辛亥、赣宁之役时的袁世凯与日本：
1911.10.10武昌起义爆发，之后南方十余个省份相继独立，清政府的统治岌岌可危。在局势危难的情况下，载沣不得不应庆亲王奕劻等人的要求，启用袁世凯。刚开始用袁世凯为湖广总督，袁世凯仍以足疾未愈而拒绝，后无奈启用袁世凯为钦差大臣，又任命袁世凯为内阁总理大臣，袁世凯终于出山了。而载沣也不得不辞去摄政王职位，退回藩邸做自己的醇亲王去了。
启用袁世凯是朝中庆亲王奕劻和袁世凯北洋系内部徐世昌等人策划的结果，但当时英美各国驻华使节鉴于局势愈演愈烈，为维护在华利益也希望有一个强有力的人物出来收拾局面，而袁世凯正是这个合适的人选。而对袁世凯素来怀疑防范的日本则对袁世凯的再度出山深感不满，并对其出山进行阻挠。在袁世凯进京就职时，日本浪人川岛浪速就曾鼓动北洋军第六镇统制吴禄贞发动兵变，后来失败，吴禄贞被暗杀。而且川岛浪速也曾秘密派人欲在途中暗杀袁世凯。其实袁世凯当年下野时候，就有日本人想这样做了。
袁世凯出山后，在南北和谈、国体问题、摄政王载沣处理等重大问题上，都有自己的看法，并常和英国驻华公使朱尔典协商，而将日本置之不理。与英美德关系友好是袁世凯的一贯政策，而且朱尔典是袁世凯的老朋友，两人早在朝鲜就有来往，而且袁世凯当年从朝鲜能逃出来，朱尔典确实帮了很多忙。日本人对袁世凯的态度十分光火，驻华公使伊集院五郎曾对袁世凯说：对于此种情况，帝国政府亦不免有遗憾之情。而袁世凯也毫不客气的回答：中国人对于日本人，感情并不十分融洽。这已经把话说的很白了。除了以上公开的外交接触外，最主要的就是利用当时满洲也有部分革命党活动，在满洲增兵。同时鼓动浪人和宗社党在东北闹事，希望借此机会将满蒙从中国分裂出去。此外，与清王室内部商谈贷款和签订军火出售协议，目的主要还是借机将满蒙分离出去。
大体上来说，在辛亥年到袁世凯成为临时大总统前，日本人对袁世凯的出山和执政进行了诸多的阻挠。不过因为南北和谈迅速成功，加上日本当时的西园寺公望内阁基本上仍十分看重英日同盟的作用，还坚持英日协调的外交政策，对军方和浪人的这些举动没有较多的实质性的支持，这些密谋大多失败或者无果而终。而日本对英国支持袁世凯不顾及日本的利益，甚至是向日本表示外交抗议，这都令日本十分不满，日本则认为“英国在这次革命行动中的行动纯粹是自私自利的，完全是为着保护它自己在扬子江流域的利益，而毫不顾及日本的利益”。
袁世凯在北洋军、立宪派和英美列强的支持下，最终在1912年2月15日被南京参议院正式选举袁世凯为临时大总统。依据中华民国临时约法，改总统制为内阁制，大大削减袁世凯的权力，但袁坚持于3月10日在北京就职中华民国临时大总统。关于临时约法，客观的来说，确实是有可取之处的，但是临时约法过度的强调内阁权力，削弱总统的权力，实际上是不合理的。孙文在南京做临时大总统时，也没有约法和束缚，几乎是权力无限的。而且就当是中国的乱想，一个缺乏权威的政府是很难稳定局面的。
