清政府收回东北后的积极经营及日俄的抵制：
自日俄和约及中日会议东三省条约签署后，清政府就在思考好不容易才收回后的东北该如何进行治理。
光绪三十二年（1906），军机大臣兼署理兵部尚书徐永昌奉旨前往东北，进行了为期两月的实地考察，回京后连续上折奏请将东北改建行省。次年，清政府发布上谕：“盛京将军改为东三省总督，监管三省将军事务，随时分驻三省行台。奉天、吉林、黑龙江各设巡抚一缺，以资管理。”从而废除了东北三将军，使东北地区同关内各省一样，推行了行省制。东北三省的雏形由此也基本确立了下来。
徐世昌则被任命为了东北三省首任总督，徐世昌凭借当时的新政形势，上任之后便进行了大刀阔斧的改革。其推行的官制改革，开全国官制改革之先河，起到了很好的示范性。同时，徐世昌还破格选拔人才，大力整饬吏治，推动旗汉融合，在一定程度上促进了东北地区的发展。与此同时，清政府令已经编练成的北洋军中抽出去一部分进驻东北，加强东北的防务。
从1907-1912年清政府灭亡，东三省总督一共有三任。分别为徐世昌（1907-1909在任）、锡良（1909-1911在任）、赵尔巽（1911-1912在任）。三任总督在任内，都积极作为。主要是整顿吏治、发展经济、加强边防、鼓励移民实边等。尤其是在1909年挫败了日本对延边地带(日韩称之为“间岛”）的图谋。东三省的面貌在清末确实焕然依然，为日后东北的发展奠定了基础。
清末最后几年，清政府和三任总督最重要的一项规划就是修建锦瑷铁路。当时东三省的铁路被俄国控制的中东铁路和日本控制的南满与安奉铁路所把持，铁路附属地内有日本经营的各种设施及驻军，对东北构成严重的威胁。而清政府控制的关内外铁路（京奉铁路）直到清朝灭亡前后才修通。三总督任内尤其是锡良大力主张从美国借款修建由关内外中枢地锦州到黑龙江沿岸的瑷珲的铁路，而美国也极为愿意插手满洲事务，而且已经签订了草案。但是此路遭到了日俄两国的联合反对。
日俄战争后改变了东北的局面。东北由原来的俄国独占变为日俄两国分占南北两方面，而中国反而夹在中间，要在其中搞平衡，是极为困难的。日俄也在清末的1907.7.30和1910.7.4签订了两次密约，核心就是尊重彼此在满洲的特殊利益，共同抵制第三国主要是美国对满洲的渗透。如两国特殊利益受到威胁，缔约双方将采取联合行动或提出援助，以捍卫上述利益。已经具有明显的军事同盟色彩。
日俄战争对中国的影响：
日俄战争是20世纪帝国主义在东北亚的一场利益瓜分大战，影响是十分深远的，有的学者甚至说这是第零次世界大战。而对于中国而言，这场战争影响也是十分重要的。
首先中国是惊险万分的收回了东北大部分的主权，但是利权却受到了严重的影响，隐患仍然是不少的。而日后九一八的远因也可以追溯到这场战争。而且这场战争给中国东北地区的人民带来了巨大的苦难。持续了一年多的战争给中国东北带来的是尸横遍野和满目疮痍的景象。连日本人办的《盛京时报》也不得不承认，东北人民“陷于枪烟弹雨之中，死于炮林雷阵之上者数万生灵，血飞肉溅，产破家倾，父子兄弟哭于途，夫妇亲朋呼于路，痛心疾首，惨不忍闻。”
其次是中国鉴于这场战争日本的胜利，掀起了一股学习日本的潮流。官方和民间大量组织人员去日本学习。学军事、学教育、学工业、学法制、学立宪等等，留日成了当时的一股风潮。而这些留日回来的学生日后成了清末新政以及日后辛亥革命的主要力量。如1904初留日学生总数1300余人，武科生二百余人。1907初则高达17860多人，增加十几倍。
再次是中国从这场战争开始，部分精英人物和人民开始意识到日本对我国的威胁。认识到列强都对华有威胁，而日俄两国尤其更具有侵略性和攻击性，日本还更具有阴毒性。防范日俄尤其是防范日本成为当时及日后中国外交和军事防御中的重中之重，而且也逐渐成为中国从高层到民间的普遍共识。
