接下来，肉搏战就要在地下展开了。
事实上，基地早已经为地下的战斗做好了准备，在第一阶段战役接近尾声时，基地就用特殊工程材料封死了基地内所有位于开放区域的升降机通道，把这些通道变成了一个个粗大的实心柱子，防止奥麦蒂机器人沿着这些通道直接攻入办公生活区，能量管理区，作战大厅以及最底层的存放大量书籍的仓库等要地。
人员只能通过唯一的一条秘密升降梯通道前往各个区域，机器士兵也只能通过唯一的运兵通道前往战场。
奥麦蒂当然也在为地下战斗做着准备，事实上，在他的第一批两万大军中，还有两百个巨大的钻地机器人，但掉入大坑后，这些机器人还没来得及大显身手就都被基地机器士兵和奥麦蒂的粒子炮摧毁了。
奥麦蒂的第二军团抵达南极基地后，第二军团中的两百个钻地机器人首先进入了满是双方机器士兵遗骸的大坑之中，然后他们就开足马力开始向地下掘进，很快，他们就钻进了位于地下一千米处的基地工厂区，并为奥麦蒂军团开辟了两百条进入地下的通道。
但到了工厂区，钻地机器人的生命也走到了终点，早已等候在这里的基地机器士兵用导弹和激光将他们全部炸成了碎片。
接下来，奥麦蒂的机器士兵就鱼贯而入，通过两百条通道进入了工厂区，于是，工厂区就成了新的主战场，新一轮战斗就此打响，基地的五万人形机器士兵和七万异形机器士兵迅速扑上去与奥麦蒂机器士兵鏖战在了一起。
由于奥麦蒂的机器士兵在兵种上过于单一，又在数量上处于相对劣势，所以他们在战斗中仍然比较被动，几个基地异形机器士兵群殴一个奥麦蒂机器士兵的场面随处可见。如果这种态势能够持续下去，基地军团有信心在奥麦蒂系统崩溃前将奥麦蒂军团一直拖在工厂区，使其无法继续深入。
在战场的某处，一个奥麦蒂机器士兵正和四个基地异形机器士兵缠斗在一起。一条蛇形机器士兵紧紧缠住了奥麦蒂机器士兵的身体，使他行动受限，一只蝙蝠机器士兵飞到了奥麦蒂机器士兵的头上，两只爪子扣进了奥麦蒂机器士兵的双眼，两只巨大的螃蟹机器士兵一前一后用硕大的蟹螯紧紧夹住了奥麦蒂机器士兵的双腿。
就在这时，一个刚刚从通道落到地面的奥麦蒂机器士兵突然发射出一束激光，将缠斗在一起的四个基地异形机器士兵和那个奥麦蒂机器士兵全部击毁，类似的一幕在战场各处反复上演着。
显然，奥麦蒂并不想让这种黏黏糊糊的战斗继续下去，他又故技重施了，虽然没有了粒子炮（粒子炮在地下无法完成充能），但并不妨碍奥麦蒂继续使用自相残杀的战术，奥麦蒂机器士兵不分敌我地疯狂射击，在激光，炮弹和导弹交织的火网中，众多的基地机器士兵和奥麦蒂机器士兵在混战中同归于尽。
奥麦蒂认为，这场战役就是一场残酷的兑子棋局，哪一方最后剩下的棋子多，哪一方就是最后的胜利者，不得不承认，他的这套兑子战术虽然简单粗暴甚至有些残忍，却极其有效并极具杀伤力。这种战术虽然会给己方造成大量的战斗减员，却能最大限度地发挥己方的火力优势，经过计算，奥麦蒂预计他的军团和基地军团的战损比大概为1:4，而实际战况也的确如此，几乎每损失一个奥麦蒂的机器士兵，就会有四五个基地机器士兵为他陪葬。
而基地战士们却不忍心操控基地机器士兵向混战在一起的奥麦蒂机器士兵和基地机器士兵射击，因为基地战士是人，人性使得他们会本能地把基地机器士兵也当作人，当作自己的战友，所以他们很难像奥麦蒂那样，为了摧毁敌人而不惜同时摧毁自己的战友。
而且，即使抛却情感因素，仅仅从战术层面考量，基地战士们也不会轻易使用热兵器，异形机器士兵的优势就是组团近战，如果他们在近战时发射激光或者导弹，或者从远处向混战中的双方机器士兵开火，虽然可能摧毁奥麦蒂机器士兵，但同时也可能伤及友军，最终的战损比可能是3:1，4:1甚至5:1，这和奥麦蒂自相残杀的战术在最终的效果上是一样的，基地军团的战损还是会数倍于奥麦蒂军团。