民国成立后，孙文、袁世凯曾有过一段短暂的蜜月期，但是二人的出身、理念、学识等各方面都有极大的差异，分道扬镳是意料之中的事情的。关于二次革命，也叫赣宁之役，其原因和结果，人所共知，在此不做论述。不过对于二次革命，如今也有许多说法。二次革命的导火索是宋教仁案，至于是谁杀的，普遍认为是赵秉钧，背后则就是袁世凯。而宋教仁案当时是还存在法律解决的可能性的，连黄兴也认为要尽力争取法律解决，而孙文则力主武力解决。要武力解决就武力解决吧，可是革命党当时名义上虽然在南方实力不弱，但内部构成十分错综复杂和混乱，真正的革命党很少，而且内部持武力解决的也不多，更何况革命党当时无论哪方面都不占优势。更何况，中国百姓当时的心理是“宁做太平犬，不做乱世人”，社会的动荡反使得人们期待一个强有力的领袖和中央政府出现。由此，袁世凯正好成了全国人民所期盼的安定力量和太平象征。市井平民并不会主动接受什么革命大义，他们当时最希望的是袁世凯能够拨乱反正，尽快恢复秩序，继续过太平的日子。因此，“二次革命”引起的反响不足，也就不以为奇了。更重要的是，二次革命开启了民国武力解决政见不同的先河，日后民国各派只要有实力的，政见不合者多以武力来解决，某种程度上不得不说源于此时。
赣宁之役的最终结果是袁世凯所代表的北洋军政集团大获全胜，国民党在江苏、江西、安徽三省势力也都被一一清除。“三藩”既除，其他省的大佬们也就噤若寒蝉，唯袁世凯是命了。此后，北洋军源源不断进入了南方各省，除了川滇黔桂四省外，其他各省均已成为北洋军及其附属军的控制范围，即便是以上四省，还有山西的阎锡山、奉天的张作霖，在袁大总统的威势之下，哪里还敢心怀异志。
历史总是充满了讽刺，辛亥革命后，真正统一的中华民国也就是在赣宁之役后、袁世凯统治下的那两年。在列强环伺、国弱民穷的险恶局势下，中央集权的确能给国家带来高效率的行政，这个要求也是合乎现实需要的。由此，袁世凯在赣宁之役的时候获得民众的支持，他获得正义性与合法性的地位非但不是偶然，反是众望所归。
赣宁之役失败后，孙文在日本驻广州领事馆武官多贺宗之少佐的安排下先去了日本占领下的台湾，然后经台湾转赴日本。1913.8.9孙文到达神户，18日转抵东京。黄兴继孙之后，于27日到达东京，化名冈本义一。先后到达日本的还有李烈钧、柏文蔚、 居正、谢持、许崇智、田桐、廖仲恺、熊克武、李根源、钮永建、林虎、冷愈、程潜、方声涛、邹鲁、谭人凤、李书城等人。 陈其美、戴季陶、朱执情等在国内失败后，也相继到日本。革命党人出逃得到日本军人协助。日驻华武官青木宣纯致电参谋本部说：“无论是站在人道上或道义上，均应同情南方国民党，并尽可能予以援助，至少应给予充分方便。”袁世凯的嫡系安徽都督兼署民政长倪嗣冲为此致函日本驻南京领事，要求派兵到日本商船搜捕李烈钧等。日方表示“碍难认可”。孙文在日本有着广泛的人脉，与日本的军界、黑龙会、企业界和社会名流都有十分不错的关系，而且也会见了不少人。孙文与当时刚下台不久的日本陆军大将、首相桂太郎有着不错的交情和深交。按照戴季陶的《日本论》里的记载，孙文曾在桂太郎死后说：“日本现在更没有一个足与共天下事的政治家，东方大局的转移，更无可望于现在的日本了。”而桂太郎死前也曾对在旁视疾的最亲信的人说：“不能倒袁扶孙，成就东方民族独立的大计，是我平生的遗恨。”对于孙文和桂太郎的互相评价，不做评论。
孙文与日本的关系，一直是人们热议的关系。确实在民国成立前，孙文包括革命党在满蒙问题上说过一些很不合适的话，毕竟他们这些人多身处南方，常年在海外日本生活，对北方的局势、人口构成、边防安全等都缺乏足够的了解。而在民国成立后，孙文仍说过一些不合适的话，但表态上却比以前有了进步，也标志着他对北疆尤其是满蒙有了更深刻的认识，主要表现就是只谈权益，而不谈主权。
