正当赫叶等自京动身之时，四川巡抚罗森派人至京，报告全川军心不稳，颇怀异志。圣祖惟恐情况有变，下令催促副将瑚里布等速进兵，选轻骑先行。
还没等援兵赶到四川，已传来四川提督郑蚊麟与川北总兵官谭弘台谋叛变的消息。谭弘是四川万县人，原为明朝总兵官，顺治三年，谭弘与其弟谭诣、谭文都投靠了南明永历，谭弘被封为“新津侯”，他的两个弟弟也晋封公爵。谭氏三兄弟长期割据四川一方，与南明诸将争衡，直到顺治十六年，谭弘、谭诣才降清，封谭弘为“慕义侯”，授予川北总兵官之职。郑蚊辟原明朝都司，还在清入关前，从松山来降清，官至四川提督。吴三桂反叛时，即于康熙十三年正月派王屏藩进兵四川，策动叛乱。谭、郑合谋响应，接受吴三桂的官职，封谭为“川北将军”，蛟麟为“都督将军”。
几乎与谭、郑降吴的同时，四川巡抚罗森、总兵官吴之茂也叛清从吴三桂。罗森是直隶（河北）大兴人，于顺治四年中进士，累官至江西湖东道、陕西督粮道、浙江按察使、直升至陕西布政使等职。顺治十年，再由陕西布政使升至四川巡抚。吴之茂是锦州人，是吴三桂的同乡。他们降吴后，都受到重用。罗森、郑蛟麟、谭弘、吴之茂都是四川的军政长官，他们率先叛清，属下官兵和各府州县官员也随之面叛，全川都纳入吴三桂的控制之下。他们声言：一出汉中，一下夔州。声势的确逼人！
圣祖一面催令将军瓦尔喀继续向四川进兵；一面嘱他向郏蛟麟招抚，、派人前去传达朝廷意旨：“你虽反叛，朝廷仍念及你从前效力，卓有成绩，一时出于被胁迫，也是情有司原。你在京的子孙家产并未按法没收和逮捕。可将朝廷派往四川的兵部郎中托必泰尽速遣还。否则，太兵压境，克复城池，后悔奠及。”圣祖的这番好意，不用兵威，仅用语言是打动不了他的心的。直到兵败以后，他才又降清。
吴三桂发动的叛乱，以迅猛之势，继续向北蔓延、发展，一直深入到畿辅、清朝的心脏——京师！密谋暴动、叛变的事件不断发生，造成清朝的统治险象丛生。
康熙十二年十二月，吴三桂在云南起兵的消息一传人京师，立刻引起骚动，民心不安。一些怀有“复明”之志的人开始秘密串连活动，准备在京城内暴动。有一个叫杨起隆的人，据官方说，他是“市井无赖”，他自称是“朱三太子”，以此为号召，秘密组织起事，朱三太子，即明崇祯皇帝的第三子，自明亡迄至此时，一直是个谜案，死活不知，下落也无入知烧。凡反清复明的入，总爱打出来三太子的名号，号召人们参加他们的反抗活动。清朝对“朱三太子”也很害怕，曾布下人马到处搜寻，一旦搜到所谓“朱三太子”，都以假冒之名处死。不辨真假，处死了事，企图斩草除根。
杨起隆诈称“朱三太子”很有效验，已吸引了很多人参与他的谋叛。他要呼应吴三桂起兵，乘清朝全力关注南方时，趁机在京中起事，夺取政权。杨和他的部众相约，以京城内外同时放火为号，聚众举事。参加者，大都是城内的下层百姓，主要是满族贵族各官的家奴，如，镶黄旗监生郎廷枢的家人黄裁缝、正黄旗周全斌之子周公直的家人陈益等人都参与了其事。很快，他们发展到一千余人！据来自朝鲜方面的报道，他们“聚众万余”，这也不无可能。
十二月二十二日这天，郎廷枢察知他们的反叛活动，当即抓住他的家人黄裁缝等四人前去本旗旗主告变。与他同时，周公直也来告密，他提供的情况更为严重：有三十余名生人集聚在他家，正在密谋口事关重大，宜速不宜迟。正黄旗都统图海、祖永烈等迅速点起官兵，亲自率领前去捕拿。他们包围了周公直的宅院。镶黄旗副都统纪哈里等也率官兵前来助剿。
当密谋起事的陈益等人发觉被官兵包围时，已经无法逃出。陈益便放火拒捕，镶黄旗拜他喇布勒哈番鄂克孙首先冲人院内，大队官兵继进，经过短暂的战斗，将陈益等三十余人全部拿获。又进而广为搜捕，共捕获首要人员李株等及参与其事的达数百人之多，“首犯”杨起隆逃走。朝廷下令，立即关闭城门，严行搜查。城内百姓惊恐，流言四起，很多人准备搬到城外西山躲避。圣祖不得不下道谕旨，极力安抚百姓。
