向，并向日渐转好的趋势方面发展。此外，陈与俄国驻库伦领事馆官员亦能和平相处，这就使得外蒙古的地缘政治保持了一个脆弱的平衡。
然而，这种小心翼翼获得的平稳局面被一个突如其来的事件打破了。1917俄国爆发了二月革命和十月革命，沙俄垮台，新生的苏维埃政府开始主持俄国全局。受此事件影响，外蒙古地区面临的地缘政治图景至少发生了两个方面的重大变化：第一，随着俄国国内局势的剧烈动荡，与之毗邻的外蒙古地区直接受到冲击，白俄军队与苏俄红军的武装冲突使得外蒙古地方难以独善其身；其二，辛亥革命以来，外蒙古的独立、自治行为受到俄国人的襄助，伴随着沙俄帝国的覆灭，外蒙古地方精英最可倚靠的伙伴骤然消失，原有的中、俄、蒙政治平衡框架业被打破，这让它不得不重新思考一个问题，即如何确立新的地缘政治框架，以便能够在此变局中最大限度地维护自身的利益。
不言而喻，外蒙古地方发生的地缘政治变局，对于既定的利益相关者既是一个机会，也是一种挑战。就中国而言，北京政府的历任领导者一意强调中国对于外蒙古的领土主权地位，并且孜孜以求地推行怀柔主义，其目标即在于获得一个契机，摆脱《中俄声明文件》与《中俄蒙协约》之规限，再次将外蒙古收入自己的直接管辖之下。
外蒙自治官府成立后的翌年，外蒙王公即已有主张取消自治者，并会同中国驻库伦大员接洽，请求中国加封哲布尊丹巴，并以大宗款项援助外蒙。这表明，外蒙古自治官府成立之初，一些外蒙古上层精英就表露了“主动撤治”的心思。然而1915年恰克图三方协约已经明确规定了外蒙古的自治地位，中国政府不敢开罪相对强大的俄国，故取消自治之说终究未能付诸实施。不过俄国十月革命后的混乱局势，却为中国提供了机会。因为俄国内战，外蒙古地区的边境安全面临威胁；稍后，日本人扶持的“泛蒙古主义运动”声势及于外蒙古东部，谢苗诺夫派人来库，要求外蒙古与内蒙古、海拉尔、布里亚特人一道趁中俄两国无力兼顾之际，联合成国，脱离羁绊。站在外蒙古上层统治者的立场观察，日本人允以蒙古民族之民族自决地位固然美妙，但民族自决“须自身有自由之能力，若借日本人求自由，有何好处。外蒙立国，不独于中国有损，并于外蒙为害无穷，外蒙何苦为之?”此外，外蒙古统治者还担心，与布里亚特人联合成国，后者必定借日本人之力喧宾夺主，王公喇嘛们的既得利益或将受损。故为维护自身利益计，外蒙古自治官府向时任驻库伦办事大员陈箓表示拟“取消自治”，进而依赖北京政府，以谋求中国发兵援救。
外蒙古上层统治者提出“撤治”事，还与1919年前后外蒙古内部的政治生态演变息息相关。依照前清旧制，外蒙古地方以哲布尊丹巴呼图克图为首领，王公、喇嘛各司其职，分理管行政、宗教事务;但自治官府成立以来，喇嘛得以参预政治，且恃宠擅权，王公因此多有不满。基于此诸因素，当面对外力干涉之时，外蒙古上层统治集团发生了分裂，一部分王公谋求与中国取得联系，进而有“撤治”之议。不过，站在北京政府的立场，由于担心引起与他国外交纠纷，故对于撤治事有所犹豫。缘于此，1919年1月5日，外交部指示驻库伦大员陈毅，寻找时机与外蒙古自治官府另订条款，用以代替1915年《中俄蒙协约》，以便将来承认俄国新政府之时，即以此作为交换条件的一种。