时间回到托马斯就任正德院副院长的那一天。
结束对正德院现场各处的考察后，托马斯回到自己的办公室思索了一番，然后又来到了斯托克的办公室，他向斯托克提到了大脑改造的问题，“我觉得这个电疗室根本没有存在的必要！用常规的改造手段就可以对付这些学员了！”，和斯托克说到此事时，他可一点都没表现出对学员的同情。
斯托克说：“对这个问题，我可说的不算，这可是凯莉部长的决定，我们只是执行者。而且凯莉部长还曾经多次强调了大脑改造的重要性，她说大脑改造是对学员进行接下来的矫治教育和劳动改造的前提！”
“原来凯莉这么重视这个大脑改造！“，托马斯心想，然后他问斯托克道：“能暂停几天吗？我去找凯莉和她商量这件事，看看能不能取消这个项目。”
斯托克并未直接回答托马斯，而是用异样的眼神一边盯着托马斯一边问：“这些学员里很多都是你送进来的，既然你把他们送了进来，怎么还会反对对他们进行大脑改造呢？这不是有点自相矛盾吗？”
“这有什么矛盾的，我不是反对这件事，我只是觉得没这个必要！”，托马斯一脸不耐烦地说，“我就问你，你能不能把这个大脑改造暂停一段时间？我要去找凯莉！”
“请你相信我，没用的，大脑改造就是凯莉部长提出来的，她怎么可能否定自己呢！”
“你和她说肯定不行，但凭我们之间的关系，她一定会认真考虑我的建议！”，托马斯显得非常自信。
斯托克笑着摇了摇头。
“你笑什么，看来你还是不相信我和凯莉部长之间的关系啊！”
“我觉得这不是关系问题，而是原则问题！”，斯托克一本正经地说。
“别和我扯什么原则，你就说，能不能暂停一段时间？”，托马斯已经失去了耐心。
“这恐怕……！”，斯托克面露难色。
“院长先生，你可别忘了那件可大可小的事！”，托马斯逼视着斯托克的眼睛。
“好吧，好吧！”，斯托克立即做出妥协，“这样吧，凯莉部长昨天要求我们对大脑改造仪进行测试升级，要增大改造仪的功率，我们计划明天开始测试，正常而言，这项工作顶多需要两天就可以完成，但我可以将调试期延长至一个星期，就是说，一个星期后，改造仪就会重新投入使用，我能做的也只有这些了！”，他极不情愿地说。
“哦！？为什么要增大改造仪的功率？”
“当然是确保大脑改造取得更好的效果！”
托马斯若有所思地点了点头……
第二天，托马斯来到了思想部。
和凯莉谈到改造学员大脑的问题时，凯莉告诉托马斯这样做的目的是对学员的大脑予以彻底的结构性改造，从而为之后的一系列教育改造活动打下基础。
当托马斯问凯莉为什么要增大改造仪的功率时，凯莉的回答是，因为她要在最短的时间内完成对戈登的大脑改造，以完成琼斯交给他的任务，只有完成对戈登大脑的改造，戈登才会毫不犹豫地接受琼斯开出的条件，即不再在公开场合发表反 政府的言论，而且，如果解决了戈登的大脑，解决其他尚未被改造的大脑也就不是问题了。
然后，托马斯就开始借题发挥了，他非常恳切地说：“既然这个项目这么重要，你就把这个项目交给我吧，由我全权负责这个项目，我会尽快把所有学员的大脑都改造过来的，我觉得斯托克那头蠢猪很不可信，这个人可能随时把这件事泄露出去。”
“其实我对这个斯托克也很不放心，既然你想抓这件事，那就由你全权负责吧，斯托克不用过问这件事了！”，凯莉当然愿意把这件高度机密的事交给她最信任的托马斯来处理，于是她立即就答应了下来。
