中日会议东三省事宜条约的签订：
为了将日俄和约上日本获得的利益合法化，日俄和约后不久，日本就立马开始筹备与清政府的谈判，要求清政府承认这些利益转让。而清政府当时也有了一定的准备。
1905.11.4日本任命外相小村寿太郎与驻华公使为全权大臣，开始谈判日俄战争后东北问题。11.7清政府任命奕劻、瞿鸿禨和袁世凯为全权大臣负责谈判，地点在北京。小村一行于11.6乘坐满洲号离开东京，经烟台、天津于12日到达北京。16日在乾清宫觐见了光绪和慈禧，次日开始谈判。双方从11.17-12.22谈判22次，分为两个阶段。第一阶段从1-10次会议，围绕日本十一款大纲和中方提交八款内容及日本六项补充内容谈判，其余会谈为第二阶段，围绕前面未达成一致内容进行交涉，最后签约。纵观日本近代以来与中国的历次谈判，这次会谈的谈判级别是相当高的，仅次于马关谈判。当时日本驻华使馆的人都对小村亲自来主持谈判感到吃惊，因为日俄谈判后小村一直有病在身。马关谈判，清政府派出的是资深年高的北洋大臣李鸿章，按照外交对等和尊重，日本派出首先伊藤博文和外相陆奥宗光共同出席。而这次会议东三省事宜谈判，外相小村寿太郎在出席完日俄谈判后就马不停蹄的来到中国作为全权大臣谈判，可见其十分重视这次谈判的利益转让。除了小村外相外，驻华公使内田康哉也是全权大臣，次于小村。而清政府方面，主要是全权大臣三个人。首席是总理外务部事宜的庆亲王奕劻，次之是外务部尚书、军机大臣瞿鸿禨，下来是直隶总督兼北洋大臣袁世凯。奕劻自光绪十年（1884）就接替恭王开始担任总理衙门大臣，掌管外交已经二十年之久。瞿鸿禨是外部部尚书，当然得出席。但是奕劻事务繁多，也不大懂具体事宜，二十二次会谈，他只出席了五次，而且这几次都是纲领性的会议。而瞿鸿禨虽然是外务部尚书，但对外交更是不在行。所以此次谈判，具体交涉发言的都是袁世凯以及会办大臣的外务部右侍郎唐绍仪。
在具体的谈判中，清政府曾经希望加入诸多限制日本的内容，但许多都因为实力差距而无法获得。如关于旅大租借地的问题，清政府虽然已经早有准备也知道这个是日本最看重的重中之重，知道肯定无法商谈，不过也拟定了详细的新的办法。还有关于旅大租借地和中东铁路问题，清政府也在谈判中提出只能按照原来的中俄有关条约文件和章程办理，日本不得有所超出。还有关于铁路沿线的驻军问题，也都是讨价还价的重要问题。但是因为日本已经实力占据了这些，日本根本不可能也不会与清政府逐字逐句的谈判，只是要求清政府明确承认，而且日本当时在租借地范围和铁路驻军方面，实际到手的已经超越了中俄原有条约所规定的。清政府虽然竭力据理力争，但终究毫无可能挽回。而关于安奉铁路，清政府要求日本拆除或者卖给中国，但安奉铁路是日本战时修建，是最看重的一条横贯东北和朝鲜半岛，连接日本本土的一条铁路干线，是绝对不可能出让的。新奉铁路距离不长，倒是可以考虑。还有就是日本撤军问题，清政府希望日本尽早撤军。日本则表示在俄军没有撤走以前，日本不能轻易撤走，一旦俄国故伎重演，居民难以预料，故而撤军问题当时也只能静观时局变化而定了。
经过一个多月的讨价还价，清政府和日本最终签订了《会议东三省事宜条约》。主要内容是：清政府承认日俄《朴茨茅斯条约》中给予日本的各项权利。设立“中日木植公司”，允许日本在鸭绿江右岸地方采伐林木。日本得继续经营战时擅自铺设的安东（今丹东）至奉天的军用铁路。日本得在营口、安东和奉天划定租界。《中日会议东三省事宜正约》及附约扩大了日本帝国主义在中国东北的利益，实际上将东三省南部纳入其独占的势力范围。
