公元前135年，随着太皇太后窦氏的逝世，汉武帝得以全面掌握大权。
他重新启动了即位之初被迫搁置的新政。
汉武帝热衷于选拔贤能之士，于是下令各地推荐贤良和敢于直言的人选，董仲舒就在这批被举荐的人之中。
董仲舒以他的学问渊博和治学勤奋著称，“三年不窥园”形容的就是他闭门苦读的情景，这段时间里，他对自家门外的菜园一无所知。
董仲舒喜欢骑马，常常在马上阅读书籍，甚至念念有词，因此有人说他读书太多中邪了。
汉武帝听闻此事后，为了鼓励学习的风气，给予董仲舒一个顾问职位。
董仲舒没过辜负汉武帝给他的职位，开设了一所私人学校。
他的教学方式非常特别，学生在上课的时候，无法见到他本人，只能听到他的声音，从帷幕之后传来，这便是后来“董帷”这一说法的由来。
董仲舒的教学方法，包括“兵教兵、将教将”，吸引了众多学生。
然而，他的最终目的，并非仅限于教书育人。
作为一位儒学教师，他身处尊崇道教的汉朝，所以效仿孔子开述，学生记录，将他的思想记录下来编写成书。
不久，他以“公羊派”的领袖自居，引起了推崇儒家思想的汉武帝的注意，并邀请他进行交谈。
汉武帝与董仲舒进行了三次对话，董仲舒分别以三篇策文，回答了汉武帝的问题。
这些策文，后来被称为“天人三策”，在历史上留下了深刻印记。
他首先从儒家角度论述了天与人之间的关系，指出汉朝的天下是天赋的，而不是来自于军功集团、民众或外戚。
他阐述了天人感应理论，认为如果皇帝行为不端，上天会通过灾异来警示。
其次，他讨论了不同历史时期治理方法的变迁，提出当前需要严厉的法律来维持秩序。
最后，他强调了教育的重要性，并建议设立国家太学，选拔贤良，以此作为维护皇权和抑制威胁的助手。
董仲舒认为，历史上的朝代更替，构成了一个循环，新的朝代应该代表黑统。
他提出，孔子承接天命，开创了新的黑统，这不仅仅是一种法统，更是一种道统。
他认为汉朝的创立者汉高祖刘邦，作为布衣出身而统治天下，需要一种理论的支持，这一理论便是他提出的天命说。
董仲舒在应对中，还提到天与人之间的阴阳关系，认为天是万物的根源，人应该模仿天的法则，实行仁爱和无私，通过德行和礼仪来引导人民。
在此之前，儒家认为社会是由五种伦理关系构成的：君臣、父子、夫妇、兄弟和朋友。
董仲舒从中挑选出君臣、父子、夫妇这三项，称其为“三纲”。
他对先秦儒家伦理思想，进行了总结和神学改造，构建了一套以“三纲”“五常”为核心，以天人感应和阴阳五行说为理论基础的系统化、理论化的伦理思想体系。
他认为道德是“天意”和“天志”的体现，君臣、父子、夫妇之间的义务都源于阴阳之道。
因此，他提出了“君为臣纲，父为子纲，夫为妻纲、以及仁义礼智信这五种道德准则，即是“三纲五常”。
三纲是社会伦理，五常是个人品德，纲常则被用来泛指道德和道德规范。
人的自然发展，应当遵循道德规范的方向，这正是文化和文明的主要内涵。
在汉武帝主持的推荐会上，除了董仲舒声名鹊起之外，会稽吴县的严助也备受瞩目，被提升为中大夫。
年届六十的川人公孙弘，被征召为博士，这是汉武帝“罢黜百家，独尊儒术”的第一步。
从那以后，儒家在汉武帝朝廷的地位日益提高。
董仲舒的对策成为汉武帝治国的主要依据，一场巨大的变革悄无声息地发生了。
然而，在提出“天人三策”之后，尽管董仲舒声名显赫，却并未得到重用，只能局限于江都一地，宣传他的天人感应学说。
公元前135年，辽东高庙和长陵高园便殿相继发生火灾。
当时董仲舒在家中，得知这两次火灾后，他运用灾异学说进行分析，认为这是上天对汉武帝过失的警告，并写了一篇《灾异论》，打算上奏给汉武帝。
可是《灾异论》尚未上奏，就被主父偃偷走，呈给了汉武帝。
武帝就召集大臣们开会，讨论这篇文章。
董仲舒的弟子吕步舒也在场，他不知道这篇文章是自己的老师所写，对文章进行了严厉批评。
当汉武帝告诉他，这是董仲舒所写的文章时，吕步舒吓得汗流浃背。
于是汉武帝以诽谤朝廷的罪名，将董仲舒投入监狱，判处死罪。
不过，后来考虑到他曾经上奏《天人三策》，又下诏赦免了他。
死里逃生之后，董仲舒再也不敢轻易谈论灾异。
除了曾一度复出为胶西相外，董仲舒一直在家中闲置，专心治学著书，直到寿终正寝。