稍后外交部在审阅徐树铮拟定的《筹边办法大纲》之时，亦表达了同样的态度：外蒙古自治一节，“不惟载在协约，对内对外，均经政府确切表示，国家大信所关，既不可轻议变更;而民族自治，为世界潮流所趋，尤不可显与背驰，致招他国非议。况自俄乱以来，外蒙官府，已深知俄力不足倚恃，已一变其宿昔之态度，对中央深表亲赖之意。如近日谢米诺夫勾煽蒙人独立，外蒙官府竟不为所动，足为明证。在我正应一意怀柔，按中蒙关系日益亲密，若轻毁已成局，不惟阻遏蒙人内向之诚，更恐别生误会，致来外力干涉，因之数年之功，败于一旦，蒙疆存亡所系，不可不特加注意”。据此可知，这一时期，针对徐树铮提出以强力取消外蒙古自治地位之建议，外交部未予认可。
1919年7月25日，俄国苏维埃政府向中国南北政府发表了《苏俄第一次对华宣言》，内中声称自愿将“俄皇政府自行侵夺，或偕日本及他联盟国公共侵夺之中国人民之所有者，一概归还中国人民”，亦即苏俄政府放弃帝俄侵略外蒙古的全部成果。这一表态对于北京政府而言，意味着即便趁此时机对外蒙自治制度做出调整，亦不会承受来自苏俄政府方面的外交压力;对于外蒙古地方而言，则意味着失去奥援，这难免不让外蒙古王公喇嘛内部充满恐惧，害怕既有的特权地位难以得到保障。为此，外蒙古自治官府召集会议，商讨对策，期间一些王公再度提出“撤治”的主张，希冀在权力的重组中获得北京政府的援助。观察到这一点，陈箓向北京政府建议：“外蒙诚心内向，机不可失，即宜顺势收回。”然而，因为害怕破坏恰克图条约而承担相应的国际法责任与卷入不必要的外交纠纷，外交部的表态颇为谨慎，惟希冀外蒙古方面以“全体名义”，主动向北京政府提出撤消自治，以消解北京政府外交方面的顾虑。
尽管北京政府在外蒙古撤治事上持保守主义，但这不代表其对外蒙古问题没有做出相应的筹划。1917年俄国革命爆发的时候，驻恰克图佐理员张庆桐、李恒，驻乌里雅苏台佐理员恩华等人纷纷致电库伦办事大员和北京政府，报告边境纷乱情形，请求政府早作准备，派兵驻蒙。1918年2月，陈箓亦致电国务院，内称：“无论蒙人允否进兵，能否负责，乌滂驻兵，万不可缓，请转催参谋部，迅饬察队出驻为要。”北京政府听取其建议，派遣察绥的高在田部驻守外蒙古与内蒙古的边境地带相机进入外蒙。1919年6月，徐树铮出任西北筹边使及西北边防军总司令，随即派遣参谋长李如璋及西北军第三旅旅长褚其祥，“驰往库伦，一面和蒙人联络，一面同驻军高在田团长接洽”。同年8月，中央派遣军和外蒙自治政府军队协同作战，收复了俄国占领达五年之久的唐努乌梁海。此期北京政府通过派遣徐树铮西北边防军入蒙，就外蒙古政局表明了自身立场。恰如此间北京政府外交部政务司所言：“近年全俄鼎沸政变迭起，俄人既无东顾之余暇，实为我国恢复外蒙权利之机会。说者或主张废止协约或声言取消自治，虽尚未能实行，而外蒙增派兵队，已成事实，即唐努乌梁海边远之区，亦已实行设官，是我国在外蒙已有逐渐恢复势力之势。”
