导言：
从清末镇压太平天国后，湘淮军陆续遭到了一系列的裁减，不过因为还有捻军及陕甘各地的起义以及新疆的战事未解决，湘淮不少元老和名将仍在有为之年。而其时又处于“中学为体，西学为用”的新旧体系并存下的洋务运动阶段，清政府的实力有所回升，故能够利用湘淮系继续经营和统治。而湘淮两系在镇捻平回和收复新疆以及中法战争中，也崛起了一批新的名将。这一代人都出身勇营，文化程度普遍不高，但不少人性格坚韧，意志坚决，作战多变灵活，在战争中学习战争，也成了一代名将并荣膺封疆大吏。兹选取湘淮两系各一位叙述，淮系取刘铭传，成为首任台湾巡抚，湘系取刘锦棠，成为首任新疆巡抚。
刘锦棠（1844～1894），字毅斋，湖南湘乡人，晚清的著名将领。其父刘厚荣因镇压太平天国农民起义而丧生。成年后，投入叔父刘松山所在的湘军，随同叔父镇压太平军和捻军，作为左宗棠西征军的主力平定了西北区域的同治回乱和新疆乱局中阿古柏的继承人伯克胡里势力，有“飞将军”之称。后推动新疆建省并担任新疆首任巡抚。官至太子太保，一等男爵。
早年经历:
道光二十四年（1844），刘锦棠出生于湖南湘乡的一个农民家庭。他的父亲刘厚荣参加湘军，在岳州（今岳阳）被太平军击毙。从“报其父仇”的目的出发他15岁时投入刘厚荣生前所部。此后随其叔父刘松山转战于江西、安徽、陕西等地，参与镇压太平军和捻军，积功至道员，成为老湘军中后起的年青将领。
承继危局与转战陕甘：
在太平天国起义的影响下，陕西，甘肃等地回民相继起事，虽然反清却也屠杀老幼妇孺，屡败清军。同治六年（1867），清廷以左宗棠为钦差大臣督办陕甘军务，率兵镇压回民军。两年后的同治八年秋，清军兵锋直指回民军的重要基地金积堡（金积镇）。左宗棠以刘松山的老湘军为主力，对金积堡地区发起猛烈进攻。由于回民军积极防御作战，清军粮运不继，进展缓慢。次年2月14日，老湘军统领刘松山阵亡，清军士气大挫。为了应付危局，左宗棠起用当时任老湘军营务总理的刘锦棠代理统领。并提出了“坚守”与“退屯”两种方案供其选择。刘锦棠审时度势，认为“坚守”、“退屯”均不可取，力主继续进攻。他向左宗棠建议说：“吾军深入乏食，不力战，贼即乘我，灵州旦暮失，大局不可支矣”“必戳力致死，而后军可全。”这一意见得到了左宗棠的赞同。为了激励士气，刘锦棠激发起大家的复仇之心，继续向金积堡地区进攻。在刘锦棠不断的进攻下，终于迫使马化龙于第二年年初到清营投降，遂占金积堡。不久，按照左宗棠的指令，刘锦棠处死了马化龙父子及1800多名回军将士。刘锦棠也因战功而得到了云骑尉的世职。同治十年（1871）夏，刘锦棠护送刘松山灵柩回湖南安葬，并在湖南招募士兵。
同治十一年（1872），刘锦棠率领18营老湘军进攻马桂源和马本源领导的西宁回民军。由于回民军从湟中大峡口到小峡口的八十余里间设置堡垒、绵延不绝，作战难度极大。9至10月，刘锦棠率部斩关而进，前后两个多月，血战50余次，才攻占峡口隘路，兵临城下。11月19日，二马从西宁逃走；次日，刘锦棠率军进驻西宁。1873年3月，马桂源等人在兰州被处死。同治十二年（1873）10月底，刘锦棠又奉命率5营人马参加攻打肃州（今甘肃酒泉）。他利用义军降将喊话诱降，守城义军首领马文禄于11月4日开城缴械。随着肃州被攻克，陕甘回乱平定。左宗棠历数部将镇压陕甘回民起义的战功，将刘锦棠排居第一。清廷依此擢升他署甘肃西宁道。次年河州又发生动乱，刘锦棠会同诸军将之平定。
率军收复新疆
到同光之交的时候，随着陕甘相继平定，消灭阿古柏进军新疆的门户已经打开了。但因为同治十三年日本侵台的牡丹社事件，使得中国的海防也面临着同样的危险。在新疆西北塞防和东南海防同时危险的情况下，清政府面临着艰难的决策，展开了一场海塞防之争。此时，曾国藩已经去世，湘淮两系分别为左宗棠和李鸿章所掌控，海塞防之争有两个派系之争，也有资源分配之争，也涉及到了国家安全走向之争。最后以左宗棠为代表的海塞防并重，目前应塞防为主的正确意见得到了军机大臣兼武英殿大学士文祥等重臣和两宫的支持与认可。光绪元年5月，左宗棠被任命为钦差大臣，督办新疆军务，金顺为乌鲁木齐都统，帮办新疆军务。开始筹备收复新疆事宜。
