对比而来的新疆和东北：
众所周知晚清时代，边疆地带是岌岌可危尤其是北方。新疆、东北和蒙古。但是新疆和东北却挺了下来，而蒙古却最后独立了。一个很重要的原因就是新疆与东北都进行了深刻的社会体制变革。新疆自同治三年（1864）大乱开始到阿古柏入侵，再到沙俄入侵伊犁，局势是岌岌可危。后左宗棠平定陕甘打开进入新疆的大门，后派军收复新疆，与俄国交涉收回伊犁。最终新疆在光绪十年（1884）建省。从新疆大乱到建省的二十年内，新疆经历了深刻的社会动乱与变革，原有的旧格局和体系被打破，新的格局体系应运而生，而且充满了活力。
还有就是东北，东北自甲午战争之后成为边防的重点地区。从甲午战争到义和团庚子事件再到日俄战争，再到光绪三十三年（1907）东北建省，十三年间也发生了深刻的社会变革。尤其是日俄战争后，面对东北的局势，清政府在东北建省，鼓励移民实边，大批的以山东籍为主的流民开始以各种方式闯关东，人口急剧增加，生产也有所发展。虽然日本后来拼命向东北移民，但自清末开始的中国持续几十年之久的高达千万级的东北移民潮使得日本的野心最终落空。
此外在政策重视上，自新疆建省后，清政府每年都要给甘肃新疆以480万（后减为440万）的协饷，即甘肃新饷，东北局势危机后，东北又有每年200万的东北边防经费。两项经费虽说都是地方协饷，但却完全按照京饷来考察办理，虽然各省关常年拖欠，但每年总能有些经费到账，起码是聊胜于无。
与清末清政府积极经营新疆和东北而言，外蒙古则显得十分平静，不，实际上可以叫死静。外蒙古在清末远没有如东北和新疆那么名气大，也没有发生过什么太大的波动和动乱，起码大体上是比较安静的。但这种平静之下也意味着因循守旧和苟且的延续。最平静的地方往往就是最可怕的地方。换言之，清末的外蒙古在看似平静的外在之下已经是暗潮汹涌了。
辛亥前后的外蒙古及进攻内蒙的失败：
清末新政十年期间，全国各地都在搞新政，而边疆地带也在搞新政。东北搞建省，西南搞改土归流实际上是为建省做准备。而在蒙古地带，朝野的有识之士鉴于俄国对外蒙古渗透侵略日益加深，也不断力主搞新政。提出的措施主要是放垦、开禁、练兵、移民以及修铁路。
客观的来说，清政府在外蒙古的新政，无论其出发点是什么，大体上都是值得肯定的，但举措太过激进，而且时间已晚加上俄国在外蒙古的势力已深，已经无能为力了，反而成为外蒙古独立的直接原因了。
首先，外蒙古的各种积弊由来已久，不是一天两天的，是已经多则上百年少则几十年的问题了。各种矛盾错综复杂，相互交叉连续蔓延，看起来不大的鸡毛蒜皮的小事都有可能会发展为大火星。
其次，急于求成。清政府鉴于边疆局势危机，急于要在边疆搞出些成效可以理解。清政府经费拮据，急于通过放垦鼓励移民耕种然后增加税赋，也未尝不可。但是这些事情都是大事，必须持重缓行，渐进而来。
再次，缺乏可用之人。清末的改革新政都有一些杰出的能臣干吏来作为主导者来实施。如新疆建省的左宗棠、刘锦棠，台湾建省的刘铭传，东北建省前后的赵尔巽、徐世昌，西南改土归流的赵尔丰，都是国之重臣能将，而蒙古要改革，却无有可用之人。
再之，缺乏武力支持。要改革肯定会伤及到既得利益团体，也难免会发生暴力抵制。而要抑制可能的暴力，以理服人是需要的，但也需要雷霆手段。清政府能在新疆建省赖左宗棠、刘锦棠武力收复新疆，台湾建省也是赖中法战争中刘铭传和湘淮军在台湾有兵力，东北建省后也是北洋军迅速开赴东北。而清政府在外蒙古的驻军极为稀少，而且分布地分散，训练素质装备极为欠缺。在没有武力支持的情况下光靠行政命令来改革，失败也是在所难免的。
