晋州号称朝鲜第一名城，原本位于南江江湾一处石质高地上，后来在此基础上修建了外城，在城墙上还加筑了三座炮楼，此外还增添了设计平台，提升了防御力，但是，朝鲜城墙普遍低矮和地基不稳固这些毛病仍然没有改变。
早在1592年十月五日，日军大名长谷川秀一等人率军一万余围攻过晋州，但是战斗失利，朝鲜军虽然击退了日军进攻，但是也暴露出了很多问题，晋州附近有很多制造攻城器械的竹木一直没能扫除，攻城部队可以就地取材，还有就是朝鲜最普遍的城墙低矮，此外，朝鲜人缺乏中大型火炮，火力没有优势。
第一次晋州之战中，守将金时敏负伤修养，金诚一趁机派手下亲信徐礼元接管了防务，然而金诚一任人唯亲，晋州城防务反而还不如以前。
再看日军这边，已经是磨刀霍霍准备复仇，与李舜臣以多欺少而且还是袭击后勤部队打完就跑的海上游击战，还有借明军余威的幸州山城之战不一样，第一次晋州之战是朝鲜人第一次独立在大型会战中击败优势兵力的日军，虽然只是防御战，但是比起其他同行也甩了对方不知道多少条街。对于日军来说这是不能接受的，对于计划占领全罗道和庆尚道的日军来说，拔除晋州，消灭朝鲜人抵抗意志是必然的。日军打算再次试探在远离大明边境的情况下单独对朝鲜作战，明军是否会继续支援。
1593年五月一日，丰臣秀吉把之前在平壤之战中没有救援小西行长的大友义统撤职，迫使他出家做僧人，封地也被没收。二十日，丰臣秀吉下令派使节和明军和谈，同时下令日军再次围攻晋州。这次，在朝日军主力几乎全部出兵，为了拿下小小一座晋州城，就计划动用九万余人攻城。然而为了防止激怒正在和谈的明朝，小西行长向沈惟敬提前通报了围攻晋州的计划，并且告知这是为了报复第一次晋州之战失败以及朝鲜人在和谈期间多次杀死了日军后勤辅兵，建议明军通知朝鲜人退出晋州。沈惟敬向朝鲜人透露之后，朝鲜人不愿意执行，之前权栗在明军南下时滞留在后，明军因为朝鲜人不配合又回到王京，反应迟钝的朝鲜人这才慢慢集结。
六月十四日，倡义使金千镒领300士兵，率先驰入晋州城，与晋州 牧使徐礼元相会。此时，巨济县令金俊民、金海府使李宗仁已经在城中，与徐礼元商议守备。 六月十五日，各地官兵、义兵将领相继进入晋州城。其中，忠清兵 使黄进领兵700人，庆尚兵使崔庆会领兵500人，义兵复仇将高从厚领兵 400人、副将张润领兵300人，义兵将李继琏领兵100余人、李潜领兵300 人、闵汝云领兵200人。此外，全罗道兵使宣居怡、永川郡守洪季男、 助防将李继郑，以及姜希悦、高得赉、姜希辅、吴宽熊等人，也都各自带兵来援。
六月十六日，新任都元帅权栗传令全罗道兵使、将领入援晋州。同日，日军按照丰臣秀吉的部署，出动9万余人马向晋州进军。其中，锅岛直茂、黑田长政、加藤清正等人为第一队，小西行 长、伊达政宗、黑田孝高等人为第二队；宇喜多秀家、石田三成、大谷吉继等人为第三队，毛利辉元、小早川隆景、立花宗茂等人为第四队。 日军大张旗鼓地由庆尚道金海、昌原出发，水、陆并进，在这一天进犯了晋州的前哨站咸安，日军先锋在附近开枪，朝鲜人听到枪声后迅速奔溃，途中互相践踏及淹死者甚多。李薲见日军势大，认为晋州孤军难以防守，要求义军入城，义军将领郭再祐也认为晋州城守不住，宁可作为外援也不入城，无奈之下李薲只能命令郭再祐把守鼎岩津。
十九日，权栗下令全罗道各路援军撤离晋州，城中大乱，士兵逃散，金千镒等人安抚后，城内朝鲜军只有3000余人。权栗的命令及后续的动态是听了沈惟敬的建议，退兵和明军合兵，保存有生力量。
得知消息的明军对日军发出外交警告，同时视图集中兵力准备再次南下，然而宋应昌询问朝鲜人晋州等地的地理信息时朝鲜人才知道日军打算进攻晋州的消息，明军兵力仍然不足，朝鲜人仍然没有提前预备军粮，李如松因为缺粮退兵后，朝鲜人调拨的军粮只有4000石，对于在朝三万多明军来说根本不够用。这也导致日军进攻晋州城时，明军难以短时间内集结足够的兵力支援。晋州朝军只有3000余人，加上普通百姓也不过3万余，这也导致第二次晋州之战已经注定是一场毫无胜算的战斗。
