在台湾问题上，康熙一直坚持：“主权领土是涉及国 家大利害的问题，在这个问题上，必须寸土必争，不容有丝 毫让步。”因此，在是否留守台湾这个问题上，康熙目光长 远，坚持抵制放弃台湾的声音，在台湾设立府县，建立长 期驻军的制度，这对于祖国统一和台湾的发展有着深远的 影响。
康熙十九年（1680年）郑经返台后，纵情酒色，怠闻军 政，将台湾事务均委与长子郑克臧与大臣陈永华。康熙二十 年（1681年）三月十七日，郑经于台湾承天府去世，终年 40岁。
郑经死后，由长子郑克臧继位，郑克臧知书达礼，是一 个合格的接班人，而且早在康熙十八年（1679年），郑经率 师西征时，就留他奉命监国，由其岳父陈永华辅政。
但随后，郑氏集团内部再次发生内乱，冯锡范、刘国轩 发动政变，郑克臧被杀，年仅十二岁的郑克塽被拥立继位， 政权内部人心不稳，冯锡范为了立威，准备杀人，军中上下 都打算向大清投诚，这样一来，整个郑氏集团已经是摇摇欲 坠了。
此时，姚启圣立即上疏朝廷，建议趁机攻取台湾，康熙 立即召开朝廷内部会议，商议具体策略，李光地举荐施琅重 新担任福建水师提督，因为施琅精通水上情形，且富有战略 思想，整个郑氏集团听到其名都闻风丧胆，姚启圣更是一再 举荐，而施琅曾经在四大臣辅政时期所上的《尽陈所见疏》 此时也被重新提上日程。
从施琅的自身条件来看，他的确是攻台清军主将的合 适人选。首先，施琅生长在海边， 自幼随父从事海上贸易活 动，精通航海，对海疆的气候、地理等方面的情况了如指 掌，施琅从军后，转战东南沿海，有丰富的海战经验。其 次，施琅通晓兵法、战阵，并一贯主张以武力统一台湾，所 以多年来精心谋划对台用兵方略，提出“因剿寓抚”的战略 方针及一整套实施方案，不但周密完备，而且是切实可行 的。再次，施琅是从郑氏阵营中反叛出来的，他熟悉台湾郑 氏集团内情，他的智勇韬略也一向为郑军官兵所畏惧，他在 郑氏集团中的故旧很多，为他争取内应和进行情报工作提供 了便利条件。最后，施琅不但是武力统一的坚决拥护者，而 且对统一充满信心。
然而，在这一问题上，施琅并没有立即答应下来，而是 对康熙说：“收复台湾，是我们大家的夙愿，皇上英明，我也想略尽自己绵薄之力，但我是汉人，又是投降过来的，我 的处境恐怕要辜负您的厚望，再说， 自从我朝建立起来，每 次出征，都是满族王公贵族挂帅。”
康熙语重心长地说：“你的顾虑和难处我能理解，你 不要担心，我让你挂帅，不是一时兴起，而是经过深思熟虑 的，虽然满族的文武大臣很多，但是说到水战经验，没有一 个人比得上你，十三年前，你提出的建议很好，我就知道 你有把握，我也了解你，听说你一有时间，就阅读史书和兵 书，经验丰富……”
“是的，因为我想成为一个有文武才干的有用之人。”
康熙听到施琅这么说，便点头道：“这就对了，你平 时就是一个很努力的人，刚才你说到身份的问题，在我这， 我只任人唯才，我不计较这个人的身份是汉人还是投降过来 的人，只要是有才干的，我都会重用， 以前的王辅臣，几 次三番叛变又投降，我都没计较，而汉族的将领赵良栋、张 勇等人，我也是论功行赏，对于勒尔锦，我也是犯了错就 惩罚。”
施琅大为感动：“既然皇上如此信任微臣，我就是战 死沙场，也虽死无憾了，收复台湾，从国家来说，是一项伟 大的事业，从我自身角度看，我的父亲和弟弟都被郑成功杀害，我怎能不尽力？不过，请皇上放心，战场上我不会计较 个人私仇，会以国家利益为重的。”
