南昌会战以国 军惨败告终，浙赣铁路被切断；国 军第3，第9战区战略支撑点不复存在。
南昌沦陷，引起各界纷纷议论。1939年4月7日，白崇禧给蒋中正发报，分析南昌失败的原因：（1）公路未能于事前彻底破坏；（2）战略预备队使用过早；（3）河川防御配备未能形成纵深；（4）我方部队素质欠佳。
由于南昌丢失得太快，当时舆论哗然，罗卓英日失3城的传说闹得沸沸扬扬，以蒋中正为首的国府大员们颇感失面子。怎么样挽回面子呢？国府大员们中间也有人才，居然想出一个挽回国府面子的高招，将汉奸汪精卫4月16日赴日本筹商建立“和平政府”一事大作宣传，同时做出决定：为抵 制汪伪的阴谋，并向参政会有个交待，重庆国民政府决定反 攻南昌！
4月17日，蒋中正给白崇禧、陈诚、薛岳、顾祝同的电令中说：“……为鼓励士气，如攻克南昌，奖洋50万元，官兵晋级，伤亡优予抚恤。”
同时，军令部也密电主攻南昌的二十九军军长陈安宝：“夺占南昌后，即向世界广播，以扬国威。”
当天，蒋中正制订了反 攻南昌的战略计划，并且给白崇禧、陈诚、薛岳、顾祝同发报：“先以主力进攻南浔沿线之敌。确实切断敌联络，再以一部直取南昌。攻击开始时机预定四月二十四日。”
南昌方面，上官云相第32集团军战事最为惨烈。4月19日，上官云相命令熟悉南昌附近地形的预5师选编约一个团组成便衣队，限于24日前混进南昌城，以策动城内民众起事，配合国 军外围部队攻坚。而第79师段朗如部作为突袭南昌的主力，在梁家渡以北地区集结待命，第26师接替第79师原防区，配合第79师夹攻南昌城。
4月21日，第74军主力由高安以西，另一部由高邮石头岗渡过锦江，分三路攻击高安、大城、万寿宫一线日军。东北军第49军一部顺利渡过锦江，攻击生米街附近日军，拉开南昌反 攻战役了序幕。
4月22日，中国 军队提前发起了反 攻南昌战役。此时南昌城内和近郊由日军第101师团驻防，第106师团则控制南昌以西，并以主力向西继续追击，另一部又沿湘赣公路西进。高安失陷后，俞济时将军第74军退守高安以西和锦江南岸。薛岳见日军向西攻势猛烈，已威胁到湘赣边境，于是严令第一线官兵无论如何激烈，伤亡如何重大，都必须确保百丈峰至新余、上高、宜丰和清江、分宜、宜春、万载各要点，阻止日军进入湖南。他还警告前线将领如此必陷我湘北和赣西北部队于艰苦，须知本战区兵力占国 军四分之一以上，如本战区惨败，不仅湘赣灭亡，恐尔后国 军即无力抗战。
鉴于南昌保卫战中一些高级将领远离前线殆误战机。高安失陷当天，蒋中正特令各集团军总司令都必须亲赴前线督战。高安失守后，日军第106师团已无力向西进攻，江西战场的形势渐趋平稳。日军也麻痹大意，以为国 军根本不足为惧，于是就从南昌一带撤走不少部队。
为稳定战局，提振全国 军民抗战信心。蒋中正决定出奇不意，趁日军新占南昌未稳，又抽兵致兵力分散之机，发起收复南昌攻势。1939年4月上旬，国民政府军事委员会要求各战区分别发动四月攻势。其中第3，第9战区奉命以南昌为主攻目标。4月19日，罗卓英将军根据军事委员会下达的以主力截断南浔路，再以奇兵由赣江以东攻击南昌的指示，进行了具体的作战部署。
