林微成功破解移魂术，帮助太后恢复清醒，洗清皇后冤屈，宫廷也在短暂的动荡后重归平静。然而，林微并未因此而放松警惕，她依旧每日前往太医院，潜心钻研医术，同时密切关注着宫中众人的健康状况，尤其是皇帝的身体。皇帝的卟啉症一直是林微心中的一块大石头，她始终在寻找彻底治愈的方法。
一日，林微像往常一样为皇帝进行例行诊断。她仔细地为皇帝把脉，观察皇帝的面色、舌苔，询问皇帝的饮食和睡眠情况。在诊断过程中，林微发现皇帝的脉象有些异常，相较于之前，脉象更加虚弱且紊乱，同时皇帝还出现了一些低烧、乏力的症状。林微心中一惊，她深知皇帝的身体状况本就不佳，如今又出现这些新症状，情况恐怕不容乐观。
林微决定对皇帝进行更深入的检查。她运用自己在现代医学中学到的知识，结合古代的诊断方法，对皇帝的血液、尿液等进行了详细的分析。在检查血液样本时，林微发现皇帝的血液中白细胞数量异常升高，这表明皇帝的身体正在遭受某种病原体的侵袭。林微立刻联想到了细菌感染，但具体是何种细菌，还需要进一步的研究。
林微将血液样本放在显微镜下，仔细观察其中的细菌形态。经过一番辨认，她发现这些细菌的形态十分奇特，与常见的细菌有所不同。林微心中涌起一股不好的预感，她决定对这些细菌进行药物敏感性测试，以确定何种药物能够有效抑制它们。
林微在太医院的药房中挑选了几种常用的抗菌药物，将它们分别加入含有细菌的培养皿中。按照正常情况，敏感的细菌在接触到相应的抗菌药物后，会受到抑制甚至死亡。然而，经过一段时间的观察，林微震惊地发现，这些药物对皇帝体内的细菌几乎没有任何作用，细菌依旧在疯狂地繁殖。
林微意识到，皇帝体内的细菌很可能是一种具有抗药性的超级细菌。这种超级细菌的出现，使得皇帝的治疗难度大大增加。林微深知此事的严重性，她立刻将情况告知了苏然。苏然听后，脸色变得十分凝重，他说道：“林微，这可如何是好？皇帝的身体本就虚弱，如今又感染了超级细菌，若不及时治疗，后果不堪设想。”
林微皱着眉头说道：“苏然，我们必须想办法找到能够抑制这种超级细菌的方法。我怀疑，这超级细菌的出现，可能与之前皇帝使用的一些药物有关。长期使用同一种或几种药物，可能导致细菌产生了抗药性。” 苏然点了点头，说道：“那我们现在该怎么办？” 林微沉思片刻后，说道：“我需要查阅更多的古籍医书，看看古代是否有关于类似病症的记载和治疗方法。同时，我们也要加强对皇帝的护理，尽量提高他的身体免疫力，延缓病情的发展。”
林微和苏然立刻行动起来。林微一头扎进太医院的藏书阁，开始查阅大量的古籍医书。她每天都在书堆中忙碌，不放过任何一个可能有用的信息。而苏然则负责调配暗卫，加强对皇帝寝宫的守卫，防止外界的病菌再次感染皇帝，同时安排专人照顾皇帝的饮食起居，确保皇帝能够得到最好的护理。
在查阅古籍的过程中，林微发现了一些关于古代疫病的记载，其中有些病症的症状与皇帝现在的情况相似。但这些记载中所提到的治疗方法，大多是针对普通的病菌感染，对于抗药性超级细菌，并没有有效的解决办法。林微感到有些沮丧，但她并没有放弃，她继续深入研究，试图从古代医家的治疗思路中找到灵感。
与此同时，皇帝的病情逐渐加重。他的低烧持续不退，身体愈发虚弱，连起身都变得十分困难。太后和皇后得知皇帝的病情后，心急如焚，她们每天都会前往皇帝寝宫探望，看着皇帝被病痛折磨，心中充满了担忧。太后对林微说道：“林医官，皇帝是我大楚的希望，你一定要想办法治好他。无论需要什么，哀家都会全力支持你。” 林微心中压力巨大，但她坚定地说道：“太后娘娘，请您放心，民女一定会竭尽全力，找到治疗皇帝的方法。”
