淞沪会战爆发后，中日两国不断增兵上海，且除了陆军、海军之外，空军也加入了战斗。空军的加入，使战争变成了没有前后方之分的立体战争，首都南京也开始受到日机的轰炸。1937年8月15日，日机多架，分两次轰炸南京。16日，日机分5次轰炸南京。自此之后，日机不分昼夜，多次轰炸南京，使人民的生命财产遭受巨大损失，工作、学习与生活秩序也受到重大影响。在此形势下，国民政府不得不将白天办公改为夜间办公，并对房屋等建筑物进行伪装涂色，以防日机轰炸。
与此同时，前方战事也不断传来坏消息：8月27日，华北的张家口、房山被日军占领；在上海坚持抗战的中国军队，也开始丧失先前的主动性和优势，逐渐陷于被动地位。28日，作为“淞沪抗战”战略要地的罗店失守。9月1日，另一重要阵地——吴淞被日军攻陷。面对前方战场所处的不利形势，蒋中正表面上虽然坚持抵抗，但内心也有清晰的认识。蒋中正秉承国人应对日本侵略时所倡导的“向内地发展”理念，在1935年已基本确定把四川作为对日抗战的最后根据地，作为对付日本侵略、保全国土所必须依靠的退却战略。此时蒋中正已经开始考虑国民政府迁都重庆的问题，并最终转化成为国民党中央的决定而付诸实施。
蒋中正关于迁都重庆的想法最早萌芽于1937年8月底上海战事转为被动的时候。在罗店失守的第二天8月29日，蒋中正就在日记中写道：“沪战不利须迁都，如迁都，则国府应迁重庆，大本营迁洛阳，行政院迁衡阳如何？”
这表明，蒋中正此时虽有迁都的打算，但并没有一个完整的迁都计划和最后决心，而是将首都的功能依其作用不同，一分为三。为支持自己的这一设想，蒋中正不断研究对日的政略战略，他在日记中写道：“敌之战略，其弱点，乃以支战场为主战场，其战争全在消极，且立于被动地位。故我之战略，应尽其全力，贯注一点，使彼愈进愈穷，进退维谷，不难旷日持久，以达我持久抗战之目的。”
到了9月下旬，随着前方战局日益紧张，特别是上海局势的吃紧以及日机对南京的频繁轰炸，使得南京所受的威胁更趋严重。部分大学开始作外迁的准备，个别的外国驻华大使馆也开始转移到军舰上办公。人心受此影响，开始惶惶不安。9月25日，保定、沧州陷落。同一天，日机94架分5次轰炸南京，使全城整天处于警报之中，工作无法进行，生活也因电厂、水厂被炸大受影响。这一天，蒋中正在日记中写道：“敌寇以为反复轰炸可以逼我迁都或屈服，其实惟有增强我抵抗之决心而已。”
从此可以看出，蒋中正虽然明知日机的频繁轰炸，有逼国民政府迁都或屈服的企图，但他既没有打算屈服，也没有下定迁都的决心。随着时间的延续，战事越来越不利于中国。到了1937年10月下旬，上海战事已出现失败的征兆，华北形势也不容乐观。如果上海失守，距离上海仅300余公里的南京，将直接处于日军的威胁之下。11月11日，长达3个月的淞沪会战以中国军队的失败宣告结束，上海守军奉命撤退。上海沦陷后，近在咫尺的南京危机四伏。
面对这种局面，蒋中正于11月10日上午再次考虑国民政府的迁移问题。12日，蒋中正谒见国民政府主席林森，会商有关国民政府迁都的问题。在此过程中，时任国防最高会议主席的汪精卫曾将国防最高会议常会对时局的有关意见函告蒋中正，其中涉及到迁都的问题有：“（一）应否迁都？何时迁都？均请主席定之。（二）如须迁都，以武汉或广州为宜；四川偏僻，似不适用。（三）如须迁都，须两周前决定，以免临时慌乱。”
对于汪精卫的建议，蒋中正并没有接受。他与林森商量的结果，是将首都一次性地远迁数千里之外的四川重庆。到了11月13日，蒋中正得到消息，嘉善等地告急，沿长江各口岸也有日军登陆的迹象，于是考虑：“抗倭之最后地区与基本线，乃在粤汉、平汉两路以西；而抗倭之最大困难，乃在最后五分钟，此时应决心迁都于重庆，以实施长期抵抗之计，且可不受敌军威胁，以打破敌人迫订城下之盟之妄念。”
至此，迁都重庆就定下来了，蒋中正也开始整理公文，并设法收回他先前存于浙江奉化老家的日记。到了14日，蒋中正已经开始部署迁都重庆的相关事宜，并草拟了待发表的迁都理由：一是为长期抵抗之计；二是免受敌威胁而订城下之盟。