收复新疆的总体战略部署是左宗棠制定的“先北后南、缓进急战”。这个方略是正确的，是左宗棠对西北历史地理多年研究和根据当时实际情况制定出来的。具体部署以刘锦棠所部老湘军25个营为主力核心部队，张曜、徐占彪、金顺所部共两万多人为辅，共同承担进攻任务。其余数万人留守甘肃、科布多等地作为防守和预备队。而前敌总指挥交由刘锦棠全权指挥。
光绪二年（1876）三月，左宗棠从兰州陕甘总督署移营肃州总督行署，准备发起进攻。当时，清军已有部分兵力驻守在哈密、巴里坤、古城、塔尔巴哈台等战略要地，与阿古柏军相持。4月底，左宗棠命总理行营营务、湘军统领刘锦棠率马步25营分批入疆，经哈密前往巴里坤。至此，清军出关总兵力有80余营，约六七万人。清军按先北后南的方针，决定首先收复南北疆的交通要冲乌鲁木齐。左宗棠命刘锦棠总理行营营务，率湘军25营主攻乌鲁木齐；提督徐占彪和张曜各率所部驻守巴里坤至哈密一线，防敌北窜东逃。阿古柏得知清军西进的消息，急忙布置防御，令白彦虎、马明（均系陕甘回民义军首领，失败后逃新疆投敌）、马人得等分守乌鲁木齐、昌吉、呼图壁、玛纳斯、古牧地等北疆要地，阻止清军南下；一部兵力守胜金台、辟展（今鄯善）一线，防清军从天山南麓进攻；主力2.7万人部署在达坂城、吐鲁番和托克逊，阿古柏本人在托克逊督战。其总兵力约4万人。
光绪二年六月初，刘锦棠率所部各营到达巴里坤，并进驻古城，不久进驻阜康，7月底与金顺部在济木萨会合，谋攻古牧地。8月中旬，清军进扎古牧地城东和东北，8月10日，刘锦棠夜袭黄田获胜。8月13日进围古牧地。经过数天激战后，清军于8月17日晨，用开花大炮轰塌坚固的城墙，占领古牧地，杀敌“不止五六千人”，生擒215人。清军刘锦棠部阵亡158人，伤455人。古牧地之战后，刘锦棠从缴获的敌方信函中得知乌鲁木齐守备空虚，决定除留两营兵力守古牧地外，主力迅速向乌鲁木齐挺进。8月18日黎明，清军出发。守卫乌鲁木齐的马人得、白彦虎未料到清军行动如此迅速，即弃城向达坂方向逃跑。清军收复乌鲁木齐、迪化州城及伪王城。盘踞昌吉、呼图壁与玛纳斯北城之敌如惊弓之鸟，未等清军进攻即弃城而逃。刘锦棠等部消灭残敌、追击逃敌，毙敌约五六百人。就在同时，多年孤军镇守北疆塔城一带的署伊犁将军荣全指挥的清军和孔才、徐学功所部民团，在近六个月的围攻后终于攻下玛纳斯北城。然而，玛纳斯南城之敌仍负隅顽抗。从9月2日始，清军金顺部会同伊犁将军荣全等部猛攻玛纳斯南城，诸部为争功而各行其是，城池久攻不克，后在刘锦棠部的援助下，至11月6日终于攻克。是役，清军耗时二月，伤亡上千人。战后，金顺部又有杀俘行为。不久，左宗棠委婉地让金顺留守北疆，以使刘锦棠在南疆作战时可以不受牵制。至此，北疆地区除伊犁外，所有敌占据点全部克复。这时大雪开始封山，刘锦棠遵照左宗棠的意见，进行整军备战，准备来年春天举兵南进。刘锦棠因战功获得骑都尉世职。
收复南疆的部署，左宗棠根据敌方情况于光绪二年底即已拟定，阿古柏在达坂、吐鲁番、托克逊三城部署重兵，加强防守，其本人则坐镇喀喇沙尔指挥。左宗棠针对这一情况，提出了三路并进的作战方案：刘锦棠、广东陆路提督张曜、记名提督徐占彪各部克复达坂、吐鲁番、托克逊三城，打开南疆门户，然后乘胜西进，收复所有失地。具体部署是：刘锦棠部由乌鲁木齐南下攻达坂城，为北路；张曜部由哈密西进，为东路；徐占彪部出木垒河，越天山南下，为东北路。张、徐两部协力攻取吐鲁番，得手后，立即攻托克逊。
