托马斯来到正德院后，他发现，改造人和正常人几乎每天都要发生口角甚至是肢体冲突，有的是小规模的个人与个人之间的冲突，有的是两个群体之间的大规模冲突。
托马斯上任的第五天，在地下发电厂，改造人和大脑正常的异议 人士之间就爆发了一次严重的冲突。那一天，在詹姆斯和德鲁克的带领下，异议 人士举行了罢 工，拒绝参加所谓的劳动改造，并劝说改造人也不要参加劳动。
詹姆斯对正在脚踏车上挥汗如雨的改造人们大喊道：“我们不是奴隶，为什么要像奴隶一样劳作，我们本就不该在这里，我们更不该参加这个所谓的劳动改造，错的是政府而不是我们，让我们联合起来，共同抵制这个残酷而又毫无人性的劳动……！”
“闭上你的臭嘴！”，一声断喝打断了詹姆斯的话，这个声音来自詹姆斯身旁正在脚踏车上奋力蹬踏的一名改造人，“你们这群自私自利的懒汉有什么资格向我们发号施令！”，他愤怒地大吼道。
“就是，勤劳是美德，政府让你们这些道德败坏的懒汉参加劳动改造是最英明的决策，你们不但不改造自己还煽动我们和你们一起罢 工，真是不要脸！”，另一个改造人一边飞快地踩着脚踏车一边怒斥道。
与此同时，一名女改造人已经跑向值班室，向值班的官员做了汇报，其实，即使她不去汇报，值班官员也已经通过监控看到了现场的情况，这名女改造人这样做的目的就是为了表现自己，以此来证明自己是爱国家，爱政府的。
看到几名值班人员和机器警卫走了过来，又一名改造人开始了表演，他停了下来，然后走下脚踏车，“别跟他们废话，我早就看他们不顺眼，我们这些道德高尚的爱国者尚且还在辛勤地劳动，他们可倒好，不但自己不劳动还想把我们拖下水，这就是他们的阴谋，他们不希望我们获得政府的表扬和奖励，这些人坏透了，我们应该给他们点颜色看看！”，他一边说一边气势汹汹地走向罢 工的异议 人士。
在这个人的煽动下，其他改造人也都停了下来，他们成群结队地向罢 工人群走去。
“你们要干什么？”，德鲁克大喊道，他的双眼逼视着步步逼近的改造人。
“想让你们闭嘴！”，为首的那个改造人一边说一边向詹姆斯和德鲁克挥起了拳头。
于是，不甘示弱的双方就厮打了起来。
当托马斯闻讯赶到现场的时候，地下发电厂已经乱作一团。
大脑发生变异后，改造人变得异常凶狠残暴，甚至女改造人也有惊人的爆发力，而且，在地下发电厂的六千人里，并不是主要劳动力的正常人只有五百人，即使在人数上，正常人也处于绝对的劣势，所以，正常人根本不是改造人的对手。
在暴力冲突中，詹姆斯的额头被打开了一个大口子，德鲁克的鼻梁被打折了，总之，几乎每个正常人都满脸是血，浑身是伤，而大多数改造人则毫发无损。
“你们为什么不制止他们，你们难道都是看客吗？”，托马斯跑到几名自始至终都站在一旁的管理人员面前大声呵斥道。
“副院长先生，我们不用制止，这也是对这些顽固分子的一种改造手段，让他们吃点苦头，以后就会变得顺从和收敛一些了！”，一名管理人员满不在乎地对托马斯说。
“那么，现在我命令你们立即予以制止，否则我撤了你们的职！”，托马斯大吼道。
管理人员们见托马斯发了火，只得很不情愿地和警卫机器人一起冲进人群，开始平息这场骚乱，托马斯也冲进人群，他站到一台脚踏车上高声喊道：“住手，都给我住手！”
听到副院长的喊声，改造人都停了下来，服从权威已经成了他们的本能。紧接着，托马斯命令机器警卫将受伤的正常人都送入了医院。
事后，斯托克要求将所有罢 工的人都予以禁闭处罚，但被托马斯制止了：“他们都受了伤，如果再关他们禁闭，那还不要了他们的命！”
虽然当时托马斯还是副院长，但出于对托马斯的畏惧，斯托克也只得勉强接受了托马斯的建议。
