李世民将满腔的悲愤怒火，发泄在王世充将领头上——若非王世充等人顽固不化，早三个月投降唐军，或许许许多多的人间惨剧便可避免。
他面色阴郁地下达了一系列缉捕令——数年来东征西讨、征服一个又一个对手的秦王李世民，第一次在大获全胜之后痛施杀手，对对手集团“秋后算帐”——
王世充死党段达、王隆、崔洪丹、薛德音、杨汪、孟孝义、单雄信、杨公卿、郭士衡、郭什柱、董睿、张童仁、王德仁、朱粲、郭善才等十余人被逮捕斩于洛水之滨。
这其中段达、王隆是王世充当初诛杀元文都等人、称帝、后又逼杀皇泰帝杨侗的帮凶；
崔洪丹制造八弓弩床和轰天石炮，令唐军损失惨重，将其问罪算是为唐军将士及世民爱马什伐赤报仇；
薛德音因替王世充写“讨李檄文”，辱骂李氏过甚获罪。不赦薛德音，显得小秦王在这方面气量不及魏武帝曹操和后世的武则天，当初魏武官渡之战击败袁绍，擒获为袁氏写讨伐曹操檄文的陈琳，责问他：“卿但罪状孤耳，何辱及祖、父？”当时陈琳答道：“彼时箭在弦上，不得不发！”曹操爱其才，竟赦免之，任用为官；武则天听人读骆宾王《讨武檄文》，骂武氏骂得淋漓尽致，竟称赞此等人才不为朝廷所用，却为反贼效力，“宰相之过也”，并命寻访此人，终不可得。
令人费解的是秦王对单雄信的态度。秦王向以“招降纳叛”闻名，在征讨薛仁果、刘武周时，对于对手阵营内与唐军为敌的将领，征服对手之后多有宽宥任用，其中最为著名的便是尉迟敬德，甚至在唐军兵围洛阳城下，定杨降将纷纷叛逃，唐营诸将皆主张杀敬德以绝后患之际，秦王依旧信之不疑，令敬德感激不尽。
李世勣与单雄信当初在瓦岗时曾义结金兰，誓同生死。此时世勣向秦王为单雄信求情，言雄信骁健绝伦，愿以自己官爵为雄信赎罪，请求留他一命为唐军效力。
李世民后来将李世勣作为东征击破郑、夏的第一功臣上奏父皇李渊——因武牢一役大获全胜，李世勣部出力最多，但他的求情世民竟然不许，理由是：“此人心怀反复，轻于去就。当初李密兵败，他便投王世充。如今即便投服，后必叛乱，不得不除！”
这罪名未免加得武断，单雄信与世勣是在瓦岗第一批追随老寨主翟让起义的，李密后来害死翟让，雄信对此一直耿耿于怀，故此才在李密兵败之际投了王世充，也算不得“轻于去就”。许是李世民看单雄信不顺眼，二人没有缘分吧。又或许当初世民收纳降将，只因彼时唐军初起，兵微将寡，故须“团结一切可以团结的力量”，用一切可用之才，而此时唐军羽翼已丰，全国统一在即，世民自然不需要费功夫收服单雄信为己所用，留着此等勇将若生异心，反成祸害。再有就是单雄信战阵之中曾伤过元吉，世民也许为了避免兄弟生怨，才不赦单雄信为兄弟报仇。此时他尚无法逆料，日后他终于还是与这个自己的同胞兄弟一步步走向你死我活！
世勣固请不能得，涕泣而退。至狱中探望单雄信，对他言道：“我不惜余生，与兄同死，以践当日誓约；但既以此身许国，事无两全。且我死之后，谁来照看大哥妻儿？”于是从自己腿上割下块肉，烹了给雄信吃，说道：“使此肉随兄化为土，勉强算作不负昔日誓言！”
雄信之妻、王世充侄女王素绢此时已有身孕，哭着对丈夫道：“妾本该追随夫君于地下，然已怀有夫君骨肉，只得苟活于人世，日后定含辛茹苦，将孩子抚养成人。”