光绪三年4月上旬，刘锦棠按照左宗棠三路并进的部署，与张曜，徐占彪约期进发。14日，刘锦棠率领31营人马（新补充了炮骑各3营），从乌鲁木齐南下，于16日夜晚包围达坂城，直至次日凌晨城中守敌才发现。天亮后，刘锦棠环城侦察敌情，坐骑中弹倒地，他易马而前。摸清城防概况后，命令各营环城挖壕筑垒，严密锁围。同时构筑炮台，准备强攻。当清军两次击退海古拉派来的援兵之后，爱伊德尔呼里盼援无望，便准备突围南逃。刘锦棠命令夜间依旧密切监视。19日晚，城东炮台筑成，他当即下令城内轰击。由于弹药库中炮爆炸，加之大风骤起，烈火燃遍全城。守敌惊溃，四散奔逃。刘锦棠一面指挥各营截击，一面发动喊话劝降。在军政攻势下，守敌头目纷纷投降，爱伊德尔呼里也被活捉，打了一个漂亮的歼灭战。对于大批俘虏，刘锦棠遵左宗棠之嘱，实行宽待政策，凡是新疆平民，不论哪个民族，全部释放回家，并发给衣粮。其他俘虏，愿留者留，愿走者走。在这一政策的感召下，爱伊德尔呼里主动给阿古柏写了劝降信。在整个进军南疆的过程中，刘锦棠始终实行了宽待俘虏的政策，对分化瓦解敌人起了重要作用。攻占达坂城后，刘锦棠分派罗长祜率步骑6营与张曜、徐占彪两路人马于26日攻取了吐鲁番。自率骑兵于同日赶到托克逊，截住准备南逃的敌军。经过激战，除海古拉率2000多人逃脱之外，歼敌4000余人。至此，历时不到半月，胜利地结束了攻占三城的战役。占领托克逊后，刘锦棠决定待秋粮采运充足之后再行南进。在此期间，敌情发生了重大变化。5月29日，阿古柏患中风而死。海古拉携其尸南返时，被其长兄伯克胡里所杀。艾克木汗在库尔勒自称为“汗”，又被伯克胡里败于阿克苏，遂率残部逃入俄境。伯克胡里继承了阿古柏的汗位后，除留部分人马防守东四城外，自率主力退保西四城。
依据南疆八城的地理和敌军分布情况，刘锦棠把进军南疆的部队分成两个梯队：以老湘军为第一梯队，专门“主战”，以张曜部为第二梯队，“且战且防”。9月27日，刘锦棠率领第一梯队32营先期出发，10月2日进抵曲惠。为了消灭逃至库尔勒观望动静的白彦虎，他兵分两路，令余虎恩，黄万鹏率马步14营，取道乌什塔拉，沿博斯腾湖南岸进攻库尔勒侧背；自率主力沿大路过开都河，从正面进捣库尔勒。9日，两路人马会师库尔勒时，白彦虎已西逃库车。针对白彦虎长于流窜的特点，刘锦棠断然决定亲率精骑1000、健卒1500人先行追击，令罗长祜领大队人马随后跟进。在刘锦棠的带领下，先行部队从库尔勒启程后，三昼夜疾驰400多里，15日追到布古尔（今轮台）时，击溃敌骑千余。18日追到库车城外时，又毙敌千余。22日终于在铜厂和木杂喇特河（今木扎提河）追上逃敌，经过激战，消灭一部，余敌继续西逃。24日追到阿克苏城外时，当地维吾尔族人民已自动占领该城“以待官军”。这时，白彦虎部经乌什逃向喀什噶尔，伯克胡里留守东四城的残部则逃向叶尔羌。
对于刘锦棠指挥的这一阶段作战，左宗棠十分满意地赞扬说：“三旬之间，迅扫贼氛，穷追三千里，收复东四城，歼敌数千，追回难民数十万，决机神速，古近以来，实罕其比。”东四城克复之际，原来投降阿古柏的和阗头目尼牙斯反正，主动率兵围攻叶尔羌以策应清军。叛国降敌的前喀什噶尔守备何步云也反正，率领原部占据了喀什噶尔汉城，因力单难支，派人到阿克苏向刘锦棠乞援。在这种情况下，刘锦棠毅然决定改变原定首先攻占叶尔羌的计划，不待第二梯队抵达阿克苏，不顾长途追击作战的疲惫，马上进军喀什噶尔。他令余虎恩率5营人马取道巴尔楚克（今巴楚东）、玛纳尔巴什，进攻喀什噶尔；令黄万鹏率步骑9营取道布鲁特游牧地，疾指喀什噶尔，自率主力进驻巴尔楚克，居中策应。12月17日晚，余、黄两部兵临喀什噶尔城下，当晚将回城克复，伯克胡里和白彦虎分率残部逃入俄境。21日，刘锦棠进取叶尔羌，24日占领英吉沙尔，董福祥部于次年1月2日进占和阗。一月之内，清军驰驱2000多里，夺取西四城，胜利收复了南疆。