其实，托马斯此行的目的并不是劝说凯莉停止改造仪的使用，他很清楚，如果这是凯莉的决定，她是不会轻易改变的，他的真实目的就是争取先把这件事的主导权从斯托克的手里夺过来，然后再研究下一步的计划……
托马斯回到正德院后，已经接到通知的斯托克气呼呼地对托马斯说：“有件事我没想明白，既然你要劝说凯莉部长停止这个项目，你为什么还要负责这个项目呢？这就是你找凯莉部长的结果？”，他的语气中带着一丝嘲讽和深深的怀疑。
紧接着，斯托克又阴阳怪气地补充了一句：“眼看戈登就要投降了，可部长却把这件美差交给了你，我以前算是白忙活了！”
托马斯一脸厌烦地回应道：“院长先生，你的话是不是有点多了！凯莉部长改造学员大脑的态度很坚决，我必须站在她的立场上思考问题，现在，我认为改造学员的大脑是无比正确的决定，所以我一定坚决执行她的旨意，这就是我对凯莉部长的忠诚，这就是我们之间牢不可破的关系！”
然后他又指了指斯托克的手腕，“你别忘了你皮下的芯片，你看起来似乎不仅对我不满，甚至对凯莉部长也有怨言，你的态度很有问题呀！”
斯托克立即意识到自己又说错话了，他目光呆滞，张口结舌地愣在了那里。
托马斯突然换上一副笑脸，他拍了拍斯托克的肩膀，意味深长地说：“好了，院长先生，我能理解你此时此刻的心情，你也不用过于紧张，还是那句话，这又是一件可大可小的事，凯莉部长不一定会注意到你说的这些话，只要我不告诉她，你就不会有事，懂了吗！”
回过神来的斯托克立即对托马斯点头哈腰道：“我懂，我懂！”……
既然托马斯得到了凯莉的授权，斯托克就无权过问大脑改造的事了。但大脑改造仪的测试升级工作并不能停，毕竟凯莉现在最关心的就是这项工作，接下来，托马斯就开始想办法了，但他想的不是如何尽快改造学员大脑的办法，而是确保学员们的大脑不被改造的办法。
托马斯对蜘蛛侠说：“如果我让凯莉看cg动画，让她以为我们每天都在对学员进行大脑改造，然后我欺骗凯莉，就说学员们都被我们改造了，你看这个办法怎么样？”
“没用的，”，蜘蛛侠说，“因为凯莉对改造仪的监控不是通过视频进行的，而是通过改造仪的实时数据进行监控的，只要她愿意，她可以随时开启监控系统，了解每一台改造仪的实时工作状态，对每一名学员的大脑改造状态也是一目了然的！”
“那你说该怎么办？虽然现在这件事由我负责了，但系统升级后，即使我还能拖几天，但几天之后还得把学员们送上加大功率的改造仪，那我做的一切还有什么意义？”
蜘蛛侠陷入了沉默，半分钟后，他突然兴奋地说道：“我只是想尝试一下，没想到我居然轻而易举地就突破了改造仪系统的防火墙，不仅如此，我还通过这个系统进入了正德院的智能系统，我甚至可以控制正德院的监控设备和机器警卫的智能核心，要知道，改造仪系统和正德院的智能系统可都是博 讯公司开发的高智能系统，这真是太不可思议了！”
托马斯也兴奋地增大了眼睛，但他很快就冷静了下来，他将信将疑地看着蜘蛛侠，“博 讯公司的智能系统这么容易就被突破了？”
“我也不相信我有这样的能力，但这的确就是真的，我真的做到了！也许博 讯公司根本就没在系统的安全性上给予足够的重视吧！”
托马斯若有所思道：“这就意味着我们可以掌握改造仪系统里的数据，还可以使正德院的监控设备和机器警卫陷入瘫痪，是这样吗？”
