宋应昌试图以光海君为核心打造朝鲜的方案被李昖得知后，李昖强烈抵制，对此丝毫不要脸地声称：自己忧国忧民，几个月没吃饭，全身都是病，万病俱作，随后诈称反正自己反正很早就不想活了，不如趁机把王位让给儿子光海君，自己赶紧去死。以退为进，对抗宋应昌，光海君见此也只能推脱说不能上位。朝鲜大臣反复揣摩国王的意思，于是一起当起了“戏精”，各种拖延，光海君难以南下一线。
这个时候，宋应昌也没闲着，各种搜集日本情报，大明帝国也派去了不少锦衣卫特务潜入日本境内探查情报，甚至一度查到了丰臣秀吉个人资料及他的住址等等。
论情报战，中国人是他祖宗。
宋应昌评估了在朝三国的态势后，权衡利弊，认为和谈封贡是结束战争的唯一手段。李昖因为宋应昌要架空他另立中央，对宋应昌十分抵触，态度急转直下，甚至诋毁辱骂宋应昌为奸诈小人。朝鲜的无能迫使宋应昌推进明，日封贡。明廷也派出沈惟敬前往釜山索要日本的降表。
1593年十二月，日方再次递交了降表，大概意思是:日方有意给大明称臣，让朝鲜转达给明朝，然而朝鲜拒绝汇报，日本不得不对朝鲜宣战，朝鲜人又传递了假消息，导致中日之间爆发了冲突，实际上日本不敢和明军作战。沈惟敬来和谈时，日方遵守约定没有越界，反而朝鲜人一直在击杀日军，不得归国，尽管如此，日方仍然遵守约定退兵归还土地和朝鲜王子，现在派使者前来，希望大明册封丰臣秀吉，允许重开勘合贸易。
总之，日本在各种推卸战争责任，请求封贡。宋应昌上报“封贡并许”在朝廷引来了非议，明廷决定先册封，观察效果后再决定是否朝贡。宋应昌去职后由顾养谦主持朝鲜军务。顾养谦和宋应昌的观点是一样的，“封贡并许”，同样也招来了非议，万历皇帝甚至打算“封贡并罢”，大臣们又觉得不妥，最终以“朝鲜国王为倭夷请封以保社稷”告一段落。
为什么明廷要这么对待日本呢？很简单，嘉靖大倭乱的记忆深刻的刻在了当时中国人的脑海里，日本统一之前，西部日本尤其是九州岛及周边岛屿的日本诸侯领主（尤其平户的松浦家，萨摩的岛津家以及同样是九州岛的大友家都是倭寇重点发源地）纵容自己的家臣武士浪人和投靠日本的中国海盗以及同样支持他们的，在中国沿海连续被明军击败重创的西葡殖民者联手劫掠朝鲜和中国沿海地区，因为当时大明不注重海防，倭寇海盗从海面上趁虚而入烧杀抢掠，尽管朱纨，戚继光，胡宗宪，刘显（刘綎的父亲）等人成功平定了倭寇海盗。但是嘉靖大倭乱也给大明造成了一定的损失，深受刺激的中国人从此遇上日本船只甚至船上只要有日本人，无论是真正做贸易的商人还是疑似海盗的，一律宁可错杀不肯放过，明廷上下只管杀不管问。不仅如此，大明帝国不愿和日本贸易，作为东亚东南亚的宗主国也不允许其他国家和日本贸易，对日本实施技术封锁，只有在东南亚殖民的西班牙葡萄牙进口货物高价卖给日本，日本被大明宗主国体系下的所有国家集体敌视。实际上，丰臣秀吉发动战争也有这个原因，他想打破中国为中心的体系下亚洲对日本的敌视和封锁，顺便替代朝鲜在朝贡圈里的地位（朝鲜在明朝眼里是诸夷之首，优待最多）。至于号称要灭了大明，那纯粹是放嘴炮。纵观整个战争过程，丰臣秀吉实际上面对大明的态度相当卑微，根本不敢彻底激怒中国。同样，朝鲜人像疯狗一样上蹿下跳不希望和谈要出兵杀光日军，也有这个原因，自己的地位被看不起的日本代替，朝鲜绝对不能接受。
1594年十二月二十日，兵部尚书石星，内阁大学士赵志皋等人召见内藤如安，以问答的形式笔谈。内藤如安最终和大明定下了了三件事的约定：日军撤军；只封不贡；不能再次侵犯朝鲜。实际上，内藤如安也是按照小西行长和丰臣秀吉的指示回答问题。
明廷提出的条件是只封不贡，在战场上败给明军的丰臣秀吉也只能被迫接受，尽管如此他仍然试图在大明为中心的宗藩体系下处于高位，压朝鲜一头，希望和大明通商贸易。明廷确定册封丰臣秀吉后，沈惟敬再次出发，在1595年四月下旬到达釜山，向小西行长宣读万历皇帝的敕谕，小西立刻向丰臣汇报，五月二十日，丰臣秀吉提出遵守和大明的约定的同时要求朝鲜派一个王子去日本当人质并且重新开放中日贸易。对于大明对日本在朝鲜沿海筑城的质疑，丰臣秀吉表示明使和朝鲜王子抵达后，日方会拆毁城池表达诚意。
实际上，丰臣秀吉此时已经没有太多奢求，朝鲜人拒绝王子去当人质后，日方仍然拆了倭城表示诚意。大明兵部要求册封日本后日本也要派出使节团前往北京谢恩，实际上是默许日本以谢恩的名义入贡，明廷告知日本重开贸易的事不能着急，谢恩之后顺势请求贸易，先封再贡，也便于安抚内部对日的强硬派。
1594年十二月三十日，万历皇帝册封丰臣秀吉为日本国王，下令制作他的冠服金印，命李宗诚作为册封日本的正使，杨方亨为副使。于第二年正月三十日出发，四月二十八日抵达王京。六月，丰臣秀吉下达了拆毁倭城撤军的命令表示诚意。明使在十一月到达釜山。此时日军已经撤离大半。
