日俄战争前后的袁世凯与日本：
自甲午战争后到庚子期间，袁世凯的主要任务就是编练新军、出任山东巡抚镇压义和团加入东南互保。这一段时间，袁世凯因为一直在国内任事，专注于练兵为主，对外交往很少。而庚子辛丑条约后，李鸿章病逝，袁世凯在李鸿章和荣禄的举荐下，署理直隶总督兼北洋大臣，并于光绪二十八年（1902）正式实授，接了李鸿章的班。
袁世凯接李鸿章的班，实际上是意料之中的。当时虽然辛丑条约已经签订，但是京津和直隶一带局势混乱，需要一位能干的有威望的还有实力的重臣来镇守，同时迅速接受天津的防务。李鸿章当时已经去世，荣禄也常年有病而且慈禧身边更离不开他。放眼当时，武卫军的聂士成部已经溃散，聂士成也战死。董福祥被列强点名严惩，甘军也被裁撤。宋庆也已经去世，武卫左军要护卫两宫还要围剿直隶河南一带匪患，能有实力且能迅速进入京畿的也只有袁世凯及其所率领的武卫右军了。
袁世凯刚实授直隶总督兼北洋大臣不久后的第二年，东北的局势已经愈演愈烈。俄国拒绝按照交换条约撤兵，反而继续增兵，日本也已经铁了心要和俄国人打一仗了。而作为直隶总督兼北洋大臣的袁世凯，当时管辖的区域与俄国占领的东北相邻，任务是十分艰巨的。既要保证京畿还要派兵出防辽西热河一带，同时又要参与涉外交涉。
袁世凯有过与日本打交道的经验，对日本人的脾性是有着比较深的了解的，袁世凯内心对日本也从无好感。甲午年前后袁世凯就说：“伏查倭人十数年来，外示联合，内蓄叵测，其甘言愉色使我略不猜防，而整顿武备，踏勘谋我。”但是当时面对日俄战争即将到来的危险，尤其是俄国的危险，在两害相权取其轻的无奈权衡下，袁世凯提出了局外中立的建议，得到了清政府的采纳。据德龄公主回忆，（1904 年）十一月底，直隶总督袁世凯在一次觐见太后的会谈中，谈到了当时正在进行的日俄战争。太后询问最后谁能获胜，袁世凯说还很难判断，不过他认为日本胜的希望更大些。太后则表示日本获胜对中国比较好。不光清朝统治者如此，普通民众也是同情日本的，据当时留学日本的吴玉章回忆，日俄战争开始后，人们由于对沙俄的痛恨，把同情寄予日本方面，听见日本打了胜仗，大家都很高兴。海关总署务司赫德也曾表示“许多中国人对日本胜利的前景感到高兴”。在这样一种氛围下，袁氏的亲日态度也属自然。
清政府虽然力求保持“中立”的外交形象，但事实上并不是没有偏向，完全地恪守中立，其中，袁世凯发挥了特殊的作用。根据日本国内出版的有关日俄战争的回忆录，可以看到在日俄战争信息方面，袁世凯的功劳最大。当时，袁世凯手下有坂西大尉作为军事顾问，每天满洲各地的清国谍报员给直隶总督府的情报，马上就被送给坂西利八郎顾问，坂西则将其翻译成日文并交给当时天津驻屯军司令官仙波少将。再由仙波少将用电报送到大本营。比如日俄沙河会战前，清朝驻俄公使馆武官将俄军的攻势企图汇报给了北京，然后又转达给了日本军部。日本参谋本部，“表面上保持了支那严正中立的体面，而实际上则以日清合作的方式，令其对我多做友好事情”。袁世凯给日军提供的帮助，引起了俄国的不满。据日俄战争的直接参加者谷寿夫回忆，俄国军方曾试图对袁世凯进行暗杀。大约在光绪三十年（1904）末，日本驻天津军部司令官通过谍报，获悉了俄国方面的暗杀计划，经派人调查证实。于是，日本方面向袁世凯提出警告，最终使俄国的暗杀计划化为泡影。1905.1.13俄国政府通告各国，谓“中国未能恪守中立，屡次违背，偏袒日本”。
日俄战争后，日俄签署了朴茨茅斯和约，但这个条约中的大部分事项尚需要与清政府的一纸文书作为保障。中日北京会谈从 1905.11.17-12.22日止，前后会议 22 次。庆亲王以年老事冗，常因病缺席，外务部尚书瞿鸿禨不熟谙外交及国际局势，所以中日间的谈判实际由袁世凯与会办东三省事宜大臣唐绍仪（署外务部右侍郎）担负主要责任。“袁全权发言最多，但每次发言后，必顾瞿全权问是否这意思”。综合双方签订的《正约》《附约》与“会议节录”中的协议事项来看，清政府虽然并未达到限制日本依据日俄和约继承俄国在南满利权的原始目的，但日本除去获得续办安奉路 15 年的具体权利外，其原先计划大幅度扩张其在东北南部利益的目标，也并未达成。整个外交谈判的结果，就其收获与损失的各方面通盘予以衡量，尚可算是相当成功。