圣祖在放走王继贞之后，又派遣科臣苏拜携带他的招抚谕旨前往陕西，会同总督哈占商酌，选择干练人员，或亲去王辅臣处，或派他人代替，向王辅臣宣布朝廷旨意，招其归顺，并尽快“安抚乱兵”。与此同时，圣祖在军事上不能不严加防备。首先加强省会西安的兵力，以“保固秦省”。他把调往兴安等处的兵马改调到西安，令他们“星夜奔赴”，不得迟误。他犹感兵力不足，但“京师禁旅，遣发颇多”，已无兵马可调，他决定再调蒙古兵。他指示兵部“秦省重要”，令理藩院员外郎拉笃祜等三名官员速征鄂尔多斯调蒙古兵三千五百人，调归化城土默特兵七百人，皆赴西安驻守备征。至康熙十四年（1675年）正月，归化城土默特二部、四子部落、毛（茂明安）、吴喇忒三部计七旗兵已启行，鄂尔多斯因天寒马瘦，先行备装，等待调发。圣祖很担心驻守广元（四川广元）、保宁的清军遭到王辅臣叛军攻灭。为保证这支生力军安全地撤离，顺利搬至汉中，特遣驻北京的八旗兵（每佐领三名），“速催起程竹，赴西安协守。进驻西安的各支大军，酌置留兵守西安，其余全部赴定西大将军董鄂军前，接应广元、保宁的清军撤回汉中。
继上述指令发出之后，圣祖发现陕西兴安州（今安康）实为一战略要地，便对议政王大臣等人说：此地”西近汉中，北接潼关，东南直逼郧阳（湖北郧县），最为要地。”他迅速命令尉都统穆舒浑、已任命为云贵总督的鄂善、副都统希福等率兵，包括增援的蒙古甲兵，“驰赴兴安”，共同防守汉中各处战略据点。
圣祖紧急部署完毕，又加紧对王辅臣进行招抚。在出苏拜招抚专使之后，即十二月二十三日，圣祖再给王辅臣发出一道长篇敕谕，大略内容是：
近据总督哈占奏称：进剿四川，军中噪变，你所部溃乱，朕闻听此信，“殊为骇异”！朕思你自大同归属英王阿济格，后归于正白旗，世祖知你赋性忠义，才勇兼优，特把你提拔到侍卫之列，继而命你随经略洪承畴进取滇贵。你果然不负期望，竭诚尽忠，太建功勋，因而晋级总兵，宠任优渥。及至朕即位。以你为勋旧重臣，岩疆所依赖，特提升你任陕西提督，召你进京陛见，当面询问，益加知你天性忠贞，献计略超群，朕心深为喜悦。特赐你密请，至夸言犹在耳，想你还能记得吧！
去冬（康熙十二年）吴逆叛变，所在人心怀疑观望，妾在不少。你独首创忠义，揭举逆札，擒捕逆使，差遣你子王继贞驰奏。朕召见你子，当面询问情况，愈知你忠诚纯正茑犀，果然幂负朕，知疾风劲草，子此一现！其后，你奏请进京觐见，面陈方略。朕以你一向忠诚，深为倚信，而且边疆要地，正需你弹压，因此未让你来京。经略美洛奏请率你入蜀。朕以为你与莫洛和衰共济，彼此毫无嫌疑，故命你同往再建功勋。直到此次兵变之后，面询你子，始知美洛对你心怀私晡，颇有猜嫌，致有夸日之事。这是朕知人不明，使你变遭意外，不能早诉忠贞，责任在于朕，你有何罪！朕对于你，“谊则君臣，情同父子”，任信出自内心。恩重子河山。以朕如此眷眷于你，知你必不负朕呵！至于你所属官兵，被调进川，征戍困苦，行役艰辛。朕亦悉知。今事变起于仓促，实出于不得已。朕惟有加以矜恤，并无谴责。刚刚发下请旨，夸陕西督抚，招椿安排，并已遣还你子，代为传达朕意。惟恐你还犹豫，因之再特颁发一专敕。你果真不忘累朝思眷，不负你平日的忠贞，幡然悔悟，收拢所属官兵，各归营伍，即令你率领，仍回平凉，原任职不变。已往之事，一概从宽赦免。或许经略莫洛，剐有变故，亦系兵卒一时激愤所致，朕并不追究。朕推心置腹，决不食言。你切勿心存疑虑畏惧，辜负朕笃惫旧勋之意。
