日军攻占武汉后，战争进入相持阶段。鉴于日军占领区后方受到八路军、新四军的严重威胁，因而日军大本营改变侵华方针，以主要力量巩固占领区，对国 民党当局则以政 治诱降为主，军事打击为辅，停止向正面战场作战略进攻，所以赣北前线5个月没有发生战事。但是当日本连续发表近卫声明，中国政府没有做出表示，看来中国政府是铁了心要打下去，于是日军又决定施加军事压力，向南昌发起进攻。
日军进攻南昌的主要目的在于巩固武汉外围，维护长江中下游交通，切断浙赣路和皖浙地区中国 军队的主要联络线，进而向西夺取萍乡，会同湘北日军夹攻长沙，歼灭江西野战军主力，逼迫国 民党政府迅速投降。此外，还兼顾了汪精卫“希望日军对北海、长沙、南昌、潼关实行作战行动”的要求，支持其建立伪政权，给蒋中正施加政治压力，动摇中国 军民的抗战意志。
南昌城始建于公元前202年，寓意“昌大南疆、南方昌盛”，是著名的历史文化名城。初唐四杰王勃在《滕王阁序》中称它是“物华天宝、人杰地灵”之地，南唐时期南昌府为“南都”。在二千多年的建城史上，留下了许许多多的文物古迹，如海昏侯墓（汉废帝陵）、滕王阁、八大山人纪念馆、百花洲等。
南昌市地处江西中部偏北，赣江、抚河下游，鄱阳湖西南岸。它东连余干、东乡、南接临川、丰城、西靠高安、奉新、靖安，北与永修、都昌、鄱阳三县共鄱阳湖。在历史上，南昌曾经作为都城而体现它的军事意义。南唐皇帝李璟为了躲避宋军的进攻，曾经将都城从南京迁移到了南昌，南昌和南京共同成为南唐政权的南北两都。南朝刘宋雷次宗曾经对皇帝说：“豫章水陆四通，山川特秀，南接五岭，北带九江，咽扼荆淮，翼蔽吴越。”
对于古代王朝而言，南昌城是长江中下游地区绝佳的战略交通枢纽，控制南昌，可以图谋荆襄、江淮两大战区。南昌城的北部紧邻鄱阳湖，从鄱阳湖湖口北出就可以直达长江中下游。从南昌城北出之后，军事力量可以直接从东西两翼分别威胁武汉、南京。也正因为如此，它成为长江中下游两地竞相争夺的交通枢。在鄱阳湖的出口处，分布着九江和湖口两个据点，无论是明朝朱元璋荡平陈友谅，还是太平天国拦截曾国藩东行长江，这里都是重要的据点。值得一提的是，大多数的明清两朝的战争中，谁占据了九江、湖口这两个据点，往往都会利用铁索封江，用巨木和铁索将九江、湖口两处彻底封锁，如此一来不仅彻底堵死了鄱阳湖通道，还能够彻底捍卫南京。当年陈友谅和朱元璋在鄱阳湖争雄，几乎是一战定乾坤。清朝曾国藩统领湘军突破九江、湖口防线，横扫长江东翼，一举荡平了太平天国政权。所以无论从那个角度来看，九江和湖口都是南昌城北部两个重要的军事据点，它们两个据点不仅仅扼制这南昌城的咽喉，同时也扼制这鄱阳湖的咽喉，是当之无愧的生命隘口。
正是因为南昌重要的战略地位，所以日军大本营决心打下南昌。为了尽快打下南昌，日军集中了4个师团和炮、工、辎重、战车等特种部队，以及海空军，共约12万人，由第十一军司令官冈村宁次指挥，使用冈村20年代担任军阀孙传芳军事顾问时窃取的5万分之1比例的华中中部军用地图，进行兵力部署，指挥作战。冈村宁次命令101、106两师团于南浔线和修河下游担任主攻，以第六师团在武宁东北、116师团在鄱阳湖地区配合牵制作战。
中国方面以十九集团军所属三十二、七十九、四十九、七十、七十八军防御修河南岸；以八、七十三、七十二军在武宁地区阻止日军南渡修河，抗击鄂南日军入赣增援；以五十八、六十军在修水、三都一带策应赣北、湘北作战；以庐山、岷山游击队扰乱敌后。中国 军队共约20余万人，名义上由第九战区司令长官陈诚担任总指挥，实际上由薛岳代理总指挥，前敌总司令兼十九集团军总司令罗卓英担任直接指挥。
为确保南昌和它后方的联络线，蒋中正曾于1939年3月8日密令九战区军队于当月15日发动攻势，先发制人，以摧毁日军南进的企图。但薛岳以“实施时日，稍嫌过促，部队补给成为最大问题”为理由，呈准延至24日开始攻击。不料，这一决定在作战时间上失去了先机，日军已于3月中旬即开始进攻南昌外围的重镇吴城，拉开会战序幕。而中国 军队则由主动出击变为被动防御，仓促应战，处于不利地位。