由于会谈之初，双方决定“会议节录”只能记录下会议的“纲领”，所有会议内容除发表的“会议纲领”之外均应严守秘密的原则，所以我们对当时双方辩论的情况并不完全了解，也不能确定何者出自袁世凯的主张。但据当时参与谈判的曹汝霖回忆，东三省会议结束后，日本全权代表小村即向他表示：“此次我抱有绝大希望而来，故会议时竭力让步，我以为袁宫保必有远大见识眼光，对于中日会议后，本想与他作进一步讨论两国联合对抗俄国之事，不意袁宫保过于保守，会议时咬文嚼字，斤斤计较，徒费光阴，不从大处着想，故联盟之意，此时不宜表示。”袁世凯在谈判中的形象由此可窥见一斑。
日俄战争前后，袁世凯既要部署中立及防范事宜，又要参加战后的谈判。同时还趁机建议加紧编练新军，得到了清政府的同意。从日俄战争前的光绪二十九年（1903）到日俄战争结束后的光绪三十一年（1905），袁世凯日后的资本北洋六镇在这个时间段得以成型。当时专责练兵的机构是练兵处。由皇帝钦命总理大臣、会办、襄办大臣三人，庆亲王奕劻为总理大臣，袁世凯会办，铁良襄办。不过三人均为兼差，并特设提调一名，掌管庶务，综理文牍。下设军政司、军令司、军学司三司。各省设督练公所。而下设的军政、军令、军学三司正使，分别由刘永庆、段祺瑞、王士珍充任。奕劻是一个不知兵事的皇族，而铁良年纪尚轻，并无多少练兵及军政经验，所以练兵处的大权，实际上掌握在袁氏幕府一提调三正使的手中。这样一来，袁、徐便掌握了全国的练兵权，这为迅速编成北洋六镇也提供了有利条件。通过练兵处，袁、徐二人将摊派到各省的练兵费集中用于编练北洋六镇之用。仅1905年一年，练兵处收到各省实际交付练兵费九百一十一万两，而其中的六百多万两都用在了编练北洋军镇上。1904年3月，北洋常备军右镇编齐；4月，北洋常备军第三镇编齐；7月，北洋常备军右镇改称北洋常备军第二镇，左镇改称北洋常备军第一镇；1905年3月，北洋常备军第四镇编成；5月，北洋常备军第五镇、第六镇编成。至此，北洋六镇全部编成。有人评价此举是袁、徐“藉清政府雷霆万钧之力，吸全国之财，以供北洋一区练兵之用”这也是不无道理的。而且通过光绪三十二年（1906）和三十四年（1908）的太湖秋操，证明了袁世凯所编练的北洋军确实在各方面都优于南方的新军。
日俄战争后，袁世凯的北洋军编练颇具成效，同时光绪三十三年（1907）东北建省，袁世凯的挚友徐世昌出任东三省总督。而黑吉奉三省的巡抚也都是袁世凯北洋系里的人。同时为了防御东北，清廷调袁世凯的北洋军第三镇开赴东北驻防，这样东三省也纳入了袁世凯的势力范围。袁世凯在清末风头正盛，也遭到了满洲贵族的猜疑。光绪三十二年（1906）袁主动辞去各项兼差，并将北洋军一、三、五、六各镇交陆军部直接管辖，只保留二四两镇的指挥权。次年慈禧下令调直隶总督兼北洋大臣袁世凯和湖广总督张之洞进京担任军机大臣，袁世凯同时兼任外务部尚书。袁世凯由外官的总督进京担任军机大臣，还兼任外务部尚书，看起来是升值，但实际上实权削弱。不过在慈禧太后活着的时候，深谙满汉平衡之术，加上欣赏袁世凯的军政外交能力，故而虽然防范但还是比较信任袁世凯的。光绪三十四年十月二十一、二十二日（1908.11.14、11.15），光绪帝和慈禧太后相继去世，三岁的溥仪即位，二十五岁的载沣担任摄政王。慈禧太后的去世，无疑使得袁世凯失去了最大最有力的政治靠山。慈禧刚刚去世，载沣就有杀袁世凯的打算，因为领军机大臣庆亲王奕劻和元老张之洞等人的极力反对，加上担心北洋军有异动，故不敢下手，但又容不下袁世凯，最后是以袁世凯足疾为由将袁世凯开缺回籍。
袁世凯自接替李鸿章到1909年下野，虽然掌权的时间只有不到七年，但其兼差和权势超越了当年的李鸿章，成为了汉族集团的领袖人物。而在外交方面，袁世凯在任内虽然日俄战争期间短暂联日，但其核心仍然是防范日俄。同时在光绪三十三年（1907）曾建议慈禧太后响应德国人的请求，提出了中德美结盟的打算，并得到了太后的同意。袁世凯命令自己外交方面最得力的助手唐绍仪与美国驻奉天总领事司戴德会谈，想借美国的力量牵制日俄在东北的势力，并制定了美资进入东北的计划。清政府还派皇族载涛以赴德观操为名，与德皇进行了45分钟的结盟密谈。德皇对中国响应德国的结盟建议十分高兴。另外，德皇还谈到美国对同盟的重要性，建议中国先派一位亲善使节到美国，为三国结盟做一些初步的联系和准备工作。