圣担责成刑部等衙门进行审讯。据被捕者供称：他们的人很多，额前都裹白布，身扎红带为标记，约定康熙十三年元旦之日在内城举事：趁各官员人朝时，“各杀其主”，被杀官员的官职即由该官的家奴充任，不料郎廷枢的家奴黄裁缝于夜间喝醉了酒，胡言乱语，走漏了机密。由于郎廷枢告密，使这项计划流了产，为首的杨起隆被捕获后处死。如果这一计划实现，给清朝造成的危害是相当严重的。圣祖感到后果严重，他亲自过问和处理这一事件，必欲严惩首要分子。刑部领会圣祖意图，提出一份判决报告：拟将李株、黄裁缝等二百余人按“谋反罪”凌迟处死（又称“寸磔”，即俗称“千刀万剐”），他们的亲属，处祖父以下，父、子、孙、兄弟及同居之人，不分异姓，还有叔伯兄弟之子，凡男的年十六岁以上者，都处以斩刑；男十五岁以下，及“本犯”的母女妻妾姊妹及财产都人官。
圣祖审核，改定：李株、黄裁缝等九人凌迟处死，蔡文以下一百九十四人改为斩头，他“不忍”株连过多，将“各犯”的家属亲戚，一律从宽处理，免罪释放，其家产也免人官。此事件牵连千余人。圣祖一概不予追究。
破获杨起隆于京中举事的密谋四个月后，即康熙十三年四月初，圣祖又得到了河北总兵官蔡禄密谋叛乱的紧急奏报口这一惊人信息，是安塘笔帖式向侍卫关保透露的。据他报告，河北总兵官蔡禄串通襄阳总兵官杨来嘉，策划谋兵，响应吴三桂。蔡禄与杨来嘉原是郑成功的裨将，郑成功去世后，他们率部投降清朝，特赐给左都督，从优提拔，出任河北总兵。吴三桂在云南一起兵，他便着手准备发难。他制造鸟枪，购买骡马，与杨来嘉往来同谋。他命兵丁以捕鱼为名，身披铠甲而行，实则是军事演习，连当地百姓也觉察出他将谋反，都很害怕。这一情况，正巧被奉命前来出差的侍卫关保侦知，回京立即向圣祖报告。圣祖马上派遣内大臣阿密达领护军逮赴蔡禄驻防地怀庆（河南沁阳），“详问蔡禄捕鱼之由”。次日，阿密达即率兵起行。
阿密达到达怀庆，蔡禄不出城迎接。人城后，阿密达直奔蔡禄衙署，他的部下施放箭矢、火炮抗拒。阿密达率部冲进衙署，将蔡禄父子及其侄蔡鼎席与同谋者一并擒获，于四月二十四日，押解北京。圣祖对此非常高兴，表扬阿密达说：“你此行不过十天，就办成了这件事，阻止了一场叛乱，朕探为欣慰，但人命至关，需审实罪由，方可正法，不要株连无辜。至于所获入口，可散给士卒，应重赏受伤人员，以示鼓励。竹阿密达奉命审讯，获取了足够的证据。他们供认，曾几次派人与杨来嘉联络，谋划投靠吴三桂；还计划，如清兵来怀庆，关闭城门抗拒，突围往太行山据守。圣祖据此罪状，定成死罪，将蔡禄父子、侄儿和同谋者都处斩，其余“概不株连”。河南怀庚地区紧靠畿辅，邻接秦、晋、齐、楚，属“四达”之地。蔡禄与杨来嘉相结，如“扑灭不早，则中州骚动，兵民为不宁矣！”圣祖夕发谕旨，即令速行，为内外所不知。阿密达突然至怀庆，叉出蔡禄之不意，未等他部署抗拒，措手不及之际，就束手被擒，面“抚定其一军”，百姓无惶忧，“乱萌销遏”，从而”大江南北安堵如故”。捉获蔡禄父子，也消除了清朝的一次政治危机。的确，皂此事件后，在北京地区再没有发生叛乱的事件，这就保证了后方的安定，以便倾全力平息吴三桂的叛乱。
京城内杨起隆与近畿辅地区蔡禄父子的两次谋叛事件，深深地震动了清朝统治集团，时时有一种危机感袭来，使它无法安枕。而这一切，都是吴三桂带来的灾难性后果，已经危及到它的生存。圣祖和大臣们对吴三桂的痛恨有增无减。这种切腑之恨很快就转到了他的儿子吴应熊身上。杨起隆等人的括动，却使圣祖和他的阁臣们警觉起来，十分害怕再次发生这类事件。由此又想到了吴应熊留在京城，终究是个隐患，倘若他与其父赔通消息，危险会更大。
此时，吴应熊已被拘禁。然而，鉴于杨起隆一伙敢在京城内起事，使朝廷很快意识到，吴应熊的存在，是一个巨大的祸害。于是，便对他动了杀机，必欲除之而后安！三月九日，兵部尚书王熙上奏疏，“请诛逆子”，其奏文大略如下：
