九月二十一日早饭后，蒋中正正准备出发去南京，又接到张汉卿的来电，说驻烟台的刘珍年师长报告日海军有登陆的行动，请示蒋中正应取如何态度应对，蒋中正当即回电：
“国急。回汉卿关于烟台刘珍年师长报告日海军有登陆行动事。日军侵略已提出国际联盟，此时我国应上下一致，严守纪律，确定步骤，勿为日人籍口。故先劝告民众守秩序，遵公法，勿作轨外行动，以待国际之公理与国内之团结，须为有计划之举动。如果其海军登岸，则我方划出一地严阵固守。以待中央之命令，此时须忍耐坚定静镇谨守之。中正。”
九月二十一日下午二时，蒋中正回到了南京。中央常务委员于右任、丁惟汾、戴季陶、朱培德等立即把临时中央常委会会议的情况向委员长做了详细汇报。下午六点，蒋委员长召集于右任、丁惟汾、吴稚晖、张静江、戴季陶、邵元冲、王正廷、邵力子、陈立夫、陈布雷、张道藩、恩克巴图、克兴额等人在“憩卢”召开会议，商讨处理东北事变的方针。
蒋委员长首先对日前中央临时常委会决定的若干办法表示赞同，决定采取军事上不抵抗、外交上不屈服的方针。主张一面以日军侵占东三省的事实，先行向国际联盟与非战公约签字各国申诉，并于国内必要口岸及首都，加紧警卫；一面则团结国内，共赴国难，忍耐至于相当程度，乃出以自卫最后之行动。经会议决定
（一）外交方面，加设特种外交委员会，为对日决策研议机关；
（二）军事方面，抽调部队北上助防，并将讨粤及剿共计划，悉予停缓；
（三）政治方面，推派蔡元培、张继、陈铭枢三人赴广东，呼吁统一团结，抵御外辱；
（四）民众方面，由国民政府与中央党部分别发布告全国同胞书，要求国人镇静忍耐，努力团结，准备自卫，并信任国联公理处断。
一面谋求与粤方妥协，准备派陈铭枢赴粤斡旋，告诉他们，如果广东方面一定要以蒋中正下野为条件，蒋中正也愿意接受。如果愿意共同合作而充实政府者，蒋中正也都可以照办。
以后接连几天，国党中央不断召开会议，讨论对于事变的处理问题。
关于向日方提出紧急严重抗议，但是军事上采取不抵抗方针的问题，十九日，国民政府外交部就日军侵占沈阳事件照会日本驻华公使重光葵，提出严重紧急抗议，要求立即电告日本政府迅令关东军停止一切军事行动，将日军撤回原防。二十日，外交部又向日方提出第二次抗议，要求日军立即退出占领区，恢复原状，并保留进一步提出正当要求之权力。
在日军的武力进攻面前，东北边防军司令张学良遵照蒋委员长的命令，严令部下“力持镇静，不得抵抗”。在北平的国党要人吴铁城、李石曾、张继等于十九日赴协和医院与张学良、于学忠等会商应付日军方针，再次决定，无论日方如何压迫，始终持不抵抗主义，并对日侨予以安全保障。
关于向国联报告事件真相，请国联主持公道的问题，十九日，外交部电令出席国联大会代表施肇基，向国联报告日军侵占沈阳事件，施肇基在国联发表声明，指出日军对此事件应负完全责任。
二十一日，施肇基致函国联秘书长德鲁蒙，请国联根据盟约第十一条规定，立即采取步骤，阻止事态扩大。
二十二日，国联讨论施肇基所提要求干涉日军强占满洲事件案。施详述日本侵略中国东北经过，要求国联“仗义执言、出而干涉”，使日军立即停止军事行动，恢复事变前状态，并赔偿一切损失。此后，随着事态的一步步扩大，中方一直表示完全信任国联，遇到日本采取新的侵略行动后，首先想到的就是向国联申诉。
九月十九日，国民党中执会为九一八事变通电各省市及海外各党部，呼吁全党团结一致，努力救国。二十二日，国党在南京举行全市党员大会，蒋中正在会上发表《国存与存，国亡与亡》的演说，劝民众勿作激烈之举动，等待国际解决，如国际不能解决，则一定起来抵抗。蒋委员长说：
“我国民此刻必须上下一致，先以公理对强权，以和平对野蛮，忍痛含愤，暂取逆来顺受态度，以待国际公理之判决”。
同一天，国党中央发表《告全国同胞书》，号召全国同胞“确实团结，坚定沉着，加倍刻苦”，“救国御侮”。
二十三日，国民政府发表《告全国国民书》，呼吁：“对于国民亦一致告诫，务必维持严肃镇静之态度，团结一致，信任政府。”
二十八日，因学潮严重，国党中央又发表《告全国学生书》，书中强调：“人民应受统一之指挥，政府有军事处分之权衡，宣战与否人民所不必问，此后如再见于国家有害者，职责所在，不容姑息。”
为了消除党内的严重冲突，九月十九日，在北平的李石曾、张继、吴铁城急电广州“非常会议”汪精卫等，劝他们停止反蒋，并且指出，以今日之形势，民族之利害，实超出一切利害之上，今日惟有剿赤、救灾、御外三事为国人所同情，希望粤方俯纳调停，共倡和平。
二十日，国党中常委临时会议致电粤方谋求和平，粤方停止了入湘军事行动，令粤桂军撤回原防，宁方何应钦也中止入湘，返回江西。二十一日，蒋中正议定与粤方停止军事行动，敦促胡汉民即日上任。但粤方通电全国，提出要以蒋下野为前提。二十三日，陈铭枢、蔡元培、张继由宁出发去广州，与粤方谈判息争抗日问题。
调整机构设置成为时局需要。事变发生后，外交成为当务之急，在此严峻关头，国民政府却出现了外交乏人的局面。由于南京政府不以武力抵抗、寄希望于国联裁决的做法遭到民众的强烈不满，对外交部长王正廷的具体处置十分反感，
九月二十八日，南京、上海等地数千向国民政府请愿的大学生在外交部砸伤了部长王正廷，王正廷提出辞职。外交部人心惶惶，一些人甚至不敢到部上班。拟定接任的施肇基还远在日内瓦，代理部务的李锦纶是一个由美返国、中文欠佳的华侨。
为弥补此一空缺并加强外交决策机构，九月三十日，国党中央政治会议决定设立“特种外交委员会”，戴季陶任委员长、宋子文任副委员长，各部院许多重要负责人士参加，在非常时期讨论和决定外交事务，指导外交工作。
外委会是蒋中正在原国党中央政治会议外交组的基础上，指定若干相关人员加入而组成的，政治会议外交组原有十二人，即胡汉民、王宠惠、王正廷、孔祥熙、宋子文、吴稚晖、李石曾、王树翰、张群、朱培德、刘尚清、贺耀祖，召集人为王正廷、宋子文。
其中胡汉民在汤山被囚获释后与蒋已对立；王宠惠为海牙国际法庭法官，不在国内；王正廷已辞职；王树翰、刘尚清属东北军系，并未离开张学良来南京就职；张群为上海市长，难以分身。
因此，外交组成员能经常出席外委会的为孔、宋、吴、李、朱、贺六人。蒋中正首批指定的六人为监察院长于右任、考试院长戴季陶、立法院代理院长邵元冲、代理国民党中央党部秘书长丁惟汾、教育部政务次长陈布雷、国民政府委员邵力子。