其时，在外蒙古内部，自一部分王公提出“撤消自治”主张以来，陈毅曾与一部分外蒙古王公议定“待遇蒙古上层六十三条”，但并没有获得上层喇嘛的同意。哲布尊丹巴呼图克图在发给徐世昌的电文中明白指出：“取消自治之举，亦非出自我蒙赛特等之本意。”这间接表明，所谓“取消自治”，不过是部分王公的一厢情愿;对于哲布尊丹巴等上层喇嘛阶层来说，亦不过是权宜之计，一旦其进入实际运作阶段，并对喇嘛阶层的利益造成可预见的损害，必加以反对。正因为喇嘛阶层的阻挠，外蒙古主动撤治进程迟迟未能推动。迨至1919年10月29日徐树铮进驻库伦，陈毅执掌的库伦都护使署与徐树铮负责的西北筹边使署在外蒙撤治交涉由谁来主导的问题上发生了争执。其结果，由于徐树铮兵权在握，外蒙古所有原设办事大员暨佐理员各职一律裁撤，西北筹边使署获得督办外蒙古善后一切事宜的权力。
徐树铮认为外蒙古系国家领土，其本人身为外蒙古长官，自然有弹压地面之责，故力主对外蒙古撤治事采取强硬手段。1919年11月11日，徐树铮在与陈箓会晤中明确提出，撤治以后政权应收归北京政府，“不能以政府收其名，王公收其实”;并且，“政教分设，王公喇嘛不可畸轻畸重”。11月15日，徐树铮亲拟外蒙自治新条例八条，要求外蒙古官府内务总长巴德玛多尔济签字应承。外蒙古当局随即召开会议讨论，最后同意先行取消自治，至于撤治条件，可于将来再行商定。11月17日，外蒙古自治官府向北京政府递交撤治呈文，内称“近来中蒙感情敦笃，日益亲密，嫌怨悉泯，同心同德，计图人民之途，均各情愿取消自治，仍复前清旧制。凡于扎萨克之权，仍行直接中央，权限划一。所有平治内政，防御外患，均赖中央竭力扶救”。11月22日，北京政府以大总统命令的形式，正式宣布撤消外蒙自治。
综观这一时期外蒙古地区演绎的历史，大致可以对1919年外蒙古撤治之原因作如下归纳：一方面，因1917年俄国革命的爆发，外蒙古自治官府内部发生了分裂，一部分王公不满喇嘛的擅权，投向了北京政府，拥护“外蒙古撤治”;另一方面，还应观察到，外蒙古的自治地位得以保障，乃是缘于较中国实力更为强大的俄国的担保之故，随着1917年以来俄国内战的爆发及其国家力量的削弱，中国政府借此机会收复此前丧失的主权符合正常的民族国家利益诉求，故于1919年夏派军进驻了库伦。
外蒙古自治官府的取消典礼于1920年1月13日在库伦举行，乔巴山在《蒙古革命简史》一书中用了相当长的篇幅来描写其亲身经历的这场典礼。根据乔巴山的记述，是日清晨，由绿庙起至大库伦前扎哈河，排列着蒙古兵，由东南至哲布尊丹巴活佛黄宫大门两旁排列着中国武装士兵;大炮三声过后，哲布尊丹巴活佛从侍卫、仪仗及蒙古兵间走出，进入中国兵仪仗队，走向正门，折而东，出中国兵仪仗队，由宫之正门的左门进去;随后，在中国士兵的簇拥下，伴随着各色旗子与奏乐声，徐树铮乘坐汽车抵达黄宫正中大门的影壁前下车步行，同时将大总统像置于轿上，差人抬着由正中大门进入;宫前的门上飘扬着五色国旗，蒙古兵仪仗队止于宫墙之前，中国兵仪仗队则进入宫中;徐树铮进入宫中以后，将大总统像置于案上，恭立其前，领导行礼，哲布尊丹巴活佛对大总统像行三鞠躬礼，然后徐树铮授予哲布尊丹巴印册。哲布尊丹巴活佛与徐树铮又互相行礼毕，外蒙古王公、仕官一致行跪拜礼。册封仪式过后的次日，徐树铮即率部以武力接收外蒙古官府各衙门。此间所有衙门的印信均被收去，每个衙门前由全副武装的西北军站岗护卫。西北军原本在进驻库伦之初，就已经与当地军民发生过冲突，经过徐氏一再使用褚其祥、高在田的兵力威吓蒙人之后，军民间的摩擦自属难免，华商的态度亦日渐傲慢。这些因素直接刺激了外蒙古各个阶层的情绪。
