甲申政变临机决断果敢有为：
壬午兵变仅过了两年的时间，朝鲜再度发生事变。当时清政府正在东南和西南两广专心应对中法战争，而日本驻朝官员和浪人则利用清政府注意力在南方的时候，在朝鲜又策划了一场甲申政变。
日本对朝鲜的野心由来已久，但自身实力未强而且也不能直接出面，必须在朝鲜内部找一群带路党。当时朝鲜分为事大党和开化党，事大党即以高宗和闵妃为代表，对清政府相对友好和依靠，而开化党则主张革新，与日本交往较频繁。当时因为闵妃和清政府的蜜月期已经结束，加上清政府中枢集团变更，还有中法战争的影响，清政府暂时是没有考虑也无精力顾及朝鲜事务。而中法战争开始后，驻扎朝鲜的三千淮军一半已经调回国内驻防。朝鲜事大党对华态度也明显产生了变化及分化，袁世凯在给李鸿章的报告中就说：“朝鲜君臣为日人播弄，执迷不悟。每浸润于王，王亦深被其惑，欲离中国，更思他图。探其本源，由法人有事，料中国兵力难分，不惟不能加兵朝鲜，更不能启衅俄人，欲乘此时机，引强邻自卫，即可称雄自主，并驾齐驱，不受制中国，亦不俯首他邦。此等意见，举国之有权势者，半皆如是，独金允植、尹泰骏、闵泳翊等意见稍歧，大拂王意，王浸疏远。似此情形，窃虑三数载后，形迹必彰。……自中法兵端既开，人心渐歧，举止渐异，虽百计诱导，似格格难入。”除此之外，日本利用清政府驻军和官员的一些失误引来的事件大肆渲染和报道，使得朝鲜境内出现了一股严重的反清潮流。
这一切都给了亲日的开化党以机会。开化党利用形势变化决心发动政变，而欲在中法战争中浑水摸鱼的日本认为有机可乘，又重新对开化党十分热心了。而开化党当时的核心人物就是身为朝鲜外衙门协办的金玉均。
1884年12月4日，朝鲜汉城邮政局落成，在当晚6时举行的邮政局落成仪式上，开化党骨干、邮政局总办洪英植举行宴会款待朝廷大臣，准备藉此将守旧派大臣一网打尽。日本公使竹添进一郎称病缺席，而袁世凯也察觉气氛有异，也推托不去，只有中方总办朝鲜商务委员陈树棠、守旧派大臣闵泳翊等18人出席。不过当日行动中，开化党过早行动，在场的大臣和宾客见状大惊，遂逃之夭夭。开化党企图在邮政局全歼诸大臣的计划落空。不过金玉均等仍决定按原计划将国王转移至景佑宫，然后将原定于在邮政局刺杀的其他三名营使在骗到景佑宫中杀掉。朝鲜国王一行刚在景佑宫安顿下来，竹添进一郎率领的200多名日军也赶到了，和开化党的武装力量——尹景完率领的50名士官生徒一同守卫，把景佑宫内外围得严严实实。同时，金玉均主导公布了十四条政纲，首要的第一条就是要清政府交还大院君李罡应，停止对清政府朝贡。试图打破朝鲜半岛与中华帝国上千年的藩属关系，建立独立的近代国家。
12月4日夜，中国驻朝商务委员陈树棠从邮政局逃回公署，将目睹的情况迅速通知了清军驻防营总理营务处袁世凯。袁世凯即带队至邮政局，寂无一人。驻防营提督吴兆有接到袁世凯的报告后，也派出哨官至宫门巡视，宫中亦无动静。清军四处巡视，汉城街道、宫墙四周亦无一人。天将破晓，清军收队回营。后来袁世凯、陈树棠等人透过在穆麟德住处见到受伤的闵泳翊，这才明白政变业已发生。12月5日上午，驻朝清军方面得到更确切的消息，开化党勾结日军发动政变，劫持国王，杀事大党大臣多人，事情的真相终于浮出水面。
袁世凯开始还较为谨慎，认为宫中有日本军队，惧生衅端，迟疑未发，同提督吴兆有、总兵张光前联名致书国王，请求入宫护卫，金玉均等矫旨拒绝。当时，中朝间的公文都要靠北洋的兵船送到天津的北洋衙门，往来一次需要好几天时间。如果按常规请示，重大事变的应对决策必由北京的清廷最高层来拍板，时间的延误也就无可避免，而挽回大局的机会就可能失去了。在这个重要的历史关头，袁世凯表现出了勇于任事、处事果断的心理素质。