滇军第1集团军高荫槐部第74军负责截断南浔路。其中第1集团军攻击南昌西北地区，主力由安义，奉新西侧向乐化，永修间南浔路突击，以截断南昌与长江方面敌军的联系；并相机攻占安义、奉新、靖安等要地，以孤立南昌之敌。第74军攻击南昌西南地区，由高安以西及锦江南岸经大城、万寿宫向牛行、乐化间南浔线挺进，以彻底破坏交通，协助攻打南昌。此时第74军已编组为苏械突击军，下辖第51师、第57师、第58师，著名的三五师开始成形，但尚未完成整编。
刚刚经过惨败，正在整编中的第19集团军主力担负扼守赣江以南与抚河之间地区任务，其中东北军第49军刘多荃部以一部攻击锦江北岸和生米街附近日军，主力则留作预备队。
当天滇军第1集团军第184师、第10师终于到达战场，立即对奉新、靖安以西日军发起攻击，另以新11师向靖安以北滩溪市突进。战斗全面打响。西山万寿宫位于锦江与赣江合流的三角地带，扼高安与奉新间公路交通的咽喉，是进攻南昌的战略要地。日军在此设有一所兵站，储存大量的粮草、弹药、汽油等物资。4月21日，第74军一部开始围攻西山，但日军不断增援，第74军未能得手。西山万寿宫和其北部的奉新等地构成日军在南昌外围坚固的据点。
4月23日，第74军第51师一度攻入高安，血战至26日才完全攻克高安，并克复祥符观；在战斗中，第51师第153旅旅长张灵甫将军右腿膝盖被击中后仍坚持战斗，并高喊“死不足惜何惜一足，与我一起杀敌报国......”。战后张灵甫终因伤致残，赢得“跛脚将军”美誉。同时，第57师占领大块、鼓楼铺；第49军攻克石头岗、生米街；第105师攻克高邮市。日军陷入阵线大乱，几近崩溃的边缘。第106师团一部集中在西山万寿宫、虬岭死守，并不断反击，企图将国 军逐出大城和生米街，但都被国打退。
同一天，何平将军第16师和预10师以一部沿江东岸，主力沿赣粤铁路及闽赣公路两侧向北突进，进展颇顺利，中午就击溃市汊街的日军。24日收复新村圩和西梁山。25，26日由璜溪市向向塘攻击，一路疾进，直扑南昌东南郊。
负责主攻重任的第79师也于4月23日由武阳、谢埠市渡过抚河。预5师便衣队在24日和25日晚陆续潜入南昌市区。26日推进到冈下和吴村，一部攻击莲塘日军，预5师一部已赶到南昌机场附近，第101师团一时无法抵挡国 军潮水般的攻势，再加上便衣队在城内起事，市内数处起火，并发生巷战。日军一度陷入被动，遗憾的是第79师主力却未抓住战机强攻入城；便衣队很快被逼出城外。
24日，第184师、第10师占领奉新西南及南部的凤凰、桃仙岭、鸦鸠岭一带高地，一部则在奉新以西及西北与日军激战，形成了三面包围奉新城之势。日军伤亡惨重，被迫收缩兵力，全力固守待援。而新11师急进奔袭，已攻击至靖安以西的螺丝岭，令日军大为震惊。
4月27日，第74军部各部全力攻击前进，向奉新东南的虬岭，赤土街进攻。遗憾的是北面的第1集团军未能取得重大进展，致使第74军受到奉新方面日军的牵制；未能按预定计划挺进南浔沿线。与此同时，日军1个联队增援奉新，双方陷入拉锯战。第1集团军，第74军等部未能按预定部署切断南浔路，致使长江一线日军得以增援南昌。由于第1集团军与第74军未能切断南浔铁路交通，南昌日军得到从长江方面增援的海军陆战队和第116师团一部的支援。4月27日，第101师团以海军陆战队为守城主力，将主力全部用于反 攻，并利用空军优势猛烈轰炸国 军阵地；国 军与日军在南昌东南和正南郊约10公里以内地区展开将近一周的争夺战，国 军各部以血肉之躯英勇拼杀，但伤亡太重，逐渐力战不支；日军重新控制了尤口、棠溪、谢埠市、莲塘、向塘、西凉山、璜溪市等要地。