日军进攻南昌的战略是，在南昌东面吴城进行佯攻，以造成中国 军队的错误判断，在南昌西面武宁附近进行牵制作战，而将主力置于中路，强渡修河，进取南昌。
在南昌以东，日军一一六师团附海军陆战队一部于3月17日乘舰艇70余艘向吴城发起进攻，同时出动飞机轰炸和向国 军阵地释放毒气弹。
18日，国 军三十二军与日军展开激战，争夺最为激烈的是大路叶，这个地方失而复得3次。19日，小股日军在涂家埠东北偷渡修河未成。21日，日军101师团协同116师团攻击吉山、松山，把二十多头水牛放在前面做掩护，突破了国 军预备第五师的布雷区。
原来日军中的一位指挥官从中国古代书籍中看到过齐将田单以“火牛阵”大破燕军的故事，说的是齐缗王三十六年，田单见反 攻时机成熟，便集中千余头牛，角缚利刃，尾扎浸油芦苇，披五彩龙纹外衣，于夜间点燃牛尾芦苇。牛负痛从城脚预挖的数十个通道狂奔燕营，5000精壮勇士随后进击。燕军见火光中无数角上有刀、身后冒火的怪物直冲而来，惊惶失措。齐军勇士乘势冲杀，燕军夺路逃命，互相践踏，骑劫在混乱中被杀。田单率军乘胜追击，燕军很快被逐出国境，七十余城得以收复。日军指挥官从这个故事得到启发，从附近村子里抢来26头水牛，按照故事里说的办法准备一番，然后部队发起进攻，把26头水牛放在前面作为掩护，居然让日军以26头水牛的炸死突破了国 军预备第五师的布雷区。中国古代的“火牛阵”居然被日军利用了。
却说日军以陆海军重兵3面围攻吴城，在涂家埠北面渡河成功，向中国阵地发射燃烧 弹，守军伤亡惨重，只得于23日放弃吴城。两日后，涂家埠也危在旦夕。24日，防御东路的三十二军军部转移到南昌，其中一四二师退守预备阵地，一四一师在蛟桥集结，一三九师调守慈姑、樵舍，预备第五师转守南昌以东的柘林街。
在南昌以西，执行牵制作战的日军第六师团于3月20日清晨由飞机、大炮、战车掩护，攻占国 军七十三军部分阵地。21日晚上，日军一部由 武宁县东部万岛湖中央的巾口强渡修河，随即架设浮桥向南进攻。22日，日军先后侵占罗坪、南冲等地。23日，国 军七十三军和第八军经多次反 攻，收复部分阵地，七十三军军长彭位仁还指挥一个师南渡修河，南北夹击日军。24日，彭军长又将南渡的部分兵力北调，直插箬溪以北敌后，牵制日军渡河。
当时蒋中正曾命令第九战区抽调两个得力的师，编成3个支队分别向马回岭、乌石门、德安与涂家埠间3处日军发动突袭，破坏铁路交通、切断日军增援和补给，牵制日军攻打南昌。薛岳虽指定第八军执行，其一九七师挺进至德安、马回岭一带，但没有完成预定任务。到此时，南昌已经无法保住了。
在南昌以北正面战场，3月20日下午4点半，中路日军集中200多门轻重大炮猛烈轰击修河南岸的国 军阵地，两万只烟雾喷射器一齐发射催泪喷嚏毒气弹。到傍晚8点左右，日军106、101两师团的先头部队从国 军七十九、四十九两军接合部太子岭、凤栖山附近渡过修河．向国 军七十九军左翼、四十九军右翼包围。
21日凌晨两点，石井广吉的集成坦克团用船艇渡河，没等全都过完就开始攻击前进。激战到天亮，日军飞机20多架赶来助战，日军地面部队不断由突破口加入兵力，并在修河北岸升起侦察气球，指挥炮兵向国 军七十九、四十九军阵地进行狂轰滥炸，随后继以步兵猛烈的冲锋。四十九军不能支持，右翼向南溃退，左翼的一部向西溃退，七十九军也被迫向乐化、梅岭地区败退。第七十军正面虽然没有激烈战斗，但张公渡以东阵地全被日军突破，他们也就向安义西北山地撤退。
当日，日军向安义、奉新追击，国 军第四十九军已失去抵抗能力，只能向后逃跑，日军于当晚就占领了安义、奉新。在日军突破修河南岸阵地后，罗卓英急急忙忙地让第四军在南昌附近赣江东岸布防，自己则坐上汽车逃跑到上高。中国 军队从修河南岸全面败退，败兵一直逃到吉安，跑出了四五百里。这就是哄传一时的“罗卓英日失3城——永修、安义、奉新！”
修河战役，是南昌会战中关键性的一战。一昼夜之间，罗卓英就连失三城永修、安义、奉新。之后，日军大队人马以装甲车为前躯，直取南昌城。
日军突破修河南岸阵地后，罗卓英就已令第4军在南昌附近东岸布防。日军由奉新经大城向东继续突进，当晚，先头部队就到了生米街。这时，罗卓英已在上高，闻讯后，立即打电话给薛岳，说要放弃南昌城。