11月15日，此时已代行国民党中央政治委员会职权的国家最高决策机关——国防最高会议举行第31次常务委员会议。会议讨论通过了《非常时期中央党政军机构调整及人员疏散办法》，除决定国民党中央、国民政府的有关调整办法外，还对首都各院部会的疏散，作了明文规定。
此次会议，不仅将国民政府迁都重庆之议由蒋中正的个人想法变成了国民党中央的集体决议，并开始走上法律程序。而且知道的人也从先前的蒋中正、林森两人，扩大到立法院院长孙科、司法院院长居正、考试院院长戴传贤、监察院院长于右任、军政部部长何应钦、外交部部长王宠惠、财政部部长孔祥熙、国民党中央执行委员会经济委员会主任委员宋子文、国民党中央党部秘书长叶楚伧等国防最高会议常务委员，以及该会秘书长张群等10余人。
1937年11月16日下午8点，就在国防最高会议作出“国民政府及中央党部迁重庆”决议后的第二天，国防最高会议第五次会议在南京国民政府铁道部举行。会议在听取了有关各方关于抗战形势的报告后，蒋中正以会议主席的身份，作了《国府迁渝与抗战前途》的讲话，他说：
“国民政府迁移重庆办公，今晚敬将意义报告：上海兵退，山西太原被占，我处于失败形势。但此种失败形势是早知道的，并非意外，我仍居主动地位，将来胜利亦居主动地位。自九一八以至长城战役，我常计虑如何与日本抵抗，使国家转危为安，思之甚久，方案难定……此番战争自上海打起，我不想在上海、在南京、在武汉以南可与日本打仗。我力虽不如日本，但两年以来，大家共同一致之准备及同心一德之统一，把握比前加多，能再待一年、两年、三年，自然更好。
敌人不容我待，故力虽不及，亦抵抗之，现抵抗非随便，无计划，非冒险。我当然有一定之目的。因我已有决心，如与作战，须于最后决胜。便以军队力量比，我固不如；以实际形势言，我亦无胜利可能。然而毅然作战者，既非因经济力量日本不够，我故与战；亦非以我经济力充实而与之战。如以四川为国民政府办公所在，日本政府来消灭我在四川之国民政府，需要三年。如此长期，需要许多力量，日本必无幸。此其一。我国民政府不会消灭，国际形势有变迁，日本不能支持。此其二。阿比西尼亚国联让他失败，以至于亡，诚为我之大教训。但我中国决不会做阿国，日本决不能灭亡我，即加几个日本，亦不能灭亡我。此其三。、
我今以革命之主义与日本抗战，越抵抗越有胜利之把握，惟妥协是要不得的。盖华北占领，上海划定，是日本惟一之目的，我不与和，日本目的不能达到，我处于主动地位，日则处于被动地位。抗战出其不意，日处被动一也；我不与和，被动二也。我站在主动地位，以不利形势来定计划，且已超过预想而为有利形势。我死伤三十万人，在国际上造成新形势，意德日防共协定与九国公约国开会，世界各国形成两大对立，我为之也。
我抵抗越久，各国必干涉远东事情，日本处于孤立。凡事已发动，便有成功。日本占上海后，气焰大张，英必不能忍，美亦不能忍也。如无此三月作战，决不如是国际形势。虽然如此，但我决不期待，我所期待者，国府迁渝以后，政府同人、党部同志，大家努力革新，有新的气象、新的观感，不能认作南宋苟安局面。团结一致，持久抗战，转败为胜，转危为安，国家复兴之基础，于是焉立。”
林森在致词中则称：“我不愿离开南京，不愿先有举动，现既众意议决国民政府迁移是为战略关系，且只可迁移一次。故本人今晚乘军舰上驶。”
11月16日晚上，国民政府主席林森率领国民政府直属的文官、主计、参军三处的部分人员，秘密赶往停泊在下关码头的“永庆舰”夜宿。11月17日，林森率领一支庞大的队伍，共有国民政府高级官员及随员800余人离开南京。抵达沙市后，又改乘“永绥舰”到宜昌，并计划到达后，如果水位高，就乘原舰直驶重庆，否则就改乘民生公司的“民风轮”和“民贵轮”。
11月20日，林森一行抵达武汉，国民党中央遵照先前的决议，于当天正式、公开地以国民政府主席林森的名义，向全国及全世界发表了《国民政府移驻重庆办公宣言》。宣言全文如下：
