世民每日就叫向杨文干士卒喊话，说太子已被囚禁，待罪仁智宫，文干手下将士，只要投诚，除首恶外，俱可赦免。并叫人广布告示，宣扬此意。又将绑在箭上的劝降书射进敌方城堡。
文干士卒听闻东宫靠山已倒，又畏惧“天策上将”威名，全无斗志。于是士卒大批逃亡，向唐军投降。
唐军逐渐招降周边堡垒，剩下杨文干叛军人马，缩进宁州城内。
文干平素待士卒甚厚，尚有一小部分人不忍弃之，无奈大势已去，文干自知不敌秦王，向南哭拜道：“文干无能，无力救太子！太子殿下保重！臣不能再为殿下效力了。”
文干遣散士卒，叫他们各投生路。士卒于是纷纷走出工事，向秦王投诚。
剩下十几个心腹卫士，跟着文干不忍离去。有卫士建议道：“庆州离突厥不远，都督何不北投突厥，等待时机借兵为皇太子复仇？”
文干闻言，摇头叹息道：“兄弟争国，奈何借助外敌，引狼入室？我若去投突厥，必给皇太子招来污名。我宁死，断不为此！”
众人见他心意坚决，不复再劝。文干想要混在百姓中混出城，却见道道关隘，画影图形，悬赏捉拿他。
文干叹息道：“皇太子没有天命，诸位往后可尽心侍奉新主子。我今生路已绝，枉诸君跟我一场，未得到任何好处。也罢！我今奉送诸君一礼，诸君可持我首级奉送秦王，就说杀了我来投诚朝廷，秦王必会重赏。”
言罢横剑自刎。
众卫士扶尸痛哭一番，然后围着尸体默然对坐，不知如何处置。
为首一年长卫士道：“我等虽不忍杨都督身首异处，然秦王总要追索尸体，不如全尸抬去秦王军中，任凭发落。”
众人见事以至此，别无他法，便用一担架抬着杨文干遗体，来到秦王军营。
营门守卫听说是杨文干尸体，忙报告秦王。
世民带了认识杨文干的人，亲自到营门勘验，见果是杨文干正身无误，对送来尸体的卫士道：“诸位能迷途知返，诛叛逆来投，本帅当予以重赏！”
众卫士谢绝赏金，哭着报告了文干自尽情形，跪下哀求道：“我等不忍让他死后不得全尸，才抬来殿下军中。素闻二殿下宽仁，虽国法当枭首示众，还请恩及死者，号令完后，合尸同葬。”
世民叹道：“太子麾下，多有忠义之士！”遂一口答应。
秦王兵不血刃，收复宁州、庆州。命人将杨文干传首仁智宫，由皇帝验明。又抓获武德派去传召杨文干的司农卿宇文颖，将其押送仁智宫，由皇帝发落，武德责其泄漏消息，诱导杨文干起兵谋逆，将其问斩。这场庆州都督杨文干发起的叛乱，前后不过十来日，就在“天策上将”雷霆之势下烟消云散。
却说秦王世民率军去宁州平叛后，仁智宫内，武德皇帝思量，太子此事尚须查问清楚来龙去脉，派谁去审合适呢？
几位宰辅中，尚书左仆射裴寂奉命回西京主持政事堂，中书令杨恭仁、侍中陈叔达亦留京处理政务。随驾来仁智宫的还有尚书右仆射萧瑀和中书令封德彝两人。
萧瑀在太子和秦王之间明显倾向于秦王，这位萧瑀曾在武德四年新年时，被皇帝派去东都前线劳军，其后留在秦王军中参谋军事，以其高位及与皇帝的关系，实质上负有“监军”之责，他却在留在东征军半年中，亲见秦王的非凡谋略与勇冠三军，为其“一战而平灭两国”的盖世功劳彻底折服！成了个不折不扣的“秦王党”。回京后萧瑀便密奏皇帝，劝其依功劳改立秦王为太子，并直言不讳：“陛下若不立秦王为太子，则陛下百年之后，秦王必无法保全！”
若其他人胆敢如此放言无忌，怕是早已引起武德的猜忌不满，但既是前朝外戚、又是皇帝表妹夫、武德呼之为“萧郎”的萧瑀，皇帝却信其在此事上没有私心。
不过以萧瑀和秦王的关系，要他去调查此案怕是不太合适。
武德反复斟酌后，便召来中书令封德彝，要其秘审建成一案相关人等，查明事实真相。
这个消息被在武德身边的张婕妤听到，张婕妤连忙差人告诉了齐王元吉。
元吉拿了一箱珠宝，私下拜会封德彝。
“齐王殿下有何吩咐，派人传下官一声即可，岂敢劳动大驾亲临！”封德彝受宠若惊，忙将齐王迎进。
元吉打开箱子，封德彝顿觉眼前一亮！元吉拿起金银财宝最上层一颗硕大的明珠，说道：“这颗夜明珠，是小王进东都时隋宫里所得。”
封德彝笑容满面：“殿下厚赐，下官不敢领受！殿下有何吩咐？在下一定尽力而为！”
元吉道：“小王别无所求，只求阁老秉公审理大哥一案！”
封德彝收敛笑容，严肃地道：“圣上以如此重任相托，在下自然不敢怠慢！殿下放心，在下一定秉公处理！”
“那就好！阁老明察！当知杨文干谋叛，并不等于太子谋叛。大哥已为皇太子，为何要铤而走险行此大逆不道之举？此事必有隐情。皇太子现处于困厄之中，只要阁老能助大哥脱困，将来大哥定不会忘记阁老今日之功！”
封德彝连忙称是。
封德彝这一查，还真查出问题来。太子建成指天发誓，说皇帝所看到的那封密信，不是他的信函原件，建成说原信中他只是叮嘱要杨文干招揽人手，秘密练兵，以备后用，但丝毫未提及要他发兵袭击仁智宫“囚秦王”，更别提有迫皇帝退位此等大逆不道之议。信件疑似被人调包。
东宫奉命运送铠甲给杨文干的郎将尔朱焕、校尉桥公山二人，则招认是天策府参军杜淹胁迫、授意他们告发太子。
而太子中允王珪、东宫左卫率韦挺二人，则承认私运铠甲系他二人主谋，因见秦王在朝中势大，威胁太子地位，二人便建议太子密令杨文干暗中招兵买马积蓄力量以应对秦王，二人愿承担全部罪责，与他人无涉。但“袭击仁智宫”、迫皇帝退位之类，则纯属无稽之谈。
武德闻报说太子密信被人“调包”，又闻此事事连“天策府”杜淹，不觉倒吸一口凉气！这么说，“天策府”的人背后插手了此事，故意利用东宫之失误，将矛盾激化事态升级？这件事二郎究竟参与了多少？
可是二郎去宁州平叛之前这二十来日，明明就一直在自己眼皮子底下啊！而大郎“私运甲杖”之事，却是自己和二郎离京之后发生的。
武德心里不知道自己是该庆幸还是该警觉？庆幸的是，二郎明明有充分“不在场”证据，那么此事前后“推波助澜”，当不是他直接授意操作？可如此一来，难道不是更加危险？“天策府”势力已然自成一体，便是离开二郎，他们都能翻出如此滔天巨浪来！竟意在掀翻太子！实在胆大妄为之至！是可忍，孰不可忍？
