此役，军民联合给罗刹以重创，将沙俄精锐骑兵尽数歼灭。从此以后，黑龙江上、下游的各部族联合起来同仇敌忾，令罗刹们望而生畏，再难成气候。
呼荣领兵回黑龙江城向将军复命。萨布素知道歼灭了这伙哥萨克骑兵，心情大悦：“经此一战，大涨了我军士气！现在，上下游的土著都一心归附我大清，雅克萨已成无源之水，破城指日可待！”
呼荣说道：“这帮哥萨克骑兵神出鬼没，若不是怀仁用计将他们引出，迟早将是个大麻烦。”
萨布素道：“是啊，他帮我解决了一个大大的麻烦，哦，现在这小子又跑哪去了？”
呼荣说道：“自团灭哥萨克骑兵以后，怀仁就不见了踪影。他的女人在那场战斗中被叛徒杀死。怀仁伤心过度，他葬了女人后就不辞而别，谁也不知道他又去了哪里。”
萨布素一声叹息。
为与内地联系方便，萨布素又请示朝廷，把黑龙江城改建在了黑龙江右岸，称新爱辉城。新城分内外两城，东面临江，周围十里。
万事俱备，康熙终于决定向雅克萨发起进攻。
清廷从福建调来了五百藤甲军，组成藤牌劲旅。从山东河南山西等地调兵三百九十五名，索伦达斡尔兵五百名，杜尔伯特等旗蒙古兵五百名，加上黑龙江原有兵丁一千多人，以及水手和工匠，共三千多人奔赴前线。
大军出发前，康熙派人给雅克萨俄军致信，要求他们尽快撤离。托尔布津不予理睬，并紧急调兵遣将，准备对抗清军。沙俄又从西伯利亚派出了一千人的军团前往支援。还从托波尔斯科等地派出六百多人的军队奔赴雅克萨。一场大战，即将爆发。
康熙二十四年四月初六（1685年），康熙帝终于下达了向雅克萨进军的命令。
清军以彭春为统领、郎坦为监军都统，浩浩荡荡，水陆并发。凡所到之处，风雨骤停，一路顺风顺水，不久，三千多清军已经集结在爱辉、齐齐哈尔。
五月，水陆两军在雅克萨城下会和，以萨布素为先锋，清军兵临城下，将雅克萨城团团围困，向城内发出了最后的通牒。俄军仍不予理睬，托尔布津仗着城池坚固，打算负隅顽抗，等待着援军的到来。
果然，次日便有四十多艘罗刹战船从江上游沿河而下，前来驰援。萨布素命护军参领呼荣领藤牌兵前去迎敌。
藤牌兵源起于戚家军，后又为郑成功组建，兵士很多为台湾的高山部族。所用藤牌用藤枝所编，油浸凉晒，层层相叠，刀枪不入。他们作战时以藤牌为盾，行动迅捷，专砍人腿马脚，早年清军也曾饱尝过苦头。
俄军更从未见过这种东西，惊呼“大帽子兵”。 藤牌兵裸而入水，头顶藤牌，举刀前行。俄军频频放枪，却不能伤其分毫。他们靠近敌人后，用刀砍俄军小腿，俄军纷纷落水，死伤大半，余者溃散而逃。
见罗刹不肯受降，清军决定开始发起总攻。
清军从东西北三面架起“神威无敌大将军”，持续轰城，大炮轰垮了塔楼和城堡，射出的火箭烧毁了城里的教堂、钟楼、店铺和粮仓。俄军阵脚大乱，死伤遍地。
历时三天鏖战，城内俄军已经弹尽粮绝，死者枕藉，伤者卧地呻吟。此时，清军又在城外三面都堆上了柴火，准备要放火烧城，俄军陷于彻底绝望，城内已是哭声一片，乱作一团。
最惶恐者当属商秋野，他深知如果为清军拿获，必是死路一条。他苦劝托尔布津道：“将军万不可投降啊！清军凶残无比，他们攻破城池之后便会屠城，将老少妇孺尽数杀尽，到时整个雅克萨将鸡犬不留！”
托尔布津又陷入了深深的忧虑，一时进退两难。
神父马克西姆带着城里的居民，来到托尔布津面前，恳请他献城投降。马克西姆说道：“如今，以这样少的人力物力，要保住城堡几乎是不可想象。将军忍心看着全体居民尽数丧生火海吗，请将军三思啊！”
托尔布津叹道：“如果清军能保证不伤害城中居民，我就把雅克萨交给他们。”
马克西姆作为使者，出城来到清军的大营，将托尔布津的条件转达给将军。萨布素听后笑道：“我本也不想伤害城里居民，而且还保证他们带着财产撤离。我决不食言。”