“自芦沟桥事变发生以来，平津沦陷，战事蔓延，国民政府鉴于暴日无止境之侵略，爰决定抗战自卫，全国民众同仇敌忾，全体将士忠勇奋发;被侵各省，均有极急剧之奋斗，极壮烈之牺牲。而淞沪一隅，抗战亘于三月，各地将士，闻义赴难，朝命夕至，其在前线，以血肉之躯，筑成壕堑，有死无退。暴日倾其海陆空军之力，连环攻击，阵地虽化煨烬，军心仍如金石。临阵之勇，死事之烈，实足昭示民族独立之精神，而奠定中华复兴之基础。
迩者暴日更肆贪黩，分兵西进，逼我首都。察其用意，无非欲挟其暴力，要我为城下之盟。殊不知我国自决定抗战自卫之日，即已深知此为最后关头，为国家生命计，为民族人格计，为国际信义与世界和平计，皆无屈服之余地。凡有血气，无不具"宁为玉碎，不为瓦全"之决心。
国民政府兹为适应战况，统筹全局，长期抗战起见，本日移驻重庆，此后将以最广大之规模，从事更持久之战斗，以中华人民之众，土地之广，人人本必死之决心，继续抗战，必能达到维护国家民族生存独立之目的，特此宣告，惟共勉之。
中华民国二十六年十一月二十日。”
21日到达宜昌后，一方面因时值长江冬季枯水季节，川江水浅，“永绥舰”吃水过深不能上行；另一方面又因川江航道本身狭窄险峻，为了安全，林森一行不得不在宜昌逗留一天，等待换乘“民风轮”。22日下午5点，林森率国民政府文官、主计、参军三处部分高级职员16人，改乘“民风轮”，于23日晨6点半启程西上。其余人员和物资，改乘“民贵轮”随后跟进。两轮一前一后，昼行夜泊，向重庆驶去。
11月26日上午11点，由国民政府军事委员会委员长重庆行营总务处处长率领该处第一科科长庞秉训、川江船务管理处处长何北衡等，乘“民选轮” 赴离重庆数十里的长江下游唐家沱恭迎林森一行的“民风轮”，并预为布置更换“民风轮”领江事宜。
与此同时，负责警戒的重庆军警宪各部队以及各大中学校的军训学生队、童子军等，也先后齐集储奇门码头，“由河岸起， 延亘至三牌坊一带，行伍整齐， 精神奋发”。到了12点，重庆市党政军学商各机关法团少校以上军阶的官员六七百人，也齐集江边，并在宪兵第3团团长袁家佩的指挥下，排队恭候。
下午2 点，国民政府军事委员会委员长重庆行营代主任贺国光、川康绥靖公署及四川省政府特派代表王陵基、重庆市市长李宏锟、重庆行营总参议夏斗寅、驻重庆的国民革命军第161师师长许绍宗、国立中央大学校长罗家伦、四川省立重庆大学校长胡庶华、四川省立教育学院院长高显鉴以及重庆士绅朱叔痴、傅用平等先后乘车赶到储奇门码头，并立即登上停泊在码头、已升火待发的“民律轮”，然后向重庆下游缓缓驶去，前往迎接林森一行。
当林森一行乘坐的“民风轮”驶入长江江北嘴时，重庆驻军按事前约定，鸣礼炮21响致敬。“民风轮”继续上行，于太平门羊角滩与下行迎接的“民律轮”相遇，“民律轮”鸣笛3下，以示敬意，随即掉头，引领“民风轮”上驶。至人和码头时，两轮相靠，贺国光等随即登上“民风轮”，谒见林森并表达敬意，同时欢迎林森、吕超一行16人换乘“民律轮”。
下午3点15分，随着一声长长的汽笛声，缀满彩花的“民律轮”缓缓停泊在长江北岸靠重庆市区的储奇门码头。在悠扬的军铄声中，全体欢迎人员肃立致敬。此时，林森缓步走出船舱，只见他“着青色呢斗蓬及国礼服，持黄色手杖，美髯斑白， 精神矍铄，态度和穆而严肃，目光前视，默然无语，忧国之情， 溢于眉宇间，频频以右手举至胸前答礼”。
上岸后，林森乘重庆行营专门为其特备的、贴有“国府”二字的专车—— “ 4 1 0 3 ” 号，在2辆警车的引导下入城，参军长吕超乘“4147”号随后。其余随林森首批抵达重庆的10余人，包括参军王右瑜、科长林叔向、秘书邓亚瑰、吴国权、李筱亭，书记官段琪湘、科员陈天元等，分乘汽车16辆殿后。
1937年11月29日，国民政府文官长魏怀、主计长陈其采等，亦率其所属人员，乘“民贵轮”抵达重庆。至此，由国民政府主席林森率领、作为抗战时期国民政府迁都重庆的首批人员，溯长江西上，顺利迁抵重庆，并在这个西部内陆城市、中国的战时首都，开始了新的工作与生活。与此同时，南京国民政府各机关及其所属职员，除其最高长官留南京主持工作外，其余也均于林森撤离南京后，开始陆续离开南京，或转赴武汉，或远奔重庆。