“是的，就是这样，而且，我不仅可以使监控设备和机器警卫陷入瘫痪，我也可以使改造仪系统陷入瘫痪！”
托马斯的眼睛亮了起来，他一脸急切地说：“那你先把改造仪系统弄瘫痪了吧！”
蜘蛛侠笑着摇摇头，“我现在就可以使监控设备和机器警卫陷入瘫痪，但想瘫痪改造仪系统是需要时间的，因为我必须先编写出病毒，只有病毒才能瘫痪改造仪系统。”
“那么，这个病毒容易编写吗？”
蜘蛛侠点了点头，“你在调查局的时候，为了破坏反 政府的网站，我储存了很多病毒源代码，那些攻击反 政府网站的病毒都是我利用这些源代码编出来的，这些源代码都来自博 讯公司，而改造仪也是博 讯公司的产品，所以，我只要利用这些病毒源代码编写一套针对改造仪系统的病毒，就会使改造仪系统陷入瘫痪了！”
“那就太好了！不过你必须赶在改造仪重新启动前做出这个病毒！”
“好的，我会尽力的，其实病毒最多一天就可以编写出来了，但改造仪系统有一个比较独特的反病毒子系统，只有病毒是没用的，我还要利用博 讯公司的源代码破解改造仪系统的反病毒系统，这个时间就不好说了，也许一分钟就可以完成破解，也许需要几天时间，但不论怎么说，在改造仪重新启动前也应该差不多能破解成功了！”
“那你现在是就开始吧，现在每一秒钟都很宝贵，如果我来到这里后，还有很多学员的大脑被改造，我是无法原谅我自己的，到那时，我连自我救赎的机会都没有了！”，托马斯已经迫不及待了。
不过，虽然蜘蛛侠全天候不间断地全速运转着，而且，就像他说的那样，病毒在一天之内就做出来了，但遗憾的是，在改造仪系统调试升级的期限已经届满的第二天，对改造仪防病毒系统的破解工作并未完成。
这天上午，戈登和杰克还是被送上了改造仪，但托马斯并不知情，他此时正密切关注着蜘蛛侠对改造仪防病毒系统的破解。
当托马斯知道此事后，他怒不可遏地来到斯托克的办公室，他大声斥责斯托克道：“凯莉部长不是告诉你这件事由我全权负责了吗，你怎么还背着我改造戈登和杰克？”
“我……！”，斯托克涨红着脸，无言以对。
“你就是想在凯莉面前表现自己，急于邀功，是不是？”，托马斯怒视着斯托克，逼问道。
斯托克尴尬地点了点头，然后辩解道：“其实我也是在帮你啊！既然你负责这个项目，那我帮你改造戈登和杰克的大脑又有什么不好的呢？”
托马斯怔了一下，然后扬着头说：“谢谢你的好意，我再和你说一次，现在这个项目由我负责，就不劳烦你操心了！”
“好的，好的！”，斯托克立即见好就收，他皮笑肉不笑地说：“我只是出于好意，既然你很反感我的做法，那我保证，今后我绝不会再过问这件事了！”
托马斯严肃问道：“那么，为什么今天只改造戈登和杰克？”
斯托克解释道：“今天就是用他们做一下测试，看看系统升级之后，改造仪对这两个最难改造的人是否有作用，从测试结果来看，戈登险胜了电疗仪，而杰克如果没有戈登的干扰就已经被改造了，所以明天只要再稍微加大点功率，戈登和杰克就应该都能改造成功了，如果最难改造的两个人都被改造了，其他学员就更不在话下了！”
托马斯虽然没说话，但他愤怒的表情中夹带的一丝忧虑却并未逃脱斯托克的眼睛，斯托克盯着托马斯，试探着问道：“我怎么感觉你好像有些同情这些人啊！”，他之所以敢这么说，是因为他觉得这句话不算很敏感，不至于冒犯托马斯。