那么只进行远战呢？这显然不行，姑且不说双方能不能在战场上做到泾渭分明，即使双方军阵能够拉得很开，并且进行远距离射击，那么在这种情况下，奥麦蒂军团远程武器的火力优势就又凸显出来了，而基地异形机器士兵的优势就被大大削弱了，在这种战斗模式下，基地军团的损失只能更大，所以，基地军团别无选择，他们只能硬着头皮继续与奥麦蒂军团展开近距离的混战。
于是，在这种不对等的情况下，奥麦蒂逐渐掌握了战场的主动权。
由于未参战的基地机器士兵都在最底层的大厅待命，而运兵通道只有一条，所以基地军团补充兵员的速度远远赶不上战斗减员的速度，战场上的基地机器士兵越来越少，于是那些无仗可打的奥麦蒂机器士兵就可以腾出手来做别的事了，他们开始向工厂区的地面发射钻地导弹，他们要尽快打通通往地下四层的通路，他们要消灭所有的基地人，要摧毁藏在基地最深处的图书，要消灭人类最后的文明。
上千枚钻地弹被先后射入工厂区的地面，由于各区层之间均由高强度复合材料填充，而且厚度足有六百米，所以这些钻地导弹只钻到一百多米就停了下来并在此处爆炸，于是，三十秒后（三十秒是换弹时间），奥麦蒂机器士兵又向第一批导弹打出的上千条弹道中继续发射钻地弹，第二批导弹在距工厂区地面二百米深处爆炸，接下来，机器士兵们又向这些弹道中射出了第三批导弹……
“五百米，四百米…三百米……，”，控制室大屏幕上不停刷新着钻地导弹的爆炸点距离办公生活区的距离。伴随着大屏幕上不断缩小的数字，爆炸声越来越大，控制室的震感越来越强烈，天花板上的灯具和各种建筑材料纷纷掉落，上方的爆炸声就像死神的喘息，越来越近。
当大屏幕显示爆炸点距离办公生活区还有二百米的时候，琼斯命令领袖们立即撤离控制室，乘坐秘密通道的升降梯下到作战大厅。在带走的所有物品中，那台承载着戴维斯灵魂的电脑自然是最贵重的，琼斯特意提醒抱着这台电脑的布雷克道：“布雷克，一定要拿稳戴维斯先生！”
布雷克点了点头，说：“放心，不会有事的！”
当载着领袖们的升降梯刚刚下降了五十米的时候，第一枚钻地导弹就击穿了控制室的天花板，将控制室炸成了一片废墟。当升降梯下降到作战大厅时，钻地导弹的爆炸点距离能量管理层的顶棚只有二百米，距离作战大厅还有八百三十米。
进入作战大厅后，琼斯和领袖们登上了大厅一侧的讲台，伴随着头顶轰隆隆的爆炸声，琼斯高声鼓励大家道：“大家一定要沉住气，奥麦蒂的军队很快就要瘫痪了，大家一定要坚持住，胜利一定属于我们！”
对于琼斯的鼓励，很多基地战士们都用点头微笑予以回应，因为这些善解人意的人们都很清楚，琼斯的话与其说是鼓励不如说是一种安慰，但所有人都从琼斯的话语中感受到了爱的力量，这就已经足够了，至于能不能坚持到最后，能不能等到胜利的一刻，已经不重要了，每个人早已将生死抛于脑后，如果上帝宣判人类死刑，每个人都能欣然接受。
凯瑟琳握紧琼斯的手，轻声说道：“琼斯……！”
琼斯深情地注视着凯瑟琳，凯瑟琳也以同样的目光看着琼斯。虽然凯瑟琳没再说什么，但心领神会的琼斯从凯瑟琳的目光中已经读出了她没说出来的话，“即使死我们也要死在一起！”
琼斯向凯瑟琳点了点头，然后亲吻了一下凯瑟琳的脸颊，凯瑟琳感受到琼斯嘴唇的炙热温度的那一刻，她也听到了琼斯的心声，“亲爱的，我也是这么想的，我们死也要死在一起！”，是的，他们都已经做好了最坏的心理准备。
但毕竟现在不是儿女情长的时候，还有更重要的事在等着琼斯。琼斯又吻了一下凯瑟琳，然后快步奔向了备用控制室，此时，保罗正在这间备用控制室紧张地指导着大屏幕里的安迪，为了使保罗和安迪的合作尽可能不受到战事的干扰，所以，开战之后，领袖们就让保罗提前来到了这里。
