在公元前44年三月十五日，凯撒遇刺后当时的执政官安东尼希望传统贵族派与凯撒派能够和解，这样既可以缓和双方的矛盾、稳定局势，也可以继续推行凯撒的改革措施，安东尼的这一建议得到了多数人的支持。随后，安东尼在凯撒的葬礼上发表了演讲，也深得罗马民众的认可。但布鲁图斯和卡西乌斯等阴谋的策划者，他们看到了平民们对凯撒遇刺的愤怒后选择逃离罗马。但让安东尼失望的是凯撒指定的养子屋大维作为第一继承人。十八岁的屋大维回到罗马后也展现出了极强的政治能力。他利用凯撒的财富和人脉培养自己的势力，组建自己的军队，与安东尼展开了明争暗斗。
凯撒派的内斗给了传统贵族派一个前所未有的机会。卡西乌斯来到叙利亚、布鲁图斯则来到希腊半岛，他们继续以“解放者”自居，联络其他传统贵族，运用贿赂和政治承诺等手段拉拢了很多罗马在东方的驻军，集结起数万军队。再利用军队将周围不服从他们的城市和势力击败，继续扩充实力。短短两年的时间里就控制了整个巴尔干半岛、小亚细亚以及叙利亚等地区。除此之外，他们还联络盘踞在西西里岛的庞培之子——小庞培的势力，共同发动叛乱，你可以称他们为“共和派”，也可以称他们为叛军，这都可以。
面对叛军，安东尼和屋大维这个时候也只能先放弃内斗，与凯撒的第一副手雷必达组成“后三头”同盟。雷必达和安东尼都是跟随凯撒多年的部将，能征善战，军事能力和统帅能力都是一流的，可是地理和经济方面的形式对三人非常不利。
共和派盘踞在罗马的东方，这里是罗马最富庶的地区。他们的军队切断了东西线的联系，罗马无法获得埃及的粮食。西班牙和阿非利加行省的补给由于小庞培在西西里岛的存在也非常不顺利，因此罗马只能靠亚平宁半岛的资源。但仅靠亚平宁半岛的资源是坚持不了太久，军队越多，困死的就越快。凯撒派希望速战速决，但是共和派对战略的把控也非常到位，他们避免决战，继续发展扩大优势。如果继续等下去无疑是坐以待毙，因此凯撒派只能主动出击。当年的执政官雷必达坐镇罗马，将自己的七个军团交给屋大维和安东尼指挥，加上后两人的军团共同开始征讨共和派。
安东尼首先率领罗马军以及其他盟军横渡亚得里亚海，进入希腊的腓立比地区，但是安东尼缺乏海军的支援，补给线也很脆弱。因此，安东尼只能请求凯撒的盟友，埃及艳后克娄巴特拉七世派遣埃及舰队的支援。。
公元前42年十月，腓立比战役拉开了序幕，双方的军队都只是试探性的进行接触。安东尼在等待屋大维的援军，而共和派则继续避免正面对决。屋大维率军赶到战场后双方军团的数量大致相同。
安东尼和屋大维加起来共有有十九个军团和三万三千名骑兵；马库斯·布鲁图斯和卡西乌斯共有十七个兵团和一万七千名骑兵。但是，凯撒派来自西班牙、高卢以及意大利的军团齐装满员，经验丰富。尤其是来自西班牙、高卢以及凯尔特的骑兵，战斗力非常强悍。但是共和派的军团中有不少是在东方招募的新兵，军纪废弛，骑兵时来自于帕提亚和阿拉伯半岛的，战斗力相比于凯撒派的骑兵稍逊一些。
共和派在东方获取了巨额财富，可以招募大量勇猛善战的雇佣军，比如附近的色雷斯人。色雷斯在当时是罗马的附属国，但却给共和派叛军贡献了两个军团。以外族独立编成军团在罗马共和国时期是非常罕见的。共和派还得到了大量东方盟国军队的支持，其数量上要超过凯撒派。其海军也有优势，他们的舰队控制了希腊附近的海域，补给充足，而凯撒派只能等待埃及舰队的增援。因此来到腓立比后，凯撒派更加拖延不起。他们得不到海上的补给，而且驻地附近的马其顿和色萨利地区主要以山地为主，无法为十几万大军提供足够的资源，所以凯撒派急于一战，他们迅速部署。
屋大维攻击布鲁图斯的军队，安东尼攻击卡西乌斯的军队。安东尼命令一支偏师通过挖掘地道，绕道卡西乌斯背后，试图夹击卡西乌斯。但经验丰富的卡西乌斯防线布置的非常严密，并且及时发现了安东尼的企图，双方陷入了苦战。这时安东尼的骑兵发挥了重要的作用，他们兵分两路，一路绕道侧翼配合正面步兵夹击卡西乌斯的军队；另一路直取卡西乌斯的大营。卡西乌斯的军团新兵很多。由于共和派的精锐大部分在布鲁图斯的手中，最终卡西乌斯军团崩溃。卡西乌斯本人此时错误的认为布鲁图斯也已经战败，大势已去，于是自杀身亡了。
卡西乌斯是共和派中最具战略头脑的军事经验的人，但战场态势与他的推断恰好相反。这时卡西乌斯的损失是九千人，而另一条战线上与布鲁图斯交战的屋大维已经损失了超过一万八千人。
