明军班师回朝后，将抽出来的平秀政等61个日军战俘（其中有8个是日军军官）一起押解至北京城，交给了刑部尚书萧大亨。
经过审讯，萧大亨将所有战犯的供词写成奏疏上奏，并且对战犯做出了判决：平秀政，平正成这两个级别最高的战犯凌迟处死，要时罗，阿甘苔里思结等59人斩首示众。
1599年四月二十四日清晨，万历皇帝坐在午门楼前楹正中的御座上，王公大臣文武百官侍立位于午门楼前御道之南，按文东武西排班。午门前御道东侧设摆放露布（捷报檄文）的大案，并设宣展官一员，展示官二员。刑部献俘官位于午门前御道东侧稍南的位置，面西而立。献俘将校则位于午门前御道西侧稍南的位置，面北而立，大典还在御道之南稍东的位置上设有专门进献露布的官员，锦衣卫在午门前的御道东西两侧设仪仗，东西而立。宫廷内负责礼乐的教坊司在仪仗之南也按东西两侧陈设大乐，北向而立。负责国家典仪的鸿胪寺在午门前设两名赞礼官员，东西相向而立。设承制官一员于午门前的东侧，面西而立。在承制官员稍南另设宣制官一员，面西而立。准备接受献俘仪式。
献俘礼虽然很早就已经出现，但是在明清两代才达到顶峰，礼节逐渐繁琐。与流传甚广的谣言不同，午门可不是斩首的地方，午门也叫正阳门，是皇宫的正大门，是只用皇帝出席特别重要的活动才启用的大门，根本不可能随随便便在午门外杀人。实际上，明代北京城的刑场在西市，清代则是在菜市口。哪里都没有午门砍头的说法。
随着太阳旭日升起，献俘礼正式开始，引礼官引导文武百官东西序立，并引导进献露布官员手捧捷报放置于大案之上，退回就位。明军官兵将61个五花大绑的战犯用囚车运到午门前，在西边的武官班次后站好，钟声大响，万历皇帝朱翊钧身穿常服驾御奉天门，钟声才停止。
鸿胪寺来到御驾之前，跪拜奏请万历皇帝乘上肩與，此时礼乐奏响，神宗来到午门楼上升座后乐止。将校鸣鞭静场，全场肃穆。赞礼官高声赞唱：“进“！”进献露布的官员面向午门行四拜礼，礼乐再次奏响，平身后乐止。赞礼官赞唱：“进露布”！乐起，执事官员举案，放置于午门前中道，乐止。赞礼官赞唱：“宣露布”！宣展官员跪，平身之后宣展官与展示官前往案前取露布，并跪宣露布，宣读完毕后放置于案，退回就位后俯伏兴乐作，行四拜礼，平身后乐止。执事官将大案举起，重新安置于御道（成败皆空）之东，引礼官引导献露布等官退出。赞礼官赞唱：“献俘！”
献俘的官军把61个鬼子像狗一样牵进午门，到达指定位置，命面部朝北跪在地上等候万历皇帝的裁决。其中一个刑部官员午门城楼中道前跪奏所俘献请付所司伺旨。
刑部尚书萧大亨带领左右两位侍郎出班上奏，萧大亨跪在御道上，两位侍郎夹着他，声如洪钟，对皇帝上奏献俘的战犯姓名以及判决结果，最后对万历皇帝上奏：“合赴市曹行刑，请旨！”上奏完毕后，萧大亨对万历皇帝伏地而拜，全场肃穆，怒气冲冲地瞪着这些沾满中朝军民鲜血的鬼子战犯，等待万历皇帝传令。
坐在御座上的万历皇帝亲自下令：“拿去！”