“贵军真是仁慈！”马克西姆一谢再谢，回到城中向托尔布津转达。
商秋野见托尔布津已深深动摇，苦劝道：“将军千万不要信清军的鬼话，他们对待俘虏向来从不手软，投降我们就全都完了！”
未等将军发话，一些愤怒的居民就嚷道：“你这是想让我们全体人为你陪葬！要死你自己去死吧！”说着，大家围上去把商秋野按在地上绑了起来。
城中缓缓竖起了白旗，清军停止了进攻。
托尔布津率众出城投降，萨布素终于见到了这素未谋面的俄军统帅，他现在是灰头土脸，没有一丝统帅的飞扬。
托尔布津来到萨布素身前，稽首说道：“军前骑手愿降。”并双手奉上了沙皇赐予他的雅克萨城徽。
萨布素见此盾形城徽，上面刻着一只张开双翼的老鹰，它一爪操弓，一爪持箭。心中骂道：“果真是狼子野心。这些罗刹，企图以强大的武力，来征服这片领土，若不是皇上这次下了决心，他们还不知要猖狂到什么时候！”
商秋野被俄军五花大绑，献到萨布素军前。见到一脸威严的将军，他扑通跪地：“将军饶命！”
萨布素抬手就是一记耳光，怒骂道：“饶了你？你去问那固山应不应！再问怀仁应不应！你给罗刹当了走狗，屠我族胞，你问问族人们应不应！”
临来时康熙有旨：对俘获之罗刹，不得滥杀，以宣扬天朝柔远之意，尽显天朝鸿恩，令蛮夷心悦诚服。
萨布素心想，皇上为何对这些远来的蛮族如此仁慈！这些罗刹真的能心悦诚服吗？他通过翻译对托尔布津说道：“我大清皇上以仁治天下，素不嗜杀。皇上好生之德，覆被天下，汝等今日当感念天朝鸿恩。”
托尔布津俯首感激涕零，一表永不再犯，乞请将军允许自己带着六百多哥萨克残兵返回尼布楚。
萨布素一一应允，另有四十五哥萨克人不愿回去，他们带着妻子来归附，将军将其收纳。城里还有一百多个被俄军俘虏的索伦、巴尔虎人也都被解救出来，他们望着天朝的军队，已泣不成声。
托尔布津带领一众居民和残兵败将离开雅克萨，一路向尼布楚拔去…
捷报传至京师，康熙并没有太过惊喜，这本在预料之中。此刻，他正手捧着纳兰的词集，吟道：“人生若只如初见，何事秋风悲画扇…”，心下不免黯然。
纳兰容若于昨夜身故。这个只走过三十一个春秋的人间惆怅客，因病溘然长逝。这位天才词人，出身贵胄，却终不是人间富贵花，带着他那心底的无限苍凉离世，只留下那些脍炙人口的千古佳唱。
康熙此刻不想知道，纳兰侍卫心底所念的，到底是初恋表妹，还是温柔贤惠的亡妻，亦或是聪慧貌美的红颜，他只知，世间少了一个多愁善感的佳公子，一个忠诚的侍卫，一个可以与之倾吐心声的同年，他也曾奋战在这片山河大地，却终没等到捷报传来的这一天。
清军摧毁雅克萨城后便回师爱辉、墨尔根、齐齐哈尔驻防。萨布素亲自提审商秋野。面对所犯罪行，商秋野全都供认不讳。
将军骂道：“早在宁古塔时便看你贼眉鼠眼，可惜怀仁当时走了眼，才留下你这个祸端。你认贼作父，为虎作伥，陷害怀仁，杀死窗友，竟又来残害土族同胞，杀你一千次也不为过！”萨布素把他押入大牢，将不日斩首祭旗。
商秋野在狱中终日惶惶，度日如年。行刑前一天，一阵铿锵的脚步声从地牢中缓缓传来，怀仁出现在牢门前。
商秋野一路爬了过去，扯动身上的铁索哗啦啦响，他紧握牢笼，抬眼望着怀仁，说道：“你是来看我死的？”
“我是赶来送你一程。”怀仁平静地回答。
商秋野绝望地大笑道：“哈哈哈，你会有这么好心。你早巴不得我死，现在你终于如愿了。”
怀仁说道：“你恶贯满盈，所犯之罪，罄竹难书。就算我不要你命，天理岂能容你？”
商秋野神色黯淡下来：“其实我也不想，走到今天，都是你一步步逼的。想起我们小时候的时光，是多么的好啊！我为何鬼迷心窍，一心要奔赴盛京，追逐荣华富贵，现在看来，都是一场春梦…”