捷报传到肃州大营，左宗棠称赞刘锦棠的指挥道：“筹策之周，赴机之速，古今未尝有也”，“大军西征，如飞如翰，自秋徂冬，挈回疆全境还隶职方，即劳烈而论，已足光垂史牒。若夫功成迅速，则实古今罕见之事。”（《左宗棠全集·札件》，岳麓书社1986年版，420页）清廷也高度评价刘锦棠“智勇深沉，出奇制胜，用能功宣绝域，（《左文襄公全集·奏稿》五十二卷，第49页），将其晋为二等男爵，5月晋太常寺卿，8月授通政使司通政使。
善后新疆事务
新疆初复，但却面临着极为惨痛的局面，外部俄国仍然占据伊犁九城地区，控扼当时南北疆往来的交通要道冰岭（木素尔山口），从外部对新疆构成严重威胁。除了沙俄之外，各种叛军和阿古柏、白彦虎残部仍然对新疆尤其是南疆构成不小的威胁。而最关键的是内部，新疆自从同治三年（1864）大乱再到阿古柏入侵，十几年间是城池残破，官无衙署，民无居室，渠道淹废，田园荒芜。刘锦棠从东到西、从南到北，目睹了这—惨景。他在新疆所做的第—件事，就是设立善后局，处理善后事宜。尤其是南疆事务极为繁琐复杂和严重。
南疆的善后工作，都由刘锦棠一路收复，—路设局经理。当时军队里幕僚人员很多，善后局主要由这些人来经办。善后局的重要任务之一，便是招集流寓失所的农民，将被阿古柏匪徒胁行的人民遣返原籍，贷给籽种，使能够迅速恢复生产。新疆干旱少雨，农业生产全赖引水灌溉。为此，又仿行以工代赈的方法，每日发给口粮，组织刚刚返回原籍的农民修复渠道、坎儿井。清军官兵也被派去参加兴修农田设施的劳动。这些措施，保证了南疆各地农业生产的恢复。人们衣食有了着落，社会也就日趋安定了。
在对内治理的同时，刘锦棠针对漏网之鱼的白彦虎部“常引为大恨”。为此，他注重边防卡伦建设，加强了对残敌窜犯的戒备和清剿。光绪五年（1879）9月，白彦虎派其心腹金山率几百人马，侵入阿克苏以西边境。27日，刘锦棠率骑兵900，步兵300，从喀什噶尔出发，沿边境急驰，截住该敌，活捉金山，全歼所部。12月上旬，伯克胡里派其亲信头目阿里达什率480余人侵入喀什噶尔西部边境。刘锦棠认为，阿古柏残部屡次回窜，“名为该部寻仇，实由俄回嗾使”，“必大加惩创，方免频来扰边。”9日夜，刘锦棠又亲率骑兵900，步兵1100人，兵分三路，在当地布鲁特人的协助下，全歼了这股敌军，击毙了阿里达什。同年，原阿古柏部将艾克木汗勾结布鲁特头目阿布都勒哈玛，聚集了2300多人来犯，侵扰到离喀什噶尔只有200多里的博斯塘特勒克一带。刘锦棠出动4000多人马，兵分三路，乘艾克木汗袭击清军营寨之机，设伏于博斯塘特勒克山谷内外，诱其入伏，四面包围，除艾克木汗与阿布都勒哈玛领100余骑逃脱以外，其余全部被歼。9月上旬，艾克木汗和阿布都勒哈玛又纠集2000多人马，“声言奉俄国号令，攻取喀，英各城”，经喀什噶尔以西 700余里的乌什恰提卡伦，兵临色勒库尔（今塔什库尔干塔吉克自治县）城下，企图先占该城作为立足之地，刘锦棠闻讯，亲率马步2000，携带干粮，经英吉沙尔，取道荒无人迹的岩壑山路，昼夜兼程向色勒库尔疾进。艾克木汗得知清军大队来援，便撤离色勒库尔向北逃窜。刘锦棠立即改道向北，凿冰为道，冒险翻越终年积冰的卡拉塔什达坂，以4昼夜驰800里的速度，终于追上逃敌，将其全部歼灭。至此，清剿阿古柏残部的任务基本完成，新疆防务形势得以好转。
左宗棠评价刘锦棠歼灭窜犯残敌的作战指挥道：“用兵不越旬时，渠目几无漏网，而内地各城，安堵如故，鸡犬无惊者，则审机之明，赴机之速，有以致之。”光绪六年（1800）3月，清廷任命刘锦棠帮办新疆军务。他为配合左宗棠准备武力收复伊犁而积极备战。8月，左宗棠奉召回京，刘锦棠接任钦差大臣督办新疆军务。
