1917年夏，段祺瑞击败了复辟的张勋，以“再造共和”的美誉，再次出任中华民国国务总理。
段祺瑞成立了临时参议院，抛弃了《临时约定》，并取消了国会。
孙中山听到消息后，立即向段祺瑞发电报，要求恢复《临时约定》与国会。
段祺瑞无视孙中山的建议，以“再造共和”的英雄自居。
孙中山到达广州后，连夜发表演讲，痛斥段祺瑞的罪行：“中国搞了六年共和，人民却没有得到共和的好处。”
“这不是共和不好，而是因为掌握的人不好，是他们打着共和的旗号实施了真正的专制。”
“我们现在维护约法、恢复国会，就是为了打倒假共和，实行真正的共和。”
孙中山的号召，首先得到了海军的积极响应。
7月12日，前北京政府海军部长程壁光，发表了拥护《临时约法》的宣言，宣布海军独立，随后率领海军第一舰队开赴广东。
此时，150多名国会议员也从北京南下，前往广州参加护法运动。
由于法定人数不足，孙中山就采取了“非常国会”的名义召开会议，制定了《中华民国军政府组织大纲》。
大纲规定：军政府的目的是“勘定叛乱，恢复《临时约法》”。
9月1日，“非常国会”选举孙中山为大元帅，唐继尧、陆荣廷为元帅，成立军政府，与北京段祺瑞的政府相对立。
9月10日，孙中山宣布就职，表示将尽最大努力消除段祺瑞等民国叛逆，恢复《临时约定》。
孙中山以大元帅的名义，下令大军北上讨伐段祺瑞，北伐军迅速组成。
至此，护法战争正式爆发。
听到孙中山发动“护法战争”的消息后，段祺瑞立即下令通缉他，并打算立即派军队从湖南向两广进攻。
然而，长江中下游的省份是冯国璋直系军阀的势力范围。
北洋军队由湖南向南作战，必然会扩大直系的地盘，直系大军很可能与南方军阀联合对付皖系，段奇瑞为此左右为难。
因此，段祺瑞最终决定让冯国璋的直系打先锋，同时指示进入湖南的军队消极怠战，能扩充地盘就打，否则就按兵不动。
陆荣廷看到湖南的力量无法抵抗北洋军队的进攻，立即改变了一开始的被动态度，紧急召开了南宁会议。
提出了恢复国会、迎接李元洪再次担任总统、罢免段奇瑞、撤回傅良性四项主张。
并推举广西督军谭浩明，担任护法总司令，誓师增援湖南。
孙中山非常高兴，立即组织湘、粤、桂护法联军，抵抗北洋军队。
湖南人民自动结合起来驱赶北洋军，护法联军乘势向北推进，王汝贤、冯国璋也退出湖南，护法战争旗开得胜。
湖南失败的消息传来，段祺瑞恼羞成怒，引咎辞职，但却暗中鼓动部下反对冯国璋。
冯国璋接受段祺瑞的辞呈，任命倾向直系的王士珍为总理，组成新内阁。
此时，桂系军阀分别控制了湘、川两省，私利得到满足，便与直系军阀谈判。
他们不顾孙中山的反对，通电主和。
1918年2月中旬，他们与北京政府达成协议，停战两周，使北洋军阀获得了喘息机会。
3月，由段启瑞主持，创建了一个新的“国会”，冯国璋被迫辞职。
接下来，段祺瑞系的国会，选出清朝老官僚徐世昌为总统，实权掌握在段祺瑞手中。
与此同时，冯国璋直系为了避免孤立，便与南方军阀勾结，交往密切。
从那时起，南方军阀就没有提讨伐之事，甚至伙同一批政客分裂“护法政府”，排斥孙中山。
支持孙中山的海军总长程壁光，在广州被暗杀。
孙中山直属的警卫部队官兵，也经常被暗中捕杀。
孙中山领导的军政府资金和兵力来源都遇到了困难，军政府的大权完全掌握在陆荣廷和唐继尧手中。
1918 年5月，陆荣廷、唐继尧操纵的“非常国会”作出决定，取消大元帅负责制，改为总裁合议制。
由老官僚岑春煊担任主席，只让孙中山担任七位总裁之一。
孙中山虽然也被选为总裁之一，但是实际权利已经被西南军阀掌握，不可能再推行“护法”主张。
5月4日，孙中山终于认清了西南军阀的本质，愤怒地辞去了总裁的职务，回到上海。
他在辞职通电中说：“中国最大的灾祸，就是军阀争权夺利，南与北如一丘之貉，没有区别。”
孙中山一离开广州，南北军阀就进行了“和平谈判”。
在南北军阀的破坏下，护法运动最终失败。
而中国的局势，依旧在各派军阀的纠纷之中，动荡不安，四分五裂。
尽管护法战争失败了，但它却是辛亥革命后“资产阶级反对专制主义”斗争的延续。
它对促进我国历史进程方面，发挥了积极作用。