虽然取得了外蒙古撤治及驻军的胜利，但是外蒙古的局势并没有太平下去，反而因为苏赫巴托尔及乔巴山领导的外蒙古红色力量的兴起以及白俄恩琴等部进入外蒙，使得外蒙古的局势是一波未平一波又起。而更为重要的是中国北洋政府的内乱。徐树铮在完成那件极有历史意义的典礼后不久即离开了库伦，回到北京从事庙堂政争。1920年直皖之争愈演愈烈，徐世昌于7月4日明令免除徐树铮西北筹边使的职务。7月9日直皖战争爆发，几天后皖派失利。8月15日，北京政府任命陈毅为西北筹边使，9月10日又改任为库、乌、科、唐镇抚使。毋庸置疑，这场不合时宜的内部政争给中国政府统合外蒙古带来了前所未有的困境。据徐树铮的长子徐道邻事隔多年后的回忆，肇自直皖政争爆发，北京政府执权柄者将主要精力投入到对内部政治权力的争夺上来，徐树铮作为皖系的一个重要人物自然不可能置身事外，“二陈之所以能先后坐镇外蒙，是因为他们在政府中没有敌人，不虑中央财政之无接济，而且开销又不大。在先君则不同：他本人尚在国内之时，已经不容易为蒙事筹款，若是到了库伦坐镇之后，中央一文不发，这四千士兵如何生活？生活都成问题，还说什么坐镇？还说什么开发？”由于钱款、粮饷均无着落，徐树铮一手筹建的西北军在库伦陷入困境。
1920年9月13日至10月19日，恩琴率领的白俄军队迫近库伦，与中国驻军发生激战。此间中国驻军当局唯恐哲布尊丹巴活佛背叛，乃对其加以逮捕。这个消息很快传遍各地，库伦及其附近的僧俗大为震动。彼时哲布尊丹巴在外蒙古人民之中尚有很大的威望，而中国驻军对活佛如此欺侮，遂激起了当地全体人民的仇恨浪潮。时任镇抚使陈毅惊慌失措，无处着手，惟勒令外蒙古四部的王公及沙比地的宰桑们大量征收马匹、骆驼，以及蒙人的蒙古包、牲畜、草料等物资，用以对抗恩琴；随后，中国驻军则又在库伦附近征收给养，抢掠马匹、牛羊，同时还禁止库伦居民出城，搜查街道上的行人，搜刮其银钱财物；此外，还将库伦北面的巴达尔济雅庙的全体喇嘛和附近的居民集合起来，借口他们欢迎白党匪徒，对其加以惩罚，并洗劫庙里的财物，然后把庙宇付之一炬。至此，由于中国驻军的暴行，加之恩琴以建立“自治蒙古”为号召，大批蒙古普通民众加入了恩琴的军队，声势越发壮大。
1921年2月3日，白俄军队在一部分外蒙古军队的协助下攻陷库伦。随后，库伦的中国驻军完全被肃清，陈毅率领中国驻军及其官员乘汽车逃奔恰克图。2月28日，哲布尊丹巴被迎回库伦，宣布重新成立蒙古自治政府。诚如乔巴山所言，这个恢复的自治政府名义上是外蒙古的，而在事实上，外蒙古自治政府的全权操诸恩琴之手。恩琴军队进入库伦以后，并没有如其允诺的那样，为外蒙古人民带来和平与自由。相反，恩琴大举扩军，在外蒙古抢劫、杀戮中俄商人及侮辱残余的华兵、蒙古平民，此诸事件引起了外蒙古统治者及普通民众的很大不满。
稍后，在恩琴的授意下，外蒙古政府向北京政府提交了一个照会。这个照会中提到，外蒙古军队与中国军队的作战，不是为了同中国割断一切关系，而是为了“恢复主权”。与此同时，哲布尊丹巴还向苏维埃俄国政府递交了一个照会，建议双方建立善邻关系、签订贸易协定。事实上，从1920年开始，中国军队及恩琴白匪军队在外蒙古的活动，一度让苏俄政府感到非常紧张。苏俄政府认为，直系军阀指使下的中国政府军队执行着英美帝国主义的计划，恩琴及其匪军则是服务于日本帝国主义的。在苏俄看来，无论是中国军队背后的英美国家，或是恩琴背后的日本政府，如果其中的任何一方完全控制了外蒙古，将对新生的苏俄政权造成很大的东方威胁。正是基于此种考虑，苏俄政府对苏赫巴托尔和乔巴山在恰克图开展的建党工作给予了大力扶持。