早在光绪四年底，清政府派崇厚为出使俄国大臣，谈判归还伊犁问题。沙皇政府软硬兼施，迫使崇厚签订了屈辱的《里瓦几亚条约》，以丧失大片领土和赔款五百万卢布为代价“收回”了九座空城。消息传到国内，舆论大哗。左宗棠也极为愤慨，他痛斥崇厚的卖国行径，清政府也将崇厚治罪，判为斩监候，拒绝批准条约，并改派驻英、法公使曾纪泽前往圣彼得堡重新谈判，同时命左宗棠统筹兵事，为可能的战争做准备。光绪六年4月，左宗棠开始部署军队，准备以刘锦棠步骑万人出乌什，张曜所部七千人从阿克苏分两路直取伊犁，金顺所部万余人扼守晶河，备俄军东犯乌鲁木齐，分遣谭上连等分屯喀什噶尔、阿克苏、哈密为后路声援：合马步卒四万余人。5月底，左宗棠以六十九岁的高龄，带病的身躯，冒着盛夏的酷热舆榇出关由肃州总督行署前往哈密，6月15日，左宗棠进抵哈密，命令各军戒备。沙皇政府见如意算盘将成画饼，遂恼羞成怒，一面增兵伊犁，一面调遣军舰东来，虚张声势。清政府在讹诈之下，于8月11日调左宗棠回京。刘锦棠一直也在为配合左宗棠准备武力收复伊犁而积极备战。8月，左宗棠因奉召回京，刘锦棠接任钦差大臣督办新疆军务。
光绪七年（1881）2月24日，曾纪泽与俄国谈判一年后，最终于俄国签订《中俄伊犁条约》，与崇厚的《交收伊犁条约》相比，除赔款增加了四百万卢布外，在界务和商务方面，中国都争回了很大一部分主权界务方面，在伊犁地区收回了至关重要的特克斯河流域两万多平方公里的土地，霍尔果斯河以西到中俄1864勘分西北界约记定下的西部边界博罗湖吉尔卡伦之间的65公里的纵深地带被割让。在斋桑湖和喀喇额尔齐斯河下游地区的界线，改为在《里瓦几亚条约》界线与《中俄勘分西北界约记》所定原线之间“勘定新界”，中国收回了一部分领土。商务方面，俄国设立领事的地点，由七处缩减为二处：中俄陆路通商新疆至汉口一条路线，删除了嘉峪关至汉口一段；水路方面关于俄轮沿松花江航行到伯都讷的专条被删除了。但是，该条约大部分保留了《交收伊犁条约》规定的商业特权。从根本上说，它和《交收伊犁条约》一样，都是有损中国主权和领土完整的不平等条约。然而，这却也是近代中国以来难得的一次外交胜利。
次年清政府收回伊犁，刘锦棠也在开始新疆的未来。
力主建省、首任巡抚、建设新疆和晚年：
清朝正式收回伊犁后，刘锦棠请求将新疆设为省，设巡抚、布政使，道、府、州、县都比照内地予以设置。同时，他在新疆整修道路、城镇，设置学校、驿传，兴修水利，广兴屯田。次年，刘锦棠被擢升为兵部右侍郎，加尚书衔。这时的刘锦棠已是独当一面的封疆大吏，然而，他对升官晋爵不感兴趣，伊犁收复以后，多次以祖母老病和自己患脚疾为由，申请开缺回乡，但是，当一听说法国侵略军占领越南袭击谅山，威胁广西、云南的消息后，“不禁积愤填胸”，并上《请率师与法夷决战折》，“请旨率师东下，与之决战，以纡积愤”，并且表示，“臣之脚疾虽迄未痊，而当国家有急，当奋不顾身。”他在奏折中分析了敌我双方的力量对比，认为只要坚决抵抗，无论陆战、海战，都有取胜把握，要求准其自募6000人东下赴越，抗击法寇。可惜清廷妥协方针已定，拒绝了刘锦棠的请求。9月13日，刘锦棠又上奏请战，再次要求奔赴抗法前线，并且说明并非邀功请赏，只是为了报效国家。清廷又未准允。
随着伊犁的收回，清政府也在考虑新疆的未来该如何。原来清政府在新疆实行的是军府制。而在军府制之下，新疆的局面是多重治理的。北疆伊犁、塔城为主地区主要实行的是军府制，多驻防满蒙八旗索伦兵，将军和各种领队大臣是上马管军下马管民。而在新疆东部的乌鲁木齐和哈密、巴里坤一带，则是行政上划归甘肃省的镇迪道，该地区的驻军统归乌鲁木齐都统和提督管辖，陕甘总督也有权指挥调动。在南疆，实行的则是伯克制，一般的地方事务归各种伯克管理，高级的伯克由南疆大臣上报伊犁将军并清政府批准。南疆没有多少清政府驻军，一直到长龄、杨遇春平定张格尔叛乱后才有较大规模的驻军，不过南疆每年有九千到一万左右的陕甘绿营兵换防，一直持续到咸丰三年（1853）因经费拮据而停止。清政府新疆各军府之间，以伊犁将军最高，统领全局，但实际上喀什噶尔参赞大臣和乌鲁木齐都统分其事权和兵力，并以陕甘总督参与乌鲁木齐以东和新疆南北两路的换防，人员调补和财政事项，保证总督对新疆事务的渗透和影响。