通过此次事件，再结合改造人和正常人之间之前上演的大大小小的冲突，托马斯意识到，由于两种人的大脑已经有了很大的区别，他们的思维模式和价值观大不相同甚至截然相反，所以，可以说，他们已经属于不同的人种，两种人的冲突是无法避免的，所以，托马斯认为就不该把他们关在一起，把老虎和猪关在一起是一定要出事的，而且，为了顺利实施他的计划，也有必要将他们分开。
于是，托马斯建议斯托克把两种人予以区分管理，但斯托克认为没这个必要，因为他相信很快那些正常人也会变成改造人。由于不想让斯托克看出自己同情那些异议 人士的态度，托马斯也就没再提起这件事。
现在，既然已经大权独揽，既然已经摆脱了斯托克的羁绊，托马斯也就无所顾忌了，主政正德院后，他所做的第一件事就是对改造人和大脑正常的异议 人士混居在一起的现状进行了调整，他将两种人进行了区别管理，让两种人分别居住于不同的楼层，尽量减少两种人接触的机会，从而避免更多的冲突。
托马斯将一万五千多名大脑未被改造的异议 人士全部集中于公寓大楼的中高区的三十层，也算是对这些异议 人士的一种优待。
寝室重新分配完毕后，戈登并未和正常的异议 人士一起被分到高区居住，而是和三个改造人住到了一起，这令戈登十分不解。
正当戈登和三个改造人面面相觑，大眼瞪小眼时，迪克走进了他们的新寝室。
戈登气愤地问迪克道：“迪克先生，我为什么不能和正常人在一起？”
迪克撇撇嘴说：“我也不知道，托马斯院长想见你，估计他会回答你的这个问题！”，然后，他把戈登带出了寝室。
在前往办公楼的路上，迪克不怀好意地对戈登说：“你觉得和你在一起的三个人不正常吗？但在我看来，你才是不正常的！”
戈登冷笑道：“这很正常，那些大脑被改造的人也觉得我是不正常的！”
对戈登的这句话，迪克过了好一会才琢磨过味来，“你的意思是说我和改造人是一样的人？”
“我可没这么说！”，戈登目视前方，他都懒得看迪克的那张肥脸。
迪克涨红着脸，想回呛戈登又找不出恰当的理由，于是他只能心有不甘地时不时瞪上戈登的侧脸一眼。
戈登和迪克来到托马斯的办公室后，托马斯把迪克请了出去，然后又把门锁上了。
“戈登先生，快请坐！”，托马斯一边热情地给戈登让座一边递给他一杯咖啡。
戈登毫不客气地坐到了沙发上，他端详着托马斯，心想：“这个看起来长得像琼斯的家伙不会又在打什么坏主意吧？”，
胡思乱想一番后，戈登警觉地问道：“院长先生找我有何贵干啊！”，
“戈登先生，我找你来是有要事相告，不过在此之前，请先接受我的道歉！”，托马斯一脸真诚地说。
“道歉，你为什么要向我道歉？”
“为我把你送到这里向你道歉！”
“哦，是这件事啊，我觉得你还是免了吧，你也是执行你们主子的命令，没必要向我道歉！”，戈登冷冷地说，“要说道歉，我觉得你更应该向你自己道歉！”
“为什么？”，托马斯扬了扬眉毛，立即来了兴致，他就喜欢戈登的这种讲话方式。
戈登喝了一口咖啡，从容说道：“因为你背叛了你自己的良知，所以你真正对不起的是你自己，你当然该向自己道歉了！”
托马斯皱着眉头沉吟片刻，然后他突然郑重说道：“戈登先生，你说的太对了，我背叛了我自己，我是该向自己道歉，这也是我要求调到这里的原因！”
戈登用警惕的目光审视着托马斯，心想：“这家伙是不是在演戏？”，托马斯表现得越热情，越诚恳，他心里就越没底。
定了定神，戈登小心翼翼地问：“托马斯先生，我不太明白你的意思，你说你要求调到这是为了什么？”
托马斯稍微平复了一下激动的心情，说：“有些事我现在还不方便说，但为了让你相信我，我只能说我调到这里的目的就是为了向你们这些被我送到这里的人表示歉意！”
“哦！那么你表示歉意的实际行动是什么？”，戈登冷笑着问。