1920年8月，外蒙古人民党第一次以成文的形式阐述了关于外蒙古和中国未来关系问题的纲领，内中提出：力求根据1915年的恰克图条约恢复外蒙古自治，与中国各革命小组和革命组织建立密切的联系和接触，扩大自己对所有蒙古地区的影响，并在将来将它们统一为一个完整的、以联邦或自治的形式与中国结合的国家。1921年3月1日，人民党第一次代表大会在恰克图附近召开，苏赫巴托尔作了关于国家处境和党的任务的报告。他详细地分析了外蒙古的国际地位，提出“我们唯一的道路是同苏维埃俄国建立密切的关系，并且靠它的帮助来对最凶恶的敌人恩琴及其拥护者——王公和喇嘛——进行斗争”。并且还宣称，自己的最终目标为要建立蒙古人民独立的国家，最近的目标则是要加入“中华联邦”，恢复不久以前被破坏的外蒙古自治。3月7日，外蒙古人民党举行了第二次大会。这次会议通过了人民党的宣言，提出要复兴蒙古各部人民权利，解除人民苦难，以和平生活，和外国建立平等外交;建立蒙古民族自主、自治的大家庭，呼吁远隔各地的蒙古民族一致团结起来，建立统一的国家。为了最大限度地动员蒙古民众反抗白俄军队与中国军队，蒙古人民党借用了哲布尊丹巴的影响力，并以他的名义发布了告人民书。根据乔巴山的自述可知，“在这里人民党对于佛汗的推赞，乃是因为哲布尊丹巴活佛在人民间仍有声望，故用其名义，以便成事，使群众信服”。
1921年3月13日，外蒙古人民党选出了临时蒙古人民政府。为整合武装力量，临时政府通过了将游击队改编为正规军的决定，编制了四个骑兵团。3月18日，人民党军队攻破了恰克图。临时政府于3月19日发表宣言，宣告蒙古人民关于成立临时人民政府的消息，内称“临时人民政府的目的在于从中国军阀和白匪统治下解放祖国，并召集全民的大呼拉尔”。3月25日，人民党中央委员会发布宣言，说在蒙古展开革命斗争是“为了全世界劳动人民、一切受世界帝国主义者压迫奴役的人民，特别是亚洲不自由的殖民地人民的团结和共同利益，为了同样受本国的和外国的吸血鬼和强盗剥削和压迫的中国人民和蒙古人民的深刻的共同利益的理想，蒙古人民党中央委员会代表全体蒙古劳动者和知识分子坚决要求北京政府立刻停止向蒙古派遣军队，同时向中国人民和上面所提到的最优秀的、最高尚的人士致以友好和诚恳的敬意，并请支持我们的要求。”
大体而言，在外蒙古二次独立前夕，外蒙古人民党人以自治为目标，提出了加入“中华联邦”的口号，究其原因，正如有研究者指出的那样，“蒙古革命党人的立场主要受到了两个因素的制约：一是在中国将来有可能实行各民族联邦这一背景下，蒙古革命党与中国民族解放运动建立密切联系的革命合理性;二是旧‘恰克图系列协定’及其三角关系的妥协方式对他们的影响和外蒙古的自治地位”。