与此同时，德皇指示驻美大使试探美国总统西奥多·罗斯福的态度。由于英法和日俄缔结协定，不但孤立了德国，也把美国的“门户开放”政策置之一边，再加上当时日美关系一度紧张，德皇认为，美国应该不会拒绝中美德三国同盟。果然，1907年11月19日，罗斯福通过美驻德大使告诉德皇，他完全赞同德皇在中国问题上的立场，并对中美德三国结盟一事相当有兴趣。美国政府还做出了一些实际行动：美陆军部长塔夫脱在访华时，重申“门户开放”与中国独立对美国的重要性；罗斯福在12月3日要求国会授权他向中国退还多收的庚子赔款；美国派“大白舰队”巡游世界，向日本示威；罗斯福还密令驻菲律宾美军做好准备，应付日本突袭。在中美德三方的积极行动下，到1907年底，三国缔结同盟协定已近在咫尺。
1908年，清政府决定派奉天巡抚唐绍仪为专使，赴美致谢退回庚子赔款一事。这当然是一个幌子，实际上是依德国的建议，派唐绍仪为赴美亲善特使，去商讨缔结中美德三国同盟的事宜。在当时的国际环境下，清政府想缔结这样的同盟，必须在极端秘密的情况下进行，一旦泄露，不但结盟不成，还可能激怒英日等列强。因而，慈禧再三告诫参与三国结盟谈判的外交官，一定不能让朝廷内的亲日派官员知道。慈禧命令严防亲日派官员，就是怕他们向日本人通风报信破坏结盟事宜。但事与愿违，亲日派官员利用清朝官场的腐败，轻松地搞到了三国结盟计划的内幕，结果唐绍仪尚未启程，消息已经传到了日本，日本人迅速制定了一个阴险的计划，准备破坏中美德三国结盟。1908年9月17日，唐绍仪到达东京，准备转往美国。日本依照事先的安排，用各种官方会晤和社会活动牵制唐绍仪，使唐绍仪应接不暇，在日本一呆就是一个多月。日本人利用这段时间，拼命与美国进行秘密和谈，在许多问题上向美国做出重大让步，换取美对日本在华既得利益的承认，进而打击正在酝酿的中美德三国同盟。
等唐绍仪从日本脱身前往美国西海岸时，已是11月中旬。此时突然传来消息：光绪帝和慈禧太后先后驾崩。虽然唐绍仪正在赴美公干的途中，也要遵守清帝国丧礼的规定。其中有一项严格的规定：百日内不得剃发，也不能剃须。结果，唐绍仪上岸时，已是胡须满面，当他乘火车抵达华盛顿时，前来迎接的美国礼宾官员大吃一惊：中国派来的外交官，竟须发如麻，如此狼狈。中国特使刚一露面就给美国人留下了极坏的印象。更倒霉的事情还在后头。当时，西奥多.罗斯福总统任期已满，已经卸职下台。加上日本的提前搅局，美国已基本放弃结盟建议。美国新任总统塔夫脱接见唐绍仪时说：“中美德三国同盟一事，不是不能续谈，但今非其时。”塔夫脱还“奉告”唐绍仪，中国办理外交，“今后应该极端注意保密才是”。一席话说得唐绍仪无地自容，也宣告了德皇精心设计的三国结盟已经走向死亡。
虽然结盟前景黯淡，德皇还是决定在1910年冬或1911年春派太子到中国访问，进行最后的努力，这让已处于风雨飘摇中的清政府颇感荣幸，因此格外重视。清政府将新落成的摄政王邸作为德国太子行馆，并施工修葺杭州行宫以备德国太子游览西湖之用。日本担心德太子访华会再次勾起中美德结盟的倡议，因而极力加以破坏，他们用重金收买欧美各国记者，大肆宣传中国“家家有老鼠，人人都吐痰”，称在中国很容易就会得上鼠疫、肺痨或其他传染疾病。这些不实报道让德皇顾虑重重，太子访华之事也就一拖再拖，到1911年春干脆宣布改让亨利亲王前往。此后，中德关系开始走下坡路，中美德三国结盟最终成为泡影。
袁世凯所策划的中德美同盟，本质上是以防范日本为主。但最后失败，直接原因是清政府官场腐败，使得消息被暴露。而根本原因还是在于清政府的实力孱弱，而日本自日俄战争后，无论实力还是国际地位都有大幅度提升，并且有足够的筹码可以让美国做出让步与妥协。不过中德美同盟，加上以前在朝鲜的诸多事宜，让日本都对袁世凯有相当的防范和仇恨心理，认为袁世凯是阻碍日本扩大在华利益的一个重要障碍。不过清末最后三年里，袁世凯一直处于在野的状态，虽然还有着巨大的影响力，但终究是在野之身。更何况年轻的载字辈对留日学生十分的倚重，在袁世凯的北洋军里也到处安插留日生，虽然难成大器，但依然有不小的干扰破坏作用。