在开化党公布新政府的成员名单时，驻朝清军将领们也在磋商对策。吴兆有和张光前两个将领均表示没有命令，不敢轻举妄动。袁世凯强调情况紧急，已不可能待命而行。陈树棠则向众人转达了美、英、德三国使节要求清军暂缓行动的劝告，并表示自己意见相同，认为这样可以避免师出无名，衅自我开。朝鲜大臣金允植也来函请求清军按兵不动，认为“有投鼠之忌”，以免伤及被日本人挟持的国王。会商的结果是，清军暂不出动，由陈树棠、吴兆有紧急函告李鸿章朝鲜发生政变的消息，请求增兵并指示应对策略。袁世凯则在12月5日下午和夜间做好粉碎政变的准备，他首先联络争取由他编练的朝鲜亲军左、右营。当晚，袁世凯向亲军左、右营发放上等成色的黄金六百两，与左、右营指挥官金钟吕、申泰熙（申泰休）秘密约定次日入宫，共同护卫国王。袁世凯还寻找出兵的名义，他要求朝鲜右议政沈舜泽写信求援，于是沈舜泽以朝鲜政府名义致函袁世凯等清军将领，恳请其出兵镇压开化党，解救国王，袁世凯由此得到了出兵的充分理由。
此时开化党的形势已发生微妙的变化。朝鲜的实际统治者——王妃闵妃在金玉均等人的欺骗和恐吓之下来到狭小的景佑宫，本来就十分不满，后来又得知自己的族人闵台镐、闵泳穆已被开化党杀死，最宠爱的侄子闵泳翊也被砍成重伤，所以她对金玉均等人恨之入骨，决心铲除开化党。她利用宫女要求京畿道观察使的沈相薰火速出宫，与闵妃集团其他官员和清军取得联系。而闵妃自己则竭力怂恿高宗搬回宽敞不易防守的昌德宫。尽管开化党人坚决反对，但在苦不堪言的王室成员和宫女宦官的强烈要求及竹添进一郎的许可之下，12月5日中午，高宗、闵妃等王室成员从景佑宫搬出，在桂洞宫（李载元之府邸）稍作停留，于当日下午回到昌德宫。
而宫外的情况则对开化党更为不利。开化党政府发布改革政纲，却没有因此得到人心。开化党本来就没有群众基础，如今又与日本兵勾结，劫持国王，杀害大臣，所以社会上流言四起，说王妃已被开化党杀害，国王生死未卜，开化党将拥立被闵妃逐出宫外的8岁王庶子李堈为新王。汉城民众也并不认同开化党的政纲，反而不满其犯上作乱的作为，纷纷聚集起来，号召杀尽倭寇，解救国王。未遭开化党清洗的中间派大臣金允植、南廷哲等纷纷跑到清军大营，“痛哭乞师”。 袁世凯也在众人犹豫不决的情况下，果断决定率清军入宫镇压开化党。
当时袁世凯与吴兆有商量后，先派一名叫周得武的军官前往昌德宫要求谒见国王，遭开化党所拒，此外还派留在清营受命求援的沈相薰返回王宫，让其伺机向国王传递清军将入宫的消息。又在12月6日上午10时由袁世凯、吴兆有、张光前联名致函日本公使竹添进一郎，告知将率兵入宫之事，至下午3时未有回复。袁世凯认为事态紧急，间不容发，力主入宫戡乱。为了打消众人的疑虑，袁世凯承诺“如果因为挑起争端而获罪，由我一人承当，决不牵连诸位”。见众人首肯，袁世凯立刻率一营官兵及朝鲜亲军左、右营赶赴昌德宫。
清军和朝鲜亲军左右营共2000多人就在下午3时大举进攻昌德宫了。袁世凯从敦化门入昌德宫，直接交战；吴兆有从宣仁门入昌庆宫，包抄左路；张光前殿后策应。清兵一入宫门，便遭到士官生徒组成的“忠义契”和日军的猛烈射击。清军果断还击，双方展开了激战，宫内顷刻大乱，闵妃携王世子李坧趁乱逃出昌德宫，在沈相薰、李范晋等人的保护下逃往城北关帝庙（闵妃心腹巫女真灵君的道场），其他宫中女眷也纷纷逃走。高宗在李载元等左右近臣和武监的护卫下从自己所在的昌德宫观物轩逃出，走到后苑大报坛时被日本人和开化党发现而劫走，转移到演庆堂安置。袁世凯攻入昌德宫，直抵观物轩，发现国王已被转移，遂与退守楼台的日军展开新一轮的激战。袁世凯身先士卒，即使尸体满路也毫无惧色，奋勇当前。正胶着间，守军中数百个先前蒙袁世凯督导训练的朝鲜士兵临阵倒戈，加入了清军一方，战局急转直下。此时，正在演庆堂的开化党和日本人乱作一团，金玉均、洪英植等人要求高宗前往仁川并搭船去日本，但高宗坚持留在宫中，哪儿也不去。