因中国军队兵败恰克图，稍后的一段时期内，外蒙古境内的政治角逐势力仅剩下外蒙古自治官府和外蒙古人民党临时政府。至此，两股政治势力的直接对抗被提到日程上来了。此间外蒙古自治官府内务部以哲布尊丹巴的名义向土谢图汗部的阿拉特发出一个特别告示，竭力颂扬恩琴的功绩，同时谴责苏赫巴托尔、乔巴山等人民党人擅自同苏俄建立联系，“这就意味着他们想反抗汗的政府。这个意图就在文明的大国中也是难以实现的，何况在我们蒙古”。稍后，恩琴还以“真正的蒙古政府”之名义发布各种宣言，号召外蒙古民众支援他——蒙古民族的“救星”恩琴，同时积极准备发动对人民党的进攻。作为回应，人民党最初试图利用王公喇嘛与恩琴之间的矛盾，请求自治官府的王公喇嘛们和其联合起来，共同击退恩琴与中国军队，为此，他们给王公和喇嘛写了很多关于这方面的书信，然而均未得到对方响应。
自1921年5月开始，恩琴指挥的自治官府军队与人民党人领导的临时政府军队展开了激烈角逐。最初，恩琴方面由于人数及武器弹药的优势，占据了主动，人民党人的军队则节节败退。直至1921年6月28日苏俄红军开入外蒙古境内，形势开始朝着有利于人民党的方向发展。在苏俄红军和人民党的双重压力下，恩琴军队不得不退守库伦。7月6日，人民党先遣部队击溃恩琴军队，率先进入库伦。7月8日，临时人民政府、人民党中央委员会与主力部队汇聚库伦。7月10日，外蒙古人民党成立了正式的“人民革命政府”。至于哲布尊丹巴的个人归属问题，考虑到其在外蒙古普通民众心目中的很高地位，当局不敢贸然施以激烈措施，而施以虚与委蛇之手段，为其保留了君主的虚席，但通过颁布条例，对其固有的特权做了严格限制：条例规定解除哲布尊丹巴管理国家大事的权力，仅保留其领导喇嘛教事务的职权。其时，人民政府还设法限制王公喇嘛的权力和特权，先是废除了呼毕勒罕领地的权利，后又取消了呼毕勒罕制度，要求寺院牲畜同阿拉特牲畜交纳一样的税捐。
其时，如何处理与中国的关系及认定自身的政治地位，成为外蒙古当局对外交往过程中首先予以考虑的问题。研究表明，外蒙古当局在1921年10月苏蒙双边谈判开始前夕即已经不满足于自治官府成立以来的“自治”地位，从而将外蒙古视作一个独立于中国之外的“国家”。正基于此种立场，当1921年8月苏俄政府外交人民委员部在致外蒙古人民政府的照会中使用“自治的蒙古”的提法时，引起了外蒙古当局的很大不满。为照顾外蒙古领导人的情绪，嗣后“自治的蒙古”的说法不再出现在苏蒙正式文件当中，而代之以较为中性的“自由的蒙古”。1924年5月20日，哲布尊丹巴去世。就在当天，外蒙古“人民政府”宣布将哲布尊丹巴印鉴收归政府。6月7日，外蒙古人民党中央委员会召开全体会议，决定实行共和政体。人民政府遵循该会议精神，通过了建立“蒙古人民共和国”的决议。6月13日，人民政府公布了关于在国内实行共和政体的决定。至此，留存于外蒙古地区长达数百年之久的政教合一喇嘛君主制退出了历史舞台，同时，亦标志着由外蒙古民族精英一力推动实施的民族国家构建实践基本完成。
外蒙古在发生以上一系列事件的时候，中国则先后发生了直皖战争和两次直奉战争。中国的军政高层，自徐世昌到曹锟、吴佩孚、冯玉祥及张作霖，虽然对外蒙古的独立都十分愤慨，并有出兵外蒙的冲动，但是何为军阀也，自身的军队、地盘和利益最为重要。如果出兵，必然要有损失消耗，谁来承担，如果出兵，万一有哪个军阀抄后路如何处之。在这样尔虞我诈的环境下，可想而知，出兵外蒙古都只是一句空话而已了，是不可能有实际行动的。
