日军迫于明军的压力和上级的命令，开始从忠清道南撤，王京转危为安，此时明军也放开了胆子开始南下追击。明军提督麻贵派遣彭友德、柴登科、摆赛等人率军追击右军总大将毛利秀元，将其击破。
九月十六日，朝鲜接待都监报告：“摆、柴两游击，追击斩贼十八级，方乘胜追击云。”九月十八日，接待都監啓曰: "当日彭、摆、柴三将先回，而追贼至荆江，接战连捷。柴游击 军得十四级，摆游击手斩四级、军丁获三十六级，彭中军军丁得三 十六级，提督内家丁斩三十五级，及他将军丁，亦有所获，合诸营 一百五十五级。
也就是说，明军诸将追击毛利秀元至锦江等地，连战连捷，总计斩首一百五十余级，军声渐振。
日军诸将虽然开始撤离，但是一路上仍然不忘了作恶，似乎三光政策和屠杀百姓对日军来说纯粹就是传统一样，所过之处血流成河，尸横遍野，连小孩子都没放过。
加藤清正在南撤途中也遭到了明军追击，被斩首百余级，加藤军一路南撤，击溃沿途朝鲜军，俘虏了不少朝鲜人。
受到明军反击的鼓舞，朝鲜人也开始袭击日军各部，从九月到十一月，朝鲜人在各地和日军交战，总计斩首数百级。
九月二十四日，宁国胤部明军在清州擒获了毛利秀元部下一名掉队的日军士兵，把他押回了明军大营，由明军提督麻贵亲自审讯，这厮招供：“当初关白分付诸将：“尽杀朝鲜男女，鸡犬不 遗，然后再听分付云。”故攻陷南原时，倭子战死者百余人。将欲 进犯王京，到稷山地，为天兵所杀死五百余名，千把总死者二十余 人。以是清正令负红旗人传令，使之撤还。关白亦传令曰：“若已 抢全罗、忠清二道，急急撤兵，十月初二日上船，二十日内，当到 日本，而违则当斩云。”故各营将领，恐其违期，仓皇退回云云。”
按照这个日军俘虏的说法，日军在南原之战中被明军杀死100多人（个人比较怀疑这个数据，但是日军没有史料说自己具体损失）， 在稷山之战中又被明军杀死500多人，加藤清正见部队受损严重，于是下令撤军。但是他毕竟只是个底层的士兵，知道的情报不多，而且有些错误，他说因为日军在南 原之战、稷山之战中死伤惨重，加藤清正才传达退兵命令。加藤清正虽然隶属日军右军，但是右军总大将是毛利秀元而不是加藤清正。加藤清正和黑田长政是平级的，自然无权下达撤退命令给黑田长政更不用说是给上级毛利秀元了。更何况丰臣秀吉也没命令他们直接撤回日本。
麻贵当然不信他说的：“岂有此理？尔言甚谎！”
这个日本兵回答：“小的既然被抓到这，命运掌握在你们手里，肯定不会骗你，望大人明察，如果我说的不对，甘伏重刑。”已经到了这个局面，这个日本兵肯定没必要骗麻贵了，虽然知道的不多，但是为了活命也只能硬着头皮赌一把。
当天，审讯过后，这个日本兵就没有用处了。
明军经理杨镐和朝鲜人正在举办酒宴，联军官兵在周边列阵。
宴会上，杨镐来了兴致：“把那个鬼子俘虏押进来。”
两个明军士兵把那个五花大绑的日本兵拖进来，捆到了一根柱子上，杨镐拿起弓箭对准了他，命令一旁的降倭：“问他怕不怕。”
“我不怕。”被绑在柱子上的日本兵嘴还挺硬。
杨镐连续两箭射去，都没射中要害，他不是射不准，而是故意要折磨这个杀人如麻的鬼子兵，一旁的明军和朝鲜人也用弓箭把他当成活靶子射，射了五六箭，这个日本兵才断了气。杨镐走上前去，拔下来一根箭放在鼻子前闻了闻：“不腥。”随后继续乱射一气，一直射到黄昏，这个鬼子已经如同刺猬，身上插满了箭簇。杨镐这才停下，拔剑砍下了日本兵的头颅，在场的诸将也乱砍乱斫，将其分尸剁烂。
”此倭杀朝鲜人甚多，我十分地怒他，如何？“杨镐一脸正气，朝鲜人也是感激不尽。事后参与虐杀鬼子的一个明军军官也提到：”这个王八蛋当初虐杀无辜百姓的时候，就应该想到有一天会被老子杀死。“
这段，不是我自己的意淫，而是朝鲜王朝实录的记载，那个没有日内瓦公约的年代，我们祖宗对于侵略者俘虏绝不客气，优待？畜生配优待吗？实际上，大明帝国这么多年，无论对付倭寇也好，曾经的葡萄牙人殖民者也好，包括后来的荷兰殖民军，都有不少战犯的头颅被挂在大明城墙上示众了。
与此同时，加藤清正从尚州南撤，朝鲜忠清兵使李时言等人率军追击，在达美县袭击还没及时撤退的加藤军后队，负责殿后的日军指挥官是加藤清正的家臣福田勘介，他亲自骑马督战，李时言麾下降倭一阵乱射，将其射下马后生擒。
经过审讯，福田勘介招供：他的父亲是织田信长部下的将帅，丰臣秀吉上位后，父亲被杀，于是投靠了加藤清正，部下有一百余人（相当于二战日军的一个中队）。据他招供，南原当初是预定左右两军一起围攻，结果左军不等右军就自己攻城，随后又供出了日军各部兵力，以及丰臣秀吉下令不进攻王京，退回南方沿海，他此次发动战争，下令把朝鲜男女老少不能走路的都杀光，能走的掳走，抓回日本代替农民耕地，让农民参军投入战争，奴役投降的朝鲜人，杀死抵抗者，蚕食朝鲜土地，而稷山之战，黑田长政部损失惨重，黑田以此为耻，不敢说出实情。
最后，为了活命，福田勘介称愿意投降，和降倭一样为明，朝联军效力。
福田勘介在加藤麾下地位不低，对于要不要留下他，朝鲜人议论纷纷，事情上报给明军经理杨镐，杨镐并不想留着用他，下达了对他的处决令，福田勘介最终被斩首示众。