昌德宫内的战斗持续了两个小时，清军大获全胜，但遗憾的是仍不见国王的踪迹。袁世凯重金悬赏打探国王去向，夜间才得知其下落，立刻派兵前去北关庙抢夺，与此同时，洪英植、朴泳教及7名开化党士官生徒的当场被朝鲜士兵斩杀。开化党的“三日天下”宣布终结。
次日，国王高宗移居袁世凯所部军营，召集原政府成员金弘集、金允植等，商议善后，并召见各国使节，告知政变平息。在甲申政变中，清军有10人阵亡。汉城市民坚决拥护清军的平叛行动，在清军得胜回营时“沿路百姓蹈舞，欢声如雷，至有拆己屋燎火以明道路者”，另一方面“城中军民，雠视日人，遇辄杀之，毁其所驻营房，并破玉均等第宅”，因而在汉城发生了朝鲜人和日本人互相残杀的事件。步兵大尉矶林真三以下40名日本人在这次政变中被杀死，尹泳观、朴齐絅、吴鉴等未深入参加政变的开化党人也被朝鲜人打死，另有38名朝鲜士兵阵亡、95名汉城市民为日军所杀。竹添进一郎因使馆连日遭到成千上万愤怒的汉城民众的围攻，惊惧交加之下，自焚使馆，逃往仁川的日本领事馆躲避。金玉均、朴泳孝、徐光范、徐载弼等9名开化党人也断发易服，跟着竹添逃到仁川，一路上遭到人民的追打，无一安生之处。最后这9名开化党人乘坐停泊在仁川港的日本邮轮“千岁丸”号逃到了日本。
1884年12月10日，朝鲜高宗从清军军营回到昌德宫，次日闵妃、世子、世子嫔、王大妃、大王大妃等王室成员也从觉心寺回宫了。随后组成以沈舜泽为领议政，金炳始为右议政，金弘集为左议政的新政府，政权重新落入事大党手中。 甲申政变最终以清军获胜，开化党和日军失败告终。
甲申政变，日本政府方面事实上是知情的，主导力量是日本驻朝的官员和浪人。不过鉴于当时清政府实力尚强，而开化党内部分离和不得人心，日本政府方面并没有给予太多的支持，也无力给予支持。而袁世凯则因为处置果断，勇于任事，大受褒奖。翌年被封为“驻扎朝鲜总理交涉通商事宜”，位同三品道员，并时常出入王宫，俨然监国大臣，清朝在朝鲜的宗藩关系得到强化。袁世凯也开启了在朝鲜的十年辉煌生涯。
在朝鲜十年犹如太上皇，扼制日本：
甲申政变后不久，袁世凯回国省亲。而日本在袁世凯回国的这段时间里也没有闲着，虽然在朝鲜利益受损，但仍然借机勒索朝鲜，于1885年1月同朝鲜签订了《汉城条约》，向朝鲜索取了谢罪、赔款、惩凶、增兵等条款。日本方面知道甲申政变是由日本攻势挑起来的，故在与朝鲜谈判时，只谈善后事宜即日本使馆和人员的损伤，闭口不提事情的起因。与朝鲜谈完后，1885年4月，日本派伊藤博文又与李鸿章订立《天津会议专条》（《中日天津条约》），规定中日两国同时从朝鲜撤兵，两国出兵朝鲜须互相通知，因而在事实上在朝鲜确立了同清朝对等的地位，在朝鲜半岛构成了中日均势的格局。天津专条使日本获得了在朝鲜与清政府对等的地位，给日后日本制造甲午战争的发生提供了法理依据。这不得不说是清政府和李鸿章的失策，当然即便没有天津专条，日本也会借机生事，只是看什么事和由头了。