“那我等你凯旋。”
于是，施琅终于复任福建水师提督之职，加太子少保 衔。施琅还请求专征之权，总督和巡抚只负责后勤给养，不 必干预军务，但是这一点被否决了，施琅明白朝廷还对自己 心存疑心，万一有人打自己的小报告， 自己跳进黄河也洗不 清了，所以他请求皇帝能让身边的侍卫吴启爵陪同自己一起 前往台湾战场，这样，皇帝便放心了。
但是他的这一提议又被兵部否决了，他们的意见是，如 果皇帝身边的侍卫都能发号施令，这与当年派太监监军有何 区别，如此很容易造成军机贻误，但是康熙能明白施琅的用 意，所以极力为施琅说：“一个小小的侍卫，在京城对于我 来说也没什么用，到了台湾，还可以通消息，就按照施琅的 想法做吧。”
于是，康熙为施琅设宴饯行。1681年，施琅赴福建。回 到厦门后，便夜以继日、废寝忘食，一边整船，一边练兵， 兼工制造器械，亲自挑选工匠和船，历时数月，使原来全无 头绪的水师船坚兵练，事事全备。
但就在即将进兵的时候，施琅和姚启圣针对如何攻取台湾的问题发生了分歧，这主要表现在：
第一是在台湾和澎湖两个地方，到底先攻取哪个。姚启 圣认为他可以与施琅各率一支船队，同时攻打，一旦拿下台 湾，澎湖就手到擒来了。
施琅的意见则相反，他认为只要拿下澎湖，就抓住了要 塞，他说：“郑军中当属刘国轩最为骁勇善战，如果刘国轩 被我们打败。那么台湾就能不战而降。”在他看来，即使集 中兵力也难以取舍，更别说分路攻击了。一起攻击，如果其 中一路失败，另外一路也会受到影响而导致整个战局失败。
第二是如何利用风向的问题。姚启圣认为可以利用北 风，而施琅则认为，北风猛烈，规律难以掌握，南风温和， 将士们不会晕船，而且在风的上风流，更容易取胜。
二人在这一问题上各执己见、互不退让，这种情况下， 施琅给康熙递了一份奏折，希望康熙能给自己专职之权。
对于海战，康熙并不熟悉，所以也不好拿主意，所以他 召来议政王大臣进行商议，在听取他们的意见时，武英殿大 学士明珠认为，一人带兵进剿，可得行其志，而两人一同领 军，未免会彼此掣肘，有诸多不便，所以只需要施琅一人前 去便可。
明珠是首辅大臣，他的话大家都很认同，康熙也同意，于是就改变了原来合兵进取的办法，决定让施琅独立专任， 并相机而动，让总督和巡抚只负责运送粮饷，不干涉带兵打 仗的事。
台湾方面，早在康熙二十年（1681年）的农历九月， 当时康熙让施琅担任福建提督的消息传到郑氏家族内部的时 候，他们就惶恐不安了，他们知道施琅的能耐，但此时，他 们一时搞不清楚清军的意图，所以对于如何防御，也就找不 到突破口了。可巧这时破获了两名要员给姚启圣的一封密 信，写有“澎湖无备，可速督兵前来，一鼓可得。若得澎 湖，台湾即虚，便将起兵相应”的内容。如此，郑氏集团才 在澎湖的防守上加了重兵。
郑克命刘国轩为正总督，统管水路两军，将士达两万余 人，战船二百余艘， 自副将以下，都有先斩后奏的权力，又 命令征北将军曾瑞、定北将军王顺为副，共守澎湖。
康熙二十一年十月，康熙给施琅的专征台湾的命令才收 到，彼时的施琅集结了各路总兵在海上进行操练。