雄信走时有娇妻、挚友相送。那“吃人魔王”朱粲生性残忍，百姓恨之入骨！囚车走在路上百姓就争相投石击之，在洛水边被斩后，百姓竞相投瓦砾击其尸，须臾如冢。
当然也有说法，薛德音、单雄信等人，是唐帝李渊圈定处决，世民只是奉旨行事。
李世民咬牙切齿之余，恨不得连那王世充也一刀宰了！然自己已当众答允保全他全家性命，只得恨恨将一口怨气埋在心底，将那王世充及其家族暂时软禁东都，准备押回长安由父皇发落。
原隋纳言苏威请见秦王，及至到世民办公的阊阖门见到秦王，他不敢相信原来平灭郑、夏两国的大唐秦王竟是如此年轻！称自己老病不能拜。世民知他是看轻自己年轻，心里有气，责道：“公隋室宰相，危不能扶，使君弑国亡。见李密、王世充皆拜伏舞蹈。今既老病，无劳相见。”
小秦王此语，将隋亡君弑的责任怪到苏威头上，未免意气用事。苏威曾助杨坚开国，为开皇之治作出贡献，实是一代贤才。想那杨广昏聩，隋室大厦将倾，苏威又如何去扶？仅仅向炀帝道出民众造反实情，就被裴蕴等人污蔑“勾结突厥谋逆”，差点儿被满门抄斩！想当初唐国公李渊，隋之封疆大吏，皇亲贵戚，怎不见他去力挽狂澜？彼时世民在太原倒成天暗中鼓动父亲火中取栗，谋夺隋室江山。
后来在长安，苏威又请见，秦王大概是嫌他老迈不中用，借口推辞了。苏威既老且贫，无复官爵，终于老病卒于家中，年八十二。
五月二十一日，王世充徐州行台杞王王世辩以徐、宋等三十八州诣唐河南道安抚大使任瑰请降。
七月，王世充行台王弘烈、王泰、左仆射豆卢行褒、右仆射苏世长以襄州来降。王世充故地悉平。
李渊原与豆卢行褒、苏世长皆有旧，先前屡以书信招降，豆卢行褒杀李渊使者拒绝归降。及至二人被押至长安，李渊下令诛杀斩杀唐使的豆卢行褒，又责备苏世长迟不来归，苏世长道：“隋失其鹿，天下共逐之。今陛下既得之，岂可再对同猎之徒发泄怨气，而问其争肉之罪？”李渊听其言笑了起来，赦免任用为谏议大夫。
李世民怀着复杂难言的心情，按照父皇李渊的授权，与他的文臣武将们开始东都洛阳重建工作——
安置劫后余生的难民，按大唐颁行的《均田令》统一分给居民田地。因季节不对，只得先从后方调来菜籽让唐军士卒帮助百姓种菜，同时再调来足够的粮食解决人民生活问题，以安定人心；
从东都府库取出大量金宝财物，颁赐将士，同时各立功将士也按照规定分赐田亩；
将余下的郑军整编。由于全国基本统一，按大唐订立的府兵制日常无须保留大量军队，所以只挑选了少部分精锐充实唐军，余者愿回家乡者，发给路资遣散；本地及无家可归者，也分给田地，让他们自食其力；
释放监狱中士民无罪为王世充囚禁者，被王世充冤杀者皆作诔文祭奠；
放剩下的数千洛阳宫宫女出宫，愿回家者发给路资，也可自择夫婿嫁人；又推恩士卒，允许尚未娶亲的唐军士卒在本地娶妻；
废诸道场，城中僧尼道士女冠留德高望重者各三十人，其余全部还俗。
人民为改朝换代承受了巨大灾劫，付出惨重代价！我有生之年，一定要给他们一个交代，让活着的人真正安居乐业；让死去的亡魂安息，使这份代价没有白白付出。世民在心里暗下决心。
