1252年7月，蒙哥即位后，任命二弟忽必烈总管漠南汉地军国的政事。
忽必烈南下驻扎在爪忽都之地，建藩府位于金莲川(今内蒙古正蓝旗闪电河)，常驻于桓(今内蒙古正蓝旗北)、抚(今内蒙古兴和县)二州之间。
他先后招纳了一批汉族人士任用，如：刘秉忠、姚枢、许衡、郝经等人，并通过这些人的引荐，吸引了更多的中原士人。
他们用儒家思想和历代有效的治国方式，谏言忽必烈，促使忽必烈采取他们的策略，用汉法治理中原。
1252年正月，谋士姚枢建议改变过去春去秋来、夺城后烧杀掠夺的作战方式。
采取以守为主、亦战亦耕、广积粮储、充实边备的灭宋方针。
忽必烈采纳了这一系列建议，首先对邢州(今河北邢台)进行了整治。
此时，邢州在两个答刺军的统治下，民户由一万多户锐减为五七百户。
忽必烈任命汉人张耕为邢州安抚使、刘肃为邢州商榷使。
他们到了邢州之后，除去弊政，革去贪暴，召抚流亡，仅仅几个月，邢州大治，户口就增加了几十倍。
因此，忽必烈请设经略司于汴(今河南开封)，以汉人史天泽、杨维中、赵壁等为经略使，对河南军政进行整顿。
史天泽等人到达河南之后，打击暴虐贪淫的地方军阀，处决横暴的州官，兴利除害，深得民心。
他们还在唐(今河南唐河县)、邓(今河南邓州市)屯田。
在邓州设立屯田万户，西起邓州，东连陈州(今河南淮阳)、亳州(今安徽亳县)、清口(今江苏淮阴西)等地。
屯田的军民，敌至则战，敌走则耕。
不久，河南便得以大治。
1253年，蒙哥将关中地区封赏给忽必烈。
第二年，忽必烈在京兆(今陕西西安)立宣抚司，以孛兰和儒臣杨惟中为宣抚使，并将田于凤翔(今陕西凤翔)。
还奏请河东解州盐池的收入用于军食，人们用盐换粮，支持四川前线。
忽必烈一行人，改革弊政，努力恢复农业生产，减免关中常赋一半。
此外，整顿官治，处死害民的贵族，进一步严格了军纪，使其关中情况大大改变。
忽必烈还任命许衡为京兆提学，在关中设立学院，释放俘虏的儒家人士，并将其纳入儒籍（学者户籍)。
又立京兆交钞提举司，所发纸币，以佐经用。
使其关陇地区的社会经济，得以恢复。
忽必烈的上述措施，得到了汉族地主和儒生的广泛支持，并巩固了自己的统治地位。
他还学会了统治汉地的方法。
1256年春，忽必烈命刘秉忠在桓州东北、滦河北岸的龙冈(今内蒙古多伦西北)，建造宫殿和房屋。
三年后建成。
声称开平府(今内蒙古锡林郭勒盟正蓝旗东50里)，作为藩王府的常驻地。
开平府聚集了忽必烈的一批重要谋士，成为他治理汉朝的政治中心。
汉代社会经济的恢复，也为日后元朝的建立奠定了基础。
忽必烈采用汉法治理中原，取得了显著成效，改变了过去百姓逃亡、农田荒芜、典章不立的混乱局面，但却引起了蒙古统治集团部分贵族的不满。
蒙古贵族试图用旧的统治方式，来统治中原汉地。
于是，有人向蒙哥大汗告状说，忽必烈这小子在中原收买人心，财富尽入王府，怕枝大于本，不利朝廷等，引起了蒙哥的猜忌。
1257年春，蒙哥派亲信阿兰答儿到关中负责政务，并在关中设立钩考局，核实关中、河南等地的钱谷事。
阿兰答儿从忽必烈任命的经略和宣抚司官员中，罗织有140多项罪行，试图通过罢免忽必烈任用的官员，来打压他的势力。
见到这么多罪行，蒙哥下令解除忽必烈在汉地的军权。
忽必烈忧心忡忡，谋士姚枢提出计策说：“只有把王府诸妃送到和林，表示准备长期居住和林，才能缓解蒙哥的怀疑。”
忽必烈接受了这个建议，在这一年的冬天，他亲自把所有的家人都送到了和林，并独自朝见蒙哥，以消除蒙哥对他的猜忌。
蒙哥决定不追究忽必烈，同时停止了对关中、河南的钩考。
但忽必烈设置的行部、安抚、经略、宣抚、都藩诸司，全部被罢免。
忽必烈调回了自己派出的官员。
后来，蒙哥讨伐南宋的时候，仍以忽必烈患有足疾为名，让他在家养病，不给统领兵权。
直到1258年10月，蒙哥这才让忽必烈统领东路军，攻打南宋。
忽必烈以谦卑和容忍的姿态，保全了自己，避免了一场灭顶之灾。