逆贱吴三挂负恩反叛，肆虐滇黔，毒流蜀楚，散布伪扎，煽惑人心，今大兵已抵荆南，克期进剿，元凶授首在指日间。独其逆子吴应熊，素凭势位，党羽众多，撞利散财，蓄养亡命，依附之辈，实繁有徒。今既被羁守，凡彼匪类，蔓引瓜连，但得一日偷生，岂肯甘心受死！即如种种流言，讹传不止，奸谋百出，未易固防。大寇在外，大忘在内，不早为果断，贻害非轻。为今之计，惟速将应熊正法，传旨湖南、四川诸处，老贱闻之，必且魂迷意乱，气阻神昏；群贼闻之，内失所援，自然解体；即兵士、百姓闻之，公义大激，勇气倍增。至应熊亲随人等，系累之中，益在无党，闻发刑部者不下五六百人。人众则难防，时久则易玩。速敕法司，讯别情罪，重者立决，次者分培各旗，消除内变之根源，扫荡逆贼之隐祸，淘今日第一要著也。
吴应熊是圣祖的姑夫，为皇室外戚的直系亲属。王熙请杀应熊，实为国家安全计，否则，谁有胆量敢索要皇帝至亲人的命！他提了奏请，决不是他一人的主张，可以说，代表了朝廷大臣们的普遍要求。圣祖明白，吴应熊问题的严重性质，他探体王熙等的奏请，忠诚可嘉，一心为国家，此中并无任何私人成见口所以，他一点也不怪罪他们。但要他下令处死自己的姑夫，却不是件容易的事。且不说如何对得住列祖列宗，就是对自己的还年轻的姑母如何交代？处死吴应熊，让姑母守寡一辈子，让她承受巨大的痛苦，他这个当皇帝的亲侄儿，于心何忍！但吴应熊事关国家根本利害，又不能等闲视之。他在矛盾的心情中没有作出决定，他要反复考虑，才能从感情的羁绊中解脱出来口但群臣的一再奏请，这使他加快作出最后的裁决。继王熙之后，对朝政具有最高议决权的议政王大臣会议完全支持他的意见，屡次要求速将吴应熊正法。圣祖无法再拖延下去，他在要大清江山还是要吴应熊二者之间作出了最后的选择，同意将吴应熊处死。圣祖为此特下一道谕旨，说：“吴三桂以枭獍之资，怀狡诈之计阴图不轨，自启衅端，藉请搬移，则行叛逆，煽乱奸宄。荼毒生灵，极恶穷凶，神人共愤！”圣祖的愤恨之情，溢于言表。接着，他又说下去：“朕思乱臣贼子，孽由自作，刑章具在，众论佥同，朕亦不得而典贷之也。”他本想照廷议，将吴应熊及其长子吴世霖等人都凌迟处死，但又想到吴应熊久在京师人侍，不忍心加以残酷刑法，予以宽大处理，只将吴应熊与长子吴世霖绞死，其余诸幼子免死，没人官，其他有关重要人犯，分别正法。还有一些有牵连的，只要能宽大的，圣祖都尽量予以宽大不究。在圣祖思想深处，不能不虑及吴应熊必竟是他的姑父，处死他们父子，他的心情不会是平静的，他的姑母更不会无动于衷。
吴三桂在起兵时，已经考虑到他的儿子吴应熊的安危，或存侥幸心理，误以为圣祖不敢加害他的儿子，必以吴应熊为人质，作为将来要挟他的一个筹码呢。吴三桂又一次错误地估计了圣祖。儿子与孙子被绞死了，他们都做了朝廷与吴三桂之间政治斗争的牺牲品。
吴应熊父子被处死的事，由朝廷发布公告，通告全国。吴三桂得到这个不幸的消息时，正在饮酒，霎时，脸色大变，不禁手发抖，杯子放了下来，泪水悄悄地涌出了眼眶，悲怆地说：“今日真是骑虎啊！”他的意思是说，骑虎难下。吴三桂这个人，一贯“善持两端”，左右逢源，进退有据。他造反后，颇有点后悔，有过“下虎背”的念头。而现在他的儿孙被诛”已表明朝廷同他势不两立，必欲消灭他而后罢兵。到了这步田地，他骑在“虎背”上还能下来吗？所以他才口吐真言。说出骑虎难下之意。果如兵部尚书王熙所料，处死吴应熊，骨肉被残，这对一个年过六十岁的老人来说，精神受到了一次巨大而沉重的一击。他第一次意识到，他为保全自己的利益，已经开始付出血的代价。将士的鲜血，他并不吝惜，而自己的骨肉付出生命与鲜血，就是对他称周王的代价！在听到这个消息的一瞬间，他的精神几乎到了崩溃的边缘。他的内心充满了痛苦，由此而引起他对前途的惶惑,他似乎感受到了一种不祥，在此后的日子里，这种不祥时时在向他逼近。尽管如此，他还是不甘心向命运屈服，他没有别的选择，只能沿着自己的道路走下去，走下去……
