在乌兰布通之战中，虽然清方取得了胜利，但是因为 没有生擒噶尔丹，康熙帝感到很遗憾。不过他依然在积极部 署，且准备了六年，就是为了彻底解决噶尔丹的难题。康熙 三十五年（1696年）二月、九月、康熙三十六年（1697年） 二月，康熙三度亲征噶尔丹，足可见康熙解决这一问题的 决心。
再说噶尔丹，自康熙二十九年在乌兰木通战败后，他虽 曾向清廷认罪立誓，上书请降，但反叛之心并未改变。不久 又在科布多（在今蒙古国西部）集合旧部，并向沙俄乞援， 企图重整旗鼓，东山再起。
康熙三十四年九月，噶尔丹率骑兵3万，攻入喀尔喀蒙 古车臣汗部，随后沿克鲁伦河（今蒙古国境内）东下，进抵 巴颜乌兰（今蒙古乌兰巴托东南，克鲁伦河上游）。扬言过 冬后，将借俄罗斯鸟枪兵6万，大举内犯。
在这种形势下，康熙帝召集群臣商议此事，只有极少 数人赞同征讨噶尔丹的主张，八旗满洲王公大臣皆畏怯退 缩，反对用兵，康熙也了解群臣们的顾虑，他说：“朕亲历 行间，塞外情形，知之甚悉。自古以来，所谓难以用兵者是 也。其地不毛，间或无水，至瀚海等沙碛地方，运粮尤苦。 而雨水之际，樵爨颇难，区画不周，岂可妄动。”但是康熙 也知道，一旦噶尔丹得逞，他就会肆无忌惮继续扩张，且会 严重威胁到清朝统治。于是，康熙决定，亲征噶尔丹。康熙 三十五年二月，他下令发兵10万，分东、中、西3路进击。 由黑龙江将军萨布素统兵9000组成东路军，越兴安岭，出克 鲁伦河，侧击准噶尔军； 由抚远大将军费扬古统兵4.6万组 成西路军，由归化（呼和浩特）、宁夏越过沙漠，沿翁金河 北上，切断噶尔丹退路；康熙帝自率3.4万人组成中路军， 出独石口（今河北省赤城北），经克鲁伦河上游地区北上， 切断噶尔丹退路，与东西两路军夹击噶尔丹军。
不过群臣都担心康熙此次御驾亲征的安全，为了避免 让皇帝和噶尔丹正面交锋，大臣们谎称：“传闻噶尔丹亡去 已远，皇上当徐徐归还，使西路兵前进。”康熙听后勃然大 怒，斥责道：“不知道你们将朕看成了什么人，我太祖高皇 帝、太宗文皇帝深入行伍，如今才有了现在的根基，朕能退
缩吗？我师既已到此，噶尔丹指日可擒，而且大将军费扬古 于朕已约期夹击，如果朕现在班师回朝，西路军何去何从？ 回京如何对天下交代？”
五月初七，探子来报，称噶尔丹的确切位置已经锁定， 康熙即亲率大军向克鲁伦河进发。
谁知，看到康熙御驾亲征，且率领十万大军，他心生畏 惧，竟乘夜西撤。康熙帝即命马思喀为平北大将军，坐镇巴 颜乌兰地区；令费扬古西路军截准噶尔军退路，设伏袭击； 命内大臣明珠尽运中路军之粮以济西师。旋自率前锋追击三 日，至拖诺山（巴颜乌兰东）而返。准噶尔军退至特勒尔济 （今乌兰巴托东南）时，仅剩万余人。
五月十三，清军西路进抵昭莫多，距特勒尔济30里扎 营。费扬古以逸待劳，将东阵兵陈于山上，一部沿土拉河布 防于西，骑兵主力隐蔽于树林中，以孙思克率绿营兵居中， 旋派400精骑至准噶尔军营地挑战，诱其入伏。噶尔丹果然 将万余骑全部出击，追至昭莫多，即向清军阵地猛扑。清军 居高临下，依险俯击，弩铳迭发，藤牌兵继之，每进则以拒 马木列前自固。准噶尔军初战受挫，乃下马力攻，冒矢铳鏖 战，伤亡甚众，仍不退兵。费扬古见其后阵不动，知为妇女 和驼畜所在，即令一部迂回横冲，一部袭其后阵，准噶尔军顿时大乱。扼守山顶的清军乘势奋击，上下夹攻，斩杀3000 余，俘获数百人。噶尔丹妻阿奴可敦率队冲锋，战死。噶尔 丹仅引数十骑西遁，余部逃散。这就是历史上著名的“昭莫 多大捷”。
为了尽早擒拿噶尔丹，康熙着手重新部署西北军，让孙 思克和博霁率兵和驻扎在西宁的幅都统阿南达会合，于西北 各组亲密合作，令阿南达于土尔扈特部、和硕特部、准噶尔 部、哈密回部各台吉头人等，四面甚至哨卡，进而形联合防 线，以阻止噶尔丹再次西讨。
十一月初七，阿南达接到密报，说噶尔丹方面将会派信 使前往西北联络部署，后阿南达派人截获这名信使，并从信 使所携带的信中得知噶尔丹托达赖喇嘛照看其子塞卜腾巴尔 珠尔，根据信中提到的情报，请方面周密部署，终于在哈密 附近抓到了噶尔丹之子塞卜腾巴尔珠尔。
