红一方面军东路军攻克漳州后，在漳州一带发动群众，动员近千群众参加红军；还调拨几百支枪给闽南游击队，编成中国工农红军闽南独立第三团。这次筹集款项一百多万元，不仅为第四次反“围剿”作了经费上的准备，而且派专人送美钞十多万给临时中央，解决了中央经费的燃眉之急。
正当毛咏芝率东路军攻克漳州、节节胜利的时候，苏区中央局将中共临时中央四月十四日《中央为反对帝国主义进攻苏联瓜分中国给各苏区党部的信》电告正在前线的中央局委员毛咏芝。这封信重申“日本占领满洲是帝国主义新的瓜分中国的开始，是进攻苏联的具体的危险的步骤”，“反苏联战争的危险是箭在弦上”。
信中说：国民党政府“正在积极的向着中国苏维埃与红军作全线的新的总进攻”。信提出党的任务是：“扩大苏区，消灭国民党的武力，是给帝国主义的直接打击，是与帝国主义决战的准备，是民族革命战争胜利的先决条件，是真正的拥护苏联的革命争斗。”信最后说：“右倾机会主义的危险是各个苏区党目前的主要危险。”
毛咏芝接到来电后，坚定地认为：临时中央对形势的分析、党的任务的规定和对党内主要危险的判断，同实际情况完全不符。他在五月三日复电苏区中央局：
“电悉。中央的政治估量和军事战略，完全是错误的。第一，三次战争和日本出兵之后的中国统治势力，特别是蒋系，已经受到很大的打击，对于我们只能取守势防御的攻击，至于粤军亦是防御攻击性质。第二，在三次战争以后，我们的军事战略，大规划上决不应再采取防御式的内线作战战略，相反要采取进攻的外线作战战略。
在现时的敌我形势下，在我军的给养条件下，均必须跳出敌人的圆围之外，采取进攻的外线作战，才能达到目的。此次东西两路军的行动完全是正确的。东路军深入漳州，决不是主要为着筹款，西路军的分出也没有破坏集中的原则。我们已跳出敌人的圆围之外，突破了敌人的东西两面，因而其南北两面也就受到我们极大威胁，不得不转移其向中区的目标，向着我东西两路军行动。”
可是，改组后苏区新中央局只听上面的话，不考虑实际情况。在讨论了临时中央指示和中央局委员毛咏芝批评中央指示信的复电后，五月十一日，在长汀作出执行陈绍禹指示的决议。决议说：
“目前事变的发展，更加证明了国际与中央分析的完全正确与中央局估量的绝对错误。”承认中央局“自去年三次战争胜利以来对于目前政治形势的估量，犯了极严重的一贯的右倾机会主义错误”，“对积极向敌人进攻，迅速的夺取中心城市与实现一省数省首先胜利，便发生很大的迟疑和等待”，“这种保守倾向便更加助长了农民中落后意识与保守观念的发展”。
决议最后提出，“真正的开展两条战线上的斗争，这首先就须彻底纠正中央局过去的右倾机会主义错误。”
六月初，毛咏芝率东路军撤离漳州、龙岩地区，回师赣南。途经长汀，看到新中央局五月十一日决议，非常不满。因为，这个颠倒是非的决议，是在他缺席情况下作出的，在中央批“右倾机会主义”前面还加上“极严重的”“一贯的”两个形容词。
东路军回师后，红军编制作了调整，恢复红一方面军总部，仍辖红一、红三、红五这三个军团，由朱德兼任总司令，王稼祥兼任总政治部主任，唯独不给毛咏芝恢复总政治委员的职务。毛咏芝带“错”随军工作，仍以苏维埃中央政府主席身份随红一方面军总部行动，但不能起决策作用。红一方面军总部根据临时中央和苏区中央局关于“解决入赣敌军”的意图，七月上旬组织了南雄、水口战役，虽然将粤军十五个团赶回广东，但由于兵力不集中，没有大量地歼灭敌人，而红军自身伤亡也相当不少，只打成一个击溃战。
七月二十一日，中共苏区中央局书记周翔宇作为苏区中央局代表，来到信丰红一方面军总部，与毛咏芝、朱德等会商，根据赣江上游的敌情，决定先取万安，再西渡赣江。后方工作由中央局副书记任弼时和临时中央政府副主席项英主持。鉴于中央局提议周翔宇兼任红一方面军总政委，周翔宇、毛咏芝、朱德、王稼祥四人联名致电后方中央局：
“我们认为，为前方作战指挥便利起见，以取消政府主席一级，改设总政治委员为妥，即以毛任总政委。”
但中央局致电前方，仍坚持由周翔宇兼任红一方面军总政委。鉴于此，周翔宇写信给中央局进一步陈述：这将“弄得多头指挥，而且使政府主席将无事可做”；“泽东的经验与长处，还须尽量使他发展而督促他改正错误”；坚持由毛咏芝担任红一方面军总政委，强调“有泽东负责，可能指挥适宜”。
七月二十七日，红一方面军由信丰、南雄边境地区北进。
八月上旬，毛咏芝在兴国前线出席中共苏区中央会议，鉴于苏区中央局遥控指挥水口、南雄战役的教训，主张设在后方的中央局“不要干涉前方的军事行动”。会议经过争论，同意毛咏芝提出的外线作战要在有胜利把握的情况下进行的建议，决定红一方面军主力在赣江以东的地区北上作战，先消灭乐安、宜黄的国民党军队，再打由赣江以西或由南城、南丰等地前来的援军，进行威逼和夺取吉安、抚州，以配合鄂豫皖、湘鄂西根据地红军已经开始的反“围剿”斗争。
这次中央局会议决定，在前方组成由周翔宇任主席，毛咏芝、朱德、王稼祥为成员的最高军事会议，负责决定前方的行动方针和作战计划；毛咏芝任红一方面军总政治委员。会后，由中革军委发布命令：
“中革军委任毛咏芝为红一方面军总政委，望所属各军一体服从领导。”