对这份条约的影响和袁世凯及其随员在谈判中起到的作用，史学界有着争论激烈的评判。一些学者认为，《会议东三省事宜条约》是个不折不扣的卖国条约。《朴茨茅斯条约》没有规定的一系列权益，被袁世凯拱手送给日本，如：在安东、沈阳、营口开辟日本“租界”，开辟长春、哈尔滨等十六处为通商商埠，开办中日木殖公司，在鸭绿江右岸采伐木材，日本享有改良安奉铁路及15年的铁路经营权等等。另一方则认为，中日双方在《会议东三省事宜条约》中都有妥协，以袁世凯为首的中国代表为恢复行使我国在东北的主权，力所能及地抵制了日本掠夺新的政治要求。日本在《朴茨茅斯条约》之外增加的涉及中国主权的政治性要求全部被删去，比如“中国政府非经日本国应允不得将东三省地土让给别国或允其占领”等。据当时参与谈判的曹汝霖回忆，中日谈判结束后，日本全权代表小村即向他表达了不满情绪：“此次我抱有绝大希望而来，故会议时竭力让步，我以为袁宫保必有远大见识眼光……不意袁宫保过于保守，会议时咬文嚼字，斤斤计较，徒费光阴，不从大处着想……”。
无论今人怎样评价《会议东三省事宜条约》和袁世凯，一个不争的事实是，在《朴茨茅斯条约》之外，日本又从中国的躯体上撕咬下更多的血肉。清政府未必感觉不到切肤之痛，但为了换取《朴茨茅斯条约》的执行，只能割肉饲虎。学者喻大华说，以得失大局衡量，清政府最看重的主权和领土在《朴茨茅斯条约》中得到确认，接受这份《条约》对清政府算是个差强人意的结果。“当然，即使再不满意，清政府也没别的选择。”而《朴茨茅斯条约》对中国主权和领土的确认只是名义上的，其实质的结果是从沙俄一家独占东北，变成日俄分而食之。日本的侵略铁蹄自此踏上了中国大陆。
日本内阁和军方战后关于满洲问题的讨论决议：
中日会议东三省条约签订后，按条约，日本应该逐步从东北撤军，废除在东北各地所设的军政署等机构，将东北的主权和行政权归还给中国。但是打赢了日俄战争的日本，野心也日益膨胀起来。尤其是日本军人首先把目光瞄准了正被日军实际占领的东北南部。特别是战时的满洲军总参谋长儿玉源太郎大将当时已经升任总参谋长，力主积极经营满洲。
自《朴茨茅斯和约》生效起，清政府认为东三省已经不再是战场，日本应当撤去军政官衙，归还所在地相应的公私权力和财产，但是日本以日俄两国在条约中规定的撤兵日期是1907年4月为由，在“满洲”持续进行军事占领的同时，拒绝清政府军队的进入，并不断强化对占领地的统治。于是激化了与当地民众的矛盾，也不断引起了清政府的抗议。按照日本方面自己的说法，“名为军政署，实则为纯粹的民政厅。特别是施政方针等等，如同视满洲为新占领地，不得不说彻头彻尾地超出了军政以外。”在日本内部，以当时驻扎东北的“满洲”军参谋总长儿玉源太郎为代表的一批军人认为，应当在占领区进行积极的全方位殖民地经营，所以希望能够以军政署为基础，尽量扩大在“满洲”的权利。日军在军事管理中不断谋求自身势力的扩张，并凭借军事优势采取扶植日本工商业者的政策，以至于出现日本垄断南部东北利益的态势，而原本在“满洲”占优势地位的英美商人备受打击，因此引起列强强烈的不满。
1906 .3.19和 3.26，英、美两国公使分别以本国训令的形式就“满洲”门户开放、机会均等等问题向日本提出了强烈的抗议，英美两国与日本在满洲问题上的矛盾激化，同时中国官民与日本驻军之间也存在很大的矛盾。 面对这种复杂的局面，西园寺公望为了能更好地了解当下“满洲”的形势，感到有必要对满洲的现状进行实地的考察。于是他于 1906.4.15起在“满洲”进行了为期一个月的非正式的考察，随行人员有大藏省次官若槻礼次郎、预算课长布来乙彦、政务局长山座冈次郎、农商务局长酒勾常明等约二十人。之所以采取“非正式”的考察形式，有人认为这体现西园寺公望对“满洲”问题的重视，因为这能够使他在最短时间内了解最为真实的“满洲”现状，从而避免考察流于形式。