1260年，元世祖忽必烈首次派官员入藏身，清查户口，设立驿站。
1265年，又派八思巴及其弟弟恰那多吉返回西藏，安排设立卫藏地区各级行政机构，筹备划分13万户。
1268年，元朝两位主管官员阿衮、米林入藏，由萨迦本钦释迦桑布协助。
他们进行第二次在西藏清查户口，确定各地的赋役负担，并在此基础上划分了13万户。
根据元朝的规定，夫妻、子女和仆人共6人，拥有6根柱子的房屋、一定数量的牲畜和田地家庭，为一个“小户”，100个这样的小户组成千户，十个千户为万户。
依据卫藏族当地僧侣、封建主人的实力，元朝将势力强大划分为13个万户。
关于13个万户的名称和地理位置，各种历史资料略有不同。
一般认为有以下13个：
卫地区(今西藏以拉萨为中心的地区)，有6个：
一：雅桑万户。
二：帕竹万户(均在今天的乃东县)。
三：达垅万户(今林周县)。
四：蔡巴万户(今拉萨东郊)。
五：止贡万户。
六：嘉玛万户(均在今天的墨竹工卡县)。
藏地正(今西藏以日喀则为中心的地区)，有6个：
一：拉堆绛万户(今昂仁县)。
二：拉堆洛万户(今定日县)。
三：萨迦万户(今萨迦县)。
四：香万户(今南木林县)。
五：曲弥万户。
六：夏鲁万户(今日喀则市)。
还有一个卫藏地区之间：羊卓万户(今浪卡子县)。
以上述说，就是卫藏著名的13个万户。
每万户实际所辖户数不足1万户，少则只有750户(羊卓万户)，多则不足6000户(嘉玛万户)。
每万户设立万户长一人，由帝师或宣政院从当地僧俗势力领袖中选出，经皇帝任命后，允许世袭。
元朝初年，通过加强对卫藏的治理，追求提高西藏佛教萨迦派领袖人物的政策。
萨迦万户的第一任万户长萨迦本钦释迦桑布，被授予统领其他12个万户的权力，实际上就是十三万户之首。
划分13万户后不久，在元朝皇室的支持下，他征集了13万户人力，修建了萨迦南寺。
卫藏各地封建势力之间，没有高低尊卑之分，各自管理自己的庄园属民，互不统属。
依仗元朝的支持，萨迦万户侵犯了其他万户的利益，常常引起他们的不满和抵制。
矛盾加剧的时候，双方毫不犹豫地兵戎相见，大打出手。
1290年，止贡万户公开反对萨迦。
当时，萨迦本钦旺琏引领元军入藏，共同进攻止贡万户，放火烧毁止贡梯寺大殿，杀死了1万多名止贡僧侣，止贡万户的属地大多也被萨迦占领。
元朝后期，帕竹万户势力开始崛起，萨迦万户势力日益衰落。
1338年，绛曲坚赞继任帕竹万户长，不久就与邻近的雅桑万户发生了争执。
在萨迦本钦的支持下，雅桑万户和蔡巴万户一度挫败了帕竹万户的势力，萨迦本钦·甲瓦桑布甚至逮捕并关押了绛曲坚赞。
后来绛曲坚赞逃出生天，重组帕竹实力，公开反抗萨迦本钦。
1344年，帕竹万户攻占了萨迦万户的属地—贡噶宗。
1348年，帕竹万户消灭了强大的蔡巴万户。
1350年，帕竹万户又灭了止贡万户，尽取其地，接着独占卫地，与萨迦万户对峙。
1354年前后，帕竹万户一举攻占了萨迦万户，统一了卫藏大部分地区。
至此，萨迦的地方政权从此崩溃。
与此同时，帕竹万户派使臣到元大都进贡。
元顺帝承认了既成事实，随后将帕竹首领绛曲坚赞授予“大司徒”，并给予世代执掌西藏地方政权的诏书和印信。
就这样，帕竹万户彻底取代了萨迦万户，成为卫藏大部分地区的统治者。
13万户是元朝在卫藏划分的基层行政单位，由元朝在西藏设立的乌思藏纳黑速、鲁孙、帕竹，三路宣慰使司都元帅府管辖。
划分13万户，是元朝中央政府在西藏执政的重大措施之一。
明朝建立后，沿袭元制，仍保留万户府的建制。
从那时起，原本分散割据的地方首领，变成了隶属于中央封建王朝的任命官员。
他们对所辖地区的土地和农奴的统治权，已经成为最高封建主赋予的实际控制权。
一方面，他们的封建权力受到限制。
另一方面，由于强大的中央政权的合法授予，他们得到了相对稳定的保障。
因此，元封十三万户，使西藏封建农奴制在政治基础上，得以确立。
使其获得了继续发展的有利条件。
