不甘心失败的俄国政府，在《尼布楚条约》签定后的第二年，便怂恿准噶尔(蒙古族的一支)的首领噶尔丹攻击漠北蒙古。
当时的蒙古族分为漠南蒙古、漠北蒙古和漠西蒙古三个部落。
除了漠南蒙古已经归属清朝之外，其他两大部落也向清朝臣服了。
准噶尔部是漠西蒙古的一个分支，原本在伊犁地区过着游牧生活。
自从噶尔丹统治准噶尔部以来，先后兼并了漠西蒙古的其他部落，并且又向东攻击漠北蒙古。
无奈之下，漠北蒙古人逃往漠南，请求清朝廷保护。
听闻此事，康熙派前往噶尔丹，让他们把侵占的地方还给漠北蒙古。
在沙俄的支持下，噶尔丹不仅拒绝退兵，而且还大举进犯漠南地区。
眼见他们如此嚣张跋扈，康熙打算亲征噶尔丹。
1690年，康熙决定兵分两路。
左路军：由抚远大将军福全率领，从古北口出兵进军。
右路军：由安北大将军常宁率领，从喜峰口出兵。
康熙皇帝则亲自带兵在后面，坐镇指挥。
7月14日，康熙率军离开北京，没想到路上突然生病，只好取消亲征计划。
7月15日，嚣张跋扈的噶尔丹向清军宣战，并且在西巴尔台(今内蒙古克什克腾旗)驻军。
接着又率军逐渐南下，占据了距离北京仅350里的乌兰布通(今内蒙古克什克腾旗)。
噶尔丹把数万骑兵聚集在大红山下，前面有河流作为屏障，后面有树林作为掩护。
他们把上万只骆驼绑住四脚放倒在地，把箱子放在驼背上，然后裹在湿毡毯裹住，摆成一个长长的骆驼壁垒。
叛军躲在骆驼后面放枪反击，以此阻止清军的进攻。
噶尔丹还派使者向清军提出，交出他们仇人的要求。
康熙不同意，随即命令福全率军反击。
8月1日，清军向乌兰布通推进，向噶尔丹大军发动猛烈攻击。
清军用火炮和火枪对骆驼城进行了集中轰击，不久骆驼城被轰开了一个缺口。
清军步兵骑兵一起冲杀过去，福全又派兵饶到山头后面夹击，将他们杀得七零八落，噶尔丹趁夜慌忙逃走。
噶尔丹回到漠北之后，一边假装向清朝臣服，另一边暗中招兵买马，试图东山再起。
1694年，康熙约噶尔丹会见，表示订立盟约。
噶尔丹这家伙不仅没有来，还派人到漠南煽动叛乱。
还扬言说：“我从俄国借了六万鸟枪兵，用不了多久就能杀入北京城。”
1695年，嘎尔丹再次燃起叛乱战争，带领骑兵3万向漠南大举进攻。
1696年，康熙决定再次御驾亲征，兵分三路讨伐嘎尔丹。
东路：由黑龙江的将领萨布素率领进攻。
西路：由费扬古率领陕甘大军，出兵拦截嘎尔丹的后路。
中路：则由康熙亲自带领，从独石口迎击噶尔丹的军队。
康熙的中路军来到科图，就遇到了敌人的前锋部队，但此时东西两路大军还没有到达。
就在这时，有传言说俄国将要出兵帮助噶尔丹。
随行的一些大臣害怕不已，建议康熙退兵，日后再战。
谁知康熙怒气冲冲地说：“朕御驾亲征，还没看见敌人就撤退，怎么能向天下人交代呢？”
“再加上如果我的中路一旦撤离，叛军全力以赴攻击西路军，西路不是更加危险吗？”
康熙决心继续进入克鲁伦河，并派使者去会见噶尔丹，告诉他康熙皇帝亲征的消息。
噶尔丹在山头看到清军黄旗飘扬，军容整齐，吓得连夜拔营逃跑。
康熙一边派兵追击，另一边派快马通知西路大军将领费扬古，让他们在路上截击。
噶尔丹带领军队跑了五天五夜，来到昭莫多(今蒙古人民共和国的乌兰巴托东南部)，碰巧遭遇了费扬古的大军。
费扬古在茂密的树林里埋伏，然后派先锋把叛军引入预先埋伏的地方。
叛军一到，立马前后夹击。
过了一段时间，叛军死的死，降的降，噶尔丹仅带了几十名骑兵逃走了。
至此，清军大获全胜。
昭莫多战役之后，噶尔丹在塔米尔河流域流窜。
为了彻底消灭噶尔丹的势力，康熙采取了收服降众、切断噶尔丹外援的策略，彻底孤立了噶尔丹。
噶尔丹的侄子策妄阿拉布坦，后来也派遣使者入朝面圣，接受了清朝的册封。
这时的噶尔丹已经处于四面楚歌的境地，但他仍然固执不化，不肯接受清廷的招抚。
1697年2月6日，康熙第三次御驾亲征，讨伐嘎尔丹。
出了京城之后，经过山西大同、陕北府谷、神木、榆林等地。
3月26日，康熙大军抵达宁夏。
就在这个时候，噶尔丹的原来基地伊犁，已被侄子阿拉布坦占领。
他的亲信听说清军来到，纷纷举旗投降，并且愿意做清军的向导。
走投无路的噶尔丹，只好服毒自杀。
5月16日，康熙皇帝胜利班师回朝。
从那以后，大清王朝重新控制了阿尔泰山以东的漠北蒙古，并授予当地蒙古贵族称号和官职。
接着又在乌里雅苏台设立将军，统辖整个漠北蒙古。
1720年，康熙派军队前往西藏，帮助西藏人民赶走准噶尔部首领阿拉布坦。
1727年，雍正设立了驻藏大臣，代表中央政府与达赖、班禅一起管理西藏的地方事务。
大清王朝统一了漠北，巩固了西北边境，从而维护了领土的完整性。
在平定叛乱的过程中，康熙大帝御驾亲征，其军事才能得到了充分的体现。