再之，沙俄的势力已很难动摇。沙俄对外蒙古的野心是由来已久。清末时代利用各种不平等条约在外蒙古设领事馆，取得领事裁判权及关税优厚待遇，还有传教、经商等特权。同时利用外蒙古王公活佛对清政府新政的不满，大肆收买拉拢，已经形成很大很稳固的一批势力。沙俄对外蒙古的渗透以及了解完全超越了清政府。外蒙古王公活佛的喜好、外蒙古的税收和人口及资源等各种情况，沙俄是了如指掌，清政府近乎是昏昏然茫茫然的一无所知的状态。
1911年7月，沙俄驻库伦领事操纵哲布尊丹巴活佛和亲俄分子杭达多尔济亲王等人，利用喀尔喀各盟王公、喇嘛会盟大典之机，密议外蒙“独立”，脱离中国，投靠沙俄，并组成以杭达多尔济为首的“代表团”，冒充代表外蒙全体王公的公意前往彼得堡，以“承认俄国保护”和给俄国种种特权为代价，换取沙俄以武力支持外蒙“独立”。沙俄政府为了支援外蒙“独立”，令伊尔库茨克军区将步枪一万五千支、骑兵军刀一万五千把、子弹七百五十万发，交给外蒙叛国集团。10月初，沙俄借口保护领事馆，又派步骑兵八百余人侵入库伦，使其在库伦的驻军增至一千三百余人。另外，还有由沙俄武装的外蒙军四千余人。接着，沙俄又要求清政府承认外蒙“独立”，不在外蒙驻军和建立行政机构，不得俄国同意不准在外蒙进行任何改革，遭到了清政府的拒绝。
辛亥革命爆发后，沙俄政府便利用中国政权交替、政局混乱之机，加紧炮制外蒙傀儡政权。同年12月1日，沙俄侵略军带领外蒙军队闯入办事大臣署，对办事大臣三多进行威胁利诱。3日，散发所谓“独立宣言”。4日，将三多等驱逐出境，并收缴了驻库伦防营（有步骑兵二百五十人）的枪械。28日，在沙俄一手操纵下，哲布尊丹巴“行登极礼”，自称“大蒙古国皇帝”，以“共戴”为年号，成立傀儡政府。外蒙的“独立”，立即激起了中国人民的强烈反对。中华民国临时大总统孙中山，多次电告外蒙的王公、活佛，要求他们立即取消“独立”，勿被沙俄利用。沙俄策动外蒙“独立”后，不顾中国政府的反对，于1912.11.3与外蒙傀儡政府非法签订了《俄蒙协约》和《商务章程》，宣称“蒙古对中国的过去关系已经终止”，规定俄国政府“扶助蒙古的自治”，不准中国军队进入蒙境， 不准汉人移居蒙地。通过不平等条约，沙俄在外蒙古取得了广泛的特权。中国政府发表严正声明，对俄蒙所订“条约”概不承认，并抗议沙俄侵犯中国主权。中国各族人民强烈反对《俄蒙协约》，蒙古爱国王公亦宣布“现在共和成立，正宜联合为一大国，蒙古断无独立之理”，强烈要求哲布尊丹巴取消“独立”。
外蒙傀儡政府成立后，沙俄为了进一步控制外蒙，一面非法向外蒙增兵，一面援助外蒙傀儡政府，武装外蒙叛军，企图阻止中国政府军向外蒙进军。当时，沙俄在外 蒙库伦驻有步、骑、炮兵十个大队，恰克图驻有步兵两个大队，乌里雅苏台驻有步兵两个大队，科布多驻有步兵一个大队、炮兵一个中队。库伦傀儡集团在沙俄的援助下，也大力扩充军队。外蒙的土谢图汗部、三音诺颜部、车臣汗部、札萨克图汗部等地，原有蒙军九千七百余人。宣布“独立”以后，哲布尊丹巴向四汗部各抽调一千人，另招募土匪二千人，以后又下令四汗部各征兵一万人，共五万余人。其中多系未经训练的贫苦牧民，且散处各地，较有战斗力的不过数千人。
1912年1月， 沙俄驻乌里雅苏台领事策动该地反动王公叛乱，并派兵将乌里雅苏台将军奎芳驱逐出境，占领了外蒙西北重镇。同年春在科布多策动叛乱，当时，科布多驻军不足三百人。面对外蒙叛军的威胁，科布多参赞大臣溥润在附近各旗爱国蒙民的援助下，迅速征集了蒙族士兵一千人，加强科布多城的防御；同时，急电北京政府派兵前往，并派人到新疆求援。北京政府令新疆都督杨增新、阿尔泰办事长官土尔扈特亲王帕勒塔、 伊犁镇守使广福派兵驰援。帕勒塔先派连长吴得山率三十余人赴科布多侦察军情，继派骑兵营长广肇率兵一营兼程向科布多进发。