圣祖的这道敕谕，与其说是谕旨，不如说是他个人给王辅臣的私人信件，写得异乎寻常的心平气和，娓娓动听。回忆他与王辅臣之间的一件件、一桩桩事，充满了浓厚的情谊，就是心肠再硬的人读了这些话，也不能无动于衷！全篇无一句指责辅臣的话，相反，他把这场事变的责任自己全部承担过来，自责没有知人善任，事先并不了解他跟莫洛之间的嫌隙，而莫洛之死，或许是他别有变故，惹起士卒一时激愤所致，这些都与王辅臣本人和士卒毫无关系。所有过犯，一橇宽免，不予追究。只望他回心转意；不辜负以往君臣间的情谊和朝廷的重托。直到最后，圣祖也没有说一句威胁的话。相反，在字里行间不免流露出乞求之意。这是前所未有的。在这里，圣祖表现了政治家恢宏的气度，极大韵耐心。在圣祖看来，当此危机的耐刻，追究莫洛之死的罪责已无任何实际意义。最紧迫的是，要尽一切努力消除由于王辅臣叛变所造成的政治危机，权衡利害，他宁肯牺牲莫洛，甚至不惜乞求，千方百计把王辅臣重新争取过来，是符台清朝根本利益的。
王辅臣为什么突然叛变，在事实真相未予澄清之前，的确是个谜。不久，王辅臣给圣祖上了一道奏疏，申诉兵变起因，真相才得以大白于世。这是康熙十四年（1675年）正月十五日，他写了一份自我剖白的奏本，派遣莫洛部属原任郎中祝表正携带，代为转选，把他的儿子王继贞留下不遣返北京。祝表正至京，呈上奏本，兵变经过才一目了然。事情是这样的：
正月十三日，陕西总督哈占派遣一官员，把圣祖的敕书送来略阳，王辅臣与众将领“恭设香案，跪听宣读”，倍受感动：“臣听闯之下，肝肠寸裂，心胆俱碎，恨不即自灭亡！”惟有向北京方向“号泣，抚众哀鸣而已”。他怀抱感恩之情，如泣如诉地写道：“草木尚尔知春，犬马亦思报主。臣独何忍负我皇上！”接着，他申诉事变起因。事情的远因，还在莫洛初到任陕西时，辅臣提出要进京谒见皇上。圣祖指示，可与经略面议。他自平凉奔赴西安。见到了莫洛，以当年洪承畴所实行事宜向他陈述了几点想法。希望莫洛从中汲取其经验教训，但莫洛听不进去，不以其忠言为患，反以其言为忤谬，对他遂生猜撵。莫洛没把王辅臣放在眼里，他的司官们也个个”侧目”。瞧不起他口辅臣写到这里，申辩说：“我是奉旨意特远道来西安，向他陈说方略的，说得是与不是，他何曾答复一句话！竟然置之不理。”王辅臣是个刚烈性子的人，为人倔强，当年吴三桂对他很好，也仅是件不大的事，伤了他才决意走的。他岂能容忍奠洛如此高傲！自此“怀恨在心竹。当时，他便顾虑文武不和，“恐误大事”，于是，向圣祖要求随军南征，离开此地，脱离莫洛而已。圣祖答复，无论到湖南，还是到四川，都是给朝廷效力，眼下需要他留下。王辅臣就留了下来。此事，已种下了怨恨、嫌猜。
王辅臣叉说到第二件事：那是在去年（康熙十三年）八月，王辅臣一再请求。莫洛才同意给他添马兵二千，同时却将王辅臣所属固原官兵的好马“尽行调去”，而把“疲瘦茶马”发给他。到了九月，马还未到；十月初，就催他起程进川。这明明是逼迫于一时，“陷臣死地”，报复他多说话、提建议之怨。及至部属发动兵变，并非他的本意，他至死不从，“几欲自尽”。但事变已成事实，他如死，莫经略的事必加于自己身上，因此“臣死亦不能明”，故“忍耻以至今日”。圣祖赦免其一切过犯，要他还平凉，即表示“臣不敢仲遵圣意”！最后，他请求圣祖派使臣到陕西，宣布圣意，使“官兵各得生垒”，“俯加存恤”，即使“粉臣之骨，碎臣之尸，臣亦死且甘心焉”。
