1876年4月7日，左宗棠从兰州移营肃州，准备发起进攻。当时，清军已有部分兵力驻守在哈密、巴里坤、古城、塔尔巴哈台等战略要地，与阿古柏军相持。
4月底，左宗棠命总理行营营务、湘军统领刘锦棠率马步25营分批入疆，经哈密前往巴里坤。至此，清军出参战兵力达到约六七万人。
经过一番激战后，清军于8月17日晨，用开花大炮轰塌坚固的城墙，占领古牧地，毙敌六千人，拿下了首场大胜。
古牧地之战后，刘锦棠从缴获的敌方信函中得知乌鲁木齐守备空虚，决定除留两营兵力守古牧地外，主力迅速向乌鲁木齐挺进。
8月18日黎明，清军出发。守卫乌鲁木齐之敌未料到清军行动如此迅速，一闻炮声，即弃城向达坂方向逃跑。清军迅速收复乌鲁木齐、迪化州城及伪王城。
盘踞昌吉、呼图壁与玛纳斯北城之敌如惊弓之鸟，未等清军进攻即弃城而逃。刘锦棠等部消灭残敌、追击逃敌。
8月18日，荣全指挥的清军和孔才、徐学功所部民团，在近六个月的围攻后终于攻下玛纳斯北城。
然而，玛纳斯南城之敌仍负隅顽抗。后来，在刘锦棠部下的援助下，至11月6日终于攻克。
至此，北疆地区除伊犁外，所有敌占据点全部克复。此时冬季来临，大雪封山，不便于大规模的军事行动，清军决定暂停进攻，进行休整，待春天到来再向南疆进军。
1877年4月14日，清军经过几个月的充分准备，开始向南疆进军，刘锦棠率主力1万余人及开花炮队由乌鲁木齐南下，16日夜进至达板外围，乘守敌不备，迅速完成对该城的包围。
清军使用从黑桃十三天太保那里贷款购得的开花大炮猛轰守军。敌守军在清军强大攻势面前只得投降，达坂城遂克复。
攻占达坂城之后，刘锦棠对部分俘虏发给衣粮，准其返回原部。这一举措对瓦解敌军起到了作用。
阿古柏为避免被放回者影响军心，令其次子海古拉处死了其中的大部分，结果适得其反，进一步使阿古柏政权上下离心离德。
清军的破竹之势，用了不到一年的时间就扫荡了南疆的残敌。阿古柏被杀，维持没多久的政权就这样覆灭了。1878年1月2日，清军对阿古柏的作战基本完成。
1878年底，清政府派崇厚为出使俄国大臣，谈判归还伊犁问题。沙皇政府软硬兼施，迫使崇厚签订了屈辱的《里瓦几亚条约》。
这份协议中，要求大清以丧失大片领土和赔款五百万卢布为代价“收回”了九座空城。消息传到国内，舆论大哗。
迫于舆论，清政府将崇厚治罪，判为斩监候，拒绝批准《里瓦几亚条约》，并改派驻英、法公使曾纪泽前往圣彼得堡重新谈判，同时命左宗棠统筹兵事，为可能的战争做准备。
1880年4月，左宗棠开始部署军队，准备以刘锦棠步骑万人出乌什，张曜所部七千人从阿克苏分两路直取伊犁，金顺所部万余人扼守晶河，防备俄军东犯乌鲁木齐。
同年5月底，左宗棠以六十九岁的高龄，带病的身躯，冒着盛夏的酷热舆榇出关，誓与沙俄决一死战。6月15日，左宗棠进抵哈密，命令各军戒备。
沙皇政府见如意算盘将成画饼，遂恼羞成怒，一面增兵伊犁，一面调遣军舰东来，虚张声势。而清政府在讹诈之下，于8月11日调左宗棠回京。
尽管左宗棠被清政府召回，但在其积极备战的支持下，曾纪泽的外交谈判有了进展。对左宗棠被召回一事，沙俄不明底细，所以也犹豫再三，没作出进一步动作。
考虑到大清这个看家狗能给黑桃十三太保带来更多的利益，所以，坐轮船回到美国会商的黑桃6文迪建议，别让沙俄继续再对新疆接着耗下去了，让他们收敛吧。
对此，黑桃十三太保各有不同看法。有相当一部分人觉得，大清的贷款能力比沙俄更强，为什么要帮沙俄呢？
也有人觉得，之前我们都在利用列强殴打大清来赚战争高利贷，这一次干嘛要例外呢？再来一次不好吗？
最终，大家还是接受了黑桃A罗柴的意见。左宗棠选择了利息最高的贷款方案。而且，现在大清最能稳定地提供各项高利贷的利息，所以得让沙俄消停下来。
当时，刚刚结束了俄土战争的沙皇政府，财政已经涸竭，而黑桃十三太保旗下的银行突然终止了向其放贷，这让缺乏军费的沙皇没了第二种选择。
迫于形势，沙俄不得不从原来的立场上后退一步。1881年2月21日，即左宗棠到达北京的前三天，双方在圣彼得堡签订了《中俄伊犁条约》。
这份条约中，沙俄同意归还《里瓦几亚条约》划走的特克斯河谷和通往南疆的穆扎尔山口，但仍占有霍尔果斯河以西地区。
此外，沙俄放弃了俄货由嘉峪关运进内地的要求；但赔款却由五百万卢布增至九百万卢布。对于大清，这仍然是个不平等条约，但与《里瓦几亚条约》相比，总算收回了一些权益。
年近七十的左宗棠的果断出击，平定新疆之乱，将岌岌可危的边疆危机化解，维护了当时已经处在崩溃边缘的新疆民族关系。此乃万世之功。
更为微妙一点的在于，最终让这次新疆战事以沙俄让步妥协而告终，其核心原因是左宗棠在出兵前选择了利息最高的海外贷款方案。
一个昔日的东方霸主，在内忧外患双重作用下，要想打胜仗，必须得有个慧眼识珠的人，能一眼看穿这场战争背后的利益关系，才有可能打赢。
这何止是悲哀……
皇宫里面垂帘听政的那个独裁者，以为她遥控着帘子前面的那个傀儡小皇帝，就可以遥控这个国家了。
可实际上，无数个独裁者的背后，还有一道帘子。帘子后面，是用金融手段遥控着这些独裁者的黑桃十三太保……
