幻能星系加入跨宇宙联盟后，双方展开了深度合作。幻灵部落将幻能技术共享给联盟，联盟的科学家们将幻能与光明能量、火种能量、本源能量结合，研发出了更先进的跨宇宙战舰、武器和防护装备。例如，“幻能光明战舰” 能利用幻能扭曲空间，提升航行速度和隐蔽性；“幻能火种武器” 能同时具备净化、爆炸、幻象干扰三种效果，威力大幅提升。
陈砚五人则留在幻能星系，协助幻灵部落重建家园，清理残余的黑暗幻能污染。在这个过程中，他们的实力也得到了进一步提升：陈砚的三界至尊令吸收了幻能核心碎片的能量，等级突破至 68 级，解锁了新技能 “幻能本源转换”，能将幻能自由转换为其他能量；林晚秋的宇宙斩魄刀融入幻能，解锁了 “幻能斩魄” 技能，能在斩杀敌人的同时，驱散其体内的黑暗能量；张昊的宇宙撼天锤获得了幻能地震波的强化，攻击范围扩大一倍；李玄的宇宙符文录解锁了 “幻能符文体系”，能绘制出更强大的复合符文；苏晓的宇宙感知仪融入幻能，探测范围扩大至整个星系，还能穿透更高级别的幻象。
【系统提示：所有成员等级提升至 68 级，解锁幻能相关技能，跨宇宙联盟等级提升至 3 级，可调动更多星系资源】
一个月后，跨宇宙联盟召开了第三次核心会议，讨论联盟的扩张和发展计划。会议决定，由陈砚带领 “渊虚五人组” 和一支跨宇宙探索队，前往更多未知星系，寻找新的和平文明，邀请它们加入联盟，同时清理宇宙中的黑暗残余和其他威胁。
探索队由五十艘跨宇宙战舰组成，包括 “探索者二号”、十艘幻能光明战舰、二十艘光明战舰、十五艘宇宙联盟战舰和四艘星穹界战舰，船员和士兵共计一万人，都是来自各个星系的精英。
探索队出发后，在跨宇宙中航行了半年，先后访问了五个和平星系，其中三个星系同意加入跨宇宙联盟，另外两个星系因担心被卷入战争，暂时拒绝了邀请，但表示愿意与联盟建立贸易往来。
在清理黑暗残余的过程中，探索队发现了一个奇怪的现象：这些黑暗残余的能量中，除了黑暗魔尊的本源能量，还夹杂着一丝微弱的 “虚空能量”—— 与之前的虚无领主能量同源，但更加精纯，似乎来自一个新的虚空节点。
“这不可能！虚无领主已经被彻底消灭，虚空能量怎么还会出现？” 苏晓的宇宙感知仪反复探测，确认这不是错觉，“而且这些虚空能量的波动频率，与之前的虚无能量不同，像是来自一个新的虚空领域。”
陈砚心中一沉：“难道宇宙之外，还有其他的虚空领主？或者虚无领主的残余势力，找到了新的虚空能量来源？”
就在这时，探索队的通讯器收到了跨宇宙联盟总部的紧急信号：“陈砚团长，光明星系的外围星系出现大量虚空能量侵蚀，多个行星的文明被虚空能量污染，变得狂暴好战，初步检测到这些虚空能量来自宇宙之外的‘新虚空领域’，有一只‘新虚空领主’正在靠近，等级预计在 75 级以上！”
【系统提示：触发新主线任务 “新虚空领域防御”，任务目标：前往光明星系外围，清理被污染的文明，探查新虚空领主的实力，加固跨宇宙联盟的虚空防御，任务期限：三十天，任务进度 0%】
探索队立刻改变航向，朝着光明星系的方向疾驰而去。途中，苏晓的感知仪探测到更多关于新虚空领域的信息：“新虚空领主名为‘虚空邪皇’，掌握着比虚无领主更强大的虚空能量，还能操控被污染的文明，组建‘虚空军团’。光明星系外围的三个星系已经被完全污染，虚空军团的数量超过千万，等级都在 60 级以上。”
“千万级的虚空军团？” 张昊瞪大了眼睛，“这比黑暗星系的主力部队还要多！”
陈砚沉声道：“我们不能硬拼，必须制定周密的计划。首先，前往光明星系的‘光明堡垒’，那里是光明星系的外围防御核心，我们可以以此为据点，逐步清理被污染的文明，同时联系联盟总部，请求支援。”
十天后，探索队抵达光明堡垒。这里的防御已经被虚空军团攻破了一道缺口，光明星系的守军正在奋力抵抗，虚空军团的士兵如同潮水般涌来，他们的身体被虚空能量污染，双眼是漆黑的虚空裂隙，手中的武器散发着浓郁的虚空能量。
【检测到虚空军团士兵 ×50 万，等级 60-65 级，虚空将领 ×10，等级 70 级，新虚空领主（虚空邪皇）的能量波动在星系外围，等级 75 级】
光明堡垒的守将（光明将军）看到探索队赶来，眼中闪过一丝希望：“陈砚团长，你们可来了！虚空军团太强大了，我们的光明能量对他们的侵蚀效果有限，再这样下去，光明堡垒很快就会被攻破！”
陈砚点头道：“将军，立刻收缩防线，守住堡垒的核心区域；我们的探索队负责清理缺口的虚空军团，同时用幻能和光明能量结合，净化被污染的区域。”
探索队的战舰同时发动攻击，幻能光明炮弹和火种炮弹交织成密集的火力网，虚空军团的士兵被击中后，身体会被净化，同时产生的幻象能干扰后续士兵的进攻。陈砚带领五人和一支两千人的精英突击队，乘坐突击艇，冲出光明堡垒，清理缺口的虚空军团。
本源剑注入虚空净化能量（光明 + 火种 + 幻能 + 本源），一道 “虚空净化斩” 劈出，瞬间斩杀数十名虚空士兵。林晚秋的幻能光明箭精准射中虚空士兵的核心，张昊的重锤砸向密集的士兵群，李玄的幻能光明封印符缠住虚空将领，苏晓的感知仪共享弱点位置。
激战了整整一天，缺口的虚空军团被清理干净，光明堡垒的防线得以稳固。但陈砚知道，这只是开始，虚空邪皇的主力还未抵达，真正的危机，才刚刚降临。