这样西北边防体系就形成了陕甘总督驻守的兰州、乌鲁木齐都统驻守之乌鲁木齐、伊犁将军和喀什噶尔参赞大臣驻守之伊犁和喀什噶尔三大重镇所构成的以伊犁将军为中心，互相配合又互相制衡，避免了重兵集团地域性军阀形成的新格局。这种局面和格局在一定时间内起到了不错的作用，自不否认，但长期下来，随着新疆人口的增多以及内地进入新疆的人口增多，加上新疆面临的外部环境，这种部署呈现了大问题。最主要的问题是管兵的官多，而管理民众的官少，真正军政皆宜的官员是极少数的，而且这种局面会使得南疆伯克坐大，形成新的土司威胁安定。所以自道光年间开始，就不断有人提出改新疆为省的建议。最早提出在新疆改建行省的是龚自珍。龚自珍提出要“夺伯克之权”，就是削减权力。“各回城伯克中遴选一员，赏给协办县事名号，排班在知县之下、县丞之上。”这个建议有点招安回部首领的意思，让其进入体制内，不再游离于外。龚自珍的方案虽然没有影响到清廷，但后来引起了左宗棠的重视。左宗棠视龚自珍为新疆建省的启蒙老师。
光绪三年（1877），清政府命左宗棠筹划新疆建省。次年，左宗棠上奏《新疆应否改设行省开置郡县请敕会议折》，“敕下军机大臣、总理各国事务衙门、六部、九卿及各省督抚臣，将新疆应否改设行省、置郡县从长计议。”此时，左宗棠西征大军已经基本完成新疆收复之战，左宗棠可以腾出手来专门谋划新疆建省。他提出的方案是，以郡县制为主，以伯克制为辅，实行一省两制。在《复陈新疆宜开设行省请先简督抚臣以专责成折》中，他提出“谨拟乌鲁木齐为新疆总督治所，阿克苏为新疆巡抚治所，彼此声势联络，互相表里，足称其形势。将军率旗营驻扎伊犁，塔尔巴哈台改设都统，并统旗绿各营，并拟增设伊犁兵备道一员，塔尔巴哈台拟增设同知一员，以固边守……”在这份奏折中，左宗棠洋洋洒洒千言，同龚自珍一样的是，他也细化到了各个县。不一样的是，龚自珍没有到过新疆，而左宗棠比较熟悉新疆。不过，他们提出的方案最终都没有得到清廷的认可。
要说真正了解新疆，还得说刘锦棠。刘锦棠是左宗棠的左膀右臂，是收复新疆的首要功臣，也是未来的新疆第一任巡抚。由于长期在新疆带兵打仗，刘锦棠比上司左宗棠更熟悉新疆事务。
光绪七年（1882)8月，刘锦棠上奏新疆建省方案。他的方案一大特点，就是将将新疆挂靠在甘肃省下，命名为“甘肃新疆省”，但也不是完全合并，貌似有点大区行省的意思。刘锦棠的理由是:“新疆之与甘肃形同唇齿……若将关内外划为两省，以二十余州县孤悬绝域，其势难以自存”。新疆与甘肃关系密切，因为在新疆建省前，新疆东部地区属于甘肃管辖。他提出，“仿照江苏建置大略，添设甘肃巡抚一员，驻扎乌鲁木齐，管辖哈密以西南、北两路各道、厅、州、县，并请赏加兵部尚书衔，俾得统辖全疆官兵，督办边防，并设关外等处地方布政使一员，随巡抚驻扎。旧有镇迪道，拟请援照福建、台湾道之例，赏加按察使衔，令其监管全疆驿传事务。”实际上，这个驻扎在乌鲁木齐的甘肃巡抚，并不管理甘肃全省事务，只是负责哈密周围。而负责管理甘肃的则是“陕甘总督兼甘肃巡抚”。刘锦棠的新疆建省方案同样洋洋洒洒，区划、官制、军制的各种调整。实际上，他的方案是在左宗棠等人的方案上做出的调整。
光绪九年11月，清政府发布上谕，正式设立甘肃新疆省，并任命刘锦棠为首任新疆巡抚，“刘锦棠著补授甘肃新疆巡抚，仍以钦差大臣督办新疆事宜。”显然，清政府采纳了刘锦棠关于“甘肃新疆”的建议。同时，新疆省城由伊犁迁至迪化，即乌鲁木齐。巡抚刘锦棠驻乌鲁木齐，受陕甘总督节制。新疆建省后，其中最大的一个区划调整就是将哈密地区由甘肃划归新疆。十二年，“割迪化、镇西往属”。哈密厅原隶属于甘肃安肃道，后划归镇迪道管辖。
新疆省的名字最初叫“甘肃新疆省”，刘锦棠的想法是傍甘肃，先行过渡，以后再逐渐独立。刘锦棠将镇迪道所设厅县划归甘肃省，但隶属甘肃新疆巡抚管辖。意思就是我中有你，你中有我。其实，四年后，两省行政班子基本就是独立运作状态，互不管辖、互不兼任。后来为了便于区分，在清政府各种官方文件中，新疆逐渐统一简称为“新疆”。