他接到命令后，为了扰乱郑氏集团的视线，一直对外宣 布消息称自己要利用北风进攻台湾。到十一月，又对外说北 风太过强劲，不利于打战，令各部仍回原地待命， 自己率船 队又回厦门，此时，镇守澎湖的刘国轩也糊涂了，不知道他葫芦里卖的什么药，连福建总督姚启圣也弄不清楚施琅意欲 何为，此时，他就派了一个副将到台湾去招抚，心想可以借 助施琅的威慑力招抚成功，而自己能捞到主要功劳。
康熙二十二年（1683年）正月，郑克在被招抚后回信， 称坚持照朝鲜例，称臣进贡，不剃发、不登岸。姚启圣奏报 了朝廷，康熙的答复是“台湾城，皆闽人，不得与朝鲜等 比”。姚启圣招抚虽未成功，但起到了麻痹郑氏集团的作 用，为后面使施琅能出敌不意地进兵作了铺垫。
在六月份以前，清军做好了一切准备，部队已经集中 到铜山。六月十一日，施琅召集了各镇、协、营、守备、千 总、把总等随征军官，将“先锋银锭”放在桌上，传令给大 家： “进兵澎湖，谁敢为先锋者，领取， 以便首先冲锋破 敌。”传令好长时间，没有人出应。忽然，提标署右营游击 蓝理挺身而出，领取了银锭。施琅在诸将面前，大大赞扬了 蓝理的勇敢精神。
六月十四日凌晨，施琅率领水师官兵2万余人、各类战 船300余艘从铜山起程。澎湖郑军大将刘国轩对施琅集师于 铜山的消息，早已知道，但他认为六月份是飓风骤发季节， 施琅又是深谙海上风浪的人，此时不会冒险出兵的。
十五日晨，刘国轩突然收到消息，称前方清军战船已经乘着风浪逼近，心中惊恐不已，慌忙命令各岛守将，移大炮 罗列海岛应战。施琅带领清军以迅雷之势迅速占领了澎湖以 南的主要岛屿，第二天命令全师出动，向澎湖本岛进攻。但 在前进的途中遇到了逆风，清军战船被郑军大队战炮包围， 施琅乘船冲入重围解救，但是不小心被炮火击伤了右边的眼 睛，不得不命令战船结束战斗，初战失利。
二十二日，在经过五天的休整后，施琅决定分兵与澎湖 郑军守军展开了决战。两军对战时恰巧遇到南风大作，海上 波涛汹涌，施琅督促战船继续前进，据敌上流，乘势奋击， 在这场战斗中，他巧妙地运用了“五梅花”战术（即以船5 艘围敌船1艘）， 一个个包抄围歼，这一场水上战斗打了一 整天，以清军大胜结束，郑军死亡1.2万余人，其中副将、 总兵以上的将领47人，游击以下军官300余人；焚毁大小战 船200余艘，并有军官100多人、士卒4800多人投降。而清军 损伤较小，其中官兵死伤300多人，1800多人负伤。刘国轩 见大势已去，即乘小船逃回了台湾。澎湖等36个岛屿，逐一 被清军占领。
澎湖之战的胜利很快传到了清廷，康熙立即命令将这个 消息发散到朝廷内外，随后特派一名施名侍郎赴福建，慰问 全体官兵。规定“凡官员俱加一级，兵丁尽加恩赏，以示鼓励”，这一措施给了全体官兵更大的鼓舞。
其中名将蓝理腹破肠流的故事广为流传。当时在澎湖海 上时，清军与郑军短兵相接，战舰相向。刘国轩在澎湖岛上 还构筑十多座炮台，沿岸筑造短墙，分派重兵把守。蓝理率 战船出击，郑军部将曾遂率船迎战。双方从辰时战至午时， 海上硝烟弥漫。蓝理越战越勇，突然一枚炮弹飞来，弹片击 中其腹部。蓝理倒下，曾遂大叫：“蓝理死了！ ”蓝理之弟 蓝瑶将蓝理扶起。蓝理挣扎着站起来，握紧拳头大喊：“蓝 理没死，曾遂死了！”并连呼：“杀贼!杀贼!杀贼!”声大如 雷，清军士气大振。