而袁世凯因为平乱有功，以三品道员的身份驻扎朝鲜，总理通商交涉事宜。在朝鲜的十年里，袁世凯实际上以太上皇自居。虽然名义上袁世凯与各国驻使臣是平等的，但袁世凯自认自己对朝鲜及国王有恩，而且中朝关系至关重要，所以袁世凯无论是在礼节上还是其他方面上，都比各国其他使节要高人一等，朝鲜方面也都同意了。而且朝鲜不少官民称颂清军平定乱党、击退日军、解救国王的“再造之恩”，甚至“京乡街路，短碑相续，至有竖石立祠之议，如宣庙时宣武祠故事，永示不忘，以颂天朝之恩，而入髓感颂”。宣庙时宣武祠故事即明朝万历年间，日本丰臣秀吉出兵朝鲜，明神宗万历派军入朝作战解救朝鲜击败日本。
袁世凯在朝鲜期间的任务是在“各国通商”、“友邦环伺”的情况下，使朝鲜“明尊亲之义，定摇惑之志，内修政治，外联邦交” ，换言之即强化清朝和朝鲜的宗藩关系，防止朝鲜独立自主的倾向和日俄等国的窥伺。由此袁世凯不可避免地在干涉朝鲜内政，甚至主张改朝鲜为郡县治理，或者是强化监管措施。还不止一次提出策划废黜朝鲜国王李熙另换听话的人。虽然清政府及李鸿章不敢同意袁世凯提出的改朝鲜为郡县的激进想法，但是也不愿这最后一个藩属国的丢失，实际上同意了袁世凯加强对朝鲜监管的想法。袁世凯任内，清政府在仁川取得1.8公顷的租借地及0.7公顷商业用地，在仁川等港口城市设立了租界，大批华商开始进入朝鲜。清政府控制了朝鲜的电报、交通、财政、军事和航运等多方面的大权。朝鲜与外国的联系都难逃袁世凯的监视。袁世凯在朝鲜的诸多举措，虽然无法将日俄等国的势力赶出朝鲜，但是的确是在许多方面抑制了列强对朝鲜的干涉。
甲申政变后，清军和日军全部撤回国内，袁世凯驻守朝鲜没有了军力的支持，只能是靠自己的才能了。袁世凯为人豪爽而且擅长权术，在朝鲜的几年里，朝鲜从国王闵妃身边的太监，到守旧派的大臣，到社会名流，不少都与他有密切的关系。这样他在朝鲜就有他密切的关系网，能够随时知晓朝鲜决策层的内幕情况，为他制定应对的办法起到了十分重要的作用。而日本方面自甲申政变后，则决定暂时在朝鲜采取蛰伏态度，不再如当年那样强出头，而是暗中等待观察，在国内积极准备将来的对华作战事宜，同时不管鼓励清政府干涉朝鲜内政和抵制各国。日本暂时的隐忍主要是出于如果清政府在朝鲜抵抗住列强，自己将来可以从较弱的清政府手里夺回朝鲜，而如果列强尤其是俄国占据了，则日后要夺回来就很难了。
袁世凯一些加强监管及干涉朝鲜内政的做法引起了朝鲜国王和一些大臣的不满，清廷中也不断有人弹劾他。比如1888年1月朝鲜国王李熙致函请求清廷撤袁世凯，随后朝鲜驻华官员金明圭奉李熙之命，请求李鸿章换人。清廷内的张謇、张佩纶等也曾攻击袁世凯“侈然自大，虚骄尚气，久留朝鲜，于大局无益”。李鸿章则力排众议，不仅让袁世凯继续留朝任职，并于1890年2月给袁世凯写了“血性忠诚，才识英敏，力持大局，独为其难”的评语。袁世凯在朝鲜的十二年虽然由于其年轻气盛而采取一些过激、粗暴的手段，但有效地遏制了日本和沙俄对朝鲜的渗透。
在朝鲜的十二年，袁世凯可谓是人生的一段辉煌时间，虽然他只是一个三品道员，但实权不亚于清政府内部的督抚大员。而且在朝鲜的十二年内，也确实有所作为，还在朝鲜传出了一段他与闵妃的绯闻。不过袁世凯确实有一个朝鲜的小妾。而在朝鲜的十二年，袁世凯也确实得益于两个贵人。一个是吴长庆，是吴长庆带他来到了朝鲜，才有了发挥自己的平台。另外就是李鸿章，李鸿章对袁世凯的培养不亚于曾国藩当年对李鸿章的培养。袁世凯在朝鲜十二年内，遭受到国内外不断的弹劾，而且不少确有实据，是李鸿章一次次的保下了他。而袁世凯也因为曾经是庆军成员及李鸿章的属下，成为了淮军北洋系内部的成员。其实袁世凯的家族，如袁甲三、袁保恒、袁保庆、袁保龄等人都与李鸿章有密切的关系。不是同僚就是故旧部下。