薛岳竟然当场就答应了，并且找来参谋处正副处长狄醒宇和赵子立说：“你们起草撤退命令吧。”
狄醒宇和赵子立两人马上反对说：“没有必要！”
“咋个没必要，罗卓英都已经要走人啦！”薛岳说。
赵子立说：“鄱阳湖并无情况，吴奇伟军团守赣江东岸，有可能支持三四天，第79军还有战斗力，让他们以梅岭、西山为根据地，向南侧击敌人。卢汉的第1集团军援军已到了路上，日军由一条道窜到生米街，孤军深入，还是让第1集团军第58军、第60军两个军，第30集团军一个军，连同第70军，共4个军，限他们4日后向安义、大城攻击。令第49军在高安、上高间收容整理，为预备队。这样完全有可能转败为胜。”
薛岳很是犹豫，没做声。可想了一阵子，到了最后，他还是说：“放弃南昌吧。”
尽管他口气很坚决，狄醒宇还是说：“请长官还是再考虑一下吧。”
薛岳不耐烦了：“你们回去吧，这个电稿，我自己起草。”
薛岳为什么对罗卓英这般迁就，为什么要迅速放弃南昌呢？原来这其中夹杂着太多的私人感情。一是因为罗卓英是陈诚的铁哥儿们。薛岳原是倾向共 产 党的，“清党”时被白崇禧撸了个一干二净；后来他又拥汪反蒋，反蒋失败后再次“净”了身。他之所以能东山再起，两次都是找了陈诚，陈诚又找蒋中正说好话，说薛岳会打仗，是难得的将才，才由反蒋者变为拥蒋者。因此，薛岳对罗卓英特别迁就。二是因为第4军既是张发奎的嫡系，又是薛岳的嫡系。这第4军是粤系子弟兵，好像是他们的儿子，两个爸爸都爱如至宝。因此薛岳怎么肯把它放在南昌担任风险呢！为此，他的参谋长吴逸志曾不止一次地向赵子立介绍薛岳与罗卓英以及薛和第4军的关系，并且说：“我们要特别照顾到这一点，什么事都不要等长官（指薛岳）亲自开口。”
23日，罗卓英紧急命令三十二军固守乐化、蛟桥，阻止日军前进，同时命令桂林行营主任白崇禧调来驰援南昌已进至西山的102师304团赶往大城，扼守南昌至奉新公路，阻止日军快速部队向南昌推进。此日，日军石井坦克团燃料用完，经日军兵站四处搜集，仅获15小桶共270公斤，用运输机火速低飞空投，才使部分坦克又开动起来，继续向南昌疾进。但还有40多辆坦克和30多辆装甲车因无燃料等待补给，停止前进。可惜当时位于奉新附近的四十九军未能捕捉战机，将这些攻坚利器全部炸毁。待101师部队赶到大城时，日军早已越过了大城，向生米街突进。这一天，蒋中正曾命令加强南昌防务部署，调集6个师驰援南昌，会同罗卓英部合围日军，并调一个师增防牛行，还令三战区两个师开赴东乡、进贤之间，策应南昌作战。
24日，国 军三十二军和102师全部调守南昌。当天，日军飞机对南昌市区进行轮番轰炸，并低飞扫射。守军用步枪击中日军飞机一架，坠毁在乌石桥附近。25日，以柏辉章任师长的国 军102师305团团长陈伟光率领所部与日军激战，将窜过赣江的日军打回西岸，并会同304团背水布防。东路日军于本日突破乐化。
26日，日军106师团先遣队于午后到达赣江西岸的曾家，用船渡过赣江，向南昌以南突进。东路日军占领了长头堎，其先头坦克冲到牛行被击退。继而日军又出动坦克13辆，骑兵千余人向牛行突进，准备冲过赣江上唯一联接南昌的中正桥进入南昌市区。11点20分，国 军102师304团二营奉命将桥炸断，日军被迫停于昌北。东路日军另一部沿南浔铁路西侧南犯的101师团佐藤支队，通过安义东侧南进，于26日进攻生米街。国 军102师304、305团官兵奋起阻击，击毁日军坦克两辆，歼灭日军一部，国 军也伤亡较大，304团追击炮连少校连长姚德畔、步兵连上尉连长徐文科等壮烈牺牲。本日，日军佐藤支队由生米街渡过了赣江。’
3月27日，日军分3路从四面占领了南昌市郊。日军101、106师团向瓜山、莲塘迂回，国 军102师306团且战且退，突出包围，转往林南高地。下午，正面的日军经莲塘突入市内。在牛行的佐藤支队打退中国 军队，渡过赣江，冲入市内的沿江路。日军飞机连日对市区狂轰滥炸。当日，所有中国 军队全部撤退，日军列队入城，南昌沦陷。
南昌会战历时10天，打死打伤日军13000多人，中国 军队战死两万四千多人。
