首先爆发的是益州一起血案。益州行台尚书令为世民兼领，实际负责人行台仆射、世民堂舅窦轨是追随世民的，但他个人脾气暴戾，动辄对下属严厉刑罚。当时益州行台兵部尚书韦云起与前太子建成亲善，家族中堂弟韦庆俭、韦庆嗣等多人在东宫任职，也因此韦云起与顶头上司窦轨不和。“玄武门之变”后，世民派在京的表弟、窦轨之子窦奉节驰告舅舅京师变故，这位益州地方大员接讯，却擅作主张，欲除掉韦云起和另一与太子交好的行台尚书郭行方。窦轨在益州府埋伏卫士，然后以朝廷下诏缉拿建成党羽为由，召韦云起到州府。韦云起来到州府，问朝廷诏书何在，窦轨厉声道：“公建成党，今不奉诏，明显是要造 反！”不待韦云起有机会申辩，窦轨便令左右卫士冲出乱刀砍死韦云起。郭行方闻讯，连夜逃奔长安，窦轨发兵追捕未能追上，郭行方才逃过一劫。
紧接着，幽州爆发一起更为严重的宗室庐江王李瑗谋反案。
李瑗是皇帝族侄，建成东征刘黑闼时与其交好，引为外援，时任幽州都督。其副手则是曾跟随秦王东征洛阳和征刘黑闼的猛将王君廓。
“玄武门之变”后，李世民派通事舍人崔敦礼持朝廷诏书前往幽州召李瑗还朝，这原本是正常人事安排，只要李瑗老老实实，有气度放过魏徵、冯立、薛万彻等前东宫心腹的新太子李世民自然不会为难他，然此时李瑗却做了个错误判断，误以为李世民是要清算拿他问罪，当即吓得面无人色，惶惶不可终日。
副将王君廓看在眼里，一个拿李瑗当垫脚石往上爬的计划在他脑海中迅速成型。
李瑗素日很尊重、信用王君廓，此际他彷徨无措，便向这位“股肱心腹”问计，王君廓“推心置腹”地对李瑗说：“京师有变，事未可知。一旦大王入朝，恐凶多吉少。如今殿下拥兵数万，岂能受制于区区使者而自投罗网？”
李瑗闻言，立马道：“我今以命托公，举事决矣！”
当天李瑗就逮捕了朝使崔敦礼，逼迫其交代京师情况，崔敦礼宁死不屈不予理睬。李瑗将他囚禁，随即向下辖各州县发布征兵令和集结令。
王君廓给李瑗挖好坑后，立即率麾下将士千余人释放朝使崔敦礼，轻而易举地诛除李瑗平息叛乱，传首京师。
在京师的李世民当然无法得知庐江王“谋反”和副将王君廓“平叛”的具体细节。在王君廓派人将李瑗首级送达京师的第二天，六月二十六日，朝廷便下诏传送幽州：王君廓平叛有功，升任左领军将军兼幽州都督，并将李瑗家眷奴仆悉数赏赐给王君廓充当奴仆。
尽管世民并不完全清楚益州和幽州这两起血案的详细经过，但地方官员利用派系斗争公报私仇铲除异己的风潮，是他不愿看到的。在经历了“伤筋动骨”的玄武门流血事变后，帝国内忧外患，亟待弥合创伤、稳定政局。世民昨日已接到魏徵东宫旧同僚、新晋谏议大夫王珪进启，亦是反应一些地方官吏仍在缉拿原东宫、齐府旧属，请求太子殿下设法制止。因此，他今日召见魏徵并打算赦免、任用之，亦是要向天下表明不再翻旧账之意，除此之外，他还想当面考察魏徵，看可否委以重任，要他承担一项重要使命。
此时听魏徵提议，世民一口答应：“就依魏卿所言。卿先留在东宫任詹事主簿一职，何如？”
詹事主簿职在七品，比魏徵原先的东宫职位五品洗马降了两级，然此职相当于东宫“机要秘书”，虽品级不高，却可参与机要，他魏某人作为先太子心腹谋士，曾一再欲置新太子于死地，新太子如今不囿于门户之见，给予机会，还敢任用他为“机要秘书”，果然是胸襟辽阔，气象高远。魏徵终于拜服，向新太子谢恩。
世民伸手扶起他道：“魏卿免礼！眼下我正有一事，想委卿于重任，不知卿可愿辛苦一趟，替孤办这趟差？”