怀仁叹道：“只怪我当初看错了人，我本是帮你圆那梦寐以求的理想，哪知在那片土壤下，竟催生出你心中的魔鬼！当年我把那枝枯失石砮赠予你，是莫大的信任，希望它能代我伴你闯天涯，你却将它反戳在我的心口！”
商秋野垂下头颅道：“你承不承认，从你容我冒名那日起，就是害了我，是你的纵容让我走上了这条难回之路！这本就是个天大的谎言，我只能不住地圆下去，说起来，你才是始作俑者！”
怀仁痛思前事，不置可否：“说起来，我也的确难辞其咎。我遭你屡次陷害，其恶果我活该承受！可你竟丧尽天良杀死了固山！又助纣为虐，帮罗刹反噬我族胞，实是天理难容！”
商秋野声嘶力竭地吼道：“你别跟我提什么家国大义！你的先人血仍未冷，你却在帮助满人，不也是助纣为虐！我投罗刹有什么不同，就是因为他们是高鼻蓝眼吗？”
怀仁深叹了口气，道：“岂止于此！…汉人虽是亡国，但未亡天下！满汉虽自古素有争斗，但都尊中华为正统，承袭我华夏千古之风，跟那群远方来的强盗岂可同日而语！”
次日，商秋野问斩。怀仁在人群中见其人头落地，口中喃道：如你来世还能做人的话，但愿做个好人…”
是年秋，曾信誓旦旦永不侵犯的托尔布津又率俄军卷土重来，这次他带着近千名官兵，再一次占据了雅克萨，重又筑城盘踞。
萨布素得悉消息，气的暴跳如雷，骂道：“强盗就是强盗，说话就跟放屁一样！哪有什么信誉可言。我早就和皇上说过，对他们不需要仁慈，皇上偏偏不听。”
康熙二十五年（1686年）五月，萨布素再度披挂，协同郎坦和副都统班达尔沙，马喇，率大军从厄尔河水陆并进，进逼雅克萨。
这次的城池更加坚固，清军久攻不下。俄军多次出城作战，被清军屡屡击溃。萨布素筑垒挖壕，在城南北筑起高台架炮，开始了长期围困。
哥萨克多次企图突围，均被清军的炮火击退。托尔布津被一发炮弹打中身亡，由副将拜顿暂代。
半年后，在风雪呼号中，俄军弹尽粮绝，城中开始流行坏血病，处境日益艰难，雅克萨城旦夕可下。
此时，沙皇特使，内大臣费多尔.戈洛文昼夜兼程地赶到北京，带来了俄国沙皇致康熙的信件，恳请解除雅克萨之围。
这一年，沙皇彼得一世年方十五岁。俄国局势也动荡不安。俄国与土耳其争夺黑海的战争一触即发，再没有能力顾及遥远的东方。
康熙帝接到使团的请和后，下命军队停止围困。此时雅克萨城中只剩下六十六人，粮食早已吃完，依靠吃草根树皮活着。由于缺少食物，生活潮湿，坏血病更加猖獗，还在不断有人死去。城堡内堆满了尸体。
萨布素接到皇上指令后，停止了围困，并向城中所剩之人提供了粮食和医药。而后又率军撤离雅克萨，回到嫩江驻守。
两次雅克萨战役均以清朝的胜利而告终。观战争规模，不可与国内任何一个同期战争同日而语，甚至不比清初在关外的部落之间的争斗，但此战意义深远。战事结束后，康熙却久久不能平静。
康熙二十八年（1689年），北京派出索额图、一等公佟国纲、理藩院郎中温达、都统郎坦、和班达尔沙，在萨布素的一路护送下，于七月抵达尼布楚。
俄国公使戈洛文、涅尔琴斯克（尼布楚）督军佛拉索夫为副使组成的谈判使团也已抵达。
经过激烈谈判，最后双方缔结了《中俄尼布楚条约》。规定以外兴安岭至海格尔必齐河和额尔古纳河为中俄两国东段边界，黑龙江以北，外兴安岭以南和乌苏里江以东的地区包括库页岛等地区均为清国领土。
互换条约文本是在尼布楚附近的使团帐篷里进行。条约分别用俄文、满文和拉丁文书写。清朝七个谈判代表都以满文在文书上签字，萨布素也在上面盖上了“镇守黑龙江等处地方将军”的帅印。