这时，蓝理的肠子已经流出来。族人蓝法为他将肠子 捧放入腹，具弟帮他包扎穿衣。蓝理全然不顾，还在大喊杀 贼。双方都以铁钩钩住对方船只，向对方掷火箭、火龙、火 罐。蓝理命以火药桶攻敌，击沉二艘，烧死无数。郑军被迫 败退。
康熙在清廷知道这件事后，很受感动，后来在见到蓝理 时，亲自察看他的伤口，将自己亲笔书写的“所向无敌”横 匾赠给了他。
郑氏集团澎湖失守，台湾失去了屏障，他们的精良部队 已经所剩无几，眼看台湾即将失去，郑氏集团内部大家没了主意。此时，冯锡范站了出来，他给郑克出了个主意，可以 召集文武官员讨论对策。大家遂聚在一起，开了个会，会上 大家各抒己见，出现了两种主张：
一种是要放弃台湾，逃奔吕宋（今菲律宾），继续反 清，冯锡范比较认可这一种观点，会后即组织力量，准备行 动。有的还打算在离台湾时，要大抢一把。可这消息一传 出，弄得人心惶惶，昼夜不安。
另一种是以刘国轩为代表的一批人，主张接纳清廷的招 抚，坚决反对逃奔吕宋。刘国轩耐心地劝冯锡范，现在台湾 是众志瓦解，守亦实难，投奔他国，何能成业，不如举全地 版图以降。
在听了刘国轩的分析后，冯锡范也觉得很有道理，就主 动劝自己女婿郑克降清，郑克经过反复考虑，眼看现在民心 尽失，还有谁来为自己死守呢。仓皇逃难，又没有生路，唯 一的退路就只有接受清廷的招抚了。
在这个节骨眼上，施琅派使臣前去台湾招抚。开始，冯 锡范和郑克又纠结起来，但刘国轩说， 自古以来都是识时务 者为俊杰，现在大势已去，何必苦苦挣扎，于是，郑克派了 礼官郑平英等4人，到澎湖谈判，不过他们还是坚持台湾不 登岸的条件，这一点被施琅当场拒绝，在施琅看来，郑氏是因为战败而接受招抚，现在还提无理要求，这分明是搞缓兵 之计。便命来使回台湾告郑克，如果是真诚归清，就让刘国 轩、冯锡范亲自来本军前请降。
郑克得知施琅的态度很强硬，便又派冯锡范的胞弟冯锡 圭、刘国轩的胞弟刘国昌，携带降表到澎湖交给施琅，放弃 原来的非要留居台湾的条件，这样，施琅才感觉到对方的态 度真诚，便立即将这一消息上报了朝廷，康熙接到郑克块降 表后，先交议政大臣讨论，后又征求满汉大学士们的意见， 大家都认为可以接受郑克投诚。康熙最后表示：“若不许其 投诚，则彼或窜处外国，又生事端，不若抚之为善。”
康熙二十二年（1683年）七月二十七日，康熙对台湾投 诚人员颁发了赦诏：“更念以兵力攻取台湾，则将士劳瘁， 人民伤残，特下谕旨招降，倘其来归，即令登岸，善为安 插，务俾得所，勿使余众仍留原地。”
八月十一日，施琅率官兵前往台湾受降。郑克闻讯，立 即派官员挂彩旗、奏乐，坐船出鹿耳门迎接，引导进港。郑 克亲自率领刘国轩、冯锡范等重要文武官员，齐集海岸，列 队恭迎官兵，然后与施琅等在天妃宫会见。
八月十五日，康熙接到施琅的报告，大为快慰，挥笔 写了《中秋日闻海上捷音》一诗，最后两句是：“海隅久念苍生困，耕凿从今九壤同。”康熙将那天自己穿的衣服脱下 来，派人疾驰送给施琅，写诗赞扬施琅智勇双全，建立奇 功，安定南海疆，流芳百世。后又授施琅靖海将军，封为靖 海侯。
十八日，郑克等剃发。施琅当众宣读康熙谕旨：“尔 等果能悔过投诚，倾心向化，率所属伪官军民人等，悉行登 岸，将尔等从前抗违之罪，尽行赦免，仍从优叙录，加恩安 插，务令得所。煌煌谕旨，炳如日星，朕不食言。”郑克等 遂遥向京师叩头谢恩。
