囚徒双方都是从自己的利益去考虑，很多时候采取出卖对方的策略，结果被主导者（囚徒困境中的警察角色）所利用，让双方陷入了困境，可以起到降低成本的作用。
比如现在有一个公开招标选择网络公司建立政府网的政府项目，某公司是投标者之一。对于这个公司来说，根据过去的经验能够预算出接手这个项目的真实成本是100万元人民币，然而这个公司并不了解其他竞争对手的真实成本。
该公司根据市场行情推断，其他公司的真实成本在50万～150万元之间。从概率的角度去看，在50万～150元万之间的任何一个，价格都有可能是最终的胜利者。我们简化这个问题，假设每个公司的成本只能是50万～60万元、60万～70万元……120万～130万元、130万～140万元、140万～150万元这样的整数，总共有10种可能，因此最终获得胜利的公司落在这10种价格区间中的任何一个的概率是1／10。
如果这个公司报价90万元，很显然，即使胜出，仍然要亏本10万元，看来100万元的报价是底线，低于这个价格的报价对于该公司毫无意义。当然这只是这一机制的理想状况。实际当中，如果价格低于成本，破坏了市场均衡，毫无疑问会影响项目质量，不但损害中标者利益，最终还会损害招标政府自身利益。
自然从理论上说，该公司投标报价一定要高于100万元，不妨假设报价为120万元，根据这10种价格的概率，其他公司报价低于120万元该公司失败的概率是3／5，即使开价100万，该公司不能中标的概率也有2／5。当然开价120万元胜出时可以赚取20万元利润，而开价100万元时，即使胜出也仅仅是能够弥补成本而已。
由此可见，开出一个较高的价码是该公司的优势策略。每一个投标公司都这么考虑的话，所有公司的报价都会高于实际成本，结果就是所有的开价都被人为抬高。怎样才能让公司投标报价接近于真实成本呢？
问题的关键在于采用某种激励机制来驱动投标者不说谎。如有这样一种激励方式，就是将合同判给开价最低者，却让他付开价第二低者的价格。
这个时候该公司如果开出的还是120万元的报价并且是第二低的价码，而另一家公司开出的价格比这个公司要低，比如是低于该公司成本价的90万元，该公司最终的价格120万元反而成了这个胜出公司的最终项目价码。在这种招投标方式下，任何一个公司的优势策略就是开出一个接近其真实项目成本的价格。
按照博弈论的观点具体分析招投标行为我们还可以发现：就像博弈的参加者独立决策、独立承担后果那样，投标各方也如同分别隔离审问，不准串供，他们相当于处在“两难困境”中的“囚徒”，各家只能依据自身实力、期望利润和所掌握的市场信息，自主报价，独自承担风险。
不难看出，机制设计的关键是如何让每个公司的报价有利于集体选择，并最终达到“纳什均衡”。这里其实靠的是两个制度安排：
第一，阻止公司之间的合作；
第二，制定了一套“坦白从宽，抗拒从严”的赏罚规则。
由此可见，在招投标的机制设计中，通过博弈竞争使中标价接近成本价，达到均衡合理，为招标人节约投资，提高经济效益。通过优胜劣汰，使市场竞争力低下的投标人无力参与竞争而退出市场，让有实力的投标人脱颖而出，使资源达到均衡配置，市场秩序得以规范。
再有，假如你是一个事业部门的经理，手下有七八个业务员。有什么好办法让他们拼命干活呢？看完了上面的文字，你一定已经想到了一个好办法——让他们陷入囚徒困境。一旦每个员工都觉得，拼命工作，无条件地加班加点是自己的最优选择，老板的日子就舒心了。
让员工们陷入这种困境的方法很多。例如：
威逼——按员工业绩给他们打分评级，告诉他们，得分最差的扣工资；
利诱——得分最高的给奖金；
煽风点火——对小王说：“小王啊，你知道我们公司要提拔一批新的管理人员，我是很看好你的。不过你看老张，都拖家带口的了，最近还经常干到半夜，也在较着劲呢。你现在没有家庭负担，可不能比他落后了，这样我也好在老板那儿给你说好话。”然后对老张说：“你看人家小王，天天工作到半夜，才毕业没多久，业绩已经有声有色了。你可是老员工了，如果成绩还比不上新来的，让我怎么向老板推荐你啊？”
总之，这一套耍下来，如果运用得好，员工应该攀比着加班加点吧！
也不一定！尤其是如果你接管的部门成立已久，员工们都非常熟悉有一定交情的时候，这套手段就不那么灵验了。工资是按月领的，员工们在进行的是无法预期次数的多次博弈。有理性的员工很快就会发现，听老板的话只会让自己更辛苦。渐渐地他们就会达成默契，从囚徒困境中摆脱出来：原来什么样还是什么样，能偷懒就偷懒，奖金轮流拿；拿了奖金的要大出血，安抚住其他没拿到奖金的。
这时候，你会想到，找一个非理性的人来，扰乱员工们的默契。于是招聘一个任劳任怨、加班加点的“笨蛋”到办公室，如果别人不努力，每个月的奖金就都给“笨蛋”。但这样做，还是不见得有成效。因为其他员工会孤立“笨蛋”，作为对他的惩罚，这就大大增加了“笨蛋”的博弈成本。过不了多久，“笨蛋”就会发现，或者加入到其他同事的阵营里去；或者，到处树敌，得到的奖金还补偿不了损失，而且失去了大家的帮助，工作很难进行，奖金还是拿不了多久。于是，“笨蛋”开始变得理性，囚徒困境还是没出现。
让员工去跟不太容易与他们达成默契或合约的人博弈，就可以让他们在囚徒困境中多陷一会儿。比如，让员工以小组的方式相互竞赛，就比对个体的激励更有效一些。甚至可以让自己的部门和处在异地的同性质部门竞争，这样两个部门的人员因为没有在一起相处的机会，是很难达成协议的。