“保罗，怎么样了？”，一进门，琼斯就迫不及待地问道。
正向安迪发出指令的保罗回过头，声音沙哑地说：“快了，但具体需要多长时间就不好说了，也许只需要五分钟，也许需要十分钟！”，此时，他的脸色惨白，额头已经满是汗水，看起来又出现了虚脱的症状，毕竟他的身体尚未痊愈。
琼斯皱起了眉头，他对保罗的回答并不满意，他需要的是确定的答案，如果还需要五分钟，那么基地还有希望，因为奥麦蒂的钻地导弹在七分钟之后才会贯穿作战大厅的顶棚，如果需要十分钟，那么结果将是另外一番景象，那时，即使奥麦蒂的机器士兵失去了大部分作战能力，也已经没有任何意义，还是同样的原因，奥麦蒂的导弹在七分钟之后就可以到达作战大厅，到时候，南极基地将成为人类最后的良知以及最后文明的坟墓。
这时，桌子上的戴维斯说：“保罗和安迪先生已经尽力了！”
戴维斯的虚拟头像可以出现在基地的任何一个角落，开战之后，他始终陪在保罗的身边，为保罗提出及时的建议和指导。
琼斯看了看保罗，然后眉头皱得更紧了，他问保罗道：“保罗，你没事吧？”
在现在这个紧要关头，他既关心保罗的身体，更担心保罗在关键时刻又昏过去。
“我没事，就是有点累，但不至于像那天那样晕过去！”，保罗笑了笑，尽量使自己看起来很好，很轻松。
“好的！”，琼斯点了点头，然后他又看向屏幕里的安迪，这时，安迪看起来似乎比保罗的状态也好不到哪去，同样满头大汗的他正瞪着通红的双眼紧盯着眼前的电脑屏幕，与保罗惨白的脸色相比，安迪的脸色红的就像大苹果，琼斯知道，安迪一到极度紧张和劳累的时候，他的脸就会红得像苹果。
“安迪，谢谢你！”，琼斯非常郑重地对安迪说。
安迪对琼斯笑了笑，然后向琼斯做出了一个双拳交叉的手势，这个手势立即勾起了琼斯对往昔奋斗历程的回忆，是的，这个手势就是民权党象征人类团结的手势，但自从琼斯主政白宫后，民权党就已经不用这个手势了。
琼斯的眼圈湿润了，他也用这个手势回应安迪，是的，现在的人类真的很需要这个手势。他语气坚定地对安迪说：“安迪，现在全人类的命运都托付给你了，相信你一定能成功！”，说完，他拍了拍保罗的肩头，然后向外走去。
此时，上百平方公里的工厂区已经变得面目全非，在残垣断壁之间，是堆积如山的双方机器士兵的残肢断臂。虽然双方机器士兵仍然绞杀在一起，但胜利的天平已经严重向奥麦蒂一方倾斜了，现在，战场上的基地机器士兵已经少于奥麦蒂的机器士兵了，而奥麦蒂的第三批两万大军已经到了，奥麦蒂的机器士兵还在源源不断地涌向战场。
现在，钻地导弹已经炸毁了位于办公生活区与作战大厅之间的能量管理区，管理防护罩的能量管理器是这个区域的核心装置，现在这个能量管理器已经被摧毁，而且，钻地导弹的爆炸点距离作战大厅的顶棚也只有五百三十米了。
此时，作战大厅上方的爆炸声不仅强烈冲击着基地战士们的耳膜，也强烈震撼着战士们的灵魂。一旦钻地导弹击穿作战大厅的顶棚，即使导弹不爆炸，奥麦蒂机器士兵也会通过导弹钻出的弹道鱼贯而入，对大厅里的基地战士们展开屠杀，所以，最后的生死时刻真的到来了。
回到讲台之上，琼斯看了看时间，然后神色凝重地对身边的几名领袖说道：“也许我们的生与死，以及整个人类的生与死就取决于接下来的三分多钟！”
接着，他对身前桌子上的戴维斯说：“戴维斯先生，请你再试一下，看看能不能和战士们的家人取得联系！”
启用卫星通讯后，戴维斯曾经也想让基地人与家人们有一个远程团聚，但遗憾的是，基地人根本无法打通家人的电话，也无法访问他们的私人网络，显然，奥麦蒂虽然没对基地人的家人采取强制措施，却屏蔽了他们的通信系统，目的就是不让他们和基地的亲人取得联系。