托马斯犹豫了一下，说：“我的实际行动就是想尽一切办法帮你离开这里！”
“帮我离开这里？”，戈登一脸难以置信地看着托马斯，“你不会是在拿我开玩笑吧！？”
托马斯严肃说道：“戈登先生，你觉得我有必要和你开这种玩笑吗？”
戈登怔了一下，他从托马斯的眼睛里看到了满满的诚意，但他还是心存疑虑，他仍然不敢相信这是真的，于是他问道：“我想知道，你为什么想把我放出去？难道仅仅为了表达歉意？”
“因为你是一位有良知有勇气的人！”，托马斯脱口而出。
“不，不，托马斯先生，你过奖了，”，戈登连连摇头，“我是个很普通的人，在这里的很多人都比我更勇敢更有良知，如果你想帮我离开这里，你就更应该帮他们离开这里！不仅如此，如果你真想表达歉意，你应该帮这里所有的学员都离开这里！”
“好吧！好吧！”，托马斯一脸焦急地来回踱起了步，似乎在思考如何才能让戈登彻底相信自己，过了片刻，他说道：“戈登先生，我现在还不方便把话说得太直白，但你难道没注意我来了之后这里发生的一些变化吗？”，他现在还不能将自己的真实想法都告诉戈登，万一戈登回去后说走了嘴，不仅监控会记录下他的话，改造人哪怕只嗅出一点风声，他们也一定会向正德院的官员汇报，那问题可就严重了。
托马斯的话使戈登想到了改造仪，“是啊，自从这个家伙来了之后，除了我和杰克又经历了一次大脑改造，所有的改造仪一直处于停止运行状态，这次又出现了病毒，这难道都是巧合？”，想到这，他问：“你是说改造仪……？”
“是的，戈登先生，”，没等戈登说完，托马斯就会意地点点头，“我一直在努力阻止凯莉的大脑改造计划，在此期间，你和杰克又被送上改造仪完全缘于我的疏忽大意，我让斯托克钻了个空子，”，然后他俯下身低声说道：“戈登先生，我想让你知道的是，现在，有一个绝好的机会摆在你面前，希望你能把握住！”
“哦，什么机会？”，戈登将信将疑地看着托马斯。
“当然是离开这里的机会！是这样的，我对凯莉部长说，你的大脑已经被改造了，我这样说的目的就是希望你能尽快回归社会！”
“就是说我从名义上已经是改造人了？”
“是的，凯莉规定，只有改造人才能离开这里，你也不例外，而且，因为你的大脑只有经过改造，你才会答应琼斯总统提出的条件，所以我就向凯莉撒了谎，说你的大脑已经改造成功了，凯莉过几天会亲自到这见你，她说只要你接受总统提出的条件，你就可以回家了！”
戈登皱起了眉头，感觉问题变得更复杂了，他心中的疑点非但没减少，反而还多了起来，“我还是不明白，你既然把我送进来了，为什么还要把我放出去？”，他的问题又回到了原点。
托马斯又开始来回踱步，走了两分钟后，他总算停了下来，他坐到戈登的对面，言辞恳切地说道：“戈登先生，你不相信我说的话可以理解，但我发誓我说的都是真心话！我之所以这样做，是因为我真的钦佩你的人品和才华，我看了你的很多文章，这些文章促使我觉醒，使我认识到了自己的愚蠢和错误，所以我决定，既然是我把你送进来的，我就要把你送出去，一方面，我希望你能早日离开这里，另一方面，我希望你带着正常的大脑离开这里，因为你的大脑承载着人类的良知和智慧，你的大脑是美国的希望！”，在说这番话时，他始终真诚地紧盯着戈登的眼睛。
“但是，托马斯先生，你这样做是不是也把自己置于危险的境地了呢？你想过没有，你说我的大脑已经被改造了，但如果凯莉发现我并不是改造人的话，反过来不就证明你在骗她吗？你究竟图什么呢？”
“我就图一个心安！如果你能以正常人的状态离开这里，我的内疚和自责感就会减少几分！所以我才会不顾个人安危向凯莉撒谎。我要通过这种方式弥补我的过错，戈登先生，请相信我，我不是在和你开玩笑，我更不是在骗你，我是认真的！”