“同情他们？呵呵！”，托马斯冷笑了几声，“我是自私的人，我只同情我自己，我可没那么悲天悯人和多愁善感，其实，当我看到别人倒霉和遭罪的时候，我心里才会产生一种莫名的快感，我再说一遍，我不主张使用改造仪只是觉得这东西没必要。”
“哦，看来我们是同一类人，我也是看到别人倒霉的时候才感到快乐！”，斯托克笑着说。
“和你成为同一类人可是我的荣幸！”，托马斯轻蔑地反讽道，然后他把脸一沉，用警告的口吻说：“我再提醒你一次，如果我再发现你插手我的事，我就对你不客气了，你的这个院长只是名头，如果我愿意的话，我现在就可以取代你！”，说完，他就摔门而去。
回到自己的办公室，一脸怒气的托马斯立即叫出了蜘蛛侠，他责问道：“你怎么还没破解成功？”
“对不起，我已经尽力了，现在还差最后一步，估计明天十点之前就应该可以突破改造仪的防病毒系统了！”，蜘蛛侠说。
“你确定？”
“确定！”
“如果明天你还没破解成功，我就把你彻底删除！”，这是托马斯第一次用威胁的口吻和蜘蛛侠说话，可见他的心情该有多么的急迫。
蜘蛛侠眨了眨眼睛，几秒钟后，他说：“我刚才查了一下改造系统的数据，上午改造戈登先生的大脑时，改造仪的监控系统一直处于关闭状态，而且，由于对戈登先生的改造并未成功，斯托克没有理由，也没必要告诉凯莉，而凯莉想了解对戈登的改造进展，她也会问你而不是斯托克，所以，凯莉应该并不知道改造结果。”
托马斯也眨了眨眼睛，“但这又意味着什么呢？”
“这意味着，也许我们可以先让戈登先生离开正德院，我们的计划也可以从戈登先生开始。”
“哦！”，托马斯猛然站了起来，“快，你详细说说！”
“我可以伪造一个戈登先生的大脑已经被改造的数据，然后覆盖住电疗仪里原有的他的大脑没被改造的数据，凯莉看了这个伪造的数据报告，就会相信戈登先生的大脑的确被改造了……”……
托马斯认为蜘蛛侠的建议可行，于是，待蜘蛛侠伪造了戈登大脑已经被改造的数据，并覆盖了原来的真实数据后，他就拨通了凯莉的电话：“斯托克告诉你关于戈登大脑改造的事了吗？”，为了保险起见，他还是首先问了这个问题。
“没有啊，这件事不是由你负责了吗？他怎么还会给我打电话。”，凯莉说。
托马斯松了一口气，然后突然激动了起来，“告诉你一个好消息，戈登已经被我改造成功了！我现在把他的改造报告给你发过去！”
“真的吗？太好了！”，凯莉的声音已经因兴奋显得有些变调了。
看完托马斯发给她的报告，凯莉的声音已经开始颤抖了，“没错，没错！戈登果然被改造了！托马斯，你没令我失望，你果然有办法！“，紧接着，她的整个身体居然从托马斯的手机屏幕里跳了出来，还优美地在屏幕上转了一圈，看起来大概跳的是华尔兹的舞步。
“不是我有办法，而是改造仪的功率加强后，戈登也抵挡不住了！”，托马斯故作谦虚地说。
“不管怎么说，这也是你的功劳，这回，戈登就可以接受总统开出的条件了，我也可以对琼斯有个交代了！”
“是的，他已经看不到魔鬼了，他的眼里只有天使，他现在就像变了一个人，对我的命令言听计从，还说自己以前做的都是错事，说他不该与政府对抗，他保证不再继续发表反对政府的言论了！”
“好，等过一段时间我忙完了手头的工作，我会亲自到正德院，我要亲自见见戈登，如果他真的答应了琼斯的条件，我就释放他！”，凯莉开心地说。
“你还不相信我吗？我觉得你没必要来了，你就直接向总统汇报一下不就完了吗？”