此事的噶尔丹陷入了孤立无援的境地，他的亲信头目如 阿喇卜滩、格垒沽英等先后降清，另一个亲信吴尔占扎卜则 指噶尔丹“如不降，当另图一策，首鼠两端，而待毙乎”， 而噶尔丹除埋怨“初不欲来克鲁伦地方，为达赖喇嘛煽惑而 来，是达赖喇嘛陷我，我又陷尔众人矣”外，也一筹莫展。 当时留在噶尔丹身边的仅有阿拉尔拜、讷颜格隆二人，“余下不及百人，其有余者，人各有马驼二、三，而止有一马者 为多，无马者近三十人，牛羊则全无，捕兽而食，不获兽则 杀马驼以食”。
然而，噶尔丹岂会心甘情愿投降，在西方的一则文章里 这样记载：“（康熙）皇帝后派去了两个准噶尔人，他们也 被（噶尔丹）接见了，他们向他报告了帝国的实力以及被俘 人员等如何在中国得到了一个舒服的收容所。当然，所有这 些话，那个骄傲的首领，是听不进的。据说，他一言不发地 中断了接见。很明显，他绝没有泄气”。
康熙三十六年（1697年）三月初，噶尔丹流窜到阿察阿 木塔台地方，“噶尔丹所，有诺颜格隆阿喇儿拜，下有一百 余”。噶尔丹还“曾遣人约丹济拉，会于阿察阿木塔台”， 据一个卫拉特俘虏口述： “噶尔丹下人，但捕兽为食外， 并无余物，视众人形状，窘迫已极，问其马亦甚瘠，膔大者 少云。”
康熙除了让孙思克、傅霁二人率所留之兵驻守甘州外， 还让由费扬古率领喀尔喀、黑龙江和察哈尔兵， 以及蒙古 各旗汗王、贝勒、贝子、台吉等情愿效力者，出宁夏至郭 多里巴尔哈孙之地。噶尔丹的侄子策妄阿拉布坦也同阿玉 哥分别出兵于阿尔泰山以南驻扎，安岗设哨，准备力擒噶尔丹。
康熙帝向来喜欢照顾与进剿并驾齐驱的方法，于是，康 熙帝再次遣使持敕谕招降。敕谕的内容主要有三点：
其一，令噶尔丹速来请降，拖延有害无益；
其二，达赖喇嘛早已圆寂，噶尔丹一直以护法为由不过 是欺骗大众；
其三，噶尔丹想要逃亡的目的地，也皆已被清政府 知悉。
同时，还谕令厄鲁特和丹济拉众台吉、寨桑等，促其速 降，并表示对一切归降者，清廷将妥善安抚，使其得所。诸 方事宜基本安排就绪后，康熙继续深入前线战场。
闰三月十五日，康熙率众以银川为出发点，沿黄河西 岸北进，二十九日抵达船站，亲送八旗前锋兵和黑龙江兵 起程。
四月初一日，康熙阅鸟枪兵，送绿旗兵出征。吸取首次 亲征西路军粮饷不继导致士兵饿死的教训，康熙下令将五百 石米存于狼居胥山附近的驿站， 同时调来一千四百多匹战 马，为返回的部队补给粮草马匹。一切就绪，噶尔丹插翅难 逃，康熙预言道：“噶尔丹无所逃矣，或降或擒或自尽，否 必为我所擒。”
此时，因京中还有颇多事宜需要处理，于是康熙于四月 七日班师回朝，不出所料，山穷水尽的噶尔丹“惊闻清军到 来，寝食俱废，反复思维，无计能逃”，终于在闰三月十三 日于阿察阿穆塔台饮药自尽。噶尔丹终以悲剧英雄划出了自 己政治生命的最后一个句号。
随后，丹济拉等人携噶尔丹的骨灰和噶尔丹之女钟齐 海，率三百户归降清朝，康熙闻讯后大为经系，立刻命费扬 古选带精兵前往米丹济拉处，押护前来，其余的东路军和西 路军则全部撤回，平定噶尔丹叛乱取得了最终的胜利。
议政王大臣的奏请下，康熙行拜天礼，朝中众文武大臣 行庆贺礼。康熙亲著《剿灭噶尔丹告祭天坛文》， 概括了三 征噶尔丹的经过，并简要总结了剿灭噶尔丹的经验：
第一，他充分肯定了三征之必要性，虽然是皇帝亲征， 但屡屡遭到大臣们的反对，他不得不独断专行，但事实证 明，“塞外情形不可臆度，必身历其境乃有确见”；
第二，三次亲征在时间上未间断，未给敌人过多的休养 生息的时间；
第三，前方军队和后方粮草供应一定要衔接上，今后若 有兴师之举，也应效法此举；
第四，对蒙古的统治关键在于控驭有道；
第五，在用人遣将方面，他认为被委派的将领要有见机 行事的能力，不可行动迟缓，更不可操之过急。
康熙三次亲征朔漠，终于平定了准格尔部噶尔丹的分裂 势力，扫除了西北地区的不安定因素，巩固了北方边防；同 时又以亲善和睦的民族政策较为妥善地处理了蒙古各部盟同 清政府之间的关系，实现了漠北蒙古的统一，加强了中央政 府对厄鲁特蒙古和喀尔喀蒙古的统一管辖，稳定了当地的社 会秩序。这使我国的北方边境重获宁谧，同时还为进一步团 结蒙古，保卫国家的领土完整和人民的安全，筑成了一道抗 击沙俄侵略的有力屏障，对于抵御外敌侵犯有重要的意义。
康熙三十六年（公元1697年），清政府将喀尔喀蒙古各 部遣送回他们原来的牧场，又在乌苏里台和科布多等处设立 将军和参赞大臣，加强对蒙古地区的管辖。