魏徵拱手道：“请殿下明示。”
“我想派卿去宣慰山东，不知卿意下如何？”
魏徵两眼放光道：“安抚山东，此事非同小可。臣须拥有便宜从事之全权，方可行事。”
“好！孤即刻奏请父皇任命你为谏议大夫、山东宣慰使，授予剑印，许你便宜从事。”
“臣谢皇太子信任！定当不辱使命！”
翌日，三省再发诏令重申：六月四日以前事连东宫及齐王，十七日前事连李瑗者，尽皆赦免，官、民不得相告邀赏，违者反坐。
同时，发布诏令任命魏徵为五品谏议大夫、山东宣慰使。
山东大片土地曾是窦建德、刘黑闼故地，武德五年太子建成东征刘黑闼时，又在此苦心经营，安插亲信若干以为外援。“玄武门之变”后，山东人心不安，一些人或因曾追随窦建德、刘黑闼，或因亲近前太子而忌惮新太子；另一些人则欲借机向新太子邀功表忠心，竞相举报、搜捕原东宫系人员。派遣原东宫心腹魏徵宣慰山东，李世民愿以此表达其既往不咎、政治和解之诚意，化干戈为玉帛，协力同心开创新局。
魏徵受命出京前往山东，行至磁州，正遇州府用囚车押送逃亡此地被抓捕的原东宫太子千牛李志安和齐王府护军李思行前往京城。魏徵当即阻拦道：“朝廷已对原东宫与齐府属官一律赦免，概不追究。今又械送李志安、李思行等人，何以能安定人心？又置朝廷信用于何地？”
“少指手画脚！”押送官员态度轻蔑不屑一顾，“你这个前东宫余孽来做宣慰使，我等信不过。”
魏徵出示了圣旨和印信，肃容道：“我受皇命重托，不可只顾忌自身嫌疑，而不为国家考虑。既蒙国士礼遇，岂可不以国士担当作为回报？”
“你想怎样？”押送官员不服气道。
“即刻释放他们！”魏徵抽出皇太子世民赐予的宝剑，“违者视为抗旨，立斩！”
押送官员不敢再抗命，打开囚车，释放了在押人员。
魏徵将此事写就表章，派人驰告太子。
世民闻报，大加赞赏道：“魏大夫做得对，果然不负使命。”并回复手令赞赏、慰勉魏徵。
魏徵接到太子手令，感动得对左右道：“太子殿下海纳百川，英武明断，徵敢不誓死以报！”
魏徵顿觉心境豁然开朗，如拨云见日，想不到兜兜转转，六易其主，今日却终于在这个昔日对头身上看到实现自己理想的一线曙光。
太极宫中的老皇帝看到新太子处事明断，政令简肃，朝廷内外心悦诚服，这个“青出于蓝而胜于蓝”的儿子，非但以无与伦比的胆魄、智慧与勇力，在“敌强我弱”局势下一举扭转乾坤，辣手翦除政敌，取得政变成功，且以高超的政治手腕与和解宽大政策，安抚人心，化解积怨，消除了暴力夺权后可能产生的政局动荡，皇帝知道，该是自己告别历史舞台的时候了。
皇帝向自己的老友裴寂发出手诏曰：“朕当加尊号‘太上皇’。”以此方式向儿子表明心迹。
八月，武德皇帝下诏书将帝位传予太子李世民。依照惯例，太子自然一番反复辞让，而皇帝“不许”，坚持禅位。
武德九年（公元626年）八月九日甲子日，皇太子李世民即皇帝位于东宫显德殿。遣司空、魏国公裴寂祭告于南郊。大赦天下，武德元年以来责情流配者并放还；文武官员五品以上先前无爵者赐爵一等，六品以下加勋官一级；关内及蒲、芮、虞、泰、陕、鼎六州免租调二年，其余各州免徭役一年。中国历史掀开了一页恢弘、壮丽的新篇章。
而此时，北方“草原之王”突厥颉利可汗，闻报中原王朝内乱，觉得有机可乘，于是趁火打劫发倾国之兵来犯。
年轻的大唐王朝和刚刚登上帝位的年轻皇帝，再度面临一场严峻考验。
（第一部大结局完）