“我不是不相信你，我是要让琼斯总统亲眼看到，戈登已经答应了他提出的条件，这也体现了我们对戈登的重视，所以，我和戈登的谈话是要对总统进行直播的！”
“哦，原来如此！”，托马斯若有所思地点点头。
“托马斯，既然戈登都被改造了，那么其他学员的改造就更不成问题了，希望你尽快把所有学员都改造完毕！”
“好的，你放心吧，我争取在最短的时间内把所有的学员都改造完毕！”，托马斯保证道。
挂断电话，托马斯立即收起了笑容，他又开始忧心忡忡起来：“看来只能让戈登先生扮演改造人了，他能不能出去，就取决于他的演技了！”……
第二天上午九点多钟，蜘蛛侠异常兴奋地从手机屏幕里跳了出来，“主人，快醒醒，我破解成功了……！”
蜘蛛侠的喊声叫醒了正倒在沙发上打着呼噜的托马斯，托马斯立即从沙发上爬了起来，他昨晚几乎整夜未合眼，一直密切关注着蜘蛛侠的破解进度，早晨七点，他才昏昏沉沉地睡了过去。
“我已经把病毒输入改造仪系统了，现在，华盛顿正德院的改造仪已经全部瘫痪了！”，蜘蛛侠笑着说。
“太好了！这个病毒能维持多长时间？”，托马斯揉着红肿的眼睛说。
“这个病毒可以不断复制，而且，由于使用的是博 讯公司的代码，所以改造仪系统查杀起来会很费时间，这就相当于人体很难清除产生于人体自身的癌细胞一样，根据我的计算，彻底清除这些病毒需要六十二天的时间。”
托马斯皱着眉头若有所思道：“六十二天！这个时间说短不算短，但说长也不长，我们必须争分夺秒啊！”
然后，按照既定计划，托马斯给凯莉打去了电话，“凯莉部长，很遗憾地告诉你，华盛顿正德院的大脑改造仪都感染了病毒，已经无法正常工作，不可思议的是，这个病毒居然是改造仪系统自身产生的，而且利用的是还是博 讯公司为思想部提供的内部代码，目的就是为了对抗人为加大的功率，从而确保改造仪自身的安全，估计用不了多长时间，全国各地正德院的改造仪都会感染这种病毒，都会陷入瘫痪，现在看，彻底清除这种病毒至少需要两个月的时间。”
“什么？你是说改造仪系统自己编写了病毒把自己弄瘫痪了，目的就是防止功率过大把自己烧毁？”，凯莉颇为吃惊地问道。
“是的，你说得没错！”
“难道人工智能有了自我意识？只有有了自我意识，人工智能才会担心自己被毁灭，不是吗？”，凯莉的全息头像露出了惊恐的表情。
“那倒不至于，只能说明人工智能具备了初步的自我保护意识，他们还没有生死的概念，即使有，也只是对人类的生死意识的简单模仿，他们并没有真正的自我意识！”，托马斯一脸轻松地说。
凯莉放心地点了点头，然后她把怒火发泄到了斯托克身上：“这个斯托克，真是个成事不足败事有余的家伙，如果不是他提出了这个馊主意，也不会造成这么严重的后果，你和斯托克到思想部来一趟，我要当面质问他！”……
接下来，就是戈登和杰克大义凛然地奔向“刑场”然后被迪克告知改造仪已经陷入瘫痪的那一幕……
正当托马斯兴高采烈地拿出一瓶香槟酒，准备开启香槟庆祝胜利的时候，斯托克来到了他的办公室。
托马斯立即显得无比遗憾地摆弄着酒瓶说：“本来希望把学员都改造完之后再喝这瓶酒庆祝一下，看来这瓶酒现在暂时喝不上了！”
“本来想大干一场，没想到系统却瘫痪了，这的确挺遗憾的！”，斯托克撇着嘴说，幸灾乐祸的神情毫不掩饰地挂在了他的脸上。没错，他找托马斯的目的就是来幸灾乐祸的。
“你来的正好，部长让我们去思想部向他汇报工作中出现的问题，我们现在就出发吧！”，托马斯不露声色地说。
