李密派房彦藻率兵向东南经略，很快攻占安陆、汝南、淮安、济阳等郡县；又派裴仁基、翟让领二万人马袭击洛阳东北回洛仓，一举攻破。
这回洛仓广积钱粮，乃是洛阳军民之生命线，越王杨侗发全城之力来抢，与瓦岗军在回洛仓附近展开拉锯战。
李密见机行事，诱敌深入，三次撤出回洛仓，又三次夺回。隋军只抢了少许粮食回洛阳。最后，隋将段达所部十万大军，被李密故伎重演，先令单雄信挑战、佯败，诱敌于设定区域，再令徐世勣与王伯当铁骑突出，左右夹击。隋军大败，仅剩三分之一突围回城。杨侗命残军退守东都，一面派人急驰江都向隋帝告急。
瓦岗军甚至袭破东都外郭城，烧掠丰都市而去。杨侗于是将东都居民迁入宫城，一时台、省、府、寺皆满。
大业十三年四月二十七日，魏公行军元帅府记室祖君彦奉李密之命执笔撰写《檄洛州文》，传檄天下。檄文历数杨广十大罪状，将这个衣冠禽兽的画皮撕得粉碎。檄文以宏阔的气度，犀利的笔锋，剖析利害，辩明是非，极力笼络各路义军，注意分化瓦解隋朝官吏，号召大家尽归李魏，同心抗暴。檄文以极大的热情讴歌瓦岗军功绩，指出强大的瓦岗军与腐朽的隋王朝相比，“譬犹决沧海而灌残荧，举昆仑而压小卵”，瓦岗取天下势在必得。全文笑挟风雷，酣畅淋漓，既是声讨书，又是动员令，在政治上、道义上，极大地影响了敌我双方。
江都杨广接到东都告急，决定调全国之兵讨伐李密。先遣临门将军庞玉，率关中兵东向；河北讨抚大使韦霁、河南讨抚大使王辩，各率所部火速集结洛阳；又派江都通守王世充率江淮劲旅三万，共赴东都；命右御卫大将军、涿郡通守薛世雄为总指挥，率燕地精兵三万，南下围歼瓦岗军。
薛世雄为隋之名将，早在北周时，便随周武帝讨伐北齐。隋文帝、炀帝两朝，先后参予征伐吐谷浑、突厥和高丽，屡立战功。但此时薛世雄已年过花甲，他带领三万燕兵南下，行至河间，企图先镇压河北窦建德义军，却被窦建德利用大雾天气于七里井设伏，打得几乎全军覆没。薛世雄仅在数十亲卫拼死护卫下狼狈逃回涿郡。堂堂涿郡通守、东征大元帅竟差点做了“贼寇”俘虏，他恼羞成疾，不久竟一命呜呼。围剿瓦岗的总指挥尚未到任，就被中途遭遇的义军打败气死。
杨广闻报，传诏再命江都通守王世充任东都前线总指挥，各军并受节度。
王世充，夷狄之后，因其祖母在其父尚年幼时带其父改嫁汉人，改姓继祖父王姓。世充生得深目卷发，样貌异于常人。大业初，任职江都郡丞，由于营建江都宫得力讨得隋帝欢心。加之大业十一年杨广雁门被围时，世充率江淮军日夜急行军勤王，一路上衣不解甲，食不甘味，睡觉也只睡在铺了稻草的地上，道是君王有难，为人臣者不敢贪图享受，其实尚未等他的军队远道赶来，雁门之围已解，但世充在东都晋见杨广时，激动得跪在杨广脚下抱住杨广双脚狂吻！以示自己一路忧心君王，于是愈发得杨广信任。
世充为人残忍，曾镇压余杭刘元进义军，先许以自首者免死，民众造反多因为活不下去，今闻官府既往不咎，加之刘元进兵败，军队被打散，散兵于是主动自首，岂料世充翻脸，竟坑杀三万余众。又先后击破孟让、卢明月义军，一时名声大噪。
大业十三年九月，各路援军齐集洛阳，加上东都原有兵力和周边隋军，总兵力达将近三十万。
王世充出兵向瓦岗军挑战，双方在洛口对阵。
隋军士气正旺，全力进攻，瓦岗军首战失利。
李密果断放弃主战场，以部分兵力牵制隋军主力，自己亲率精兵进攻王世充设在黑石的大本营，杀敌三千余。隋军先胜后败，世充狼狈撤退，被瓦岗军乘胜追击。不幸瓦岗护军柴孝和落水淹死，李密痛失肱股！二人俱各大哭一场，算是平局。
隔一月，王、李二战石子河。
李密故伎重施，先由翟让佯败诱敌，待世充中计，李密亲率骠骑营直取中军，裴仁基、王伯当从后杀出，横断敌军归路。王世充大败逃回东都，丧师过半。但李密司马杨德方、郑德韬阵亡，瓦岗军亦代价不菲。
李密对左右言：“王世充狡诈若狐，凶狠似狼，大难不死，必为瓦岗劲敌！”
王世充叹道：“李密天资明决，用兵天下无对，为龙为蛇，不可测也！”
二人互相赞叹，互相对峙，竟如诸葛对司马。王世充就此闭门不出，缩在洛阳坚城之内。
此前，徐世勣率另一路人马，与元宝藏、郝孝德等夺取黄河以北黎阳仓，开仓济贫。王德仁、王君廓等河北诸路豪杰，原本皆打着瓦岗旗号，此时俱来会师。百姓亦踊跃参加义军。旬日之间，徐世勣扩军至十余万。
此时瓦岗军占兴洛、回洛、黎阳三大粮仓，拥雄兵百万，占据中原半壁江山，天下无人可比。
可惜李密却在此际犯了重大战略性错误。
当初李密献杨玄感三策，曾将取西京、霸关中作为“中策”，可惜玄感不用，倒采取了攻打洛阳之“下策”，如今李密自为主，说一不二，不想亦用此“下策”，历史往往有惊人的相似，悲剧重演，何止一朝！
李渊起兵前后，柴孝和、魏徵等人曾劝李密弃洛阳坚城，挥军西取大兴，控制关中；游方道士徐洪客劝其南下江都，劫持杨广，“挟天子以令诸侯”。李密本性多疑，却怕自己一旦离开，归顺瓦岗的各路人马不受节制，后方不稳，因此均不采纳，坐失良机。
结果李渊七月出晋阳，仅率军三万，以迅雷不及掩耳之势，先声夺人，一路收编零散义军，十一月初集结大军二十万，一举拿下长安，掌控关中。而李密四月兵围东都，困守坚城之下，半年毫无进展。
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