，此期间有一件事格外引人关注，就是同行的若槻礼次郎记录的，西园寺公望在奉天招待盛京将军赵尔巽等中国大员时，对在场的日本驻屯军将领对赵尔巽的不敬行为进行了当场的斥责。此事侧面体现出日本陆军在满洲的强势和嚣张态度，同时也可以看出西园寺公望对日本陆军此种态度存在一定的不满。西园寺公望一行经过大连、旅顺、辽阳、奉天、至安东县，经由朝鲜在5.15回到日本。期间与奉天将军赵尔巽进行了会谈，并且视察了各地军政实况。此次“满洲”视察使西园寺公望大致了解了“满洲”的实地情况，使他对“满洲”问题有了一个清晰的认识，很大程度上影响了其日后在“满洲”问题协议会上对“满洲”问题的态度。
鉴于满洲局势的严峻性，更重要的是清政府内部及英美的反对，该如何对待这个问题，日本政府高层于1906 年 5 月 22 日，在伊藤博文的倡导下，在首相官邸召开了“满洲”问题协议会。出席者有韩国统监伊藤博文、枢密院议长山县有朋、陆军元帅大山岩、内阁总理大臣西园寺公望、枢密顾问官松方正义和井上馨、陆军大臣寺内正毅、海军大臣斋藤实、大藏大臣阪谷芳郎、外务大臣林董、陆军大将桂太郎、海军大将山本权兵卫、参谋总长儿玉源太郎等元老和官僚等十三人，主要代表了政府、陆军和海军等各方面的势力。总的来看，起重要作用的是以伊藤博文和西园寺公望为代表的政府兼政党势力，以山县有朋为代表的陆军中央，以儿玉源太郎为代表的满洲驻军。会议的主导是伊藤博文，讨论问题主要集中在满洲军政的撤废上。
当儿玉源太郎在会上提出了经营满洲的殖民主张后，在会议上不厌其详地论述对大连实施殖民统治的方针，内容包括土地、港湾、产业、教育、税制、警察、卫生、道路、电气等多方面，甚至火葬场、墓地都没有遗漏。儿玉的积极主张受到了伊藤博文等人的反对。伊藤在会上明确指出“儿玉参谋总长等似乎对日本在满洲的地位有根本的误解。日本在满洲方面的权利，是通过讲和条约从俄国继承而来的，即除辽东半岛租借地和铁道之外一无所有。所谓满洲经营，在战争中我国人口居住地，虽今日无论官吏、商人等都说满洲经营，但满洲绝对不是我国的属地。是纯粹的清国领土的一部分。在不是属地的地方，没有道理行使我国主权，也没有新设拓殖务省和处理事务之必要。满洲行政之责任宜应让清国政府负担。”
伊藤同时指出“军政署不可不断然废止。断然撤废军政署，其地方行政应一并交给清国官宪。因为在其地方施行行政、保护人民应当是清国的责任。如果清国没有行政和保护人民之实绩，日本宜进行援助。如今，既然日本实施军政，清国当然就不能负行政、保护之责任。那样此责任就必须由日本来承担。既然有权力，就不能彻底避免履行与之相伴的义务。”他认为满洲是中国领土，持续进行军事占领会引起英美的猜忌，所以他强调有必要在满实行门户开放政策，同时废止军政署，希望各方注意与国际的协调。
最终，在海陆军高层的支持下，伊藤在会议上成功压制了儿玉源太郎为代表的军方强硬派试图乘机殖民东北的计划。此时维新元勋们作为影响巨大的政坛元老，对于日本军队尚有极大的控制力和影响力，这也是在此后连续不断的日本军队势力与日本政府的斗争中，日本政府优势最大的时期。而日本对中国的步步侵略的历史，也是日本军队在军国主义指导下逐步挣脱政府控制最终反控制政府的过程。
1906年底，日军在东北的军政署全部关闭，1907年，日军和俄军依照《朴茨茅斯和约》撤离中国东北完毕，东北主权重新回到中国手中，中国幸运而又不无惊险地保住了东北主权。但利用中东铁路、南满铁路和旅顺租借地，俄、日两国的势力分别伸入并盘踞在东北北部和南部，形成对峙，这一局面，直到第一次世界大战才有所改变。而日本利用可以在南满铁路沿线驻军保护铁路的条款，组建了一支驻扎在中国东北南满铁路附属地的部队，这就是后来大名鼎鼎的“关东军”的前身。