“但我总觉得这并不符合常理啊！”，戈登任然在犹豫。
“其实这个世界上不合常理的事太多了，我能进入思想部本身就不合常理，况且，这件事已经木已成舟，如果在凯莉见你的时候，你表现得不好，不仅你回不了家，我可能比你更惨，我很有可能会被凯莉就地变成学员，甚至把我变成改造人，你想想，如果我真的在骗你，难道我骗你的目的就是把我自己变成改造人吗？”
戈登一边喝着咖啡一边将信将疑地看着托马斯，虽然他觉得托马斯的话有几分道理，但他仍然无法彻底相信托马斯。
和戈登对视了几秒钟，托马斯耸了耸肩，说：“好吧，我承认，我希望你能出去还有其它的目的，我希望你帮我办一件大事，一件非常有意义的事！”
“哦！”，托马斯的这句话激起了戈登的兴趣，“什么事？托马斯先生？”，他放下咖啡杯，急切地问道。
托马斯面露难色道：“对不起，戈登先生，我现在只能说到这了，你只要知道这是一件意义重大的事就可以了！希望你相信我！”
沉思片刻，戈登微微点点头，说：“好吧，托马斯先生，我愿意相信你，那么，我该怎么做呢，你已经对凯莉说我是改造人了，但问题是我并不是改造人啊！”
托马斯的脸上露出了欣慰的笑容，“是这样的，戈登先生，你要做的是，当凯莉部长来见你的时候，你的所有表现都必须和那些改造人一样，这样才不会引起她的怀疑，为此，我特意把你按排到了改造人的寝室，希望你通过对他们这几天的观察和模仿，尽快掌握这些人的言行举止的特点，甚至包括他们的思维模式，这就是我找你来的原因！”
“这可给我出了一个大难题，我宁愿我的大脑真的被改造，否则，我恐怕很难做到啊！因为我从来就没说过违心的话，我也不会演戏，这可有点难为我了！”，戈登苦着脸说。
“戈登先生，如果你当时答应琼斯总统开出的条件，你就不会进来了，但既然已经进来了，情况就已经不一样了，你还不知道这里究竟有多险恶，别说你，到现在为止，我对这里的很多秘密还都没摸清楚呢。但我想说的是，你只要在这里多待一天，你的大脑就会多一天被改造的危险，所以，你必须尽早出去，越早越好！即使不考虑你自己，即使为了我的安危，我想你也一定会做好这件事的！”，他用近乎祈求的目光看着戈登。
话说到这，戈登心中的疑云已经消散大半，而且，他也觉得继续怀疑托马斯已经没有任何意义了，于是他郑重说道：“托马斯先生，不管你出于什么目的，我都不会把你置于危险之中的，这是我做人的原则，所以，我会尽力向改造人学习，争取把自己变成一个形式上的改造人！”
“我等的就是你这句话！”，托马斯终于如释重负地长舒了一口气，然后，他严肃说道：“戈登先生，其实，凯莉已经铁了心要把你变成改造人，她认为如果你在大脑未完成改造的情况下，即使违心答应了琼斯总统的条件，等你出去后，你还会发表反 政府的言论，所以她必须一劳永逸地解决你的大脑，永除后患，所以这一次，你必须成功！”
“简直太恶毒了！”，戈登怒目圆睁道，然后他一脸忧虑地对托马斯说：“不过，即使我出去了，其他人还是难逃大脑被改造的厄运啊！如果不能帮到其他的难友，我一个人出去还有什么意义呢！”
“戈登先生，你只有出去了才能帮到他们！”，托马斯十分肯定地说。
“哦？”，戈登将不解的目光投向托马斯。
托马斯郑重说道：“戈登先生，也许你还是无法完全相信我，但也许有一天，你会发现自己回归社会的意义有多么的重大，现在，扮演改造人是你唯一的选择，你需要做的就是尽快和那些改造人打成一片，尽快变成他们！”
戈登微微点了点头，神情严肃地保证道：“托马斯先生，请你放心，即使是为了你，我也会尽我所能去装疯卖傻，这也是对我的一种挑战，但我天生就是一个喜欢挑战的人！”