同年二十四日，圣祖批示，关于遣使安插官兵，前已有旨，王辅臣所属官兵照旧归伍，即率他们回平凉，至于莫洛部属兵丁愿归农者，由地方官“加意安插”，愿到王辅臣处充兵的，可与哈占商量“收补入伍”。关于差使臣事，从北京到陕路途遥远，官兵久待不便，一切事宜即照前已发谕旨执行。至于王辅臣忠贞，“朕所悉知，屡疏陈奏，心迹已明。”应“殚心供职，以图后效，不必复行引罪”。圣祖将此敕谕交祝表正，返回陕西，再向王辅臣招抚。不幸的是，他也被辅臣杀害了。
王辅臣的奏本和圣祖的批示，已清楚地说明宁羌州兵变，实非出自他事先的策划，乃是莫洛欺压汉官兵，激成变乱。莫洛的悲剧，是他以满族贵族大员傲视王辅臣，不平等地对待他，不仅引起他本人的不平，连他，的部属也债愤不已。当时从陕西到四川，历程艰辛，粮饷不足，忍饥挨饿，好马被换成劣马，更增加了行军的艰难，加之当时形势混乱。军心不稳，故易起事端，一触即发，终于造成了莫洛之死。他不过是统治集团优待满人、排斥汉人政策的牺牲品。这一事件，从一个侧面反映了吴三桂叛变包含着民族矛盾的诱因。这也是不容否认的事实。
正在湖南战场指挥作战的吴三桂，一直在盼着陕西王辅臣、张勇起兵的好消息。他知道，他们一旦起兵，将会带动整个西北乃至中原响应，成为又一大战场，那时，将会给清朝造成多么巨大的军事与政治的压力！随着时间的流逝，仍不见任何动静，他派去的使者也一去不复返。一年过去了，他对王辅臣、张勇不再抱有希望。就在康熙十三年底与次年正月之交，突然传来王辅臣在宁羌起兵的消息，吴三桂精神为之一振，毫不迟疑地投出二十万两白银，铸印“平远大将军陕西东路总管”，交付已叛降的秦州知州巴三纲转赠给王辅臣。吴三桂慷慨馈赠，似乎比清朝空口安抚更有吸引力！王辅臣所居平凉，原属荒凉的边防之区，生活一向很清苦，他的部下度日维艰，粮饷不足，本来就对朝廷不满，人心思乱，而吴三桂的诱惑，助长了其部属与清朝的离心力，反满的民族情绪顿时高涨。吴三桂指示已入川的大将王屏藩和吴之茂由汉中出陇西应援，到处散布委以官职的文札，地方武装及回、蒙古等少数民族都纷纷响应，接踵而起，吴三桂叛后一年还平静的西北地区，迅速陷入大动乱之中。在这种形势下，芏辅臣已经身不由己。他是个精细的人，凡事都看得明白。尽管朝廷对他表示出了高姿态，圣祖做出非常友好的表示，并保证他本人和家属的生命与地位不受丝毫侵犯，可他仍然疑虑重重，总攫心此系朝廷的权宜之计，谁能肯定朝廷于事后不追究往事！特别是莫洛身为朝廷满族重臣，圣祖的心腹，能说就让他白白死掉吗？不管怎么说，王辅臣是不能逃脱责任的。担心、后怕，使王辅臣无意回归清朝，他把朝廷的招抗置之脑后，决心铤而走险！
王辅臣抗拒清兵，依附于吴三桂，在陕甘地区展开了军事行动。他先说降秦州副将陈善，以秦卅城（甘肃天水）叛降。王辅臣由略阳移至秦州，并毁掉陕甘两省边界的风县（今凤县西南）偏桥，派其部将王好文率众把守栈道，清兵粮道不通，所运之粮不得运送。人守凤县的清兵以粮竭突围而走。王辅臣则留兵守秦州，自率旧部归平凉。
吴三桂的“义子”王辅臣依据天下的形势，响应吴三桂，反了清廷，一时刻朝野上下震恐；康熙帝准备御驾亲征，而众大臣纷纷反对，不得已他决定启用汉将，以汉制汉。
