鲨国的庆功宴刚刚落幕，小岸却收到了来自南极科考队的紧急通讯。画面中，科考队队长面色惨白，背景是一片狼藉的科考站：“小岸首领，我们在冰层下发现了一座古老的基地，里面布满了‘普罗米修斯计划’的标志。更可怕的是，基地深处有个休眠舱，里面的生物…… 正在苏醒！”
小岸立刻召集 “海魂军” 核心成员。
珍珠调出南极冰层的三维地图，手指在屏幕上滑动：“这座基地的建造时间比马里亚纳海沟的终极基地还要早五十年，很可能是‘普罗米修斯计划’的雏形实验场。根据能量探测，休眠舱里的生物蕴含着超越以往的基因能量，一旦完全苏醒，后果不堪设想。”
小汐突然握住小岸的手，眼神中带着一丝不安：“哥哥，我能感觉到南极的海洋生物都在颤抖，它们说那个苏醒的生物身上，有和爸爸笔记本里描述的‘原始基因’相似的气息。”
次日清晨，小岸、小汐与珍珠带领三十名精锐队员，乘坐升级后的 “深海守护者二号” 潜艇前往南极。潜艇穿透厚厚的冰层，停在基地入口上方。队员们穿戴好抗寒潜水服，跟着小岸进入基地。
基地内部弥漫着腐朽的金属味，墙壁上的电子屏闪烁着杂乱的代码。珍珠破解了主控电脑，调出一段尘封的影像：画面中，年轻的周明哲正对着镜头狂笑：“原始基因终于稳定了！只要唤醒‘始祖’，就能重塑世界，所有变异体都将成为它的养料！” 影像的最后，一个浑身覆盖鳞片、长着巨大翅膀的生物被关进休眠舱，它的眼睛 —— 竟是与浪如出一辙的湛蓝色。
“是始祖！” 小岸的心脏猛地一缩，“爸爸的笔记里说过，‘普罗米修斯计划’的终极目标就是复活始祖，用它的基因统治所有生物。”
突然，基地的警报声响起，红色的警示灯照亮了通道。休眠舱的方向传来沉重的脚步声，地面开始微微震动。
小汐拉住小岸的衣袖，声音发颤：“它来了！”
众人握紧武器，朝着脚步声的方向望去。只见一个高达十米的生物出现在通道尽头，它的鳞片在灯光下泛着金属光泽，翅膀展开时几乎挡住了整个通道。始祖的目光扫过众人，最终停留在小岸身上，发出低沉的嘶吼：“林海的后代…… 你的基因，很美味。”
小岸举起改造后的鲨鱼匕首，鳞片瞬间竖起：“我不会让你伤害任何人！”
始祖猛地扑来，翅膀掀起的气流将队员们吹得东倒西歪。小岸灵活地避开攻击，匕首划过始祖的鳞片，却只留下一道浅浅的痕迹。珍珠立刻操控机械臂发射冷冻弹，始祖的身体被冰层包裹，动作暂时放缓。
“它的鳞片太坚硬了，普通攻击没用！” 珍珠大喊，“小岸，试试用你的血液，你的基因里有纯净的 HS-38 基因，或许能破解它的防御！”
小岸毫不犹豫地划破手掌，鲜血滴在匕首上。匕首瞬间爆发出蓝色的光芒，小岸纵身跃起，朝着始祖的胸口刺去。始祖发出一声痛苦的嘶吼，胸口的鳞片裂开，黑色的血液喷涌而出。
就在这时，休眠舱的方向突然传来一阵巨响，大量的基因液体从地底涌出。珍珠脸色骤变：“不好！基地的基因储备库被破坏了，这些液体一旦与始祖的血液融合，会让它变得更强大！”
始祖感受到基因液体的气息，挣脱冰层，朝着储备库冲去。小岸立刻追上去，却被始祖的翅膀扫中，重重地摔在墙壁上。小汐见状，立刻召唤南极的海洋生物，一群巨大的蓝鲸朝着基地撞来，试图阻止始祖。
始祖的翅膀带着撕裂空气的锐响，扫中小岸的瞬间，一股巨力将他狠狠砸向岩壁。小岸后背的鳞片与金属墙壁摩擦，迸出细碎的火花，口中溢出淡蓝色的血液 —— 那是 HS-38 基因受冲击后，红细胞破裂产生的血红蛋白变异反应。他挣扎着撑起身体，却看见始祖已经冲到基因储备库前，巨大的爪子轻易撕开合金大门，浓郁的基因液体气息瞬间弥漫整个通道。
那些储存在特制容器中的基因液体，是 “普罗米修斯计划” 多年积累的变异基因浓缩物，含有大量激活原始基因的转录因子。始祖贪婪地张开嘴，将整桶基因液体一饮而尽，淡绿色的液体顺着它的鳞片缝隙流淌，与体表的黏液混合后，泛起诡异的荧光。小岸的基因监测仪立刻发出警报，屏幕上显示始祖的基因序列正在以每秒 12 次的频率快速重组，肌肉纤维的直径在肉眼可见地增粗，原本覆盖体表的鳞片逐渐硬化，形成如同防弹钢板般的骨甲。
“拦住它！” 小岸嘶吼着，举起改造后的鲨鱼匕首冲向始祖。可此时的始祖已经完成第一次基因强化，它的速度提升了近两倍，轻易侧身避开攻击，尾巴如同钢鞭般横扫过来。小岸勉强跳起躲避，身后的岩壁却被抽出一道深达半米的凹槽。
小汐召唤的蓝鲸群此时终于抵达，这些体长超过 25 米的庞然大物，用头部猛烈撞击基地的外壁。冰层覆盖的金属外壳发出 “咯吱” 的脆响，部分区域开始出现裂痕，可始祖对这一切却毫不在意。它体内的基因液体仍在持续作用，第二对翅膀从背部的骨甲中撕裂而出，翼膜上布满能分泌麻痹毒素的尖刺，连瞳孔都从湛蓝色变成了血红色 —— 这是原始基因完全激活的标志。
一头蓝鲸突破薄弱的外壁冲进基地，巨大的头颅朝着始祖撞去。始祖却猛地转身，用新长出的翅膀死死缠住蓝鲸的身体，尖刺刺入蓝鲸的皮肤，将麻痹毒素注入其体内。蓝鲸发出痛苦的低频鸣叫，庞大的身体逐渐失去力气，缓缓倒在地上。始祖则趁机吸食蓝鲸体内的血液，进一步补充能量，它的体型又增长了近一米，身上的骨甲缝隙中开始渗出带着高温的绿色汁液 —— 那是基因快速复制产生的代谢废物，温度高达 40℃，滴落在地面上发出 “滋滋” 的腐蚀声。
“不行，普通攻击根本伤不到它！” 小岸看着眼前不断变强的始祖，心中焦急万分。他的基因监测仪显示，始祖的基因稳定性正在逐渐提升，之前因快速变异产生的缺陷正在被基因液体修复，再这样下去，恐怕没人能阻止它离开基地，冲向人类聚居地。
小汐的脸色也变得苍白，她能感受到南极的海洋生物都在恐惧地颤抖，那些原本响应召唤的生物，此刻都在本能地远离基地。“哥哥，它的基因正在吞噬周围的生物能量，我们必须尽快找到它的弱点！”
始祖似乎听到了两人的对话，它转过头，血红色的瞳孔锁定小岸，发出一声震耳欲聋的嘶吼。声波在通道内回荡，小岸和小汐都感到一阵头晕目眩，始祖则趁着这个间隙，朝着基地的出口冲去 —— 它要离开这片冰层，去寻找更多的生物能量，完成最终的基因进化。