林微在太医院中召集了所有太医，将皇帝的病情和超级细菌的情况告诉了他们。太医们听后，也都感到十分震惊和担忧。他们纷纷表示会全力协助林微，但对于如何治疗抗药性超级细菌，大家都没有什么头绪。林微鼓励大家说道：“各位太医，虽然我们面临着巨大的困难，但只要我们齐心协力，就一定能够找到解决办法。大家可以根据自己的经验，提出一些治疗思路和建议。”
在太医们的讨论中，林微得到了一些启发。有太医提出，可以尝试用一些具有清热解毒、增强免疫力功效的草药，来辅助治疗皇帝的病症。林微觉得这个建议有一定的道理，她决定在古代草药的基础上，结合现代医学对抗生素的研究思路，尝试研制一种新的药物。
林微开始在太医院的药房中挑选各种草药，进行不同的组合和试验。她每天都在实验室中忙碌，观察草药对细菌的抑制效果。在这个过程中，她遇到了许多困难。有些草药组合不仅没有抑制细菌的作用，反而对皇帝的身体产生了一些不良反应。林微不得不一次次调整配方，重新进行试验。
经过无数次的尝试和失败，林微终于找到了一种草药组合，对皇帝体内的超级细菌有了一定的抑制效果。她将这种草药熬制成汤药，让皇帝服用。在服用汤药后，皇帝的病情暂时得到了缓解，低烧有所减退，身体也感觉轻松了一些。
然而，林微知道这只是暂时的缓解，并不能彻底治愈皇帝的病症。超级细菌的抗药性十分顽强，要想彻底消灭它们，还需要找到更有效的方法。林微决定从细菌的抗药机制入手，深入研究超级细菌为何能够抵抗药物的作用。
林微利用太医院现有的简单仪器，对超级细菌进行了更深入的分析。她发现，这些超级细菌的细胞膜上存在一些特殊的蛋白质，这些蛋白质能够将进入细菌体内的药物排出体外，从而使药物无法发挥作用。林微意识到，要想抑制超级细菌，必须找到一种方法，能够破坏这些特殊蛋白质的功能。
林微在古籍医书中寻找关于细胞膜和蛋白质的记载，同时回忆自己在现代医学中学到的相关知识。经过一番努力，她终于想到了一个可能的解决办法。她决定尝试用一种特殊的酶，来分解超级细菌细胞膜上的特殊蛋白质。
林微开始在太医院中寻找能够产生这种酶的生物。她查阅了大量的资料，发现一种生长在皇宫花园中的特殊植物，其体内含有一种与她所需酶相似的物质。林微立刻让人采集这种植物，进行提取和加工，试图得到能够分解特殊蛋白质的酶。
在提取酶的过程中，林微遇到了许多技术难题。古代的提取方法十分简陋，很难得到高纯度的酶。林微不断改进提取工艺，经过多次试验，终于成功提取出了具有一定活性的酶。
林微将提取出的酶加入含有超级细菌的培养皿中，观察细菌的反应。经过一段时间的观察，她惊喜地发现，超级细菌细胞膜上的特殊蛋白质开始被分解，细菌的抗药性明显降低。林微知道，她终于找到了一个突破口。
林微决定将这种酶与之前研制的草药汤药相结合，为皇帝进行治疗。她将治疗方案告知了太后、皇帝和其他太医，得到了他们的支持。在接下来的日子里，林微密切观察皇帝的病情变化，根据实际情况调整治疗方案。
随着治疗的进行，皇帝的病情逐渐好转。超级细菌在药物和酶的双重作用下，数量逐渐减少，皇帝的身体也开始慢慢恢复。林微和太医们的努力终于有了回报，但林微知道，这场与超级细菌的战争还没有完全胜利，她必须继续努力，确保皇帝能够彻底康复，同时也要防止超级细菌在宫中扩散，引发更大的危机……