从此结束了长达五十余年的沙俄侵扰黑龙江流域的历史，扫平了边患。清廷在两次雅克萨大战告捷，划界上却未占得便宜。失去了贝加尔湖以东、勒那河以南、外兴安岭以北、额尔必齐河以西，以及以尼布楚为中心的蒙古东北部广袤地区。这片鲜卑发源的故土、曾经苏武牧羊的地方尽归俄属。
康熙在领土上做出了让步，其原因在于当时的漠西额鲁特蒙古的噶尔丹势力的崛起。
噶尔丹是漠西额鲁特蒙古准噶尔部首领巴图尔洪台吉之子。他从达赖喇嘛那里获得了“博硕克图汗”称号，他从其兄僧格洪台处继承了首领之位，一统了漠西的准噶尔、和硕特、土尔扈特和杜尔伯特四部，建立了准噶尔汗国。他又相继攻占哈密、吐鲁番等地，率铁骑横扫南疆，后又开始西征哈萨克、布鲁特（吉尔吉斯斯坦），成为了西部蒙古强大汗国。
就在清朝派内大臣索额图赴尼布楚与俄国谈判划定边界之时，噶尔丹在沙俄的支持下，率兵三万进兵漠北喀尔喀，土谢图汗部大败，纷纷逃入漠南蒙古境内，请求康熙庇护。
准噶尔汗国的崛起，使清朝北部边疆再度陷于危机。康熙不得不尽快摆脱俄国人的纠缠，集中力量来应对这个新兴的强敌。
《尼布楚条约》中，大清使用国名为“中国”，谈判的全权代表索额图的称呼是“中国大圣皇帝钦差”。条约对疆界划分与国民的称谓，使用的是中国与中国人。这是历史上，“中国”第一次以主权国家的形式出现在外交辞令中。从此，华夏延续了几千年的“天下”大观，在西方近代主权国家观念的冲击下，懵懂中，纳入到国际秩序和体系中来。
康熙手捧着父皇在位时的两份致俄罗斯国书，不禁又陷入了良久的深思。
国书上分别写着：“顺治十二年，大清致俄罗斯，大清国皇帝敕谕俄罗斯察罕汗，尔国远处西北，今而诚心向化，遣使进贡方物，朕甚嘉之，特颁恩赉…”
“顺治十三年，俄国察罕汗遣使入贡，以不按朝仪，却其贡，遣之归…”
尽管有清以来，华夷之辨一直争论不休。满清皇族经过几代，试图努力摆脱夷狄的称谓，大清素以承袭华夏正统，泱泱天朝自居。无论是大洋彼岸，或是西方更远的国家，在大清的眼里，只是或远或近的夷狄。俄国与周边的朝鲜，东瀛、安南，缅甸，暹罗等诸多番邦相比，只是一个地处更加辽远，较大一些的番国而已。
位居中央之天朝上国，已受惯了称臣纳贡，万国来朝，而今天，却与蛮邦以平等的姿态来签署盟约。就在卧榻之侧，曾被成吉思汗铁骑征服的地方，另有一更大帝国已在悄然逼近，还在以摧枯拉朽之势，不断扩张。可怕的是，这些红毛绿眼的夷人，不同于自古以来的蛮荒部落，他们不仅船坚炮利，还有着先进的西方文明和文化。他们不是蛮邦，而是能与自己分庭抗礼的大国！
“天下，到底有多大？”康熙感受到了历代王朝帝王从未有过的困惑和危机。他更没有想到的是，此后的二百多年里，一个个来自远方的“蛮夷”纷纷跨海而来，他们用坚船利炮，不断地扣响着大清的国门。
《尼布楚条约》的订立，使大清东北边疆获得了一百六十余年的安宁。但是，沙俄从来没有放弃侵占黑龙江地区的野心。一百多年以后的一场鸦片战争，再一次改变了中俄疆界，《瑷珲条约》和《北京条约》，令雅克萨城终为俄罗斯割占。此后，沙俄再一步步蚕食，吞并了黑龙江以北，乌苏里江以东、库页岛共一百多万平方公里的土地和海口。
此后，乌苏里江东岸的费雅喀族民尽沦为俄属，世代生活在这片广袤山林里渔猎的鄂温克、鄂伦春、打虎儿，赫哲等诸多族胞，也随着山河的丧失，就此分属两邦。自此，同宗同源的兄弟，只能隔江遥相互望，如隔银河…
说者谓此约中国殆战全胜，殊不知俄人以西伯利亚之占领，渐次侵及我国…而清廷欲表示怀柔之德，视边徼荒服，无足重轻，以致咸丰之时，所谓岭南江北滨海数千里之膏腴，终为俄人攘之以去，而今山河依旧，国境全非，亦可慨矣！
——萧一山
