在马承华的一系列改革之中，除了对土地清丈最为关注之外，马承华对军务之事也非常上心，而且两者是相辅相成缺一不可的，犹如一枚钱币的正反两面似的。
在马承华的心中，土地清丈是为晋国提供财富，提供税收，也是为保障他的整军经武，保障他的强军梦想，而他强军后的目标，就是两个方面，一是防御武国，以确保海山洲的稳固，确保自己家族能够继续长久稳定统治这里，维持一个事实上的藩镇世袭的地位。而另一个目标就是要确保在南洋的特殊利益，并要瞅准时机扩大在南洋的地盘。只有在南洋的地盘稳固了并日渐扩大化，晋国在与武国的对抗中才能更有余地，才能更有本钱，也能有稳固的后院，也是为了整个家族的考虑。
永昌十七年开始，在马承华的关心和枢密院、兵部的提议下，对水师进行适当扩充，增加到两万八千人。装备大小战船一千八百艘。仍然分为宁西、宁安、铭英府、永晋府四个水军都统制区域以及北部水军副都统制区域，主力仍然是宁西、宁安，次之是永晋府。而闽东前沿和镇海州、天雄府、昌南州的水陆驻军是一体的。
同时对最重要和精锐的直属于晋公府的宁阳军进行了改组整编。
改组整编中，将老弱病残全部发放路费裁汰，吸收精壮参军，而且地域不再局限于海山洲，扩大到整个晋国，包括南洋和土人部落。并要求南洋选送土人部落精兵到海山洲。
到永昌十九年初整编训练初步完成。
整编后的宁阳军分为左右两镇，互不隶属。
宁阳军以棚为最低级建制，辖十二人，称正副头目；
棚上设什，三个棚为什长，辖三十六人，称正副什长；
什上设哨，三个什为一队，一百零八人。设都头、副都头；
哨上设队，以三个队为一哨，还有斥候棚二十六人，共三百五十人，设正副指挥；
队上设营，以五个队为一营，设正副将。除五个队外，另有正将直辖的一个骑兵队、斥候大队、弓弩营。骑兵队二百人、斥候大队三百人、弓弩营五百人；共计两千七百五十人；
营上为军，以三个营为宁阳军左镇，设正副都指挥使。除三个营外，另有直辖配合所需要的重型弓弩营、火器营、斥候营、骑兵大队。重型弓弩营一千二百人、火器营两千五百人、斥候大队五百人、骑兵大队一千五百人，共一万三千九百五十人；
宁阳军另直辖若干建制营，不隶属于宁阳军左镇，另设宁阳军右镇，设正副都指挥使。
宁阳军右镇辖有亲军突击营、攻守大营、后方大营、战车火器大营、水师营和山地营。其中亲军突击营一千五百人，属于突击敢死队一类的全能精锐战士；攻守器械大营三千人，主要装备攻守城器械。后方勤务大营两千人，保障军需；战车火器大营两千人，装备轻重支援和攻城火器；水师营两千人，装备战船、快船，以登陆作战为主；山地营两千人，装备轻兵器和攀爬山地所需的器械等。
宁阳军右镇兵力一万两千五百人。
整个宁阳军左右镇互不隶属，但是平时相互配合训练，战时统一调用，人员共有两万六千四百五十人。
宁阳军的步兵都身披铠甲，不过却不是过去的那种传统铁甲。而是武国最新式样的棉甲。棉甲制作容易，价格低廉，且不像传统重型铠甲需要量身定做，方便大批量生产，重量轻，对一般火器有很强的防护力。但是斥候兵都是轻甲，方便机动灵活。步兵营的步兵都要求必须熟悉弓、弩、短刀和长剑等长短冷兵器以及火铳。营以下的骑兵队也是轻骑兵，而骑兵大队则是重甲骑兵与轻骑兵混装。
可以说新整编后的宁阳军是集步兵、骑兵、火器兵、斥候兵、攻守兵、弓弩兵于一体的多兵种军队。而且在训练中要求几乎每个人都要精通各种兵器、器械和操作，包括战船与山地训练等。
宁阳军整编开始的前后，对殿前军、侍卫亲军、各地驻军也进行了整编训练。
殿前军、侍卫亲军也下设营、队、哨、什、棚。队以上编制较小，属于宁阳军的缩小版本。
殿前军、侍卫亲军各一万两千人。