那个年代没有喇叭也没有扩音器，偌大的午门，下面的将士们听不清皇帝说的什么。但是这难不倒聪明的古人，为了彰显大明的天威，皇帝亲自下令后，站在皇帝旁边的两位大臣一齐高呼：“拿去！”紧接着，二传四，四传八，以此类推，声音越来越大，由上而下，直到最后，站在午门周边列阵的360个锦衣卫大汉将军齐声高呼：“拿去！”声音洪亮，响彻云霄，如同雷鸣，跪在地上的鬼子战犯已经吓得瑟瑟发抖，魂不附体，几乎瘫软。当时亲临现场有幸见到这个场面的大臣朱国桢在他后来著作的《涌幢小品》里也评价：此等境界，可谓熙朝极盛事。
所有战犯被官兵架出午门，卫士穿着戎装，拿着盾牌戈戟站在长安门外，街道旁观者多如树林，多执着马鞍远远观望，腥风吹起尘埃，一群俘虏就被推出了长安门外，当时的文人张大复也有幸见到了这个振奋人心的场面，他迅速登到楼上，鞋子满地都没地方下脚；便跨坐在马上，群马被象所惊，胡乱奔走，无法制止。他就下马拉着好友金季化的手站在沙子上，鞋子没在沙子里，正好有两个童子站在两边翼护，才能完整看到。按照明代礼节，俘虏身上都穿着红衣，戴着红帽。有的在街上巡逻的明军士兵手持兵器对着鬼子战犯破口大骂：“这些鬼子为什么不早死，还要耗费朝廷万兵；而且还令我跟妻子不能相守。”话说完，便流下眼泪。
官军押解着战犯游街示众，观者如潮，时不时有烂菜帮子被投到战犯身上，直到西市。
最终，随着监斩官一声令下，59个刽子手手起刀落，霎时人头落地，只剩下被捆在柱子上的平秀政和平正成这俩倒霉鬼被一刀一刀地像片烤鸭一样的享受着凌迟极刑，凄惨的嚎叫声传遍了大街小巷。行刑结束后，61颗头颅被下令传送至九边，昭示周边蛮夷。
四月丙戌，万历皇帝以《平倭诏》诏告天下，表示对倭奴的征服以及大明帝国的天威。
诏曰：
朕缵承洪绪，统理兆人，海澨山陬，皆我赤子，苟非元恶，普欲包荒。属者东夷小丑平秀吉，猥以下隶，敢发难端，窃据商封，役属诸岛。遂兴荐食之志，窥我内附之邦，伊歧对马之间，鲸鲵四起，乐浪玄菟之境，锋镝交加，君臣逋亡，人民离散，驰章告急，请兵往援。
朕念朝鲜，世称恭顺，适遭困厄，岂宜坐视，若使弱者不扶，谁其怀德，强者逃罚，谁其畏威。况东方为肩臂之藩，则此贼亦门庭之寇，遏沮定乱，在予一人。于是少命偏师，第加薄伐。平壤一战，已褫骄魂，而贼负固多端，阳顺阴逆，求本伺影，故作乞怜。册使未还，凶威复扇。朕洞知狡状，独断于心。乃发郡国羽林之材，无吝金钱勇爵之赏，必尽弁服，用澄海波。
仰赖天地鸿庥，宗社阴骘，神降之罚，贼殒其魁，而王师水陆并驱，正奇互用，爰分四路，并协一心，焚其刍粮，薄其巢穴。外援悉断，内计无之。于是同恶就歼，群酋宵遁，舳舻付于烈火，海水沸腾，戈甲积于高山，氛浸净扫，虽百年侨居之寇。
，举一旦荡涤靡遗。鸿雁来归，箕子之提封如故，熊罴振旅，汉家之德威播闻，除所获首功，封为京观，仍槛致平正秀等六十一人，弃尸稿街，传首天下，永垂凶逆之鉴戒，大泄神人之愤心。
于戏，我国家仁恩浩荡，恭顺者无困不援；义武奋扬，跳梁者，虽强必戮。兹用布告天下，昭示四夷，明予非得已之心，识予不敢赦之意。毋越厥志而干显罚，各守分义以享太平。
凡我文武内外大小臣工，尚宜洁自爱民，奉公体国，以消萌衅，以导祯祥。更念彤力殚财，为日已久，嘉与休息，正惟此时，诸因东征加派钱粮，一切尽令所司除豁，务为存抚，勿事烦苛，咨尔多方，宜悉朕意。
跳梁者虽强必戮！这在当年的大明帝国绝对不是一句空话，当年的祖宗真的做到了。