现在，虽然全世界都通过奥麦蒂机器士兵的眼睛目睹了地下战场的惨烈战况，却无法看到控制室和作战大厅里的直播画面，琼斯知道此时基地人和他们的家人都在牵挂着彼此，他希望在余下的短暂时间里基地人能和他们的家人见上一面。
戴维斯说：“好的，我试试吧。”，几秒钟后，他的脸上突然现出了难以置信的神情，“真没想到，我们的智能系统居然打通了所有基地人家人的电话。”
但琼斯已经没有时间感到惊讶了，他立即用略带悲壮的语气对基地战士们说道：“战友们，此时此刻，我希望大家都能和家人在一起！”
几秒钟后，基地人的家人们纷纷来到了基地人的身旁，当然，他们都是实时的全息等比例全身投影，基地人和他们的家人只能以这种方式团聚了。人们都情不自禁地张开双臂拥向彼此，虽然他们拥抱的只是彼此的全息影像，但他们似乎都感受到了对方的体温和呼吸。此时此刻，所有人都知道这也许这就是最后的团聚时刻，家人们都在伤心地哭泣，而基地人则都面带微笑，用温暖的话语安慰着自己的家人，虽然他们的内心也在泪如雨下。
当戈登，汤姆等领袖也在和全息影像的家人们相互拥抱的时候，琼斯的父母和小安德鲁走上了讲台，然后一家人也紧紧拥抱在了一起。
开战之后，琼斯的父母和其他从事辅助性工作的人员一直在为战士们提供饮水食物等补给，基地里唯一的儿童安德鲁则给爷爷奶奶打下手，虽然他们并未直接操控机器人，事实上他们也都是基地战士。也许是受到了大厅里同仇敌忾的气氛的感染，老琼斯和老玛丽并未流露出多少恐惧的情绪，小安德鲁则更是表现出了出奇的镇定，他的双眼释放出的是无比坚毅的光芒。
琼斯感叹道：“我们一家人无疑是幸运的，因为我们真的在一起！”，然后他低头问安德鲁道：“你怕吗？”
安德鲁一脸坚定地说：“我不怕！我相信我们一定能战胜奥麦蒂！”
琼斯微笑着摸了摸安德鲁的头，说：“是的，安德鲁，我们一定会战胜奥麦蒂！”
安德鲁看了看父母，又看了看爷爷奶奶，说出了他平时不经常说的话，“爷爷奶奶，爸爸妈妈，我爱你们！”
安德鲁的话令几个大人瞬间破防，凯瑟琳和老玛丽，老琼斯都禁不住掩面而泣，琼斯的眼里也泛起了泪花。
琼斯对安德鲁说：“安德鲁，我们也爱你！”
凯瑟琳擦了擦眼角的泪水，尽可能用平和的语气说道，“安德鲁，答应我，不管发生了什么，你都要相信爱的力量，好吗！“
安德鲁认真地点了点头。
琼斯又看了一下时间，此时还剩下半分钟，他定了定神，对戴维斯说：“戴维斯先生，请切掉直播信号吧，我不希望基地战士的家人们看到他们不该看到的画面！”
戴维斯心领神会地点点头，紧接着，基地人的家人们就全都突然消失了。
家人们消失的那一刻，很多基地人早已汇聚于心中的泪水瞬间夺眶而出，但人们很快就恢复了平静，他们和琼斯一样，都不希望家人们看到他们不该看到的一幕，在一直无法和家人取得联系的情况下，在可能的最后一刻到来之前，能够与家人进行短暂的团聚已经是一种奢侈了，基地人已经没有遗憾。
琼斯调整了一下情绪，然后高声说道：“我们和我们的家人都已经感受到了彼此的爱，这已经足够了，我们也是一家人，现在，让我们共同迎接命运对我们的安排吧！”，说完，他挽着凯瑟琳的手走向汤姆，戈登等领袖，然后领袖们彼此拥抱在了一起。
随后，领袖们都走下讲台，又和基地战士们拥抱在了一起，很快，基地人都开始彼此拥抱，整个大厅充满了温馨的气氛和人性的温暖，是啊，此时此刻，除了人与人之间的爱与亲情，什么都不重要了。
几秒钟后，随着一声巨响，一颗导弹在距大厅顶棚大约三十米处爆炸了，将大厅的顶棚炸开了一个直径足有三十余米的大洞，所有的基地人都更加紧密地拥抱在了一起，所有人都以爱的方式迎接死神的降临。
但过了几十秒钟，大厅顶棚仍未被第二枚导弹炸出第二个大洞，而就在这时，保罗的声音通过扬声器响彻整个大厅，“奥麦蒂已经处于半瘫痪状态，他们无法发射钻地弹了！”，
