秦二世昏庸无能，完全听信于赵高，对李斯的劝谏置之不理。
赵高对李斯心生怨恨，想借秦二世之手，除掉李斯。
李斯看到自己的进谏书被忽视后，便想面见秦二世，但因为秦二世深居宫中，所以一直没有机会。
于是，他请求赵高引见。
赵高每次趁着秦二世在宫中与美女一起饮酒作乐，就通知说：“李斯前来求见。”
这样的情况发生了三次，秦二世非常不满。
他对赵高说：“在我闲暇之时，丞相不来奏事，却偏偏在我娱乐时来打扰，这分明看不起我，故意与我作对吗？”
赵高见达到了目的，便趁机陷害李斯，说：“当初沙丘之谋，李斯曾参与其中。
“现在陛下已经成为皇帝，李斯仍然担任丞相，我看他这样做，显然是想割地封王。”
“李斯的长子李由担任三川郡守，陈胜等盗寇都是李斯的邻县或同乡，所以他们才敢如此肆意造反。”
“起义军经过三川郡的时候，李由不肯派兵出击。”
“而且我早就听说李斯父子与陈胜等人有书信往来，有人说丞相在朝中的权力比陛下还大。”
秦二世相信了这些话，想要查办李斯，又担心赵高的话不准确，就派人去三川郡调查李由是否勾结陈胜等人。
李斯得知此事后，知道这是赵高陷害自己，再次给秦二世上书，指责赵高诬陷良臣，还指出赵高有篡权的野心。
他警告秦二世，如果不早早除掉赵高，恐怕会带来祸患。
但是秦二世已经被赵高蒙蔽得很深，不仅不听李斯的劝告，反而更加信任赵高，还将此事告诉了赵高。
赵高进一步诽谤李斯说：“李斯最忌恨的就是我，如果我死了，他就能实现杀君谋反的阴谋。”
秦二世听了，勃然大怒。
不久，农民起义的势力进一步壮大，秦朝关中已经无力前去镇压。
李斯、冯去疾、冯劫再次上书进谏，请求秦二世减轻赋税，停止征发徭役，并取消修建阿房宫的计划。
秦二世完全不理会李斯的忠告，反而责备李斯说：“现在各地都有盗贼，你作为丞相竟然没有尽力禁止，而让我停止修建先帝所建的阿房宫。”
“你愧对先帝，还对我不忠，你这个丞相又有什么用呢？”
于是，秦二世下令将这三人捕入大牢。
冯去疾、冯劫自杀，李斯交由赵高审讯。
赵高在狱中对李斯进行了严刑拷打，百般折磨，李斯只好承认自己有谋反的罪行。
可是，李斯仍然寄希望于秦二世，希望他能醒悟过来，赦免自己。
因此在狱中，他又给秦二世上书，列举了自己的七大罪状，陈述了自己三十多年来为秦始皇立下的功劳。
借此表达自己的忠心，坚称没有谋反之心，希望能感动秦二世。
不料，李斯写的信都落到了赵高的手中。
赵高责骂李斯说：“你身为囚犯，已经失去了上书的资格。”
为了防止李斯翻供，赵高命令手下伪装成秦二世的使者，对李斯进行轮番审讯。
李斯不知其中有诈，于是更改了口供，向这些人陈述了实情，但都遭到赵高的严刑拷打。
经过这样的审讯，李斯受尽了折磨，再也不敢陈述实情。
后来，秦二世派使者前去审讯，李斯以为与前十余次一样，都是赵高的党羽，只好一一乱供，不再申辩罪行。
秦二世听了使者的汇报，甚为高兴地说：“若不是赵高，我差点上了李斯的当。”
秦二世派使者前去调查李由的时候，李由已被项梁起义军杀死。
使者回到咸阳，赵高将使者所调查的实情一一篡改，编造了许多李由谋反的罪状，以此陷害李斯。
公元前208年七月，李斯被以谋反罪，判处死刑。
在被押赴刑场的路上，李斯对自己的二儿子说：“我多想能再和你一起，带着黄狗、苍鹰，到上蔡东门去打猎，可是我已经做不到了。”
说完，父子两人痛哭起来。
李斯被腰斩于咸阳街头，他的全家老小无一幸免。
李斯死后，赵高被秦二世任命为丞相，掌握了整个朝政。
为了验证自己的权威，有一天，赵高命人牵来一头鹿到朝堂上，对胡亥说：“我找到了一匹难得的好马，特意献给陛下。”
秦二世一看，就笑着说：“丞相真会开玩笑，这明明是一头鹿，你怎么能说是马呢？”
赵高坚持说是马，还问朝堂的大臣们，让他们一个个说到底是鹿还是马。
大多数人害怕赵高的权势，都附和着说是马。
有些大臣既怕死，又不想昧着良心说谎话，就装聋作哑，一言不发。
也有几个正直的大臣说：“这分明是鹿，不是马。”
赵高暗暗记下这几个说是鹿的人，过了几天，就随便安了个罪名，把他们都杀掉了。
从那之后，朝廷里再也没有人敢跟赵高对着干了。