实际上，在清政府正式设置新疆省前，就刘锦棠的方案给予了肯定，并批准他进行改革，为建省做准备。有了尚方宝剑，刘锦棠对新疆的行政区划进行了大刀阔斧的改革。新疆南北两路遍设道、府（厅）、州、县，勘探边界，选定界址。同时改扩建、新建各办公场所，署衙、坛庙、监狱等，并就近选派官员。原来的南北两路办事大臣、参赞大臣、乌鲁木齐都统等官职都被裁撤。但伊犁将军继续保留，管辖范围只有伊犁、塔城等边防地区，让以满族亲贵为主的伊犁将军专心对付沙俄。作为部分民族地区的领袖“伯克”，同样有大程度保留。光绪十一年（1882），刘锦棠进驻乌鲁木齐，奏省参赞大臣，改置都统，设喀什噶尔、阿克苏、巴里坤提镇各营。复增道、府、厅、县，徙分防官驻要塞，南北郡县之制始定。日后新疆行政大体框架基本就在刘锦棠的规划范围内，直到清朝灭亡一直没有被改变过。。
不过新疆虽然建省，但伊犁将军仍然存在，伊犁塔城一带事务仍然在伊犁将军手中，巡抚是无法插手的。作为汉人巡抚，权力大幅缩小的满族权贵是不甘心的，导致同在一省，巡抚与伊犁将军矛盾不断。当时担任伊犁将军的是金顺，与刘锦棠一起都是左宗棠的爱将，而且两人私交关系很好。但由于巡抚与伊犁将军的冲突，导致两人关系迅速恶化。巡抚代表的是全疆利益，而将军代表的则是满蒙哈部落利益，伯克代表部分特殊民族利益，当巡抚行使权力时，或多或少都会与将军、伯克的利益发生冲突，让巡抚总有掣肘之感。这就是清末新疆的特殊省情。不过金顺去职后几年，他就立即奏请设置了伊塔道，将伊犁、塔城两处地方置于巡抚的管辖之下。虽然后来担任伊犁将军的人一再要求恢复过去的权限，而且将军和巡抚也一直摩擦不断，但是始终未能如愿。刘锦棠治新时奠定的行政体制，直到清朝灭亡一直没有被改变过。
与新疆建省相联系的是伯克制度的废除。伯克制是南疆维吾尔社会长期存在的统治制度。各地以阿奇木伯克为首，下设各种伯克二三十人。他们依仗权势，对维吾尔族农民进行残酷的徭役制剥削。维吾尔族农民为推翻封建徭役制度进行了长期的斗争。1864年遍及全疆各地的农民起义，对伯克制打击最为沉重，伯克制已经名存实亡了。
刘锦棠在南疆各地建立善后局后，曾经委派一些不甘投敌的爱国伯克担任一些差使，却没有赋予他们什么实权。如征收田赋时，只让伯克们督催农民直接赴善后局缴纳，不允许伯克出面经办收取，而且以前一向由伯克全权处理的民政事务，也一概由善后局办理。
刘锦棠顺应了历史潮流，没有去扶植已经处在没落中的伯克们的权势，建省之后也只让伯克在地方基层政权中担任书吏和乡约。这些措施，都为日后伯克制的正式废除准备了条件。
1887年清廷下令取消伯克制，原先的伯克们的品级和地位大为下降，社会却安定如常，没有出现任何波动。随着新疆省的建立，新疆与内地行政建置的一体化，过去对内地人民迁居新疆的种种限制也都不存在了。为了吸引更多的无地农民到新疆来，加快新疆农业经济的恢复和发展，刘锦棠修改了以往的屯田办法。新疆，尤其是北疆，是清代移民开垦的重点地区，分布面广的主要有民屯、兵屯、犯屯三种。刘锦棠正式奏报了新的屯垦章程，规定两名男丁为一户，给地六十亩，屯民初到时贷给八个月的口粮及三石籽种，借给七十三两银子作为置办农具、牛只和筑履等费用；头一年归还一半，第二年还清，第三年征收额定田赋的一半，第四年起征收全额田赋。这种待遇，比一百多年前的乾隆年间差，比起咸丰、同治年间却好多了。他还咨照内地各省督抚，鼓励贫苦无地农民来新疆开荒种地。在这以后的一个阶段内，移居新疆的农民很多。他还在南疆东部的尉犁一带开辟了一些新的农垦地区。
按先前的旧例，这类民屯的剥削还是较轻的，兵屯的剥削就重了，最重的是犯屯。所以，兵屯、犯屯的生产历来很不景气。因为勇丁种地都是差使，并不关心收成好坏，各地官员都在哀叹兵屯耗资太多而收获无几。刘锦棠提出变通办法，不再将老弱兵勇派去种地从事兵屯，而是裁兵分屯，将土地分给裁减下来的老兵，依照民屯办法，向政府缴纳租赋。