“那你至少得让我知道究竟哪出了问题呀！”
“是的，你必须知道，因为出问题的就是你！”，托马斯突然厉声说道。
“我的问题？我能有什么问题？”，斯托克一脸茫然地看着托马斯。
“你知道这个病毒是怎么产生的吗？“
斯托克摇了摇头。
“这个病毒就是加大改造仪的功率后产生的，改造仪为了防止自己被高功率烧毁，就自己编写了病毒把自己弄瘫痪了，你能说你没有问题吗？”，托马斯一脸严肃地质问道。
斯托克额头上立即就渗出了冷汗，他紧张地点了点头，又咽了一口唾沫，然后用祈求的目光看着托马斯，声音颤抖着说：“如果真是这个原因，拜托你在部长那替我说几句好话，我可承担不起这个责任！”
“那好说，就看你识不识相了！”，托马斯冷笑道。
“明白，我明白！”，惊慌失措的斯托克忙不迭地连声说道，刚才的幸灾乐祸还没等升温就变成了摇尾乞怜，不知道他此时该如何看待命运对他的捉弄。
然后托马斯和垂头丧气的斯托克一起离开了办公室……
“现在全国所有正德院的大脑改造仪都感染了病毒，都无法工作了，你的这个馊主意给国家造成了这么大的损失，我不仅要开除你，我还要让检察官起诉你！”，在凯莉的办公室，凯莉指着斯托克的鼻子狂吼道。
“我看还是算了吧！斯托克先生也是出于好意，如果你因为这件事就这么严厉地处理他，会影响很多正德院官员的工作积极性的，况且，加大功率之后不也把戈登改造成功了吗，依我看，他也算是功过相抵了！”，一旁的托马斯立即打起了圆场。
待怒气稍微平息一些后，凯莉对瑟瑟发抖的斯托克说：“看在托马斯的面子上，这次就不处理你了，但下不为例，从今天起，你和托马斯调换一下位置，托马斯任院长，你任副院长！”
“谢谢凯莉部长，谢谢凯莉部长！”，长舒一口气的斯托克忙鞠躬道谢，他那一副标准的奴才相令站在一旁的托马斯感到恶心。
“凯莉部长，我会尽快把病毒查杀干净，然后恢复大脑改造！”，托马斯郑重说道。
“托马斯，看来，只有你才是最值得我信赖的人！”，凯莉点点头，脸上终于露出了一丝笑容。
走出思想部，斯托克对托马斯感激涕零道：“院长，我不知道该怎么感谢你，你就是我的救命恩人啊！”
“你知道自己该做什么，不该做什么就是对我的感谢了！”，托马斯笑着说。
“我发誓，我一定听你的，你让我干什么，我就干什么，你不让做的事我绝不过问！”，斯托克一脸谄媚地保证道，然后他突然想到了什么，于是小心翼翼地问道：“院长，你刚才说，戈登被改造了，这是怎么回事？”
托马斯立即把脸一沉，“这件事你就不该问，但既然你已经问了，那我就告诉你，戈登的确被成功改造了，你以为他没被改造，是因为当时他的改造仪的数据出现了错误，现在他的数据已经被修正了，他现在就是一个标标准准的改造人！”
“哦，原来如此！”，斯托克笑了起来，而且笑容看起来很真诚，“院长先生，那就恭喜你了，这都是你英明领导的结果，如果还是我管这件事，估计一年之后也解决不了这个难题！”
虽然明知斯托克说的是谎言，但托马斯还是满意地点点头。
那们，托马斯为什么要替斯托克说好话呢？因为托马斯知道即使斯托克被开除了，凯莉一定还会给他配一个搭档，目的就是让两个人互相监督互相制约，与其这样，还不如把一只好不容易调教出来的狗留在自己身边呢，至少，现在的斯托克已经几乎对托马斯构不成任何威胁和妨碍了。
