太后杨芷因为杨骏事件受到牵连，恳求贾南风放过自己。贾南风恩将仇报，以杨芷曾在布帛中写“救太傅者有赏”为由称太后与临晋侯一同谋反，令董猛矫诏废太后为庶人，徙于自己昔日曾被囚禁的金墉城。第二年，杨芷被发现死在大牢里，是被活活饿死的。
杨氏一党被铲除后，贾南风临朝称制，晋惠帝司马衷事实上已成了“傀儡皇帝”。
当初，郭槐见贾南风无子，常常劝她疼爱太子司马遹，直至临死亦恳切要求贾南风要爱护太子。但贾南风不听，与充华赵粲和妹妹贾午一同谋害太子。
司马遹是才人谢玖所生，当初贾南风因嫉妒逼宫女流产甚至将其杀害，令司马衷十分畏惧，谢才人得知怀了龙种非常害怕，为求自保，投靠汝南王司马亮。贾南风与司马亮面和心不和，她忌惮司马亮的势力，只好作罢。晋武帝作保，谢才人回到西宫，生下了司马遹。
司马遹长到三四岁时，司马衷还不知道自己有儿子的事。
有一次，司马衷入朝时，看见司马遹与其他皇子一起在殿上玩耍，司马衷拉着各位皇子的手，走到司马遹面前时，晋武帝忽然对他介绍：“这是你的儿子！”司马衷当场居然吓了一跳。
等到司马衷即位，立司马遹为太子，封才人谢玖为淑妃。但是贾南风不许司马遹与谢淑妃相见，将谢淑妃另外安置，不许母子同住一屋。
司马遹自幼聪慧，身边不少人都称赞他有先祖司马懿的风范，这让贾南风听后心怀怨恨。等到司马遹成年，不修德业，奢侈残暴，又爱好算卦巫术，忌讳颇多，贾南风平素就嫉恨司马遹名声好，因此暗地让宫里的宦官到司马遹跟前谄媚奉承说：“太子殿下确实应该趁着年轻力壮好好玩乐，何必自我约束呢？”每次见到司马遹发怒了，就叹道：“殿下不知道用威严刑法，天下的人怎么会惧怕臣服殿下呢？”司马遹所宠幸的蒋美人生了个儿子，这个宦官便又对司马遹说应当厚加赏赐，为皇孙多造些玩好之器，司马遹全都依从。于是，司马遹怠慢松弛日益明显，还常常不上朝侍奉，而在后园游戏。
司马遹爱好矮车小马，让左右之人骑驰，然后弄断缰绳，让人堕在地上以取乐。要是遇到有违背他的人，司马遹就用手捶击他。同时，司马遹性格拘泥于小忌讳，不允许修缮墙壁、动瓦盖屋。他在宫中开设集市，让人杀牲卖酒，亲手拈量斤两，轻重一点不差。由于他外祖父家是杀羊的屠户，受其影响，司马遹对卖肉非常钟爱。除了卖肉，他还让西园卖葵菜、蓝子、鸡、面之类物品，从中牟取利润。
按东宫旧礼制，每月要支出钱五十万，以备各种费用。司马遹常常预支两个月以供宠幸者之用。
舍人杜锡觉得司马遹不是贾后所生，而贾后性情凶暴，深感忧虑，每每忠心规劝太子修德行纳善言，远离谗言和诽谤。司马遹平素最烦别人劝善，他不但不听，还大发雷霆，让人把针放在杜锡常坐的毡中来刺他 ，杜锡不知有诈，落座后针扎入臀部，血流不止。成语“如坐针毡”即出自这里。
贾谧到东宫，司马遹撇下他而到后庭游戏玩耍。太子詹事裴权对司马遹劝谏说：“贾谧在皇后那里很受宠爱，又有不顺从你的表情，如果有一天搬弄是非，那殿下你的大事就完了。依我看，殿下应当谦虚礼让，以防其变，务请贤士，辅翼自己。”司马遹只是笑笑，没有听从。
当初，贾后的母亲郭槐想让韩寿把女儿许给司马遹当太子妃，司马遹也想与韩氏结婚以巩固自己。可是韩寿的妻子贾午与贾后都不同意，郭槐只好退而求其次，为司马遹聘了王衍的小女儿王惠风。
司马遹听说王衍的长女漂亮，而贾后却将她聘给了贾谧，心中为此忿忿不平，说了一些对贾谧不满的话。
贾谧曾经与司马遹下围棋，争棋路，成都王司马颖见后呵斥贾谧，贾谧内心更加不平，因此在贾后面前诬陷司马遹说：“太子买了很多田产，多积私财结交小人，是因为想要扳倒贾氏的缘故。我曾暗地里听他说过：‘皇后死了以后，我一定要鱼肉贾氏族人。’不但如此，如果皇帝死了，他居帝位，也要效仿以前我们废杨氏的旧例，杀戮我们并在金镛城废了皇姑姑，这种事对他来说简直易如反掌。我看不如早些安排他个处所，另立一位慈顺的太子来保卫自己。”贾后采纳了他的意见，又对外张扬太子的缺点，散布到朝野远近。
当时朝野都知道贾后有谋害太子之意，中护军赵俊来到东宫，对太子恳求说：“殿下，箭在弦上，末将请求发动政变废掉贾后，以防贾氏篡位！”太子不听。
贾后将要废太子司马遹，诈称皇上不舒服，将司马遹诱进宫中。太子到了，贾后却不与他相见，把他安排在别室，派婢女陈舞逼司马遹吃掉事先准备的醉枣，司马遹便醉得不行。
眼看太子上当，贾后让黄门侍郎潘岳打了个草稿，模仿司马遹平常的口气，让小婢女拿纸笔和草稿让司马遹抄写下来。
司马遹迷乱不能辨，便依从而写，笔画不全的部分，贾后又令潘岳补上。
这份抄写的文字中写到：“皇上、皇后你们快点自动退位吧，你们不自动退，我就进宫废掉你们，然后我做皇帝，封蒋美人为皇后。”
贾后把它呈给晋惠帝，晋惠帝驾幸式乾殿，召见公卿，让黄门令董猛把司马遹写的和青纸诏书上写着“太子写这样的话，现在朕下令赐他死”的文字遍示各位王公，王公们没有谁敢说话。又让大臣们看，谁也不敢说一句话，只有张华、裴頠证明这肯定不是太子写的。贾后担心事情有变，便上表免太子为庶人，晋惠帝同意。
晋惠帝派和郁持节到东宫宣旨，彼时太子正和太子妃等人游园，听说皇帝使者到了，便连拜两次接受了诏书，然后步行走出承华门，乘粗牛车，被押解到金墉城软禁。
太子被软禁后，给太子妃王惠风留下一封书信，信中详细叙述了自己被贾后设计诬陷的经过，并托付王惠风照顾好他的儿子。
由于太子被废，王惠风的父亲司徒王衍上书请求解除婚姻，以撇清关系。王惠风跪求父亲打消念头，王衍不允，便号哭着回家，路上的行人都为她的遭遇感到惋惜，为之流涕。