杨增新不顾沙俄驻新疆领事的干涉，先派马步各一营由古城（今新疆奇台）出发，继而后续部队三营陆续向科布多开进（为了在沙漠戈壁地区行军不致缺粮，步兵每人配一驼，骑兵每人配三驼，驮运三个月料粮）。广福也派兵从伊犁赴援。沙俄侵略者和库伦傀儡集团先派“使者”到科布多劝降，结果被当地爱国蒙民将其绑送官署，斩首示众。由于劝降失败，库伦当局决计出兵向科布多发动进攻。6月21日，由库伦派出“俄官教练之精兵二百，杂以俄兵二十名，佐以大炮两尊，子弹十余驼”，向科布多进发。抵达后，因见守军防御严密，未敢进攻，立即派人回库伦请求增援。傀儡集团又加派精兵三百名，并令其“沿途多方征调，足成四千之数”。7月底，俄军和外蒙叛军开始进攻科布多城。溥润率军坚决抵抗，并乘隙发起反击，给敌以重大杀伤，将其击退。 8月2日，阿尔泰援军广肇骑兵营进至距科布多十余里之黑山头，与叛军三千余人遭遇，卒以“寡不敌众，全军覆没”。8月中旬，敌又从库伦增兵三千人，继续围攻科布多，终未得逞。沙俄领事库斯敏斯齐鉴于城坚难下，遂致函溥润，要求出面“调停”，溥润中计。8月20日，库斯敏斯齐带领俄兵三十人、外蒙叛军二百人，骗开城门，进入科布多。俄、蒙兵进城后，大肆抢掠，城内居民被杀过半。9月中旬，溥润和所部官兵及内地商民约七百人，被沙俄领事派兵“护送”出境。
科布多失陷时，新疆援军步骑两营在管带严保清、有世率领下，已进至距科布多五站路之大营盘，因闻科城已失，大营盘又无险可守，遂于8月30日退守阿尔泰区之要冲察罕通古（科布多南二百五十公里），以待援兵。当时，北京政府正准备与沙俄谈判，因而下令“切勿轻率进兵，致碍大局”，严、李两营被迫于11月24日退回察罕通古。于是，收复科布多的计划遂被搁置。9月间，沙俄侵略者乘伊犁援军回防之机，以中国士兵刺伤俄领事为借口，出动俄军一混成旅（约千余人），侵入阿尔泰首府承化寺一带，又派俄兵数百人，侵占了布尔根河。同时，威胁利诱阿尔泰办事长官帕勒塔背叛祖国，宣布“独立”。10月初，帕勒塔盗用“阿尔泰办事长官”的名义，与沙俄驻阿尔泰领事签订了所谓《临时条约》；12月，又签订了《中俄军队停战条约》，允许俄军和外蒙叛军驻扎阿尔泰区东部，规定新疆援军撤出察罕通古。消息传开，全国舆论哗然，纷纷向北京政府提出质问。北京政府不得不下令将叛国分子帕勒塔撤职，并宣布由帕勒塔与沙俄非法签订的“条约”一概无效。经多次交涉，直至1915年3月，才确定外蒙叛军退出阿尔泰地区，新疆援兵从察罕通古退驻元湖，沙俄撤走部分侵略军，但仍有两连骑兵留驻该地。
沙俄支持的外蒙叛乱集团在控制了整个外蒙古后，还策动呼伦贝尔、洮南、镇东等地的叛乱，并决议向内蒙古地区进犯。向内蒙进攻之前，沙俄前驻华公使廓索维慈、 伊尔库茨克军区哥萨克骑兵队长葛布利克大尉等，亲自参加了库伦王公大臣会议，出谋划策。会议确定分兵三路向内蒙进攻：一路由反动王公松木彦、内蒙叛匪头子 巴布扎布、渠魁苏带领叛军和土匪七八千人，沿锡林郭勒盟东北部、昭乌达盟的林西一线向内蒙东南及东北部进犯；一路由原内蒙科尔沁左翼后旗叛国王公那逊阿尔 毕吉呼、原呼伦贝尔叛国分子达木丁苏伦带领叛军四千余人，沿库张公路向内蒙中部进犯；另一路由土谢图汗部盟长察克都尔札布和内蒙叛国分子海山、锡勒图喇嘛、陶什陶胡、东西盟统帅班的达（即王德呢吗）等率领叛军数千人，进犯内蒙西部的中公旗（今内蒙乌拉特中后联合旗）、武川、四子王旗、陶林（今内蒙察哈尔 右翼中旗）等地。各路叛军中均有沙俄军官充当军事顾问，进行指挥。1912年底，叛军窜入内蒙，气焰极为嚣张，在很短时间内，先后侵占了昭乌达盟北部和多伦、张家口以北及阴山北麓广大地区。叛军所到之处，焚毁村落，抢掠寺庙集镇， 残杀居民，农牧业生产遭到严重破坏。内蒙各族人民不堪叛军的蹂躏，纷纷逃亡。
