日军对朝鲜作战的同时，派使节进行名义上的“称臣纳贡”，当然，还是让小西行长作为主导，派家臣内藤如安（明方译为小西飞）作为使者前往北京朝见万历皇帝。宋应昌得知此事后把火药运到尚州给刘綎备用，同时命令沈惟敬和内藤如安向晋州日军下达退兵命令，因为高丽棒子对大明的各种骚操作和挑衅，宋应昌放弃了对日强硬，正式上奏朝廷，询问明，日是否可以用封贡日本的方式结束战争。
内藤如安在六月二十日从釜山出发，宋应昌则是在七月二十二日正式汇报，丰臣秀吉在战，和方面两手准备，军事试探的同时，也准备20余抬贡品，使节团30人，在和谈方面给足了诚意。尽管如此，宋应昌在给石星的书信中仍然认为日方许贡是骗局。但是，和谈封贡已经是最好的方式了，宋应昌拖了一个月才把贡品登记造册，向朝廷汇报。宋应昌对日方提出了要求：立即撤军；三年之内不许进犯中国，朝鲜；归还使节和朝鲜王子；即使大明允许日本封贡也要观察三年才可以执行。
在此期间，一些日军因为战败，饥 渴或者压力过大等等因素，纷纷自发向明军投降，仅有记录的就有150余人。然而，也不是所有日军都是真心实意的投降，刘綎有一次就接受了4个前来投降的日本兵，领头的日军突然拔刀企图刺杀，结果被刘綎当场反杀，大怒之下，刘綎下令把其余3个有刺客嫌疑的日军降兵一起斩首示众。尽管如此，作为“集邮爱好者”，当时明朝将领普遍都有自己的家丁团队，蒙古女真倭奴等蛮夷家丁更是不少，刘綎经过这件事后仍然没有拒绝接纳日本降兵作为家丁。李如松审问投降的日军，降倭称丰臣秀吉准备增兵6万人再战，他的谈判条件是把朝鲜分割为两部分，四道给明朝，四道属于日本，日军才会退兵，即使封贡成功也要报复全罗道，而且日军也在缺粮，正在用船只运输补给。
日军试图一边打一边谈，想在达成谈判前事实占领土地。因此，李如松对内藤如安特意安排了盛大的外交军事表演，沿途集结大军恐吓内藤，在谈判场地安排火炮实弹射击，随后对着内藤破口大骂，怒斥日方违约，同时诈称明军15五抵达庆尚道前线，自己领兵5万准备南下荡平日军。内藤不恐惧是瞎话，对此不得不答应向丰臣秀吉转达李如松要求日本无条件退兵的指令，解释进攻全罗道只是为了报复第一次晋州之战战败，不敢违背和大明的约定。李如松警告内藤：日本要是不尽快退兵，大明就出兵百万消灭日本。最后，李如松命令沈惟敬和内藤各自派出一名下属前往釜山宣谕日军滚回国，放还朝鲜王子大臣。
丰臣秀吉命令加藤清正把俘虏的朝鲜王子移交给隶属于小西行长第一军团的宗义智。这也意味着外交方面都交给了小西，实际上外交举措本来就是丰臣秀吉本人做出，交给小西传达给大明，自己在幕后，在外交上获取缓冲时间。在明军军事恐吓下，自知无力对抗大明的丰臣秀吉为了讨好大明，这才下令释放王子大臣。
七月十五日，明使谢用梓，徐一贯回到朝鲜，一周后日本释放朝鲜王子一行人，明使带着王子一行人于二十八日抵达大邱，在前往王京的道路上朝鲜官员懈怠以对，无人迎接护送，供应的饮食也不足，也没有人向李昖汇报行程，抵达王京的谢用梓，徐一贯拜见李如松，朝鲜王子却找借口不愿拜见，李如松仅穿私服相见，朝鲜王子不肯去，对于朝鲜散漫的态度，谢用梓，徐一贯表示不满。
朝鲜人借第二次晋州之战反对明军撤军，宋应昌打算在日本撤兵后帮朝鲜训练军队，晋州之战后，宋应昌为了防备日军再次北上，计划留兵3万，后来改为2万，但是每年要用的军费有100万两白银，朝鲜认为本国无法承担，不愿意明军过多留驻，借口日本在沿海筑城必然再次北上，反对明军退兵，要求明廷运粮支援。
朝鲜官员因为明军驻军负担过重，捏造了日军进攻庆州的消息，驻扎在大邱等地的刘綎部明军粮草几乎殆尽，连盐和酱料都几乎看不到。宋应昌在防备随时可能北上进攻的日军，朝鲜消极配合，明军只能独立完成朝鲜边防工事，大邱军粮断绝后刘綎把朝鲜的所作所为报告给了宋应昌。朝鲜反复请求明朝出兵，又不愿意本国出人力，宋应昌多次劝告，李昖置若罔闻，沉迷享乐的同时故作哀怜，妥妥的戏精一个，宋应昌向国内汇报表示自己无计可施。
李昖的昏庸无能，朝鲜官场的昏暗以及恶意满满，这几乎把宋应昌快逼疯了，无奈之下，宋应昌打算架空李昖，把朝鲜军政大权交给王子光海君李珲。