与此同时，刘锦棠不断向清政府要求增加对新疆的协饷。光绪十一年（1885）户部重新调整甘肃新疆的协饷规模和关系，建立甘肃新饷来取代原有的协饷关系和数目。户部决定每年指拨480万两，由陕西、山西、河东道、河南、安徽、江苏、两淮、湖北、湖南、江西和四川承协，各省承担数量每年都有所变动。当年规定的数目是陕西20万，山西84万，河东道52万，河南61万，安徽20万，江苏10万，两淮20万，湖北33万，湖南16万，江西85万，四川79万。这批协饷分配给甘肃新疆巡抚220万，伊犁和塔尔巴哈尔145万，宁夏、凉州、庄浪及西宁办事大臣20万，甘肃95万。此外各省还有专饷，不在此数内。自从甘肃新饷确定后，各省解送情况总体良好，即使偶有欠解也多能随后陆续补齐。同年解送429.6469万，次年起解446.8万，十三、十五、十七到十九年全部到位，十六和十八年也大部分到位。即便光绪二十年后，各省解送依然十分积极。后来的甘肃新疆巡抚陶模多次为各省督抚司道专门拜折请奖。甘肃新饷总体在庚子前运行良好，主要是朝廷重视，清政府严格考成，按照京饷标准执行。此外甘肃新疆地处西北，与强俄接壤，边防问题至关重要。再者当时全国大局稳定，各省经济复苏，有能力解送，特别是甲午前，各省协饷至少也能达到户部规定的八成以上，不少年份全部解送。能争取到这些巨额饷银，对新疆的恢复和发展是非常有作用的，刘锦棠对此功不可没。
而在边防问题上，尤其是事关新疆安全的帕米尔边防问题上，刘锦棠极为重视。早清政府在肃清了阿古柏的入侵后，在帕米尔地区设立了巴什滚伯孜卡、雅尔特拱拜卡、图斯库尔卡、六尔阿乌卡、黑孜吉牙克卡、塔敦巴什卡、阿克素睦尔瓦卡、阿克塔什卡、伊斯里克卡等卡伦，进一步加强对帕米尔地区的政治、军事管理。刘锦棠之后的历任巡抚直到光绪十八年（1892）清政府误从帕米尔撤军前，一直沿袭并加强帕米尔的防务。
光绪十三年（1887），刘锦棠获准回乡省亲，沿途百姓热情迎送，常常数日不能前进。十五年，刘锦棠加太子少保衔。次年又晋刘锦棠为太子太保。5月，他再次回湘省亲。9月2日，刘锦棠从湖南上奏申请开缺养病。此后他一直在籍休养。在他回乡养病期间，巡抚一职由布政使魏光焘护理。正式开缺后，巡抚一职为陶模接任。
光绪二十年（1894），刘锦棠晋封一等男爵。这时中日战争一触即发。清廷想起这位智勇双全的战将，7月令湖广总督张之洞前往湘乡传旨，令其召集旧部速赴辽东。为了抗击日寇，刘锦棠抱病启程，刚到湘乡县城，忽患中风，左体偏瘫，8月去世。清廷赐谥襄勤，并予建祠。新疆各族人民对刘锦棠坚决保卫新疆的历史铭刻在心，当1898年俄国武装侵占新疆的帕米尔地区时，广大军民怀念说： “若前抚臣刘锦棠在任，断不至此。”
总评：
刘锦棠戎马一生，战功显赫，其作战风格迅速快捷，故而称为“飞将军”，尤其是指挥清军收复和保卫了新疆，这一重大的历史功绩是不可磨灭的。他在作战中所表现的不畏强敌、敢打敢拼、勇猛顽强的战斗作风和沉着机智、灵活机动、出奇制胜的指挥才能，在晚清反击外敌入侵的作战中真是不多见的。在英俄两国争霸中亚、觊觎帕米尔地区的危急形势下，刘锦棠加强了在帕米尔的防务，增添了新的关卡，修筑了驿站和道路，委派当地首领为千户长、百户长，督率部民保家卫国。刘锦棠以军人出身而为了新疆第一任巡抚，虽然在任时间不长，但刘锦棠对新疆的贡献是巨大的，从收复新疆到包括新疆建省在内的一切军事活动和善后事宜，都是他一手经办的。这些历史功绩是无法抹煞的。
左宗棠、刘锦棠及其湘军和其他来自各地的无数将士抱着必胜的信念、坚定的意志，跨越天山和沙漠，这份爱国的精神和豪情壮志，将也永远为后世所铭记。他们有的人长埋地下，有的人荣归故里，有的人则继续扎根新疆，孕育了一代又一代的后人，这些人也一代代一辈辈的为国家建设，戍边，积小成大，他们的精神永垂青史！