外蒙古向内蒙古的进犯，使得内蒙古各地生活生产受到严重威胁，而且已经向直隶、山西、绥远、奉天与热河区域逼近，北洋政府不得不在军事上有所动作和准备。命参谋部、陆军部统一指挥热河、察哈尔、山西、绥远等地的驻军进行反击。当时的兵力分布如下：开鲁、赤峰、朝阳、承德、古北口至丰宁一带，驻有热河新军、毅军、第四师和第二十八师各一部，以及直隶、奉天、热河、古北口巡防队等，共二万一千四百人，乌珠穆沁、多伦、打马诺尔（今河北张北东三十五公里）一带，驻有第一师、第四师各一部以及淮军、毅军、察哈 尔马队、禁卫军、宣化巡防队等共四千人；张家口、宣化、丰镇、阳高一带，驻有第一师一部、淮军、保卫军以及山西、宣化巡防队和巡警、绿营等，共九千一百人；陶林、归化（今内蒙呼和浩特市）、包头一带驻有第一师一部、山西巡防队、绥远陆军、禁卫军、绿营兵等，共五千四百余人。总计共有官兵三万九千九百余人，大炮五十四门，机关枪四十八挺。以后随着战争形势的发展，又陆续增调大批援军。
经过多次的苦战，到1913.10北洋政府各地驻军及援军击溃了外蒙古的叛军，内蒙古中西部的形势趋于平静。但是内蒙古中东部的作战仍然在继续。自1913年9月以来，叛军集中主力，围困林西，猛攻多伦。北京政府也不断增调援军，力图摆脱被动局面。当时，在多伦方向，先后集中有淮军和于有富混成旅、陈文运骑兵第一 旅和练军等部队共约七八千人；在林西方向，计有毅军步队九大营，骑兵和炮队各一营，新收土匪马队四大营，另有热河混成旅奎文团等，共约万余人，分别驻于什 巴尔台、刘家营子、林西、汤上等地。为了粉碎叛军对多伦、林西的重点进攻，参谋部、陆军部于9月底10月 初又令河南第八师师长王汝贤率第十六混成旅及归其节制的七十九混成团，经张家口赴援多伦；奉军骑兵第二旅旅长兼洮辽镇守使吴俊升率所部及巡防队步马六营径赴林西。为了保障翼侧的安全，参陆两部还电吉林护军使孟恩远从吉林抽调三千人，协同吴俊升留下的巡防队马步九营，加强洮辽方向的防御；并令归绥方向之驻军积极配合作战。到11月中旬时，政府军将巴林王府、什巴尔台、五十家子、经棚、驼罗庙、大王庙等处的残余叛军先后剿平。在奉、毅两军反攻经棚、大王庙时，多伦方向的政府军亦展开了反攻作战。经昭苏乃木城和奎苏之战，叛军主力或被歼灭或溃散，而外蒙在向内蒙中、西部的托罗盖、石拉干（大佘太北十五公里）、大佘太等地发起进攻，在百灵庙一带再次发生了激战。结果，均被当地守军击退。从此，内蒙各地的政府军改变了被动不利的态势，由防御转入了进攻。1913年底，外蒙叛军陆续向库伦败退，沙俄妄图控制整个蒙古地区的图谋，遭到了可耻的失败。
外蒙古在1912年取得了所谓事实上的独立，但无异于俄国的傀儡国。同时大举向内蒙古进犯，遭到了失败。而中国当时正处在辛亥革命后民国刚成立的状态之中，内外局势是十分的严峻。北有外蒙古进攻内蒙和新疆及东北西部地区，西南又西藏叛军进攻驻藏川军并向川边地域开进。北洋政府在平定内蒙古的叛乱后，对于进攻外蒙古是有一定打算的，但是进攻外蒙古难度也是不小的，除去俄国的干预外，最重要的就是后勤保障。外蒙古不像内蒙古，内蒙古地形是南北窄东西宽，而且距离直隶、奉天、甘肃和新疆较近，加上其地居民与汉人来往较多，还有不错的向心力，后勤尚可以维持。而外蒙古地域广大，除了少数几个地方外，普遍对汉人存在着严重的误解，向心力远不及内蒙。而且外蒙古距离北洋政府核心区域直隶、奉天等地较远，而且当时北方除了京张、京奉铁路外，是没有铁路的，张家口到绥远(呼和浩特）的铁路还没有完工，打起来，后勤兵力、粮食及军械弹药的运输都是个大问题。所以北洋政府也希望最好能以外交手段解决外蒙古的问题。
