六月十一日，李昖放弃了平壤城， 向北方的宁边逃窜而去。李昖离开之前，留下都元帅金命元、左议政尹斗寿、吏曹判书李元翼守平壤城，柳成龙也留下了。当天，日军开始攻城。城内朝鲜军只有三四千人，过于松散，他们不得不把衣服挂在松树间作为疑兵。
卯时，数百骑马武士驻屯江边，柳成龙叫来了留在平壤的两个大明军官前来查看。此时日军人数还不多，在东岸列阵，其中十几个骑兵驰入江中，水没马腹，威胁着即将渡江，与此同时挥舞着各种冷兵器，用大铁炮射击平壤，明军将领观看了日军营地，人和火器都不多，一脸轻松地告诉柳成龙：”鬼子要是只是这样的人员和兵器，等到明军过来，可以一鼓作气荡平。“
朝军将领用片箭射击，箭簇越过了大同江，日军见状纷纷后退，金命元发现日军人数不多，召集擅长射箭的将领乘船在江中射击，朝军发射将军箭，日军大呼而散，巨箭落在地上后，日军又上前围观这个一人多高的箭簇。
此时已经很久没有下雨了，水位有所降低，柳成龙担心平壤守不住，也向宁边逃窜。
六月十四日，金命元亲自登城，发现日军没有渡江，也没有在江岸设防，认为可以发动夜袭，于是挑选精兵240余人，令平安道宁远郡守高彦伯等人统兵，在十五日夜晚乘小船渡江。见日军还在营帐中没有起身，这股朝军精锐便迅速突击日军第一军团 宗义智的阵营，杀死了数百日军，宗义智的前队将领杉村右吉郎智清、竹冈节右卫门二人， 立刻指挥他们的军队抵抗朝鲜军，结果不敌，杉村右吉郎智清当场殒 命，宗义智亲自与朝鲜人格斗，但是朝鲜军兵力实在太少，面对宗义智数千日军，很快处于下风，小西行长，黑田长政率军救援，导致朝军腹背受敌，只能退到江边，尽管如此，日军仍然付出了不小的损失。除了宗义智部将杉村智清战死以外，从士中村平次，平山将鉴，阿比留平右卫门全部阵亡，黑田长政的堂弟也中箭负了重伤，不治身亡，黑田长政本人也被朝鲜军官李王理射穿手肘，最终，日军凭借兵力优势压制了突袭的朝鲜军，李王理被逼进大同江中淹死，李宣，任景旭阵亡，30余人溺死在江中，船上的士兵孔秀始终血战，斩杀了数十日军，直到剑折断，日军见状冲上去企图将其生擒，宁死不屈的孔秀徒手冲上去抓着两个鬼子一起投江同归于尽，见者壮之。朝军伤亡了五六十人后，从浅滩撤退，这下，日军也知道了浅滩通道。朝鲜人这次本来可以堪称英勇的夜袭，却因为误判，最终成了无谋之举。
第二天傍晚，日军通过浅滩渡过了大同江，朝鲜守军连一支箭都不放就全部逃散。日军渡江后，怀疑平壤城有备，也不敢贸然动手，只是逡巡不前。但平壤城中的 金命元、尹斗寿等人早已经吓得丧失斗志，他们连夜弃守平壤，开城门 而逃。为了不让日军得到城内的人口和武器，他们把城内的朝鲜市民全 部驱赶出城，又将军器、炮火沉入平壤城风月楼的小池当中。尹斗寿从普通门逃出，前往顺安，其他人也纷纷逃出城外。
第三天，日军抵达城外，占领了制高点牡丹峰，观望城内很久以后，确定无人才打开城门入城，朝军遗弃的军粮也落到了日军手里。至此，平壤也宣告失守，朝鲜三都（平壤，开城，王京）全部沦陷。朝鲜，几乎是真的亡国了。