康熙二十三年（1684年）十二月，郑克等奉朝廷命令 到了北京。康熙为郑克等“纳土归诚”的行动，予以肯定和 鼓励，特授予郑克一等公爵，刘国轩、冯锡范一等伯爵。将 他们都安插在上三旗，拨给了他们田地房产。对同来投诚 的2000余名文武官员，4万余名兵士，都命户部作了妥善安 置。康熙对刘国轩首先归命，并劝郑克纳土归来，给予很高 的评价，亲自召见他，特授为天津总兵官。康熙听说刘国轩 家中人口众多，住房问题棘手，遂命户部另外配给他住房。 不久，康熙下诏，认定郑成功、郑经并非“乱臣贼子”，将 他们父子俩的棺材归葬其故乡福建南安。
收复了台湾后，清廷要考虑的就是台湾的弃留问题了，对此，朝廷内部展开了激烈的争论。有的极力主张“迁其 人，弃其地”，有的认为台湾“海外丸泥，不足为中国加 广”，只需留澎湖为东南沿海的屏障就行了。就连原先积极 主张收复台湾的大学士李光地，也主张将台湾放弃，他认为 台湾山高水长、远离大陆，管辖起来尤为费劲，还不如割让 给荷兰人，让他们世代进贡，这才是一劳永逸的办法。施琅 听到朝臣中出现放弃台湾的主张，便立即向朝廷呈送了《恭 陈台湾弃留疏》， 在奏折中清晰地说明了自己在台湾当地的 调查结果，指出了台湾对于大陆政治的重要性，他表示出坚 决反对放弃台湾的决定。随后，福建总督姚启圣等反对放弃 台湾的奏章也送到了朝廷。
康熙的想法和施琅等人的不谋而合，他认为必须留守台 湾。为了统一大家的思想，就反复征求意见，做说服工作。
有一次，他问李光地，如果台湾被外国殖民者占领，将 会对大陆的安全造成什么影响？李光地回答康熙说：“目前 没有什么问题，因为有陛下的圣明，几十年可保无事。”康 熙批评了李光地，说他目光短浅，只看到眼前：“如此且置 郡县，若计到久远，十三省岂能长保为我有？ ”康熙又问汉 人大学士王熙等意见。王熙等同意施琅的看法，认为台湾有 地数千里，民众10万，其地甚为重要，一旦放弃被外国人占据，就会成为犯上作乱的人的匿身之地，故以守之为上策。 康熙听后说：“若徙其人民，又恐致失所，弃而不守，尤为 不可。”便又令议政王大臣会议。结果是一致主张“请守已 得之地，设兵守之为宜”。
在大臣中持留守台湾意见的人占大多数，于是，康熙 便于二十三年四月十四日，下令设置台湾新的政权机构。将 郑氏政权的东宁府改为台湾府，南路设凤山县，北路设诸罗 县，在台湾府治所在地设台湾县，澎湖归台湾府直辖。规定 台湾府县的官员，由福建总督及巡抚在本省现任官内挑选。 经姚启圣等推荐，康熙批准了汉军镶白旗人蒋毓英，为台湾 第一任知府。据说蒋毓英上任后，关于他的知府衙门的朝向 问题还有个故事。原来台湾的官邸民舍，不知是地理气候的 原因还是其他原因，大门都习惯向西开。蒋毓英将知府衙署 建在东方坊，将大门向南开，用这种习惯表示和内地的制度 一致。
康熙批准设立台湾府后，又采纳了施琅的建议，于台 湾建立驻兵制度。计设：台湾总兵1员，水师副将1员，陆师 副将2员，兵8000，分为水陆8营；澎湖设水师副将1员，兵 2000，分为2营，每营各设游击、守备、千总、把总等官， 与内地编制相同。总兵、副将、参将、游击等官，3年与内地转升、轮换，无致久任，永为成例。康熙亲自选定正黄旗 参将杨文魁，为台湾第一任总兵官。清廷在台湾建置政权机 构，派驻重兵，增强了边防，促进了台湾经济文化的发展。