两军有一个中军营（一千人）、两个步兵营（五千五百人）、一个火器营（两千人）、一个器械营（两千人）、骑兵队（三百人）、一个弓弩大队（七百人）、一个和一个斥候队（五百人）。
各地驻军都统制中海山洲仍为宁阳府驻军都统制和通远州驻军都统制，但是编制与朝廷直辖禁军相比，编制较为特殊和缩小。尤其是营的兵力缩小一半左右，一般最多不过一千五百人。
宁阳府驻军都统制驻扎东林县和宁阳府东部和北部，五千四百人。
辖一个中军营（一千人），另有两个混合步兵营（共三千人）、弓弩营（七百人）、山地营（七百人）。另外编配有部分火器，集中在中军营和步兵营之中。
通远州驻军都统制驻扎通远州，五千八百人。
辖一个中军营（一千人），另有两个小混合步兵营（共三千三百人）、弓弩营（七百人）、山地营（八百人）。另外编配有部分火器，集中在中军营和步兵营之中。
南洋方面有铭英府、永晋府、镇海州驻军都统制。
铭英府驻军都统制驻扎铭英府、文林州、武宁州，五千八百人。
辖一个中军营（一千人），另有两个混合步兵营（共三千三百人）、弓弩营（七百人）、山地营（八百人）。另外编配有部分火器，集中在中军营和步兵营之中。
永晋府驻军都统制驻扎永晋府、永宁州、慧亭州、晋宁州等地，八千八百人。
辖一个中军营（一千人），另有两个步兵营（共五千五百人）、弓弩大营（一千二百人）、山地营（八百人）、火器营（一千人）、骑兵斥候混合大队（八百人）。
镇海州驻军都统制驻扎镇海州地域，五千五百人。
辖一个中军营（一千人），另有两个混合步兵营（共三千人）、弓弩营（七百人）、骑兵斥候混合营（八百人）。另外编配有部分火器，集中在中军营和步兵营之中。
天雄府、昌南州、洛那卡都护府和连海县等前沿地带因位置特殊，仍按原有编制情况进行，并赋予知州、知府、知县、镇守使和都护府都护一些便宜之权。
各地的驻军整训编制在永昌二十二年也基本完成。
从永昌十七年到二十二年的军队整编训练，采用了完全不一样的做法。严格意义上看起来属于一种大杂烩，吸取了之前历代的一些做法并加以改编。属于多种兵种混合搭配的金字塔形状的编制。当然这是平时编制，而且要加强训练。战时还可以随机调整混合搭配使用。
以往历代的编制多是五五递增，而晋军则属于三五混搭的方式。大的编制进制是三三混搭，但是内部则有三有五两种进制方式。另外就是营这一级开始就已经具备完全的多兵种独立作战能力。因为其搭配了弓弩、火器，可以独立进行野战。如果搭配攻守武器，就能单独进行攻守城作战。
而各地驻军都统制的兵力没有殿前军、侍卫亲军和宁阳军那样庞大，但实际上是可以单独作战，而且应付地方治安和平定土人与南洋诸国作战，已经是绰绰有余了。殿前军、侍卫亲军、宁阳军主要是应对各地大规模作战，尤其是应对武国作战而建立的加强体系。
而晋军所有各军中的各级编制中，营以上的军官由枢密院、兵部、吏部联合上报由晋公批准；队、营两级由都指挥使提名由枢密院任命；以下由都指挥使任命。
而各级编制中，火器营全部装备火器；弓弩营装备神臂弩和中型、重型弓弩；攻守大营全部装备各种攻城、守城所需的兵器，包括重型轰城炮；后方勤务大营装备马匹、大车等，还有医官，携带各种药材。战车火器营与火器营装备基本相同，只不过在宁阳军右镇中给了其一个特殊的名称，却也装备了最为精良的火器。
晋军的作战风格是多种多样，但也是有传承的。
晋军的主体是马文慧缔造的流民军，风格主要是以大卫国时代为主，但在兴宁早中期年间，接受了速烈温的完整狄羯体系的培训，野战能力大幅度增强。而马仲云时代，又吸收了武国的不少作战风格。整体而言是比较多样和多变的，但核心成分还是以卫国和狄国的风格为主。
晋军的守城能力很强，但是攻击能力相对还是欠缺，虽然晋军精锐骑兵的能力不错，有很明显的狄羯风格，但因为战马来源困难、骑兵耗费太大和本土及南洋人员的体格均不及北方，骑兵的作战能力还是略有欠缺的。因此，就极大重视火器的使用和训练，伴随着火器性能的逐渐提高和对技术掌握的日渐成熟，晋军的火器能力也在逐步加强。