在安东尼和卡西乌斯激战的同时，布鲁图斯军团由于军纪不佳，部分士兵擅自向屋大维的营地发起进攻，布鲁图斯控制不住，只能匆忙跟进。不过这突如其来的打击使站在准备进攻的屋大维顿时感到措手不及，加上屋大维的军事能力和战场经验欠缺，很快就被击溃，屋大维本人逃脱。
一种比较流行的说法来自于屋大维本人的回忆：他在前夜梦中得到了预警，提前离开了大营。另一种说法是一支两千人的斯巴达军队突然出现在战场，并且加入了凯撒派掩护屋大维逃走。而之后在与安东尼的阿克提姆海战中屋大维本人也没有在自己的战舰上。想来无论后世的罗马历史学家如何粉饰屋大维，屋大维都有临阵脱逃的嫌疑。
相对卡西乌斯，屋大维的选择是正确的的。加上布鲁图斯取胜后忙于抢夺战利品，没有追击溃败的屋大维军团，这使得屋大维得以重新集结军队参加下一阶段的作战。等后来屋大维成为罗马元首后吸取了腓立比战役的教训，每一次出征前都反复告诫部下“战争一旦打响，就必须战斗到结束为止”，简单来说就是打完战斗再分东西。
当布鲁图斯得知卡西乌斯惨败后马上赶来支援，但是卡西乌斯已经死亡，布鲁图斯只能悼念自己的姐夫。共和派最具实战经验和战略眼光的指挥官就这样莫名其妙的死了，这也沉重的打击了卡西乌斯所属军团的士气，为第二阶段的战役埋下了隐患。与此同时，在腓立比十公里外的海港奈阿波利，双方的海军也开始交战，其结果是凯撒派的舰队战败，其增援的埃及舰队又遭到了风暴，因此只能返回埃及。凯撒派的补给船不是撤退就是被击沉。
而布鲁图斯为了避免侧翼被包围，因此沿着安纳西亚道以南建造了防御工事。这个防线居高临下，依托大海，非常坚固。这个时候的布鲁图斯完全可以继承之前的战略，利用海军的优势，保持自己充足补给的同时切断对方的补给线，从而拖垮对方。战役第一阶段表现不佳的屋大维也多次率领军队尝试切断布鲁图斯军团的补给线，可由于屋大维指挥经验不足的原因，种种尝试都均告失败。
凯撒派的情况还在不断恶化，海军战败、埃及舰队撤走，补给船全军覆没，现在量维持生活的粮食都供给不上，再加上驻地附近的地区也没有粮食可以征收，因此只能派出一个军团南下前往更远的小亚细亚地区征集粮食。
正在屋大维和安东尼一筹莫展的时候，不知道是什么原因，布鲁图斯突然改变了之前的战略，与之前庞培在法萨卢战役中的一样，在战略上极具优势的布鲁图斯突然发动了一场冒险且完全没有必要的决战，可能是因为卡西乌斯的自杀使布鲁图斯失去最具战略眼光的统帅，也许是没有能及时获得海战胜利的消息，还有另一种说法是布鲁图斯每晚梦到凯撒导致精神崩溃。不管什么原因，其结果都是他们选择了主动决战。
在公元前42年十月二十三日，布鲁图斯率领军队离开了自己的防御工事，与安东尼和屋大维的盟军展开了最后的决战，双方一接触就爆发了惨烈的肉搏战，布鲁图斯军团的右翼进展顺利，将屋大维军团打得节节败退，可同时，布鲁图斯的左翼出现了问题。
安东尼调动自己的右翼向外侧运动，做出包围敌军的姿势。布鲁图斯也只能调动自己的左翼一起向外侧运动防御，这导致布鲁图斯的阵线被拉长，左翼和中路之间出现了一个缺口。这时，安东尼抓住这个时机，集结高卢和西班牙的骑兵，成功撕开了布鲁图斯的防线，穿插到则后方与正面步兵一起夹击布鲁图斯和他的军队。
这个时候的布鲁图斯无法重组阵型，只能尝试退回之前的防御工事，但屋大维已经率军截断了布鲁图斯等人的退路。败局已定的布鲁图斯只能带领还可以控制的四个军团逃进附近的山丘的森林之中。感觉到翻盘无望的布鲁图斯随机自杀身亡，结束了自己极具争议的一生。共和派另一位重要人物西塞罗也在逃跑过程中被杀死。至此腓立比战役结束。
这次战役，双方具体的伤亡人数尚不清楚，但从第二阶段惨烈的肉搏战来看的话，死亡人数应该不少，一般说法是，共有四万人战死（双方死亡人数之和），加上第一阶段的损失，屋大维与安东尼一方的阵亡人数要远远多余布鲁图斯一方的阵亡人数。
战后，安东尼用自己的战袍覆盖了布鲁图斯的尸体，以示敬意，因为他们两人之前是朋友，因此关系是非常复杂的。布鲁图斯在密谋刺杀凯撒时没有接受卡西乌斯将安东尼一起除掉的建议，安东尼也赦免过布鲁图斯等人。
在腓立比战役中发挥作用最大的安东尼收获最多，大约一万四千米原本属于共和派的贵族精英都加入了安东尼的阵营，他们不愿向年轻且残酷的屋大维投降。除了获得贵族精英的支持，安东尼还获得了罗马东部的领地，这里提供了当时罗马主要的经济收入。
腓立比战役是罗马传统贵族为了维护罗马奴隶制共和制度的最后的努力，随着战役的结束，罗马开始逐渐走向帝国时代。