5月1日，蒋中正看到攻势未取得进展，命令各攻城部队务必于5月5日前攻克南昌，于是国 军发动总攻击。2日，第102师攻克向塘，3日攻克市汊街。预5师、第79师与新投入攻击的第26师由武陵渡和瑶湖西岸各地向南昌进逼。
当时国 军攻坚部队早已失去奇袭战机，只能正面强攻；由于缺少重武器，又没有制空权，国 军每前进一步，就要付出惨痛的代价。其中预9师第39团奉命攻占樊家山，5月2日晨全线出击，战至夜间虽已突破两道铁丝网，但最后还是失败，且伤亡严重。
至此日军已重新掌握南昌战事主动权，国 军反 攻各部陷入危局。薛岳本就反对蒋介石限期攻占南昌的命令，但由于他在早前的南昌会战中未听从蒋主动进攻命令，导致南昌沦陷，所以不便直接向蒋进言。
5月3日，薛岳向陈诚发报：“现时已持久，攻坚既不可能，击虚又不可得，敌势虽蹙，但欲求5月5日前攻至南昌，事实上恐难达成任务。”请陈诚将此意向蒋中正委婉陈述。
5日，国 军重新占领飞机场，前锋已进至南昌城东金盘路附近，主力则在莲塘附近与日军激战。预9师于5月7日曾一度突入牛行，但由于兵力太单薄，再加上第74军主力未能跟进，而进攻南昌的上官云相部又遭到严重挫败；日军得以转用兵力增援牛行方向，国 军已无力切断南浔线。
5月6日，陈诚将薛岳的意见电告蒋中正。此时，桂林行营主任白崇禧也认为：“南昌之敌既已有备，且我方兼旬攻击，亦已尽其努力，为顾虑士气与我最高战略原则计，拟请此后南昌方面，以兵力三分之一继续围攻，三分之二分别整理，在外则仍宣传积极攻略，实际则变换攻击目的。”
5月7日，日军第101师团在重炮和飞机的协同下发动反击，前来增援的第116师团也在南昌近郊发起攻击，并从莲塘等方面夹击第26师等部，战况异常惨烈。第79师师长段朗如畏怯不前，致使第26师孤军奋战，最后惨败。战后段朗如中将被上官云相处决。其实段朗如也有点死得冤，当时段部刚到达预定位置，就曾建议上官云相趁日军立足未稳就发起突击。可是上官云相却不同意，等到阵地前的日军已经增加到一个旅团时，上官云相却下令强攻。段朗如不得已，组织突击队进攻；但他手下的一个黄埔四期生军官临阵脱逃，整个突击计划被打乱，突击队完全暴露在日军夹击之下而无还手之力。段朗如虽然有冤屈，但是军法如山，打了败仗是要受处罚的。
当天下午，第29军军长陈安宝、第26师师长刘雨卿亲赴前线督战。陈安宝在姚庄腹部中弹殉国，刘雨卿身负重伤，军心也彻底动摇，于是向抚河东岸的梁家渡、天主渡、市汊街一线溃败。
陈安宝军长阵亡和攻城部队在日军反击下受挫的消息转到重庆，蒋中正只得于5月9日下达了停止进攻的命令。日军也没有进一步反 攻的行动。
反 攻南昌战役虽然以失败告终，但它显示了国 军终于挺过了抗战初期日军疯狂进攻的阶段，开始转向战略主动进攻。除了个别将领外，参与反 攻的指挥官士气高昂，能够坚决执行攻击命令；陈安宝中将等以身殉国，大大激励了下级官兵的旺盛斗志，为1939年冬季攻势和抗战后期的局部反 攻积累了非常好的经验，更提振了国 军各战区军心民心，打出了中国 军队的气势， 向世界表明了中国抗战到底的决心。