虽然晋军的骑兵和火器兵也都有一定的战斗力，但晋军的主力还是步兵和弓弩兵，而且特别强调弓弩的密集数量，而且搭配火器使用。尽量以弓弩箭矢的密集度、射程搭配火器来给敌人以重大杀伤。加上晋军较好地保留了原大卫国的部分技术，在神臂弓、床弩的制造上颇有体会，并根据晋国如今的情况又适当进行了改造，故而晋军战斗力最强的实际上是弓弩兵。而步兵也特别重视对弓弩的使用。
因为晋军较好继承了前朝的弓弩和狄国的弓箭制造技术，晋军的弓弩射程要较武军更远，准确度更高。普通的武国弩箭有效射程只有五十步，而晋军的普通弩箭射程在近百步，而继承的狄国弓箭技艺，最远射程可达数百步。所以晋军拥有了射程上的优势，每次与叛军或者是武军交战，都尽量避免短兵接触，希望以射程优势消耗了敌军的有生兵力后，再以精锐少量的步骑兵上去进行收割，这已经成了晋军的作战规律。
而这几年的整军经武，一方面要继续发扬晋军的这种战法，避免较大的伤亡，因为晋国的人口很宝贵，而另外一点就是要让晋军更敢于近距离的搏杀，严格进行近战的搏杀训练，否则一旦遇到能扛过晋军三板斧或者火力更强的敌军后，晋军的战斗力将急剧下降，而且也将更为危险。
除此意外，兵器制造也是整军经武的重要一环，而整个兵器体系的生产中，晋国自始至终非常强调对箭矢、炮弹、火药的生产。因为较之于刀枪等长兵器和火炮、火铳的生产难度与耗费而言，箭矢、炮弹和火药的生产难度较小一些，而且能够大批量的生产，且技术和质量也最为过硬。而自从弓弩生产种类减少后，对箭矢的制造量实际上是加大了，而且特别注意箭矢的种类，有普通的箭矢，还有特制的专用的箭矢。根据兵部的统计，到永昌二十年底，晋国海山洲及南洋各地储存的各种箭矢五千万支，而且每年的产量都要维持至少七十万的高产量。以确保箭矢的数量足够，也是确保弓弩手的射击技术，进而确保晋军的弓弩兵优势地位。
晋军的水陆军中，水军兵力不多，但是战斗力一直保持的不错，而且自武国海禁后，其海上实力也日渐低迷，周边实际上没有几个邦国的海上军力能与晋国相抗衡，即使有些势力强的海盗，其战斗力也均不可与晋军抗衡。可以说在南海及周边的海域范围内，晋军可以说是横着走的存在。因此此次整军经武的重点是要继续确保海上优势，同时加大对陆上力量的训练，以让晋军的水陆军能够真正做到在周边都横着走的存在。
整训完成后，对于禁军也重新任命将帅。
永昌十九年八月任命高千文为主管殿前军公事；
永昌二十年三月任命柏文明为主管侍卫亲军公事；
永昌二十一年五月任命朗马达、庾纯甫为宁阳军左镇正副都指挥使；
永昌二十一年七月任命谭敬道、荀公羡为宁阳军右镇正副都指挥使。
高千文、柏文明、朗马达都是老将了。而其余人都是年轻人，庾纯甫为庾子城之子，永定二年出生。谭敬道为当年跟随马仲云回来的将领谭忠渊之后，永定五年出生。荀公羡为荀景松之幼子，永定十五年出生。
宁阳军作为晋国最精锐的力量，此次被加强，继续稳固了其晋军之首的地位，但是却被一分为二，实际上成为了两个军，叫做左右镇，而且职能不一。左军以步骑兵野战能力为主，右镇则掌握精锐的火器和攻守能力以及粮草军需，属于敢死队或者特殊类型。
之所以一分为二，也是为了避免这样一支精锐被一个人掌控，进而威胁君权所致。
而在部署地域方面，也重新部署。
侍卫亲军主力被部署在怀远府西部和宁阳府西部地带，侍卫亲军衙署被安放在了光宁县和兴北县的交界地带；
殿前军被部署在怀远府宫城外围的周围地区，衙署就在怀远府城；
宁阳军左镇部署在怀远府西部外围和宁安府地域，衙署在宁安府北部；