虽然保罗的声音听上去显得有些虚弱，但他所说的话却蕴含着巨大的能量，瞬间就驱散了人们心中的阴云，在沉寂了几秒钟后，整个大厅就被人们的欢呼声所淹没。
看着大厅顶棚的那个大洞，琼斯在心中感叹道：“也许爱真的可以改变一切！真的可以使人绝处逢生！”
随后，琼斯快步奔向备用控制室，当他推开控制室的大门时，发现保罗已经瘫倒在了地上。将保罗扶起来后，琼斯发现保罗已经昏过去了，看着保罗那张因劳累过度而变得苍白的脸，他轻声说道：“谢谢你，保罗！你该好好休息一下了！”
安排两名基地战士将保罗送往医务室后，琼斯兴奋地对屏幕里的安迪说：“安迪，你做到了，你救了南极基地，我代表全体基地人向你表示感谢，真的谢谢你！“
桌子上的戴维斯点了点头，“是的，保罗和安迪先生做得很好，所有人都应该感谢他们！”
安迪脸上的苹果显得更红了，但这红苹果也把他那胜利者的微笑衬托得更可爱了，他说：“戴维斯先生，琼斯，别这么客气，现在，我也是一名基地战士，我只是做了我该做的，不是吗？”
“是的，安迪，你已经是一名基地战士了！”，琼斯的声音都有点颤抖了，如果没有屏幕的阻隔，他一定会给安迪一个大大的拥抱，但他马上又冷静了下来，“安迪，为了确保你的安全，我们只能删除你大脑中的这段记忆，希望你能理解！”
“为什么要删除这段记忆，这可是我有生以来最值得骄傲的一段记忆！”，安迪的脸上写满了不解和不情愿。
琼斯一脸歉意地说：“安迪，对不起，我现在没时间和你解释，等将来时机成熟的时候，我会把这段记忆还给你的！”，说着，他向戴维斯点头示意了一下。
紧接着，就见安迪猛地晃了一下头，然后闭上了眼睛，几秒钟后，当安迪重新睁开眼睛时，他面前的电脑屏幕里的琼斯已经消失了，他眨了眨眼睛，呆呆地看着已经黑屏的电脑屏幕，心想：“刚才发生了什么，是做梦吗？好像有个老熟人在和我说话……。”
此时，所有的基地战士都已经回到了操控舱，他们都以高昂的斗志重新投入了战斗，他们要对奥麦蒂予以致命一击。
在战场，奥麦蒂的机器士兵虽然还能战斗，但他们的行动明显变得缓慢和迟顿，他们不再发射激光和导弹，只是胡乱挥舞着手中的巨剑做着简单而机械的格斗动作，同时，机器士兵之间也失去了沟通和合作，原本的纪律部队变成了各自为战的一盘散沙，而这种状态已经无法对基地军团构成任何威胁了，现在，奥麦蒂军团几乎变成了基地机器士兵作战训练的活靶子。
战局的急剧变化令全球观战者的情绪就像在坐过山车，刚才还在狂欢，高呼口号的人们都在瞬间安静了下来，看着基地机器士兵用各种攻击方式摧毁一个个奥麦蒂机器士兵，人们立即都换上了无比痛惜的表情，有的人居然还落下了伤心的泪水。能在如此短的时间内完成由狂喜到悲痛的转变，同时又过渡得如此自然和真实，这并不是一件容易的事，看来世界各国人民的演技在这个荒谬的大舞台上都得到了锻炼，并且都有极大的提高。
基地机器军团以摧枯拉朽之势，在半个小时之内，就将地下战场的奥麦蒂机器士兵全部变成了废铜烂铁，然后，基地机器士兵来到地面，将奥麦蒂还没来得及进入地下的增援部队也全部摧毁。至此，本次战役以基地的惨胜而告终。
在这场战役中，奥麦蒂只是损失了他的机器士兵，而基地在损失了大量机器士兵的同时，他们的基础设施和防卫设施也遭到了严重破坏，所以，基地所付出的代价和遭受的损失其实比奥麦蒂要大得多。
在短暂的庆祝后，基地人立即进入新一轮的备战准备之中，所有人很清楚，当奥麦蒂恢复之后，他一定卷土重来，力争在基地机器士兵获得全部的作战能力之前摧毁基地，因此，基地必须在奥麦蒂恢复之前增强防护罩的防护能力，以应对奥麦蒂下一轮的攻击。
