三个月后，黑暗星系的主力部队如期抵达光明星系的外围。黑暗魔尊的旗舰是一艘巨大的黑色战舰，长达十公里，周身萦绕着浓郁的黑暗能量，散发着令人窒息的压迫感。旗舰周围，一万艘黑暗战舰展开攻击阵型，一千万名黑暗战士和黑暗生物如同黑色的潮水，朝着光明星系的防御阵型冲来。
【检测到超阶 BOSS：黑暗魔尊，等级 70，技能：黑暗本源领域，宇宙黑暗吞噬，黑暗爆炸，能量同化】
黑暗魔尊的黑暗本源领域瞬间展开，黑色的领域覆盖整个光明星系外围，跨宇宙联盟的光明火种护盾开始快速衰减，无数战舰的护盾出现裂缝，部分边缘战舰甚至直接被黑暗能量侵蚀，船体爆炸起火。
“启动跨宇宙防御大阵！” 陈砚下令，五千艘跨宇宙战舰同时激活光明火种能量，形成一道巨大的红金相间的防护网，抵挡住黑暗本源领域的侵蚀。“舰队主力，集中火力攻击黑暗战舰群；地面部队，坚守各个行星的防御阵地；三位宇宙守护者和光明天尊，牵制黑暗魔尊；我带领小队，突袭黑暗魔尊的旗舰！”
跨宇宙大战正式爆发。宇宙联盟的火种能量炮和光明星系的光明能量炮交织成密集的火力网，无数黑暗战舰被击中，爆炸起火。黑暗星系的黑暗能量炮也不甘示弱，密集的黑色能量光束射向跨宇宙联盟的舰队，双方的战舰不断爆炸，宇宙空间中布满了战舰的残骸和能量涟漪。
地面战场上，跨宇宙联盟的一百万士兵与黑暗生物和黑暗战士展开激战。光明火种武器能有效克制黑暗能量，士兵们手持武器，不断斩杀黑暗生物，坚守着各个行星的防御阵地。但黑暗生物的数量太多，且不断有新的黑暗生物从黑暗战舰中涌出，联盟士兵的伤亡也在不断增加。
三位宇宙守护者和光明天尊飞到黑暗魔尊的旗舰前方，同时释放本源能量和光明能量，形成一道巨大的能量光罩，挡住了黑暗魔尊的攻击。“黑暗魔尊，你的时代已经结束了！” 光明天尊的光明领域展开，金色的光明能量与黑暗本源领域碰撞，形成一道鲜明的能量分界线。
黑暗魔尊冷笑一声，黑暗宇宙吞噬技能发动，巨大的吸力将三位守护者和光明天尊牢牢吸住。“就凭你们，也想挡住本魔尊？今天，我就要吞噬光明星系和你们的宇宙，成为跨宇宙的主宰！”
陈砚带领五人小队和一支一百人的精英突击队，乘坐 “探索者二号” 的小型突击艇，朝着黑暗魔尊的旗舰冲去。突击艇凭借着灵活的机动性，避开了密集的炮火，穿过黑暗战舰群，靠近了黑暗旗舰。
突击艇的光明火种护盾挡住了旗舰的黑暗能量攻击，陈砚下令：“强行登舰！” 突击艇的前端弹出登舰梯，牢牢固定在旗舰的甲板上。陈砚带领突击队，手持光明火种武器，冲上旗舰的甲板。
甲板上的黑暗战士纷纷围了上来，这些战士的等级都在 55 级以上，战斗力极强。陈砚的本源剑不断劈出光明火种剑气，将黑暗战士纷纷斩杀；林晚秋的天穹弓射出密集的能量箭，远程支援；张昊的宇宙撼天锤砸向甲板，将大量黑暗战士震飞；李玄的符文和苏晓的感知配合，不断清理着甲板上的黑暗战士。
突击队一路冲杀，朝着旗舰的控制室前进。沿途的黑暗战士越来越强，甚至出现了等级 60 级以上的黑暗军官。陈砚的小队和突击队付出了不小的代价，三十多名队员伤亡，但最终还是抵达了控制室的门口。
控制室的门口，站着两名黑暗魔帅，等级高达 65 级，正是黑暗魔尊的得力手下。【检测到敌对目标：黑暗魔帅（黑暗冥、黑暗煞），等级 65，技能：黑暗领域，魔帅斩，能量吞噬】
“想要伤害魔尊大人，先过我们这关！” 两名黑暗魔帅同时发动黑暗领域，黑色的领域笼罩控制室门口，突击队的士兵被黑暗能量侵蚀，纷纷倒地。
“张昊、林晚秋，牵制黑暗冥；李玄、苏晓，对付黑暗煞；我来主攻！” 陈砚的本源剑注入光明、火种、本源三重能量，一道 “三重本源斩” 劈出，同时击中两名魔帅的胸口，魔帅的黑暗护盾出现巨大裂缝。
张昊的宇宙撼天锤砸向黑暗冥的头部，黑暗冥侧身避开，魔帅斩劈向张昊的胸口。林晚秋的天穹箭射向黑暗冥的眼睛，逼得他不得不后退。李玄的光明火种封印符缠住黑暗煞的四肢，苏晓的感知能量干扰着他的动作，陈砚趁机一剑刺向黑暗煞的胸口，黑暗煞发出一声惨叫，身体倒地。
解决掉两名黑暗魔帅，突击队冲进控制室。黑暗魔尊正坐在控制室的中央，看到众人闯入，嘴角勾起一抹冷笑：“一群蝼蚁，也敢闯我的旗舰？”
黑暗魔尊的黑暗爆炸技能发动，黑色的能量在控制室内炸开，突击队的士兵被瞬间吞噬，只剩下陈砚五人凭借着强大的防护和实力，勉强抵挡住了攻击。
“本源剑・跨宇宙光明火种斩！” 陈砚将光明星系的光明能量、宇宙本源火种能量、三大本源能量全部注入本源剑，一道巨大的红金相间的剑气劈出，朝着黑暗魔尊射去。