宁阳军右镇部署在怀远府东部和宁安府交界地带，衙署在怀远府郊外。
通过以上的部署安排，宁阳军虽然最为精锐，但是被拆分。野战能力最强的宁阳军左镇部署在宁安府大片地区，目的是方便西入内陆或者南下增援南洋。而右镇掌握重型兵器和火器，则部署在怀远府周围近郊，以保护中枢核心之地。侍卫亲军则部署在怀远府西部和宁阳府西部地带，保障怀远府的侧翼安全。殿前军则在怀远府周围，而宫廷由仪仗司和宫苑府来保卫。
可以说军务整训后，战斗力最强的放在了交通便利的宁安府，方便支援也各地也避免其靠近怀远府而引发兵变。而且可以实现内外相制和平衡。
这几年除了整军经武外，马承华对人事方面也进行了调整，以适应和配合自己的施政。
永昌二十二年三月，马承华公布了新的中枢格局人员情况。
中书左相：杜德曜，中书右相：林嘉福
监修公国史：杜德曜
弘德院令：杜定瑞、刘宪深
枢密使：潘厮铎
枢密副使：厉明远、刘天韵
签书枢密院事：崔华南
参知政事：徐季平、颜毓昌、赵聚华、荀景松
六部官：吏部官赵聚华（兼）、户部官颜毓昌（兼）
兵部官谢宣明、刑部官荀景松（兼）
工部官庾子城、礼部官田建安
御史中丞：凌淮智、侍御史：钱惠明
户部次官兼易物司使：裴子渊、副使：王士青、田宜兴
学务司使：张世振、副使：余元振
仪仗司都指挥使：沈明哲，副都指挥使：李浩煦、张光化
主管殿前军公事：高千文
主管侍卫亲军公事：柏文明
宁阳军左镇都指挥使：朗马达
宁阳军右镇都指挥使：谭敬道
宁阳府知府：黄子行
怀远府府尹：范天成
宁安府知府：黄振锐
通远州知州兼都统制：范天民
这次变动后，老资格的王元英等人全部卸任。唐定飞也因为儿子的事情无法再在右相的任上干了，只得请辞。杜德曜正式成为左相，林嘉福也成为了右相。其余人都是相对比较年轻的人，也都是当年支持马承华的中坚力量，这样的格局无疑更有利于马承华的施政，尤其是其开拓南洋的方略。
永昌二十年六月，武国的弘德皇帝因病去世，年仅三十六岁。
马承华得知后立即派荀景松带人上表，在大京城的态度十分恭顺。新即位的皇帝对马承华的好感顿时倍增，封其为宁国公，加柱国衔。
永昌二十一年，武国正式改年号为正庆。
虽然马承华得到了新皇帝的好感，但是荀景松回来则认为这个新皇帝不过十五岁，喜怒无常随心所欲，不是个容易把握的主。
永昌二十一年七月二十五日，马若援因病去世，年八十岁。
马若文虽然与弟弟当年有矛盾，有争夺储位的矛盾。但是毕竟还是亲兄弟。弟弟去世后，马若文十分悲伤，大哭不止。
马若文下令追赠弟弟为太傅、司徒，国葬。
永昌二十二年正月，这一年的春节相比以往要热闹一些，因为清丈五年来的成果，晋国的粮食赋税有了一定的增加，马承华很高兴，故而相对办的隆重了一些，但是他还是有言在先，要节俭。毕竟增收很困难，浪费则太容易不过了。
同时这几年里，马若文的身体也开始一日不日一日。
二月十五日，马若文的姐姐马若涵因病去世，时年八十八岁。
马若文痛哭流涕，他对这个姐姐的感情犹如当年马宪永对马宪英的感情。下令国葬，给了最高的待遇。
马若涵的去世，也沉重打击了已经身体不好的马若文。
三月二十七日，颜丽菲的病情也日渐加重，想见马若文。
马若文得知后，不顾自己的重病之躯，带着马承华亲往探望。此时的她已经难以说话了，她看着马若文，似乎有无尽的话说。
马若文看着这个最后一位与父亲同辈的人也即将去世，悲伤不止。
三月二十日，颜丽菲最终去世，终年一百零一岁。
马若文悲伤不止，下令追赠为端贵妃，并赐颜家黄金一千两治丧。
追赠为贵妃，相当于马若文将颜丽菲放在了与母亲几乎并列的位置上，而且黄金千两治丧，更是从未有过的殊荣。
不到两年的时间里，弟弟、姐姐、姨母的相继去世，让马若文是身心疲惫，病情进一步加重。虽然脑子还很清醒，但是身体却难以承受。
